한우 쇠고기 맛과 연관된 유전자 개발

< Identification of genes associated with beef flavor in Hanwoo >

연구기관

영남대학교

www.yu.ac.kr

여 정 수

최 창 본

이 윤 석

오 동 엽

라 부 미

한우자조금관리위원회

www.hanwooboard.or.kr

제  출  문

한우자조금 관리위원회 귀증

이 보고서를 귀 위원회와 본 대학 간에 체결한 “한우 쇠고기 맛과 연관된 유전자 개발” 에 관한 최종보고서를 제출합니다.

2012년 5월

연구책임자

영남대학교 생명공학부 교수 여 정 수

목     차

제 1장 서론	1

제 1절 연구배경 및 필요성	2

1. 연구배경	3

1.1. 산업적 배경	3

1.2. 기술적 배경	4

2. 연구 필요성	7

2.1. 연구 필요성	7

2.2. 연구 목적	9

제 2절 국내외 연구동향	11

1. 국외 연구동향	12

2. 국내 연구동향	15

제 2장 연구 과제의 범위 및 방법	16

제 1절 연구과제의 범위 및 수행방법	17

1. 연구과제의 범위	18

1.1. 연구기간	18

1.2. 연구과제의 내용	18

2. 연구과제의 수행방법	21

제 2절 재료 및 방법	22

1. 실 험 재 료	23

1.1. 실 험 동 물	23

1.2. 실험 대상 형질	24

2. 실 험 방 법	26

2.1. 지방산 분석	26

2.2. 융점분석	27

2.3. Genomic DNA 추출	28

2.4. DNA 정량분석	29

2.5. SNP genotype	29

2.6. SNPs genotyping	30

제 3절 통계분석 방법	32

1. 통계분석	33

1.1. 이형접합체율 (Heterozygosity)	33

1.2. Minor 대립유전자 빈도	33

1.3. 하디-와인버그 평형과 연관불평형 분석	34

1.4. Haplotype 작성과 htSNP 규명	35

1.5. 단일 유전자의 연관분석 (Association analysis)	36

1.6. Haplotype 유전자의 연관분석 (Association analysis)	37

1.7. 실증농가 집단에 적용하기 위한 우수 SNP마커 선정 및 조합	37

제 3장 쇠고기 맛에 영향을 미치는 지방산	40

제 1절 쇠고기 맛을 결정하는 3가지 요소	41

1. 연도	43

2. 다즙성	44

3. 풍미	45

제 2절 지방산의 종류 및 특성	46

1. 포화지방산	48

2. 불포화지방산	49

2.1. 단일불포화지방산	49

2.2. 다가불포화지방산	50

제 4장 쇠고기 맛에 연관된 유전자 종류 및 기능	52

제 1절 한우 쇠고기 맛에 연관된 후보 SNPs의 탐색 및 유전자의 종류와 기능	53

1. 한우 쇠고기 맛에 연관된 후보 SNPs의 탐색	54

2. 한우 쇠고기 맛에 연관된 유전자의 종류와 기능	57

제 5장 연구결과 및 고찰	59

제 1절 품종간 쇠고기 등급 및 출하월령별 도체성적과 지방산 조성	60

1. 품종간 지방산 조성	61

2. 등급별 도체성적과 지방산 조성	63

3. 출하월령별 도체성적과 지방산 조성	65

제 2절 SCD 유전자의 후보 SNPs의 규명	67

1. SCD 유전자의 후보 SNPs의 위치	68

2. SCD 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	70

3. SCD 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	74

3.1. SCD 유전자의 Intron 부분의 SNPs	74

3.2. SCD 유전자의 3’UTR 부분의 SNPs	77

3.3. SCD 유전자의 Exon 부분의 SNPs	79

4. SCD 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	82

4.1. 선발된 SCD 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block	82

4.2. 선발된 SCD 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block 빈도	84

4.3. SCD 유전자의 Exon5에 대한 Haplotype 분석	85

5. SCD 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	88

6. SCD 유전자 중 선발된 우수 haplotype간의 개월별 분석	91

제 3절 PPARγ 유전자의 후보 SNPs의 규명	93

1. PPARγ 유전자의 후보 SNPs의 위치	94

2. PPARγ 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	96

3. PPARγ 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	102

4. PPARγ 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	105

5. PPARγ 유전자 중 선발된 우수 SNP의 개월별 분석	107

제 4절 LPL 유전자의 후보 SNPs의 규명	108

1. LPL 유전자의 후보 SNPs의 위치	109

2. LPL 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	111

3. LPL 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및  경제형질 능력 검정	119

3.1. LPL 유전자의 Intron 및 3’UTR 부분의 SNPs	119

3.2. LPL 유전자의 Exon 부분의 SNPs	122

4. LPL 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	124

5. LPL 유전자 중 선발된 우수 SNP의 개월별 분석	127

제 5절 THRSP 유전자의 후보 SNPs의 규명	129

1. THRSP 유전자의 후보 SNPs의 위치	130

2. THRSP 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	132

3. THRSP 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	134

4. THRSP 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	136

4.1. 선발된 THRSP 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block	136

4.2. 선발된 THRSP 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block 빈도	137

4.3. THRSP 유전자에 대한 Haplotype 분석	137

5. THRSP 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	140

6. THRSP 유전자 중 선발된 우수 SNP 및 haplotype간의 개월별 분석	143

제 6절 FABP4 유전자의 후보 SNPs의 규명	144

1. FABP4 유전자의 후보 SNPs의 위치	145

2. FABP4 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	147

3. FABP4 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	149

3.1. FABP4 유전자의 Intron 부분의 SNPs	149

3.2. FABP4 유전자의 Exon2, 4 부분의 SNPs	151

3.3. FABP4 유전자의 Exon3 부분의 SNPs	153

4. 단일 후보 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	155

4.1. 선발된 FABP4 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block	155

4.2. 선발된 FABP4 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block 빈도	156

4.3. FABP4 유전자에 대한 Haplotype 분석	157

5. FABP4 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	159

6. FABP4 유전자 중 선발된 우수 SNP 및 haplotype간의 개월별 분석	161

제 7절 FASN 유전자의 후보 SNPs의 규명	162

1. FASN 유전자의 후보 SNPs의 위치	163

2. FASN 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	165

3. 단일 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	168

3.1. FASN 유전자의 Exon23, 24 영역의 SNPs	168

3.2. FASN 유전자의 Exon34, 37, 39 영역의 SNPs	170

4. 단일 후보 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	173

4.1. 선발된 FASN 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block	173

4.2. FASN 유전자의 Exon23, 24 영역의 2개 SNPs와 Exon34, 37, 39의 3개의 SNPs간의 Haplotype block 빈도	174

4.3. FASN 유전자의 Exon 23, 24에 대한 Haplotype 분석	175

4.4. FASN 유전자의 Exon34, 37, 39 영역에 대한 Haplotype 분석	177

5. FASN 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	180

6. FASN 유전자 중 선발된 우수 SNP 및 haplotype간의 개월별 분석	184

제 8절 SREBPs 유전자의 후보 SNPs의 규명	186

1. SREBPs 유전자의 후보 SNPs의 위치	187

2. SREBPs 유전자의 후보 SNPs의 유전정보	189

3. SREBPs 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정	191

4. SREBPs 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급	194

5. SREBPs 유전자 중 선발된 우수 SNP의 개월별 분석	196

제 6장 현장농가 실증 유전자 검정	197

제 1절 현장농가 실증 유전자 검정	198

1. 선발된 SNPs 중 최적의 우수 SNPs 선정	199

1.1. 선정된 우수 SNPs의 상호작용을 통한 최적의 SNPs 선정	199

1.2. 최상의 우수 SNPs의 선정	200

1.3. 최종 선정된 4개의 SNPs에 대한 등급선정	201

2. 현장농가 집단에 대한 선발된 우수 SNP 마커 실증 검정	203

제 7장 종합 고찰 및 정책제안	205

제 1절 종합 고찰	206

1. 한우 쇠고기의 우수성	207

2. 등급 및 출하월령이 한우 쇠고기에 미치는 영향	208

2.1. 등급과 불포화지방산과의 관계	208

2.2. 출하월령과 불포화지방산과의 관계	209

3. 지방산 및 등급에 영향을 미치는 주요 SNPs	210

3.1. SCD (Stearyl-CoA desaturease) 유전자	211

3.2. PPARγ (Peroxisome Proliferator-activated Receptor gamma) 유전자	212

3.3. LPL (Lipoprotein Lipase) 유전자	212

3.4. THRSP (Thyroid Hormone Responsive) 유전자	213

3.5. FABP4 (Fatty acid Binding Protein 4) 유전자	214

3.6. FASN (Fatty Acid Synthase) 유전자	215

3.7. SREBPs (Sterol Regulatory Element Binding Proteins) 유전자	216

4. 최종 선발된 4개 우수 SNPs의 조합을 통한 현장농가 집단의 실증 유전자 적용	217

제 2절 고품질 연관 유전자의 산업화 정책제안	219

1. 국가에서 추진하는 한우산업 정책	220

2. 한우산업을 위한 정책제안	221

참 고 문 헌	225

부 록	245

표 목 차

표 1. 외국에서 육우의 육질과 관련하여 상업적으로 판매되고 있는 DNA 마커.	12

표 2. 실험대상 축군.	18

표 3. 실험형질에 대한 측정기준.	24

표 4. 지방산 추출을 위한 gas chromatography의 기구와 온도조건.	28

표 5. 쇠고기 맛에 연관된 유전자의 종류와 기능.	58

표 6. 품종간의 지방산 분석표.	62

표 7. 쇠고기 등급별로 도체성적과 지방산 분석표.	64

표 8. 출하월령별 도체성적과 지방산 분석표.	66

표 9. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 16개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	71

표 10. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 15개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	73

표 11. SCD 유전자내 Intron 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	75

표 12. SCD 유전자내 3’UTR 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	78

표 13. SCD 유전자내 Exon5 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	81

표 14. SCD 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.	84

표 15. SCD 유전자내 Exon5 위치에 있는 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	86

표 16. 4개의 다형성 SNPs와 Haplotype의 올렌인산 및 등급분포표.	89

표 17. SCD 유전자형 선발된 우수 Haplotype간의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	91

표 18. 한우에서 나타난 PPARγ 유전자의 38개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	96

표 19. 한우에서 나타난 PPARγ 유전자의 36개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	99

표 20. PPARγ 유전자내에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	104

표 21. 다형성 SNPs의 올레인산 및 등급분포표.	105

표 22. PPARγ 유전자형 선발된 우수 SNPs의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	107

표 23. 한우에서 나타난 LPL 유전자의 49개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	111

표 24. 한우에서 나타난 LPL 유전자의 49개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	115

표 25. LPL 유전자내 Intron 및 3’UTR 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	121

표 26. LPL 유전자내 Exon2, 9 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	123

표 27. 다형성 SNPs의 올레인산 및 등급분포표.	124

표 28. LPL 유전자형 선발된 우수 SNPs의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	127

표 29. 한우에서 나타난 THRSP 유전자의 2개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	132

표 30. 한우 에서 나타난 THRSP 유전자의 2개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	133

표 31. THRSP 유전자내 Exon1 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	135

표 32. THRSP 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.	137

표 33. THRSP 유전자내 Exon1 위치에 있는 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	139

표 34. 2개의 다형성 SNPs와 Haplotype의 올렌인산 및 등급분포표.	140

표 35. THRSP 유전자형 선발된 우수 SNP와 Haplotype간의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	143

표 36. 한우에서 나타난 FABP4 유전자의 6개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	147

표 37. 한우 에서 나타난 FABP4 유전자의 6개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	148

표 38. FABP4 유전자 내의 Intron 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	150

표 39. FABP4 유전자 내의 Exon2, 4 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	152

표 40. FABP4 유전자 내의 Exon3 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	154

표 41. FABP4 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.	156

표 42. FABP4 유전자 내에 위치한 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	158

표 43. 3개의 다형성 SNPs와 Haplotype의 올렌인산 및 등급분포표.	159

표 44. FABP4 유전자에서 선발된 우수 SNPs의 각각의 유전자형의 고급육 (1+등급이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	161

표 45. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 11개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	165

표 46. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 11개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	166

표 47. FASN 유전자내 Exon23, 24 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	169

표 48. FASN 유전자내 Exon34, 37, 39 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	172

표 49. FASN 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.	174

표 50. FASN 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.	175

표 51. FASN 유전자 내 Exon23, 24 영역에 있는 2개의 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	177

표 52. FASN 유전자 내 Exon34, 37, 39 영역에 있는 3개의 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	179

표 53. 5개의 다형성 SNPs와 2개의 Haplotype block의 올렌인산 및 등급분포표.	180

표 54. FASN 유전자형 선발된 우수 SNP와 Haplotype간의 고급육(1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	184

표 55. 한우에서 나타난 SREBPs 유전자의 8개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.	189

표 56. 한우에서 나타난 SREBPs 유전자의 8개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.	190

표 57. SREBPs 유전자내에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.	192

표 58. 다형성 SNPs의 올레인산 및 등급분포표.	194

표 59. SREBPs 유전자형 선발된 우수 SNPs의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.	196

표 60. 각 유전자별 우수 SNPs의 올레인산 (C18:1) 및 등급별 상호작용.	200

표 61. 지방산 및 육질, 출하 월령에 따른 우수 SNPs 선정.	200

표 62. 상호연관성 4개의 우수 SNPs 집단의 능력과 예상 능력 범위.	202

표 63. 우수 SNP분석 등급에 따른 농가현장 성적과 정확도.	203

*표 64. 한우에서 SCD 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	246

*표 65. 한우에서 PPARγ 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	248

*표 66. 한우에서 LPL 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	260

*표 67. 한우에서 THRSP 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	270

*표 68. 한우에서 FABP4 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	271

*표 69. 한우에서 FASN 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	272

*표 70. 한우에서 SREBFPs 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.	274

그림 목차

그림 1. 한우산업의 앞으로 나아가야 할 방향.	10

그림 2. 맛 연관 유전자를 규명하기 위한 전체 실험 모식도.	20

그림 3. 한우 등심 조직 채취부위.	23

그림 4. 지방산 분석방법.	26

그림 5. 융점 측정방법.	27

그림 6. SNP 유전자형 분석방법.	31

그림 7. 쇠고기의 맛을 결정짓는 3가지 요소.	42

그림 8. NCBI database 에서 쇠고기 맛 관련 유전자 찾는 방법.	54

그림 9. 쇠고기 맛 관련 유전자내의 SNPs의 정보.	55

그림 10. 쇠고기 맛 관련 유전자 내의 각각의 SNP 상세 정보.	56

그림 11. 지방산 조성에 영향을 미치며 25~30개월에 특이적으로 발현하는 유전자 (Wang 등, 2008).	57

그림 12. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 16개 다형성 SNPs.	68

그림 13. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 2개 SNPs의 haplotype block.	83

그림 14. SCD 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	90

그림 15. 한우에서 나타난 PPARγ 유전자의 134개 다형성 SNPs.	95

그림 16. PPARγ 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	106

그림 17. 한우에서 나타난 LPL 유전자의 107개 다형성 SNPs.	109

그림 18. LPL 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	125

그림 19. 한우에서 나타난 THRSP 유전자의 8개 다형성 SNPs.	130

그림 20. 한우에서 나타난 THRSP 유전자의 2개 SNPs의 haplotype block.	136

그림 21. THRSP 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	141

그림 22. 한우에서 나타난 FABP4 유전자의 13개 다형성 SNPs.	145

그림 23. 한우에서 나타난 FABP4 유전자의 6개 SNPs의 haplotype block.	155

그림 24. FABP4 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	160

그림 25. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 19개 다형성 SNPs.	163

그림 26. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 5개 SNPs의 haplotype block.	173

그림 27. FASN 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	183

그림 28. 한우에서 나타난 SREBPs 유전자의 10개 다형성 SNPs.	188

그림 29. SREBPs 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	195

그림 30. 유전자 (SNPs)그룹별 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.	204

그림 31. 품종간 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량.	207

그림 32. 쇠고기 등급에 따른 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량.	208

그림 33. 쇠고기 출하월령에 따른 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량.	209

그림 34. Haplotype 분석 결과 그림.	210

그림 35. 최고의 SNPs 마커를 농가단위 비육우들에게 활용.	217

그림 36. 4개의 우수 SNPs조합을 활용한 육질 및 맛 우수 한우 조기 선발.	218

그림 37. 한우산업 경쟁력 향상 방안.	220

그림 38. 사육기간 단축으로 인한 생산비 절감.	221

그림 39. 현재의 육종가와 더불어 쇠고기 맛에 영향을 미치는 유전자 실증검정.	222

그림 40. 추진체계.	223

제 1장 서론

제 1절 연구배경 및 필요성

제 1절 연구배경 및 필요성

1. 연구배경

1.1. 산업적 배경

○ 한우는 전통적으로 우리 민족의 상징이며 고유한 동물 유전 자원으로 돼지, 닭과 같은 다른 축종에 비해 소득이 높은 축종으로써 우리나라 농촌경제의 기간산업으로 발전해왔다.

○ 한우의 역사를 살펴보면 예전에는 성질이 온순하고 다루기가 쉽고 오랜 시간 노동을 할 수 있는 지구력이 좋아 역용우로 많이 이용 되어져 왔다. 하지만 급속한 경제발전과 기계화 등의 영향으로 농촌에서 한우가 하던 일을 첨단기술이 접목된 농기계들로 대체 되면서 역용우로서 한우의 역할은 점차 쇠퇴되어졌다.

○ 육용우로 사용되어지기 시작한 한우는 국가적인 노력으로 첨단 유전자 기술 및 육종방법 등의 발전으로 지속적으로 체형 및 육질 등 모든 면에서 개량 되어져 오면서 국민들의 식용품으로서 인정을 받아오고 있다.

○ 근래에 이르러 WTO, 한미 FTA 협정과 앞으로 이어질 유럽연합, 일본, 호주, 중국과 FTA에 따른 쇠고기의 수입은 한우 사육농가의 위기의식과 더불어 큰 피해가 예상되고 있다. 또한 우리나라 소비자들이 국민 식생활 수준의 변화와 웰빙 열풍으로 육류 소비 경향이 양에서 질 위주로 전환되면서 우수한 육질의 고급육을 선호하는 추세로 전환되기 시작하였다.

○ 따라서 소비자의 기호와 입맛을 충족시킬 수 있는 차별화 된 우수 품질의 쇠고기 생산이 수입개방과 소비자 의식 변화에 부응하기 위한 대책이 시대적 요구로 대두되고 있다.

○ 한우 고급육이란 우리나라 사람들이 좋아하는 풍미와 맛을 갖춘 품질 좋은 고기라고 할 수 있는데, 이는 근내지방이 잘 침착 되도록 하여 한우 고유의 맛을 내며, 객관적으로는 현 도체등급 판정결과 육질 1등급 이상으로 평가되는 쇠고기를 말한다.

○ 최근 수입 쇠고기는 한우 쇠고기 보다 3배나 값싸게 들어오고 있어서, 국내산 쇠고기는 양적으로 증가해도 생산 단가가 높아 가격 면에서는 수입 쇠고기와 경쟁이 어려운 상태에 있다. 따라서 한우 쇠고기는 질적인 면에서 수입 쇠고기보다 월등하게 우수하지 않으면 한우의 장래는 밝지 않다고 본다.

○ 쇠고기 시장 개방에 따른 우리나라 한우 산업의 국제 경쟁력을 높이고 한우 사육기반을 보호하기 위해서는 한우의 육질 및 육량뿐만 아니라 맛있는 쇠고기의 개량으로 품질 고급화를 통한 한우 사육농가의 소득 증대 방안에 관한 대책이 강구되어야 할 것으로 판단된다.

1.2. 기술적 배경

○ 한우 쇠고기의 육질을 결정하는 근내지방도 (marbling)와 쇠고기 맛에 영향을 미치는 지방산 같은 양적형질은 유전적 개량에 있어 특히 후대검정 등으로 평균 세대간격이 길고 선발강도 및 선발의 정확도가 낮기 때문에 유전적 변화속도가 느리고 유전적 개량량도 크지 않다고 하는 개량 효율적인 측면에서 많은 제약 요인을 갖고 있다. 더구나, 육질 및 도체형질과 쇠고기 맛과 같이 표현형 측정이 어려운 형질의 경우 유전적 개량 효율은 더 크게 감소한다.

○ 종래의 전통적인 선발육종 방법이 안고 있는 여러 가지 문제점과 한계성을 극복하고 보완할 수 있는 첨단 기술을 이용한 새로운 한우 육종개량 기술 개발이 필요하다.

○ 이미 21세기 생명공학의 시대에 발 맞추어 선진국에서는 human genome project 뿐만 아니라 경제성이 높은 동물의 genome project도 추진되고 있다.

○ 인간과 동물의 유전체에는 약 300만개의 유전적 다형성 (polymorphism, single nucleotide polymorphism)이 존재하며, 이들 중 약 200만개가 유전체속의 유전자에 존재한다는 것으로 알려져 있다.

○ 사람뿐만 아니라 동물에서도 약 200만개의 SNP (single nucleotide polymorphism)가 밝혀지면서 품종의 특성, 개체의 특성을 규명할 수 있게 되었다 (NCBI, Build 128).

○ 이러한 SNP 발굴의 중요성과 유용성 때문에 1990년 중반부터 산업과 학계에서는 SNP 발굴을 위한 대규모의 노력을 진행하여 왔다. 그 대표적인 예로 DNA microchip 회사인 Affymatrix와 MIT가 공동으로 투자하여 SNP 발굴 사업을 시작한 이후 Abbot와 Genset이 60,000개의 SNP 발굴을 목표로 SNP 발굴 사업을 시작하였고, 1998년에는 Incyte사와 NHGRI사가 참여 하였다.

○ 1999년에는 일본정부가 2년 동안 150,000개의 SNP 발굴을 목표로 SNP 발굴 사업을 시작하였으며 비 영리 SNP 컨소시엄인 TSC가 300,000개의 SNP를 목표로 투자하고 있으며, 현재 상업적으로 닭, 돼지, 소에서 경제 형질을 비롯한 다양한 형질들에 관계된 마커들을 찾는 노력들이 시도되고 있다.

○ 특히 소에서는 모색, 육질, 유(乳) 생산량에 관계된 마커들이 이미 상업적으로 이용되고 있으며 현재에는 수많은 생명공학 벤처기업들이 genotyping을 제공하는 연구에 뛰어들어 앞으로 더 많은 성장이 예상된다.

○ 이러한 분자유전학적 기술의 눈부신 발달에 따라 동물 genome 연구에 괄목할 만한 진전이 이루어졌고 동물 유용유전자의 탐색, 개발 및 이용에 관한 연구에 상당한 성과가 축적되어 동물 유전정보의 분석 및 이용에 대한 기술은 동물산업의 핵심기술 분야로 간주되고 있다.

○ 분자 유전학적 기법을 이용하는 신 육종 기술로서 각종 경제형질과 연관된 DNA 마커를 선발표지로 이용하는 MAS (marker-assisted selection)의 선발법은 전통적인 선발 육종 체계의 한계성을 초월하여 획기적으로 가축의 유전능력을 증진시킬 수 있는 새로운 첨단 분자육종기술로서 가축의 육종개량에 새로운 장을 여는 계기가 되었다.

○ 이러한 시대적 흐름에 발 맞추어 우리나라 고유의 소 품종인 한우를 대상으로 DNA 마커를 이용하여 쇠고기 맛이 좋으며, 육질형질이 우수한 한우를 조기에 진단하고 선발할 수 있는 MAS 선발법 개발이 절실히 요구되고 있다.

2. 연구 필요성

2.1. 연구 필요성

○ 근래에 들어서 국민 식생활 수준의 변화가 웰빙 열풍으로 변함으로 육류 소비 경향이 양에서 질 위주로 전환되어 소비자가 맛있고 고품질 쇠고기를 선호하는 추세에 따라 고급육 생산을 위해서 육질뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 지방산 조성에 대한 필요성이 부각되기 시작하였다.

○ 특히, 식이지방의 지방산 성분은 인간의 건강에 미치는 영향 때문에 많은 관심을 얻고 있어 질 위주의 고품질 쇠고기의 맛에 대한 문제는 어느 때 보다 중요성이 높아지고 있으며 여러 학자들에 의해 지방대사조절을 위한 면역학적, 생화학적 방법의 연구가 진행되고 있다.

○ 일반적으로 쇠고기의 육질은 근내지방도, 육색, 지방색 및 조직감 등에 의해 결정되며 이러한 요인들은 관능적 특성의 기준이 되는 연도, 다즙성, 풍미 등과도 밀접하게 관련되는 것으로 보고되었다 (Lee 등, 1994; Monson 등, 2005; Robins 등, 2003; Vander Wal 등, 1997).

○ 한우 쇠고기에서도 Cho 등 (2008)은 소비자들이 한우 쇠고기를 평가할 때 연도, 다즙성 및 풍미가 쇠고기 맛에 가장 큰 영향을 미친다는 연구결과를 제시하였다.

○ 쇠고기의 독특한 풍미는 불포화지방산 함량이 영향을 미친다고 알려져 있는데 (Dryden 와 Marchello, 1970; Jeremiah, 1996; Melton 등, 1982; Studivant 와 Lunt 등, 1992)한우가 다른 품종과는 달리 불포화지방산, 특히 올레인산 (C18:1)함량이 많은 것으로 알려져 있고 (Chung 등, 2007; May 등, 1993; Oka 등, 2002), 단일불포화지방산 (mono-unsaturated fatty acid)의 80% 이상을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)이 쇠고기의 풍미를 좌우하는 요소라는 사실도 입증되었다 (Dryden 와 Marchello, 1970; Tsuji, 2008; Yoshimura 와 Namikawa, 1983).

○ 일본의 흑모화우 (Japanese Black cattle)의 경우 육우, 일본의 갈모화우 (Japanese Brown cattle)나 샤롤레 (Charolais)보다 높은 비율의 단일불포화지방산 (mono-unsaturated fatty acid)을 가진다는 것이 밝혀졌고 (Zembayashi 등, 1995), 일반적으로 일본의 흑모화우의 쇠고기는 현저하게 높은 근내지방도 (marbling score, MS)때문에 고품질 쇠고기를 생산한다고 보고되었다 (Ibi 등, 2005).

○ 고기의 다즙성도 불포화 지방산의 비율이 많을수록 좋아지고 올레인산 (C18:1)을 높은 비율로 함유하고 있는 고기가 좋은 평가를 받을 수 있으며 인간에 있어 올레인산 (C18:1)의 섭취는 혈중 유해 콜레스테롤로써 알려진 저 밀도 단백 콜레스테롤의 함량을 떨어뜨린다는 Waldman 등 (1965)결과에서 쇠고기 맛과 연관되는 요인들이 불포화지방산에 좌우되고 있다는 사실을 알 수가 있다.

○ 최근에 이르러 쇠고기 맛에 영향을 미치는 지방산 및 등급의 중요성이 점차 부각됨에 따라 이러한 요소들과 SNP와의 관계의 연구가 진행 되어가고 있다. 특히 불포화지방산을 단일불포화지방산으로 바꾸어주는 SCD유전자 내의 exon5영역에 있는 SNP와 지방산 및 등급과 깊은 관련이 있다는 보고 (Hoashi 등, 2008; Mannen 등, 2011; Oh 등, 2011)와 지방산 합성에 주요역할을 하는 FASN유전자 및 FABP4유전자내에서도 지방산 및 등급이 SNP와 깊은 연관이 있다는 보고 (Oh 등, 2012)가 이루어지고 있다.

○ 또한 하나의 SNP를 사용하여 지방산 및 경제형질과 같이 복합적인 유전자가 작용하는 형질을 설명하기에 한계가 있다고 보고 되어지고 있고, 일반적으로 전형적인 연관분석은 정확한 분석을 위해 수 많은 가계집단과 DNA 마커를 사용하여 통계적으로 유의적인 차이를 나타내는 유전변이를 확인하여야 한다.

○ 게다가 몇 개의 원인 변이가 서로 연관되어 발현되는 유전자에서도 유전자의 기능을 설명하기에는 제한적이기 때문에 연관불평형과 haplotype block 작성은 이전 연구분석의 단점을 보완해주고 여러개의 유전자가 작용하는 양적형질의 메커니즘을 밝히는데 중요한 방법임을 주장하였다 (Hirschhorn 등, 2005).

○ Haplotype block과 경제형질과의 연관분석은 여러 연구에서 보고되어지고 있으며 국내에서 Cheong 등 (2006, 2008)은 한우집단에서 GHRH (growth hormone-releasing hormone)와 CAPN I (micro-calpain) 유전자의 SNPs와 haplotype으로 도체중, 등심단면적과 근내지방도에서 유의적인 차이를 확인하였고, Cho 등(2008)도 FABP4 (adipocyte fatty-acid binding protein 4) 유전자에서 연관불평형과 haplotype을 분석하여 한우의 등지방두께 연관 SNPs를 보고하였다.

○ 국외에서도 Barendse 등 (2008)은 브라만 (Brahman)과 벨몬트 레드 (Belmont Red) 및 샌터거트루디스 (Santa Gertrudis) 품종에서 calpain3 유전자의 SNPs와 haplotype이 고기 연도와 관련이 있다고 보고하였다. Hayes 등 (2007)과 Grapes 등 (2004)은 haplotype내의 마커수에 따라 MAS의 정확도는 높아진다고 보고하였다.

2.2. 연구 목적

○ 쇠고기 맛과 관련된 불포화지방산에 연관된 유전자에서 관련된 분자유전학적 연구와 더불어 쇠고기 맛에 연관된 후보유전자를 규명하기 위해

○ 최근에 많이 이용되고 있는 한우의 특이적 SNP에 대하여 맛에 연관되는 지방산 조성 및 근내지방도 성적과 같이 복합적인 유전자가 작용하는 형질을 설명하기 위해 haplotype 분석을 통하여 SNP 마커의 효율성과 불포화지방산 및 근내지방도와의 상관관계를 규명 하고자 한다.

○ 이러한 유전자를 활용하여 수입 쇠고기와 차별화 되는 고품질 쇠고기 생산 유전자 발굴과 비육우 조기출하로 생산비를 절감하는 생산체계를 구축하고자 한다.

그림 1. 한우산업의 앞으로 나아가야 할 방향.

제 2절 국내외 연구동향

제 2절 국내외 연구동향

1. 국외 연구동향

○ 이미 선진국의 경우 육우산업에서 현재 상업적으로 이용 가능한 DNA 분자표지로서 근내지방도 (marbling)와 연관된 Thyroglobulin 유전자 마커로서 GeneSTAR (Genetic Solutions 사), 마블링 및 식욕증진과 관련된 Leptin 유전자 마커로서 IgenityTM-L (Merial 사), 쇠고기 맛과 관련성이 입증된 Calpain과 Calpastatin 유전자 마커로서 Tender GENE TM (Frontier Beef Systems 사) 또는 GeneSTAR Tenderness (Genetic Solutions 사)등 종축산업에 관련된 생명공학 기업들이 중심이 되어 DNA검사를 위한 유전자 상품으로 개발하여 상업적으로 시판하고 있다.

표 1. 외국에서 육우의 육질과 관련하여 상업적으로 판매되고 있는 DNA 마커.

회사명		상품명		유전자명	관련형질
		GeneStar Marbling GeneStar Marbling 3 GeneStar Marbling 4		Thyroglobulin	근내지방도 향상
		GeneStar Tenderness 2 GeneStar Tenderness 4		Calpastatin, μ-calpain	육질연도 증가
		TenderGENE		μ-calpain	육질연도 증가
		IGENITY L		Leptin	근내지방도 향상
		MMIG Mu-Calpain Tender		μ-calpain	육질연도 증가
연구수행 기관	연구개발의 내용		연구개발성과의 활용현황
미농무성	▪Leptin, Calpain과 Calpastatin 유전자 발굴 ▪육우에서 육질 및 도체형질에 영향을 미치는 QTL mapping 및 candidate gene 탐색		▪TenderGENE TM (Frontier Beef Systems 사) ▪IgenityTM-L (Merial 사) ; 마블링 및 식욕증진과 관련된 leptin 유전자 SNP 마커 ▪다수의 육질 관련 QTL 및 marker gene 발굴
호주 (CSRIO)	▪소의 전체 게놈 염색체에서 경제형질 관련 QTL 지역의 후보유전자를 탐색		▪GeneSTAR Tenderness (Genetic Solutions 사) ; 쇠고기 연도와 관련성이 입증된 Calpain과 Calpastatin 유전자 SNP 마커 ▪GeneSTAR (Genetic Solutions 사) ; 근내지방도과 연관된 thyroglobulin 유전자 SNP 마커
일본 축산기술연구소 Kobe 대학	▪염색체 1, 2, 18, 24번의 QTL 영역 탐색 ▪지방산 조성에 미치는 유용 유전자 효과 분석		▪성장지체유전자 (화우 염색체 1번) ▪육질.육량 연관 유전자 (화우 염색체 2,18,24번) ▪근육내 불포화지방산 함량과 관련된 SCD 후보유전자의 SNP 마커 발굴
EU 공동연구(영국, 덴마크, 스페인, 프랑스, 이태리)	▪육질개량을 위한 육량 및 육질 후보유전자의 SNP 마커 발굴 및 유전효과 분석 ▪육량 및 육질 관련 QTL 영역의 SNP 마커 검출 및 유전효과 분석		▪육우의 근육발달, 도체조성 및 육질 등에 관련된 약 500개의 후보유전자 발굴 ▪육우 육질형질 관련 약 209개의 후보유전자에서 총 710 SNP 발굴
USA, Illinosis 대학	▪육우의 육량 및 육질 형질에 영향을 미치는 QTL 및 DNA 마커 개발 연구		▪육우의 육질 및 도체형질 QTL mapping 및 육질형질 관련 후보유전자 발굴 ▪연구성과 논문발표
캐나다, Guelph 대학 및 Alberta 대학	▪육우 도체 및 육질 관련 후보유전자 탐색 및 관련성 분석 연구		▪육우의 myf5, igf1, leptin, leptin promoter 등 후보유전자에서 육질 관련 SNP 마커 개발 ▪연구성과 논문발표

○ 일본 (축산기술연구소)

유전자 Marker

- 일본 축산기술연구소에서는 Kobe 대학과 공동으로 2005년부터 쇠고기 품질의 맛에 중점을 둔 근육 내 불포화지방산 함량과 관련된 SCD 후보유전자의 SNP 마커 발굴의 활용에 최대의 관심을 쏟고 있다. 유럽 연합과 캐나다에서도 육우 도체 및 육질 관련 후보유전자 탐색 및 관련성 산업적 활용의 노력이 경쟁적으로 이뤄지고 있다.

- 특히 일본의 경우 개체관리가 가능하고 육질의 차별화를 위해 화우 등록 협회에서는 혈통자료와 유전능력자료를 동시에 표기하여 농장별 개체 자료를 관리하여 농가 및 현 단위 검정자료의 육종가 평가 및 선발지수를 등급화하여 각 형질별 육종가 평가 결과를 연도별로 비교 분석하여 개량추세의 예측체계를 구축하여 농가단위의 개량을 실용화시키고 있다.

2. 국내 연구동향

○ 그 동안 국내의 경우 한우의 경제형질과 연관된 DNA 마커는 연구 되어지고, 보고 된 바 있으나 쇠고기 맛에 관련한 DNA 마커를 산업에 적용한 연구는 전혀 이루어지지 않는 실정이다. 한우를 대상으로 한 경제형질 연관 DNA 마커의 경우에는 2000년 들어 한우 경제형질 (육량 및 육질) 관련 QTL mapping 및 microsatellite 마커분석 연구에서 한우 일당증체량 및 근내지방도 관련 DNA 마커 개발 (여정수, 2000)을 시작으로 한우 주요 경제형질 관련 DNA 마커 특허등록 및 실용화 가능성을 제시한 후 QTL영역에서 더욱 세밀한 연구가 이뤄져 한우 경제형질 관련 유전체 정밀 분석 및 SNP를 이용한 DNA 마커 개발이 영남대 (여정수 등, 2001, 2003), 상지대 (정의용 등, 2005), 한국생명공학연구소 (박홍석 등, 2006), 축산과학원 (윤두학 등, 2007) 등에서 부분적으로 이뤄져 현재는 기계적 SNP 유전자형의 분석으로 경제형질 연관 SNP가 발굴되고 있다.

○ 하지만 맛에 연관되는 마커로서의 국내의 연구는 전혀 이루어지고 있지 않은 실정이며 경제형질에 관하여 연구가 이루어진 만큼 한우 쇠고기 맛에 연관되는 DNA 마커의 연구도 시급한 문제이다. 국외에서 지금까지 밝혀진 다양한 연구결과들에 토대로 쇠고기 맛에 연관되는 DNA 마커의 연구의 대한 산업적 가치창출은 생산자 단체의 협력과 농가 현장검증 및 적용 실험으로 연계될 때 비로써 우리나라의 고유한 유전자원인 한우의 경쟁력을 최대화할 수 있을 것이다.

○ 특히 최근 유전자의 발현 및 표현형의 변화는 exon영역의 아미노산의 변이가 있는 non-synonymous SNP가 매우 중요하다는 사실이 사람을 비롯한 실험동물의 연구에서 증가하고 있는 점으로 미루어 보아, 한우 쇠고기 맛을 향상시키려는 연구는, 맛에 연관되는 유전자의 발굴과 exon영역의 non-synonymous SNP 연구가 매우 중요할 것으로 사료된다.

제 2장 연구 과제의 범위 및 방법

제 1절 연구과제의 범위 및 수행방법

제 1절 연구과제의 범위 및 수행방법

1. 연구과제의 범위

1.1. 연구기간

○ 2010. 05. 20 – 2012. 05. 19 (2년간)

1.2. 연구과제의 내용

가. 품종별, 출하월령별, 그리고 육질등급별 맛 관련 요소의 차별성

(1) 품종별 맛 관련 요소의 차별성

○ 국내산 쇠고기

- 한우 (거세, 비거세, 암소)와 국내산 육우

○ 수입산 쇠고기

- 미국산 및 호주산

표 2. 실험대상 축군.

종 류		실험두수	샘플 채취
한우	거세우	513	출하월령, 등급 등의 기록과
			생산이력이 확인된 개체
	비거세우	30	18~29개월 개체
	암 소	30	27~118개월 개체
국내산	육 우	30	18~25개월 개체
수입산	미국산	15	수입육 직판장
	호주산	15	수입육 직판장
한우	거세우	99	현장농가 실증검정
합 계	6 종	732

(2) 출하월령별 맛 연관 요소의 차별성 규명

○ 생산이력과 가계가 분명한 한우의 출하월령 별 맛 관련 요인 분석

- 출생일과 가계의 구성이 확실한 한우개체

- 도축성적이 확실한 한우개체를 대상

(3) 육질등급별 맛 연관 요소의 차별성 규명

○ 한우의 육질등급 별 맛 관련 요인 분석

- 근내지방도에 따른 1-9등급 육질의 분류

나. 맛 관련 유전자 분석

(1) 한우 쇠고기 맛 조절 지방산과 연관된 유전자 탐색

○ 지금까지 쇠고기 맛과 연관된 유전자인 SCD외에 연관 가능성을 가진

- SREBP, PPARγ, FABP4, FASN, LPL, THRSP 등 유전자의

SNP 규명과 primer design

- 한우에서 다형성 (polymophism)을 나타내는 SNP의 1차 선택

○ 맛 연관 유전자별 분포

- 다형성 (polymophism)을 나타내는 SNP를 대상으로 지방산함량이

높은 (High)그룹과 낮은 (Low)그룹간의 차별화 분포를 보이는

SNP의 2차 선택

○ 맛 연관 요소와 관계되는 유전자의 한우집단의 분포

- 2차로 선택된 SNP의 전체실험 한우개체에 적용

○ 한우 쇠고기의 맛과 연관된 유전자 선정

- 통계분석을 통한 맛 연관 유전자 선정 (최종 선택)

(2) 쇠고기 맛 관련 유전자 규명

○ 육질등급별/ 맛 관련 요소/ 맛 관련 유전자의 빈도 분석

- 근내지방도에 따른 1-9등급 육질판정 개체들의

최종선택 된 유전자 검정

○ 비육기간별/ 맛 관련 요소/ 맛 관련 유전자의 빈도 분석

- 출하월령별 개체들의 최종선택 된 유전자 검정

< 27개월~28개월, 29~30, 31~32, 그리고 33개월 이상 >

(3) 최종 선택 되어진 우수 SNPs의 실증농가 집단 적용

○ 최종 선발된 우수 SNPs들을 대상으로

- 현장농가를 대상으로 실증 유전자 검정

그림 2. 맛 연관 유전자를 규명하기 위한 전체 실험 모식도.

2. 연구과제의 수행방법

○ 고기의 맛에 관여하는 중요한 요소로 불포화 지방산이 관여한다는 사실이 많은 연구에서 이미 밝혀졌고, 단일불포화지방산 (mono-unsaturated fatty acid)의 80% 이상을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)이 쇠고기의 풍미를 좌우하는 요소라는 사실도 입증되었다. 고기의 다즙성도 불포화 지방산의 비율이 많을 수록 좋아지고 올레인산 (C18:1)을 높은 비율로 함유하고 있는 고기가 좋은 평가를 받을 수 있다는 Waldman 등 (1965)결과에서 쇠고기 맛과 연관되는 요인들이 불포화지방산에 좌우되고 있다는 사실을 알 수가 있다.한우산업의 정책적 과제인 비육기간단축으로 인한 쇠고기생산비 절감으로 야기되는 쇠고기의 맛과 연관된 유전자를 발굴하여 조기비육으로 인한 문제를 해결하는 한우 쇠고기 맛 개량 유전자를 개발하고자 한다.

☞ 30~31개월 이상의 장기비육은 한우 쇠고기의 특성인 맛의 차별성을 가지는 이유이지만 농후사료, 인건비 등 관리비로 생산비용의 증대로 수입쇠고기와 가격 차별화를 극복할 수가 없다. 따라서 장기비육과 같은 쇠고기 맛을 가진 27~28개월 이내의 조기비육 출하로 비육기간 단축은;

- 생산비 절감에 의한 생산농가의 소득증대

- 소비자들에게 값싼 한우쇠고기 공급

- 수입쇠고기와 가격경쟁력을 높일 수 있는 과제이다

☞ 따라서 쇠고기의 맛과 연관된 유전자의 발굴로서 조기비육의 문제점을 해결함으로써;

- 출하월령 별, 육질등급과 맛의 차별성을 규명하고

- 한우의 맛과 연관된 유전자 발굴하여

- 비육기간 단축에 따른 맛 차별의 극복하고자 한다

제 2절 재료 및 방법

제 2절 재료 및 방법

1. 실 험 재 료

1.1. 실 험 동 물

○ 한우

- 실험동물은 경북 지역의 14곳의 시·군 단위에서 사육 되어진 거세우로, ㈜참품한우 사양관리 지침에 따라 26~33개월에서 출하하는612두의 genomic DNA sample과 능력자료 및 각 개체에 대한 지방산 조성을 사용하였다.

- 본 실험에서 사용 되어진 한우의 등심조직은 흉추 제 13, 요추 제 1마디 38번 최장근 부분에서 절개하여 채취하였으며, 각 조직은 근외지방을 제거한 뒤 - 80℃에서 보관하였다.

그림 3. 한우 등심 조직 채취부위.

○ 한우 비거세우, 암소 및 육우

- 일반농가의 한우 비거세우 30두 및 한우 암소 30두와 육우 30두에 대한 각각의 개체에서 등심부위의 1cm 두께가 되도록 절개하여 등심샘플을 채취하였다.

○ 호주산 및 미국산

- 수입육 직판장에 방문하여 각각의 개체가 중복이 되지 않도록 미국산 15두 및 호주산 15두에 대하여 송선번호를 확인 하고 난 뒤 등심부위의 1cm 두께가 되도록 절개하여 채취하였다. 단 샘플은 미국 육류등급 판정 기준에 따른 근내지방도 판정을 위한 절개 부위인 제 12번과 제 13번 흉추 사이의 등심을 채취하였다.

1.2. 실험 대상 형질

○ 본 연구에서는 한우의 경제형질 및 지방산 조성과 후보 SNPs들 간의 상관관계 분석을 위해서 각 개체들의 도체형질인 근내지방도 (marbling score)와 등지방 두께 (backfat thickness), 도체중량 (carcass weight)의 형질을 대상으로 분석하였다.

표 3. 실험형질에 대한 측정기준.

형 질	측 정 기 준
도 체 중	도축장에서 측정하여 제출한 중량
등지방두께	등급판정부위에서 배최장근단면의 오른쪽면을 따라 복부쪽으로 2/3 들어간 지점의 등지방을 mm단위로 측정 (등지방두께가 1mm이하인 경우에는 1mm로 판정)
근내지방도	배최장근단면에 나타난 지방분포정도

[출처 : 농림부고시 제2009-344호]

○ 표 3에서 볼 수 있듯이 근내지방도는 등급판정부위에서 배최장근단면에 나타난 지방 분포정도를 근내지방도 기준과 비교하여 판정하였고, 등지방두께는 배최장근단면의 오른쪽면을 따라 복부쪽으로 2/3들어간 지점의 등지방을 mm단위로 측정하였다.

○ 지방산 조성은 이중결합이 형성되지 않으며 포화지방산의 종류인 미리스트산 (C14:0), 팔미트산 (C16:0) 및 스테아르산 (C18:0)을 대상으로 측정하였으며 이중결합이 한 개 형성되는 단일불포화지방산 (mono-unsaturated fatty acid)의 종류인 미리스틀레인산 (C14:1), 팔미토레익산 (C16:1) 및 올레인산 (C18:1)과 오메가-3 및 오메가-6 지방산을 대상으로 측정하였다.

2. 실 험 방 법

2.1. 지방산 분석

○ 한우 및 다른 모든 품종의 732두로부터 등심 조직 약 450g을 채취하여 각각 잘게 분쇄한 뒤 2~3g씩 사용하여 Folch법 (Folch 등, 1957)으로 chloroform : methanol (2:1)을 5ml 넣고, homogenizer (Polytron PT-MR-2100, Switzerland)를 이용하여 11,000rpm에서 2~3분 동안 분쇄하여 추출한 후 water bath(40℃)에서 filter paper를 이용하여 여과하였다.

○ 여과액을 증류수와 혼합한 후 메탄올과 물층을 제거하고 클로로포름과 지질 층을 질소가스를 이용하여 제거한 후 BF3-meathanol (14%)를 처리하여 65℃에서 transmethylation시켜 분석하였다. 총 지방산조성 분석은 gas-chromatography (Perkin-Elmer CO, USA)를 이용하였다.

그림 4. 지방산 분석방법.

2.2. 융점분석

○ 분쇄한 한우, 비거세우, 암소, 육우, 호주산 및 미국산 등심 조직의 10~20g 을 취하여 chopping 후, 삼각플라스크, filter paper 및 깔대기를 이용하여, 105℃ dry-oven (존샘(주), korea)에 4시간 넣어 지방을 추출하였다.

○ 추출된 지방을 융점 측정용 capillary tube (Tubes, capillary, 100mm, open)에 1cm 씩 담고, 냉동실 (-20℃)에 24시간 넣어두었다. Hot stirrer에서 2분에 1℃씩 온도가 상승하게 하면서 지방의 융점을 측정하였다.

그림 5. 융점 측정방법.

표 4. 지방산 추출을 위한 gas chromatography의 기구와 온도조건.

Instrument		PerkinElmer gas chromatography
Integrator		PerkinElmer gas chromatography
		Clarus 500
Detector		Flame ionization detector
Column		Fused silica capillary column
		(30m x 0.32mm x 0.25㎕ film thickness
Injection Temperature		250℃
Detector Temperature		270℃
Oven Temperature		250℃
Carrier gas and flow-rate		N2 gas(50ml/min)
Other gas		Air(40ml/min)
		H2 gas(400ml/min)
Rate of split		100:1

2.3. Genomic DNA 추출

○ Genomic DNA 추출은 한우 조직의 약 12mg을 1.5ml tube에 넣고 Cell Lysis Solution (AL buffer) 300㎕를 첨가한 뒤, 단백질을 제거하기 위해 단백질 분해효소인 Proteinase K (10㎎/㎖, Promega Co, USA)를 total volume의 1/100배인 150㎕를 넣어 37℃에서 12시간 동안 배양시켰다.

○ 배양후 단백질 침전을 위해 동일 량의 TE (Tri-EDTA) : phenol (1:1)을 넣고 2시간 동안 20분 간격으로 천천히 흔들어 3,000rpm에서 10분간 원심 분리하여 DNA 수용액 층을 채취하고 다시 동일 량의 Phenol : Chloroform : Iso-amylalchol (25:24:1)을 넣고 3,000rpm에서 10분간 원심분리한 후, 재차 DNA 수용액 층을 채취하였다.

○ Ethyl ether 2 volume을 넣어 백색의 DNA 수용액 층이 투명해질 때까지 흔든 후 3,000rpm에서 5분간 원심분리하고 ethyl ether를 휘발시켜 제거하였다. 3M sodium acetate (pH5.2)를 total volume의 1/10배를 첨가하고, 100% ethanol을 넣어 DNA를 응축시키고 70% ethanol을 20㎖정도 넣고 DNA를 세정하였다.

○ 완전히 ethanol을 제거한 후, TE (10mM Tris-HCl pH8.0, 1mM EDTA)를 약 1 ~ 2㎖정도 넣어 DNA를 용해시켜 4℃에 보관하였다.

2.4. DNA 정량분석

○ DNA를 완전히 용해시키고 정량분석을 위해 3차 증류수 950㎕ 에 50㎕의 DNA를 첨가하여 20배 희석한 후 spectrophotometer (SHIMADZU, Japan)를 이용하여 260nm와 280nm 흡광도에서 측정하여 OD260 / OD280의 비가 1.8 ~ 2.0정도인 DNA를 사용하였다.

2.5. SNP genotype

○ 본 연구에서 SNP genotyping은 SBE (single-based extension, Vreeland 등, 2002) 방식을 이용하는 ABI PRISM SNaPshotTM Multiplex Kit(Applied Biosystems, Foster City, CA)를 사용하였다.

○ Primer 제작 및 PCR 증폭

- 먼저 후보 SNP 발굴을 위해 NCBI database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)를 활용하였으며 SNP에 사용된 primer는 primer3 software (http://frodo.wi.mit.edu/cgi- bin/primer3/primer3_www.cgi)를 이용하여 합성하였다. 추출한 DNA를 이용하여 PCR을 실시하였으며, 그 조건은 다음과 같다.

- 20ng genomic DNA, 0.25U Taq polymerase (Solgent Co., Ltd, South Korea), 1x buffer, 0.2mM dNTP, 5pmol primer (forward/reverse)를 첨가하여 전체 15㎕가 되도록 하고 혼합한 후 94℃ 5분에서 1 cycle, 94℃에서 30초, 합성온도에서 30초, 72℃에서 1분의 조건으로 35 cycle, 72℃ 3분에서 1cycle을 반응시켰다. 생성된 PCR product에서 1㎕를 전기영동하여 생성물을 확인하였다.

○ PCR product 정제

- PCR product에 5U SAP (shrimp alkaline phosphatase)와 2U Exo I (exonuclease I, E. coli)을 첨가하여 잘 혼합한 다음, 37℃ 에서 1시간 동안 반응시켰다. 반응이 끝난 다음 75℃에서 15분간 불활성 시켰다.

○ SBE (Single-based extension) 반응

- SBE 반응을 위해 ABI PRISM SNaPshotTM Multiplex Kit (Applied Biosystems, Foster City, CA)를 사용하였고, 그 조건은 다음과 같다. 정제된 PCR product 1㎕, SNaPShot multiplex ready reaction mix 1㎕, 5pmol SNaPShot primer 1㎕를 넣어 전체 10㎕가 되게 하고 잘 혼합하여 96℃에서 10초, 50℃에서 5초, 60℃에서 30초의 조건으로 25 cycle을 반응시켰다. 반응된 PCR product에 1U SAP를 첨가해준 다음 37℃에서 1시간 동안 배양하였고 75℃에서 15분 동안 불활성화 시켰다.

2.6. SNPs genotyping

○ 최종적으로 준비된 PCR product 1㎕를 GeneScan-120 LIZ size standard (Applied Biosystems, Foster City, CA) 0.25㎕와 Hi-Di formamide 9.5㎕ (Applied Biosystems, Foster City, CA)를 첨가하여 잘 섞어준 다음 95℃에서 5분간 변성시킨 후 ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer에 전기영동을 하였다. 전기영동이 끝난 PCR product는 GeneMapper v4.0 software (Applied Biosystems, Foster City, CA)에 데이터를 입력하여 자동분석을 실시하였다.

그림 6. SNP 유전자형 분석방법.

제 3절 통계분석 방법

제 3절 통계분석 방법

1. 통계분석

1.1. 이형접합체율 (Heterozygosity)

○ 이형접합체율은 특정 마커에 대하여 무작위로 개체를 선발하였을 때 그 마커에 대한 이형접합 개체의 비율을 나타내며 그 값은 0~1사이의 값을 나타낸다.

○ 이형접합체율값이 클수록 마커의 다형성이 크며 마커의 유용성이 높다. 이형접합체율값은 다음 같이 정의된다.

H = 이형접합체율

Pi = i번째 대립 유전자로부터의 측정된 빈도값

○ 단, 유전자 내에서 대립 유전자의 하디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg equilibrium)을 유지해야 하며 이형접합체율은 모집단에서 대립유전자가 동일한 도수비율을 유지할 때 최대값을 가진다.

1.2. Minor 대립유전자 빈도

○ 이형접합체율과 Minor 대립유전자 빈도는 집단에서 SNP에 대한 효율성이 있는지를 알아보기 위해 Haploview v4.2 (Barrett 등, 2005) 프로그램을 사용하였다. Minor 대립유전자 빈도란 집단에서 SNP 대립유전자 중 낮은 빈도를 나타내는 대립유전자를 말한다. 또한 이형접합체율은 SNP의 예측 이형접합체율값으로서 모델은 다음과 같다.

PredHET = 2 × MAF × (1-MAF)

여기에서 MAF는 minor 대립유전자의 빈도이다.

1.3. 하디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg equilibrium)과 연관불평형 (Linkage disequilibrium)분석

○ 본 연구에서 Haploviewer v4.2 (Barrett 등, 2005)를 이용하여 하디-와인버그 법칙과 연관불평형을 분석하였다. 하디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg equilibrium)이란 외적인 요인이 작용하지 않는다면, 유전자와 유전자형 빈도가 모두 변하지 않고 평형을 이루게 된다는 것으로 이것을 만족하는 집단은 대립 유전형질의 독립성이 성립하게 된다.

○ 따라서 유전자좌 내에서의 독립성 검정은 χ2통계량을 이용한 적합도 검정으로 각 유전자형 범주에 대한 실제 관측빈도와 기대빈도를 이용하였다.

여기서, n은 관측수, O는 관측빈도, E는 기대빈도이다.

○ 연관불평형은 각 SNP pair간에서 Lewontine’s D (ⅠD’Ⅰ) (Hedrick 등, 1987)값과 두 SNP간에 통계적인 상관성이 얼마나 있는가를 나타내는 척도인 r2 (상관계수)을 측정하여 분석하였다.

여기에서	pi	=	A 좌위에 나타난 i번째 대립유전자빈도,

Pj	=	A 좌위에 나타난 j번째 대립유전자빈도,

qi	=	B 좌위에 나타난 i번째 대립유전자빈도,

qi	=	B 좌위에 나타난 i번째 대립유전자빈도.

1.4. Haplotype 작성과 htSNP 규명

○ Haplotype block 규명은 Haploviewer v4.2 프로그램으로 쇠고기 맛에 영향을 미치는 모든 유전자에서 불포화지방산 함량 (지방산의 높은 그룹 & 지방산의 낮은 그룹)의 차이가 많이 나는 영역을 선별하였다.

○ 기존 Gabriel 등 (2002)이 정의한 방식을 살펴보면 pairwise SNP에 대한 D’값을 근거로 하여 사용하였고 분석에 사용 되어진 개체는 혈연관계가 없어야 한다.

○ 여기에서 추정된 연관불평형값은 Haploviewer v4.2 프로그램에 있는 방식으로 Qin 등 (2002)에 의해 보고 되어진 algorithm을 사용하여 부모의 유전정보 없이 결정된 haplotype 빈도 추정치를 구하였다.

○ Gabriel 등 (2002)의 보고에 따르면 95% 신뢰구간에서 D’값의 상한치 (upper)가 0.98이상이고 하한치 (low)가 0.7이상이 되면 강한 연관불평형 (strong linkage disequilibrium)이 된다. 따라서 haplotype block은 pairwise SNP간에 신뢰구간이 95%이상이 되는 지역을 선정한다.

○ 본 연구에서는 기존의 Gabriel 등 (2002)이 정의한 방식뿐만 아니라 흔히 four-gamete rule이라고 불려지는 것을 같이 사용하였다. Four-gamete rule 방식이란 단일 마커분석의 5% 수준의 genome-wide에 도달한 각각의 SNPs와 LD의 계수 (r²) 사이에 LD값 평가하기 위해 계산하는 방식이다 (Wang 등, 2002).

○ Four-gamete rule로 접근한다면, 2개의 마커 haplotype는 4개의 gamete로 가능하게 되는 집단의 빈도로 계산된다. 만약 모든 4개 gamete가 적어도 0.01의 빈도에서 관찰된다면, 재조합이 발생되는 것으로 여겨진다.

○ 각 개체에 대한 haplotype의 작성과 빈도는 혈통정보 없이 Scheet 등 (2006)이 개발한 algorithm을 사용하여 계산하였다. htSNP 선정은 Haploviewer v4.2 프로그램에서 Tagger 프로그램의 pairwise tagging 방법 (de Bakker 등, 2005)을 이용하였고, Gabriel 등 (2002)이 정의한 방식뿐만 아니라 four-gamete rule의 방식에 따른 마커를 선발하였다.

1.5. 단일 유전자의 연관분석 (Association analysis)

○ 각 SNPs의 연관분석은 ㈜참품한우에 소속되어 있는 일반농가 집단513두의 도체중, 등지방두께, 근내지방도 및 지방산 조성의 측정기록으로 SPSS v19.0 (SPSS Inc., Chicago, IL)을 사용하여 다음과 같은 통계모형으로 공 분산 분석과 유의성 검정을 실시하였다.

Yijkl = μ + Pi + GSj + SNPk +βagel + eijkl

Where,  Yijl	=  도체형질 및 지방산 함량의 표현형,

μ	=  각각의 형질에 대한 전체적인 평균,

Pi	=  분만 장소의 고정 효과,

GSj	=  씨 숫소에 대한 임위 효과,

SNPk	=  마커 유전자형의 고정 효과,

Βagel	=  도축일령에 대한 공변량,

eijkl	=  임위 오차.

1.6. Haplotype 유전자의 연관분석 (Association analysis)

○ Haplotype와의 연관분석에서는 각 개체의 haplotype 조합들이 임의적으로 다음세대에 전달이 되기 때문에 haplotype을 임의효과로 주고 SPSS v19.0 (SPSS Inc., Chicago, IL)을 사용하여 다음과 같은 통계모형으로 공 분산 분석과 유의성 검정을 실시하였다.

Yijk = μ + Pi + GSj + Mk +βagel + eijkl

Where,   Yijl	=  도체형질 및 지방산 함량의 표현형,

μ	=  각각의 형질에 대한 전체적인 평균,

Pi	=  분만 장소의 고정 효과,

GSj	=  씨 숫소에 대한 임위 효과,

Mk	=  Haplotype 유전자형의 고정 효과,

Βagel	=  도축일령에 대한 공변량,

eijkl	=  임위 오차.

1.7. 실증농가 집단에 적용하기 위한 우수 SNP마커 선정 및 조합

○ 맛과 육질등급에 연관되는 각각의 SNPs 및 같은 염색체 안에 존재하는 SNPs들간의 Haplotype 분석을 통해 현장 농가 집단에 실증 유전자 검사를 하기 위하여 우수한 SNPs들을 선발하였다.

○ 선발된 우수 SNPs들간의 염색체 위치에 상관없이 최상의 조합을 만들기 위하여 Qxpak software (Perez-Enciso 와 Misztal, 2004) 프로그램을 이용하여 다음과 같은 통계모형으로 유의성 검정을 실시하였다.

Var (y - (μ +farm +day)) = var (kpn) = 상가적 유전분산

여기에서	Y	=	지방산 및 등급에 대한 값,

Μ	=	지방산 및 등급에 대한 평균값,

Farm	=	513두에 대한 지역,

Day	=	각각의 개체에 대한 도축일령,

Var	=	씨 숫소효과에 대한 분산 값.

○ 먼저 아비의 kpn 번호에 따라 상가적 유전분산 값을 각각의 형질별로 모두 구하였으며, 각각의 마커의 대한 분산 값을 아래의 식을 이용하여 구하였다.

각각의 마커의 분산 값

여기에서	VA	=	씨 숫소효과에 대한 분산 값,

P	=	p에 대한 대립유전자 빈도,

q	=	q에 대한 대립유전자 빈도,

a	=	상가적 유전자 값,

d	=	우성 유전자 값.

○ 이후 아비의 상가적 유전분산과 마커의 분산값을 이용하여 SNPs들간의 상호 연관성을 아래에 있는 통계모델로 분석하여 최상의 조합을 찾고자 분석을 실시하였다.

Y = age + farm + SNP1 + SNP2 + SNP1*SNP2 + e

여기에서	Y	=	지방산 및 등급에 대한 값,

age	=	각각의 개체에 대한 도축일령,

Farm	=	513두에 대한 지역,

SNP1	=	1번째 후보 단일 SNP의 효과,

SNP2	=	2번째 후보 단일 SNP의 효과,

SNP1 *SNP2=	1,2번째 SNP의 상호작용,

e	=	임위 오차.

통계량 값 (SNP 상호작용에 대한)

여기에서

F	=	검정 통계량 값,

MSE(F)	=	SNP1*SNP2의 상호작용에 대한 평균 제곱합,

SSR(F)	=	SNP1*SNP2의 상호작용에 대한 처리 제곱합,

SSR(R)	=	SNP1*SNP2의 상호작용을 베제한 처리 제곱합,

df(f)	=	SNP1*SNP2의 상호작용에 대한 자유도,

df(r)	=	SNP1*SNP2의 상호작용을 베제한 자유도.

제 3장 쇠고기 맛에 영향을

미치는 지방산

제 1절 쇠고기 맛을 결정하는

3가지 요소

제 1절 쇠고기 맛을 결정하는 3가지 요소

○ 한우를 비롯한 다양한 품종의 쇠고기의 맛을 결정짓는 요소는 그림 7에서 볼 수 있듯이 연도, 다즙성 및 풍미의 조화가 중요하다. 이 3가지 요소에 영향을 미치는 것은 일반적으로 불포화지방산 및 포화지방산이다.

그림 7. 쇠고기의 맛을 결정짓는 3가지 요소.

○ 한우쇠고기가 수입종과의 비교에서 차이를 나타내는 것 또한 연도, 다즙성 및 풍미에 영향을 미치는 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)의 함량의 차이로부터 온다는 것이 잘 알려져 있다. 게다가 축우품종 중에서는 화우의 올레인산 (C18:1)의 함량이 가장 높다고 알려져 있다.

1. 연도

○ 연도란 쇠고기를 조리 한 상태에서의 부드러운 정도를 말한다. 사람이 느끼는 연함은 씹었을 때의 감각과 씹어도 끊어지지 않는 감촉에 의해 결정된다.

○ 고기는 결합조직의 함량이 높고 그 자체가 일정한 단단함을 갖고 있어 도살 직후 조리하면 가열에 의해 근육이 현저히 수축하기 때문에 단단하여 식용에 맞지 않고, 또한 도살 후 발생하는 사후 경직 때의 고기도 단단하여 식용에 맞지 않다.

○ 따라서 일반적으로 도살 후 저온에서 어느 정도 이상의 숙성 기간을 둔 후 비로소 바람직한 연도를 가지게 된다. 이 숙성에 따르는 쇠고기의 연화는 내재하는 단백질분해효소인 프로테아제에 의한 근육단백질의 분해가 주된 원인이라고 생각되고 있다. 이를 바탕으로, 연도는 유전적인 영향보다 도축 후 숙성도에 따라 영향을 받는다는 것을 알 수 있다.

○ 또한, 포화지방산인 스테아린산 (C18:0)의 경우 쇠고기를 단단하게 하는 주요 요인 (Smith 등, 1998; Wood 등, 2004; Chung 등, 2006)이라고 알려져 있으며, 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)의 함량이 쇠고기의 연도에 영향을 미친다 (Westerling 등, 1979; Kim 등, 2002; Lee 등, 2004; Smith 등, 2009)고 알려져 있다.

○ 쇠고기의 연도는 한우를 소비하는 한국인뿐만 아니라, 서양 소비자들의 품질  평가시에도 중요한 요인으로 작용한다.

2. 다즙성

○ 다즙성이란 식품의 품질을 나타내는 용어의 하나로, 입안에서 느끼는 식품의 수분 함유량의 다소를 나타내는 관능적인 지표의 하나이다. 다즙성은 어디까지나 관능적 성질로서 사람의 입에 함유되었을 때에 느껴지는 성질이다. 즉, 입에 머금었을 때 최초에 느끼는 습기만이 아니고 그 지속성도 포함을 하는 것이 다즙성이며, 수분뿐만 아니라 지방함량이 관여하고 있다. 다즙성이 풍부한 고품질의 식품은 저 품질의 것보다도 지방의 함량이 많은 경향을 볼 수 있다.

○ 근육 내 지방함량이 높은 쇠고기가 훨씬 다즙한 느낌을 주며, 또한 쇠고기 중 지방은 조리시 살코기 조직보다 열 전달을 서서히 하기 때문에 고온에 의한 단백질 변성과 이에 따른 수분 배출을 감소시키는 효과가 있다고 한다. 따라서 지방함량이 많은 고기는 신속하게 익지 않고 수분과 지방손실이 적어 다즙성이 좋게 된다.

○ 소의 품종, 나이, 성별은 쇠고기의 다즙성에 크게 영향을 미치지 않는다. 또한 방목하여 키운 소보다 곡물급여 사육이 다즙성에 더 큰 영향을 미친다는 것을 알려져 있다.

3. 풍미

○ 쇠고기의 맛은 연도와 다즙성 뿐만 아니라 아미노산, 펩티드, 유기산, 당, 뉴클레오티드, 크레아틴, 무기염류 등의 수용성 화합물에 영향을 받는다. 특히 쇠고기의 풍미에는 아미노산의 글루탐산, 뉴클레오티드의 이노신산의 기여가 크다고 한다.

○ 고기의 풍미는 날고기가 갖는 약한 혈액냄새나 산 냄새 등으로 표현되는 신선풍미와 고기를 가열하여 생성되는 가열풍미로 나누어진다. 고기는 보통 가열하고 나서 먹는 것이 더 많기 때문에 고기의 풍미라고 한다면 가열풍미를 가리키는 것이 많다. 축종 별 특유의 풍미 생성에는 지방조직의 성분이 필요하며, 생기는 풍미 물질로서는 카보닐화합물이나 함황 화합물 등이 중요하다고 한다.

○ 한우 소비자들이 쇠고기를 찾을 때 가장 선호하는 요소가 풍미이며, 소비자들의 한우 쇠고기 맛 평가에 따르면 풍미, 연도 다즙성이 각각 55%, 30%, 19%로 중요한 것으로 조사되었다. 쇠고기의 독특한 풍미는 불포화지방산 함량이 좌우한다. 불포화지방산 총 함량과 불포화지방산의 하나인 올레인산 (C18:1)이 가장 큰 요인이며, 함량이 클수록 풍미가 좋은 쇠고기임을 알 수 있다. 쇠고기를 단단하게 만들어주며 다즙성이 저하되게 만드는 포화지방산의 함량이 적을수록 풍미도 좋아진다.

○ 불포화지방산 이외에도 쇠고기의 풍미에 영향을 미치는 요소로는 유전적인 요인과 환경적인 요인으로 나뉘어진다. 유전적 요인으로는 품종 (한우, 화우 및 홀스타인 종)별, 지방산 연관 유전자를 가지고 있는 개체 별로 나뉘어질 수 있으며, 환경적인 요인으로는 사육월령 (32개월 이상)별, 사양관리 (고 에너지 사료)에 의해 나뉘어지고, 이들 또한 불포화지방산 함량과 같이 풍미에 영향을 준다.

제 2절 지방산의 종류 및 특성

제 2절 지방산의 종류 및 특성

○ 지방이란, 3대 영양소의 하나이며 단백질이나 탄수화물보다 약 2배의 에너지를 낼 수 있어 자연상태의 에너지 저장물질이라고도 한다. 운동을 할 때 에너지원으로도 쓰이며, 신체 내부에 축적되어 장기를 보호하는 기능도 하며, 체열 발산 방지 등 우리 몸을 보호하는 작용을 한다.

○ 지방산 (fatty acid)이란 탄소와 수소로 이루어진 탄화수소 사슬과 카복실산 (-COOH)으로 구성되어 있다. 지방산은 탄화수소 사슬의 길이가 증가할수록 비극성기가 커지며 고정된 카복실산 (-COOH)의 극성 성질과 함께 전체적인 지방산의 비극성기의 크기가 결정이 된다.

○ 생체 내에서 지방산은 지방산회로에 의해서 분해되거나 합성이 되며, 이 회로는 탄소 2개씩의 단위로 지방산을 합성하거나 분해하므로, 자연계에 존재하는 지방산은 거의 대부분이 짝수인 탄소 수로 되어있다.

○ 지방산은 포화지방산, 불포화지방산 및 다가불포화지방산으로 나눌 수 있다. 포화지방산에는 미리스트산 (C14:0), 팔미트산 (C16:0) 및 스테아린산 (C18:0) 등이 있으며, 불포화지방산에는 미리스톨레인산 (C14:1), 팔미톨레익산 (C16:1) 및 올레인산 (C18:1) 등, 다가불포화지방산에는 오메가3 (C18:3n3)와 오메가6 (C18:2n6) 등이 있다.

1. 포화지방산

○ 포화지방산이란, 분자를 이루는 모든 탄소원자가 수소와 결합되어 단일결합으로만 이루어져 있는 지방산이다. 지방산이 포화되어 있는 지방은 상온에서 굳은 상태이며, 동물성 지방에서 가장 흔한 포화지방산으로는 팔미트산 (C16:0)과 스테아린산 (C18:0)이 있다. 또한, 포화지방산은 동물지방, 식물지방, 불건성유에 많이 함유되어 있으며, 야자유, 팜핵유 등 특수한 기름에도 소량 함유되어 있다. 미리스트산 (C14:0), 팔미트산 (C16:0), 스테아린산 (C18:0)의 경우 각각 14, 16, 18개의 탄소 수를 가지며, 극성을 띠는 산소는 2개에 불과하다. 따라서 전체적으로 비극성을 띠게 되며 물에 녹지 않는다.

○ 포화지방산의 탄화수소 사슬을 이루는 탄소 골격은 주로 탄소-탄소 간의 단일결합으로 이루어져 있다. 이렇게 탄소 간의 단일결합으로 인하여 지방산이 가지는 수소원자의 개수가 최대인, 더 이상 수소가 결합할 탄소가 없는 지방산을 포화지방산이라 한다.

○ 고도로 포화된 지방은 상당히 높은 융점을 가지며 산화안정성이 좋고, 이러한 성질에 의해 포화지방산은 상온에서 고체 성질을 띤다. 이렇게 상온에서 고체 성질을 갖는 포화지방산이 많을수록 쇠고기를 가열 시 지방에 열 전달이 빠른 속도로 이루어져 쇠고기가 빠르게 딱딱해지는 것을 볼 수 있다.

○ 포화지방산을 다량 섭취 시 트랜스지방이 혈액 내의 콜레스테롤 수치를 높여 고혈압, 동맥경화, 심장질환, 비만 등의 다양한 질환의 발병 율을 높인다고 알려져 있다. 또한 최근 발표된 정보에 의하면 기름진 음식에 있는 포화지방산을 다량 섭취하면 이 포화지방산에 의해 파골 세포수가 증진되어 뼈의 손상을 일으킬 수 있다고 한다.

2. 불포화지방산

○ 불포화지방산이란, 탄소 사슬을 이루는 분자 내에 이중결합을 가지고 있는 지방산이다. 따라서 단일결합으로 이루어진 포화지방산에 비해 화학적으로 불안정하여 체내에서 산화되기 쉬운 성질을 갖고 있다. 이중결합의 위치는 카복실기 (-COOH)로부터 몇 번째의 탄소에 붙어있느냐로 나타내지만, 천연에 존재하는 지방산은 일정한 배치를 나타낸다. 불포화지방산의 대표적인 예로는 미리스톨레인산 (C14:1), 팔미톨레익산 (C16:1) 및 올레인산 (C18:1)이 있다.

○ 불포화지방산은 단일불포화지방산과 다가불포화지방산으로 구분을 한다. 일반적으로 불포화지방산이라 말하는 단일불포화지방산에는 올리브유, 카놀라유 등에 많이 함유되어 있으며 다가불포화지방산은 생선, 콩류 등에 다량 포함되어 있다.

2.1. 단일불포화지방산

○ 탄소수 12~20개 정도의 짝수 개로 이루어진 불포화지방산은 올레인산 (C18:1)을 비롯한 글리세리드로, 동식물 속에 널리 분포한다. 불포화지방산의 글리세리드는 포화지방산의 글리세리드에 비하여 녹는점 (융점)이 낮고, 건성유로서 알려져 있다. 불포화지방산은 녹는점이 낮아 식물성 지방에 많이 존재하며, 상온에서 액체 상태라서 기름 (oil)이라고도 한다.

○ 불포화지방산은 체내에서 합성되는 물질들의 선구 물질 역할을 하며, 세포막은 다량의 불포화지방산으로 이루어져 있다. 게다가 인간을 포함한 포유동물들은 지방산 사슬의 9번 탄소 이상의 탄소에는 이중결합을 형성하지 못하므로 식품을 통하여 소량의 불포화지방산을 섭취해야 할 필수적인 물질이다. 또한, 불포화지방산은 음식물에 흔히 존재하므로 결핍의 염려는 거의 없다.

○ 불포화지방산을 섭취하면 포화지방산과는 반대로 혈액 내의 콜레스테롤 수치를 낮추어 심장질환 등 다양한 질병의 발병 위험을 낮추어 준다고 알려져 있다. 또한, 인슐린 저항성이 개선에 도움이 되며, 지방 산화도를 촉진시키는데 도움이 된다.

○ 불포화지방산에서 쇠고기의 연도, 다즙성 및 풍미에 영향을 미쳐 쇠고기의 맛과 큰 연관이 있는 올레인산 (C18:1)은 1가 불포화지방산으로 앞서 3장 1절에서 본 바와 같이 맛 뿐 아니라 유방암세포의 발생 및 암세포 유전자 발현을 억제한다는 연구 결과가 있어, 꼭 필요한 지방산임을 알 수 있다.

2.2. 다가불포화지방산

○ 불포화지방산의 이중결합 수는 최고 6개까지 알려져 있으나 대부분 3개 이하이다. 일반적으로 이중결합이 2개 이상의 것을 다가불포화지방산이라 하고, 대표적인 예로 오메가6인 리놀레익산 (C18:2n6), 오메가3인 리놀레닉산 (C18:3n3), 아라키도닉산 등이 있다. 불포화지방산 중 다가 불포화지방산은 섭취에 의해서만 얻을 수 있으므로 필수지방산이라 부른다.

○ 영양학적으로 우리나라에서는 총 에너지 섭취량의 15~20% 정도를 지질로부터 섭취하도록 권장한다. 또한 필수지방산의 결핍증을 예방하기 위해 총 에너지 섭취량의 1~2%는 필수지방산으로 섭취하도록 제안을 한다. 또한 지방산의 포화 정도에 따라 체내 지방의 기능이 다양하므로, 식사로부터 섭취하는 포화지방산 : 단일불포화지방산 : 다가불포화지방산의 섭취 비율이 1 : 1 : 1이 되도록 권장하고 있다.

○ 다가불포화지방산 중 오메가3계 지방산은 참치, 고등어 등의 생선기름, 들깨기름, 콩류에 다량 함유되어 있으며, 오메가6계 지방산은 옥수수유, 면실유, 콩기름, 해바라기씨유 등에 다량 함유되어 있다.

○ 오메가6계 지방산은 어린이의 성장에 도움이 되며 또한, 혈액 내의 콜레스테롤 수치를 낮추어 심장질환의 발병위험을 낮출 수 있다. 하지만 과량섭취 시에는 혈액 내의 콜레스테롤을 간으로 전달하여 혈액순환을 좋게 하는 콜레스테롤 (HDL-콜레스테롤)을 낮출 수 있으며, 암을 비롯한 다양한 정신질환을 유발할 수 있다 (Reidiger 등, 2009)고 알려져 있어 적절한 양의 섭취가 중요하다.

○ 오메가3계의 지방산의 경우 혈액 내의 중성지방과 혈액이 엉키는 성질을 감소시켜 심장질환의 발병위험을 낮추게 한다. 또한 암과 당뇨병 예방과 두뇌활성에 도움이 된다고 알려져 있다. 따라서, 오메가3계의 지방산을 함유하는 등 푸른 생선인 참치, 고등어, 삼치, 꽁치, 연어 등의 생선을 섭취하는 것이 건강에 도움이 된다.

○ 또한, 현대인들은 불포화지방산보다 포화지방산의 섭취비율이 높기 때문에 세포막이 굳어지고 세포기능에 장애가 발생할 확률이 높아지고 있다. 따라서 세포막의 주요한 구성성분일 뿐만 아니라 체내의 여러 대사과정에 중요한 물질들을 합성하는 원료로 사용되는 필수지방산인 다가불포화지방산의 섭취가 무엇보다 중요하다.

○ 다가불포화지방산의 섭취가 중요한 이유는 항 혈전 작용을 하는 EPA, 뇌 세포막의 주요 구성성분인 DHA를 비롯한 여러 지방산을 생산하는데 도움이 될 뿐만 아니라 우리 몸 전체에서 다양한 생체기능을 조절하며 면역반응에 사용되는 프로스타 글란딘이라는 호르몬을 생산하기 위함이다. 프로스타 글란딘의 균형을 유지하는 것도 중요한데, 이 균형에 중요한 역할을 하는 것이 바로 오메가3와 오메가6의 균형에 있다. 오메가3/오메가6의 비율을 미국의 경우 1:6, 일본의 경우 1:4의 비율로 권장 되어지고 있으며, 우리나라에서는 1:4~10의 비율로 권장하고 있다. 균형이 깨어진다면 비만, 당뇨병 질환, 심혈관 질환 등 다양한 질병을 비롯한 자가면역 질환도 유발될 수 있다.

제 4장 쇠고기 맛에 연관된

유전자 종류 및 기능

제 1절 한우 쇠고기 맛에 연관된

후보 SNPs의 탐색 및

유전자의 종류와 기능

제 1절 한우 쇠고기 맛에 연관된 후보 SNPs의 탐색 및 유전자의 종류와 기능

1. 한우 쇠고기 맛에 연관된 후보 SNPs의 탐색

○ 인터넷 주소창에 http://www,ncbi.nlm.nih.gov/를 입력하여 사이트 탐색.

○ NCBI 홈페이지에서 쇠고기 맛에 연관되는 유전자 정보 검색.

그림 8. NCBI database 에서 쇠고기 맛 관련 유전자 찾는 방법.

○ 두 번째 단계에서 유전자 부분의 영역에서 상세한 정보를 확보 할 수 있다 (예 : FASN).

○ 유전자 내 SNP Geneview Report에서 모든 SNPs들의 정보를 확인한다.

그림 9. 쇠고기 맛 관련 유전자내의 SNPs의 정보.

○ 이후 유전자 내에 존재하는 각각의 SNP들을 In Gene region 부분에서 확인한다.

○ 각각의 SNP들의 정보는 개별로 나타나고 있으며 이중 한 개의 SNP의 상세한 정보를 보자고 할 때에는 개별적으로 클릭하여 확인한다.

그림 10. 쇠고기 맛 관련 유전자 내의 각각의 SNP 상세 정보.

○ 그림 10은 마지막 단계를 거쳐 각각의 SNP에 관한 정보를 나타내고 있다.

○ 여기에서 변이 부분의 위치를 파악 할 수 있을 뿐만 아니라 염기서열의 상세한 정보도 알 수 있다.

2. 한우 쇠고기 맛에 연관된 유전자의 종류와 기능

○ 한우의 고품질 쇠고기 생산 체계인 30개월 전후에 발현되는 쇠고기 맛에 연관된 특이적 유전자들을 검색한 결과는 그림 11 과 표 5에서 확인할 수 있다.

○ 아래 그림11 에서 볼 수 있듯이 쇠고기 맛에 연관되고 특이적으로 발현이 되며 지방산 합성 및 대사과정에 관여하는 총 7개의 유전자를 찾을 수 있었으며, 307개의 후보 SNPs들을 확인 할 수 있었다.

그림 11. 지방산 조성에 영향을 미치며 25~30개월에 특이적으로 발현하는 유전자 (Wang 등, 2008).

○ 그림 11과 표 5에서 그 결과를 같이 살펴볼 때 7개의 지방대사 주요유전자 및 지방산 및 당 운반 유전자들인 SCD 유전자 및 SREBPs 유전자와 PPARγ, FABP4, FASN, LPL, THRSP를 찾을 수 있었으며, 이를 대상으로 Synonymous SNP를 포함한 exon, intron, non-synonymous, upstream, downstream SNP의 모든 SNP를 탐색하여 한우에 적용켰다.

표 5. 쇠고기 맛에 연관된 유전자의 종류와 기능.

유전자 종류	염색체	크기 (bp)	SNP	기능	연구보고서
SCD (stearoryl-CoAdesturase)	26	17,088	16	지방대사 주요 유전자	Barton등,2010; Moioli등, 2007; Kgwatalala 등, 2007; Ohsaki등,2007; Chung등,2007; Keating등,2005; Cairns,2005; Taniguchi등,2004
SREBPs (sterolregulatoryelementbindingproteins)	19	16,036	10	지방대사 주요 유전자	Barton등,2010;Hoashi등,2009;Taniguchi등,2008;Ohsaki등,2007,2009
PPARγ (peroxisomeproliferator-activatedreceptorgamma)	22	72,705	134	지방대사 주요 유전자	Taniguchi등,2008; Lee등,2008; Shin,2006
FABP4 (fatty acid binding protein 4)	14	4,391	13	지방산 및 당 운반 유전자	Lee등,2010; Berendse등,2009; Cho등,2008;Hoashi등,2008; Michal등,2006
FASN (fattyacidsynthetase)	19	18,123	19	지방대사 주요 유전자	Abe등,2009; Ordovas등,2009,2006; Taniguchi 등,2008; Zhang과 Knight,2008; Roy등,2006
LPL (lipoprotein lipase)	8	27,174	107	지방대사 주요 유전자	B. J. thering 등, 2009; Albert Casanovasa 등, 2009; C. M. Murrieta, 등 2006; Kasey M Moyes 등, 2009; A. K. G. Kadegowda 등 , 2009; K. R. Smith 등, 2007
THRSP (thyroid hormone responsive)	29	5,907	8	갑상선 호르몬 신호 유전자	Y. H. Wang 등, 2009; A. K. G. Kadegowda 등, 2009; Kevin J. Harvatine 등, 2006; Yong-Hong Wang 등, 2004

제 5장 연구결과 및 고찰

제 1절 품종간 쇠고기 등급 및

출하월령별 도체성적과 지방산 조성

제 1절 품종간 쇠고기 등급 및 출하월령별 도체성적과 지방산 조성

1. 품종간 지방산 조성

○ 한우 거세우 및 암소와 비거세우, 육우 및 수입산의 미국산과 호주산의 지방산을 비교한 결과를 표 6에 제시하였다. 융점이 낮을수록 맛이 있고, 단일불포화지방산과 정의 상관관계를 가진다는 앞선 연구결과들과 마찬가지로 한우 거세우에서 28.81℃로 다른 품종에 비하여 가장 낮게 나왔으며, 호주산에서 41.15℃로 가장 높게 나타난 점을 볼 수 있었다.

○ 포화지방산의 전체 함량 및 포화지방산 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 팔미트산 (C16:0)의 경우 한우 거세우에서 40.60% 및 25.65%로 가장 낮은 비중을 보여주고 있었으며, 이러한 결과는 융점과 불포화지방산의 결과와 반대되는 경향치를 보여준다.

○ 맛에 가장 큰 영향을 미치는 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량의 경우 앞서 본 융점과 마찬가지로 한우 거세우에서 44.30% 및 53.50%로 높게 형성된 점을 볼 수 있었으며 국내산과 수입산의 비교를 볼 때 현격한 차이를 볼 수 있었다. 특히 사람의 건강의 영향을 미치는 오메가3/오메가6의 경우 한우 거세우에서 1:8.62로 가장 안정적인 비율을 가지는 경우를 알 수 있었다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 수입산 (미국산, 호주산)보단 국내산의 경우가 더 우수한 지방산의 경향치를 볼 수 있었으며, 특히 한우 거세우에서 가장 바람직한 결과를 볼 수 있었다.

표 6. 품종간의 지방산 분석표.

형질		국내산					수입산
		한우 거세우	한우암소	한우 비거세우	육우		미국산	호주산
		Mean±SD	Mean±SD	Mean±SD	Mean±SD		Mean±SD	Mean±SD
융점 (℃)		28.81±5.20a	29.43±5.04a	32.34±4.53b	34.30±3.12b		33.97±4.25b	41.15±3.38c	***
지방산 조성(%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.63±0.65a	4.66±1.04c	4.45±0.85bc	5.08±1.02d		4.21±1.14b	4.57±1.15bc	***
	팔미트산 (C16:0)	25.65±1.96a	31.26±2.48d	29.47±1.93bc	31.99±1.73e		28.39±2.04b	29.91±2.64cd	***
	스테아린산 (C18:0)	10.48±1.39a	9.72±1.11a	13.13±1.58c	11.55±1.56b		15.41±2.18d	19.03±2.66e	***
불포화지방산	미리스톨레인산 (C14:1)	1.24±0.38b	1.19±0.14b	1.19±0.16b	1.28±0.19b		0.56±0.14a	0.60±0.19a	***
	팔미토레익 (C16:1)	6.61±0.97c	7.03±0.84d	5.47±0.74ab	6.01±0.82bc		5.73±0.97b	4.99±0.81a	***
	올레인산 (C18:1)	44.30±2.66c	44.67±3.61c	42.42±3.04b	41.49±2.24b		41.03±2.56b	36.77±4.16a	***
다가 불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.02±0.76a	3.08±0.52b	3.46±0.69bc	3.64±0.86c		3.07±1.26b	3.87±0.98d	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.35±0.20d	0.35±0.07d	0.32±0.11c	0.32±0.13c		0.24±0.22a	0.28±0.27b	**
	오메가3/오메가6	1:8.62	1:8.80	1:10.81	1:11.37		1:12.79	1:13.82
포화지방산 총 함량		40.60±2.86a	45.65±3.64b	47.05±2.81bc	48.63±2.36c		48.02±2.34c	53.52±5.13d	***
단일불포화지방산 총 함량		53.50±2.96d	51.90±3.59d	49.08±3.11c	47.78±2.15bc		47.32±2.25b	42.37±4.47a	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

2. 등급별 도체성적과 지방산 조성

○ 쇠고기 등급별 지방산을 비교한 결과는 표 7에서와 같이 포화지방산의 경우 팔미트산 (C16:0)과 스테아르산 (C18:0)에서 유의적인 차이가 나타났다. 특히 포화지방산 함량을 포함한 2개의 지방산 요소는 등급이 높을수록 즉 1++ 등급 일 때 25.11%, 10.21% 및 39.58%로 가장 낮은 수치를 보여 주었으며 2등급일 때 가장 높은 수치를 나타내고 있다.

○ 고품질 한우 쇠고기는 저급육에 비하여 유의적으로 낮은 함량의 포화지방산 비율을 가지므로, 높은 등급의 쇠고기의 효능적 가치를 제시하는 결과로 볼 수 있다.

○ 불포화지방산과 단일불포화지방산의 경우 포화지방산의 결과와 정 반대의 경향치를 보여주며 등급이 높을수록 단일불포화지방산 및 올레인산 (C18:1)의 함량이 유의적으로 높아지는 결과를 볼 수 있었다. 특히 이러한 분석치는 불포화지방산이 높을수록 맛에 큰 영향을 미친다는 앞선 여러 보고들과 일치하는 점을 알 수 있었다.

○ 다가불포화지방산의 경우 또한 단일불포화지방산과의 경향치와 동일한 결과를 확인 할 수 있었다. 특히 1++등급에서 오메가3/오메가6의 비율이 1:6.23으로 다른 등급에서 나타나는 비율보다 안정적인 비율을 나타났으며, 등급이 떨어질수록 안정적인 비율이 떨어지는 것을 확인 할 수 있었다.

○ 이러한 결과들을 미루어 볼 때 한우 쇠고기의 등급은 지방산과 깊은 연관이 있을 뿐 아니라 등급이 높을수록 쇠고기 맛에 영향을 미치는 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산이 높아지며, 오메가3/오메가6의 비율 또한 안정적으로 된다는 점을 알 수 있었다.

표 7. 쇠고기 등급별로 도체성적과 지방산 분석표.

지방산 조성 (%)		쇠고기 등급
		1++	1+	1	2	전체
		(N=79)	(N=207)	(N=132)	(N=95)	(N=513)
		Mean±SE	Mean±SE	Mean±SE	Mean±SE	Mean±SE
도체중 (kg)		444.32±4.86b	429.18±2.87a	418.70±3.52a	420.72±4.83a	427.25±1.91	***
등지방 두께 (mm)		12.54±0.50a	12.92±0.32a	13.02±0.47a	14.71±0.63b	13.22±0.23	***
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.54±0.07	3.64±0.05	3.64±0.05	3.70±0.07	3.64±0.03	ns
	팔미트산 (C16:0)	25.11±0.20a	25.71±0.13ab	25.73±0.17ab	25.84±0.20b	25.65±0.08	*
	스테아린산 (C18:0)	10.21±0.16a	10.35±0.10ab	10.60±0.11bc	10.81±0.12c	10.48±0.06	**
불포화지방산	미리스톨레인산 (C14:1)	1.29±0.04	1.23±0.02	1.25±0.03	1.22±0.04	1.24±0.02	ns
	팔미토레익 (C16:1)	6.70±0.11	6.67±0.07	6.55±0.08	6.46±0.08	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	45.90±0.31d	44.60±0.17c	43.89±0.19b	42.89±0.26a	44.30±0.12	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.68±0.09a	2.89±0.04b	3.21±0.06c	3.33±0.07c	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.43±0.02b	0.35±0.01a	0.34±0.01a	0.30±0.02a	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1:6.23	1:8.25	1:9.44	1:11.10	1:8.62
포화지방산 총 함량		39.58±0.34a	40.53±0.19ab	40.84±0.23b	41.27±0.29b	40.60±0.12	**
단일불포화지방산 총 함량		55.17±0.34d	53.97±0.19c	52.99±0.22b	51.82±0.27a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

3. 출하월령별 도체성적과 지방산 조성

○ 한우의 출하월령별 지방산 조성의 변화에 대한 결과를 표 8에 나타내었다. 포화지방산의 경우 출하개월이 33개월 이상이 될수록 그 수치가 줄어드는 경향치를 볼 수 있었다. 특히 27~28개월의 포화지방산이 41.26%에 비하여 33개월 이상의 경우 39.79%로 가장 낮은 유의적인 차이를 보여주고 있다 (P<0.001).

○ 반면 불포화지방산의 경우 앞서 분석한 경향치와 동일하게 포화지방산의 경향치와 정 반대의 경향치를 보여 주고 있다. 27~28개월일 때 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산 함량이 43.52% 및 52.50%에서 33개월 이상에서 출하 할 때 45.09% 및 54.49%로 유의적으로 높게 나타나는 점을 확인 할 수 있었다.

○ 다가불포화지방산의 경우 또한 출하 개월이 늦어 질수록 오메가3/오메가6의 비율이 안정화되는 점을 확인 할 수 있었다. 33개월에서 보면 1:6.97로써 27~28개월에 출하하는 1:10.80의 비율보다 안정적인 비율을 볼 수 있었으며, 이러한 결과는 단일불포화지방산이나 올레인산 (C18:1)의 함량의 경향치와 일치한 점을 보여주고 있었다.

○ 일반적으로 한우의 비육생리에 따라 비육전기 (13~18개월) 비육후기 (19개월 이후)로 구분하여 비육후기 이후 근육 내 지방의 침착을 이루어 쇠고기 등급을 높이기 위해 출하개월수을 인위적으로 늦게 출하하는 점 때문에 표 8에서 나타난 출하개월수가 늦어 질수록 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량이 높게 나타난 점을 유추해 볼 수 있었다.

표 8. 출하월령별 도체성적과 지방산 분석표.

지방산 조성 (%)		출하 개월
		27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	전체
		(N=68)	(N=161)	(N=158)	(N=126)	(N=513)
		Mean±SE	Mean±SE	Mean±SE	Mean±SE	Mean±SE
도체중 (kg)		414.97±4.66a	421.01±3.30ab	429.49±3.24bc	439.03±4.23c	427.25±1.91	***
등지방 두께 (mm)		13.85±0.68	13.40±0.40	13.06±0.39	12.84±0.45	13.22±0.23	ns
등급 (1-9)		4.79±0.22a	5.42±0.15ab	5.41±0.16ab	5.79±0.17b	5.43±0.08	**
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.73±0.08b	3.72±0.04b	3.60±0.05ab	3.52±0.06a	3.64±0.03	*
	팔미트산 (C16:0)	25.80±0.19	25.75±0.15	25.66±0.15	25.42±0.19	25.65±0.08	ns
	스테아린산 (C18:0)	10.73±0.17b	10.55±0.10ab	10.55±0.11ab	10.16±0.11a	10.48±0.06	*
불포화지방산	미리스톨레인산 (C14:1)	1.23±0.04	1.20±0.03	1.27±0.03	1.26±0.03	1.24±0.02	ns
	팔미토레익 (C16:1)	6.49±0.10	6.59±0.07	6.58±0.08	6.74±0.08	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	43.52±0.33a	43.87±0.18a	44.44±0.22ab	45.09±0.23b	44.30±0.12	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.24±0.08c	3.13±0.05bc	2.95±0.06ab	2.86±0.07a	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.30±0.02a	0.31±0.01a	0.36±0.02ab	0.41±0.02b	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1:10.80	1:10.09	1:8.19	1:6.97	1:8.62
포화지방산 총 함량		41.26±0.30b	40.98±0.21b	40.63±0.23ab	39.79±0.25a	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		52.50±0.35a	53.03±0.21ab	53.61±0.25b	54.49±0.25c	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

제 2절 SCD (Stearyl-CoA desaturease) 유전자의 후보 SNPs의 규명

제 2절 SCD (Stearyl-CoA desaturease) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. SCD 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ 한우의 쇠고기 맛에 영향을 미치는 불포화지방산에 관련된 유전자 영역을 검색한 결과 스테아린산 (C18:0) 및 팔미트산 (C16:0)을 w-9계열의 단일 불포화 지방산인 올레인산 (C18:1)로 전환하는 주요 효소 SCD를 찾을 수 있었다.

○ SCD에 관한 SNP선정은 Genbank Number AY241932인 genomic DNA 상에서 exon 및 intron, 3’UTR 부위에서 염기의 변이가 있는 16개 SNPs를 대상으로 선정하였으며, 유전자 내 각각의 SNPs들의 위치를 그림 12에 자세히 명시하였다. 또한 SCD 유전자의 모든 SNPs의 염기서열 정보는 부록 부분의 *표 64에 자세히 명시해 놓았다.

그림 12. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 16개 다형성 SNPs.

○ SCD 유전자는 exon이 6개로 구성되어 있으며, 3’UTR 부분에 10개의 SNPs가 존재하였다. 또한 일본의 흑모화우와 Fleckvieh bulls에서도 SCD 유전자의 exon5 영역의 SNP가 맛에 있어서 중요한 역할을 하는 불포화지방산과 강한 연관성이 있다고 밝힌 점 (Barton 등, 2009; Ohsaki 등, 2009; Taniguchi 등, 2003; Tsuji, 2008)에서 exon5부위에는 3개의 SNPs가 중요한 역할이 검정 되었다.

○ Exon5 부위 g.10153 A>G 의 SNP경우 CCA 염기서열에서 CCG 로 치환이 되지만 프롤린으로 아미노산 변화가 없고, g.10213 T>C 도 마찬가지로 TAT 가 TAC 로 치환이 되지만 티로신으로 아미노산이 같다. 하지만 g.10329 C>T SNP의 경우 GCG 에서 GTG 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 발린에서 아날린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 이다.

○ Taniguchi 등 (2003)도 일본의 흑모화우에서 SCD 유전자의 ORF (Open Reading Frame)부분의 SNP에서 발린에서 아날린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP이며, 유전자의 발현이 이루어지는 중요한 영역으로 밝힌 바 (Barton 등, 2009; Ohsaki 등, 2009)와 같이 한우에서도 g.10329 C>T SNP의 기능에 관심을 가질 필요성이 있다고 본다.

2. SCD 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 16개의 후보 SNPs에 대해서 다형성 확인을 위해 혈연관계가 없으며 불포화지방산 조성에 차이가 있는 한우 45두에 1차 실험을 수행하였다.

○ 그 결과 16개의 SNPs에서 다형성이 확인되었고, SNP 마커로서의 정보력과 다양성을 알아보기 위해서 H, MAF값을 구하였으며, 후보 SNPs를 사용하였을때 다음 세대에서 어느 정도의 동일한 유전자형의 비율을 가지는지 알아보기 위하여 HWE값을 구하였다.

○ SCD 유전자 내에 존재하는 16개 다형성 SNPs 중 g.13638 G>C SNP를 제외한 나머지 15개의 후보 SNPs의 유전자형 빈도는 0.495 및 0.500이라는 heterozygote의 추정치에서도 다형성을 확인할 수 있었다.

○ 또한 minor allele frequency의 수치가 0.100보다 낮게 나타날 경우 연관불평형 분석에서 분리가 잘 이루어지지 않아서 분석의 정확도가 떨어지게 되는 점을 보더라도 본 연구의 15개의 후보 SNPs모두 0.100 보다 높게 나타난 점을 볼 때 분석의 정확도가 떨어지게 되는 점을 미연에 방지할 수 있었다 (Eberle 등, 2006; Lee 등, 2006).

○ 지방산과 연관되는 SNP를 규명하기 위해서 일차적으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 한우 45두를 대상으로 15개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이를 나타나는 것을 바탕으로 쇠고기 맛에 연관되는 불포화지방산 관련 SNP 마커로서의 가능성을 부여하고 이를 바탕으로 전체 시험 대상에 심도 있는 연구를 진행하였다.

표 9. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 16개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.6850+77 A>G	Intron	AA (2)	GA (17)	GG (26)	N4 (45)	0.358	0.244	0.708
		0.044	0.378	0.578	1
g.8243-72 A>G		AA (3)	GA (22)	GG (20)	N (45)	0.429	0.233	0.345
		0.067	0.489	0.444	1
g.8646+128 A>G		AA (9)	GA (21)	GG (15)	N (45)	0.491	0.311	0.738
		0.200	0.467	0.333	1
g.10153 A>G	Exon5	AA (10)	GA (19)	GG (16)	N (45)	0.491	0.433	0.345
		0.222	0.422	0.356	1
g.10213 T>C		CC (13)	CT (22)	TT (10)	N (45)	0.498	0.448	0.905
		0.289	0.489	0.222	1
g.10329 C>T		CC (10)	CT (20)	TT (15)	N (45)	0.494	0.467	0.502
		0.222	0.444	0.333	1
g.13565 G>T	3'UTR	GG (8)	GT (21)	TT (16)	N (45)	0.484	0.444	0.808
		0.178	0.467	0.356	1
g.13638 G>C		GG(14)	GC(0)	CC(31)	N(45)	0.429	0.312	0.000
		0.311	0.000	0.689	1
g.13757 C>A		AA (12)	GA (22)	GG (11)	N (45)	0.499	0.489	0.884
		0.267	0.489	0.244	1
g.14047 C>T		CC (10)	CT (23)	TT (12)	N (45)	0.499	0.478	0.871
		0.222	0.511	0.267	1
g.14578 A>G		AA (11)	GA (20)	GG (14)	N (45)	0.498	0.467	0.472
		0.244	0.444	0.311	1
g.15001 A>G		AA (10)	GA (20)	GG (15)	N (45)	0.494	0.444	0.502
		0.222	0.444	0.333	1
g.15101 C>T		CC (10)	CT (23)	TT (12)	N (45)	0.499	0.478	0.871
		0.222	0.511	0.267	1
g.15202 G>A		AA (11)	GA (23)	GG (11)	N (45)	0.500	0.500	0.881
		0.244	0.511	0.244	1
g.15491 G>A		AA (13)	GA (23)	GG (9)	N (45)	0.496	0.456	0.839
		0.289	0.511	0.200	1
g.16524 C>T		CC (8)	CT (26)	TT (11)	N (45)	0.498	0.467	0.280
		0.178	0.578	0.244	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ 표 10의 결과에서 보면 15개의 후보 SNPs 중에서 intron 영역에 위치한 g.6850+77 A>G, g.8646+128 A>G와 exon5 영역에 있는 g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T 및 3’UTR 영역에 있는 g.13757 C>A, g.14047 C>T, g.14578 A>G의 총 8개의 후보 SNPs에서 지방산이 높은 그룹과 지방산이 낮은 그룹에서 빈도가 최소 20%이상 차이가 나는 것을 알 수 있었다. 하지만 나머지 7개의 후보 SNPs는 그 차이가 미미하였다.

○ g.6850+77 A>G의 경우 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹에서 AG, GG 유전자형 빈도가 32.9%, 41.9%이상의 차이를 나타내었으며, χ2검정결과 불포화지방산 함량 (지방산의 높은 그룹 & 지방산의 낮은 그룹)과 유전자형간에 따라 통계적으로 유의한 차이가 보였고, g.8646+128 A>G의 경우 또한 AG, GG 유전자형 빈도가 33.2%, 29.7%이상의 차이를 보여주었다. Exon5 영역에 있는 g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T의 경우 GG, CT, TT 유전자형에서 모두 34%이상의 높은 차이를 보여주면서 유의적인 차이를 볼 수 있었으며 3’UTR부분에 있는 g.13757 C>A의 경우 CC 유전자형 빈도에서 23.4%의 차이를 보여주고 있었으나, 유의적인 차이는 없는 결과가 나타났다. 하지만 앞서 선발 되어지지 못한 7개의 후보 SNPs들의 불포화지방산 함량과 유전자간의 차이를 비교해보면 빈도 차이가 미비 할 뿐만 아니라 유의적 검정에서도 0.7이상으로 3’UTR의 후보 SNP인 g.13757 C>A와 많은 차이를 나타내고 있었다.

○ 이후 나머지 g.14047 C>T, g.14578 A>G 의 SNPs를 보면 TT, GG 유전자형 빈도에서 34.4% 및 34.0%의 차이를 나타내주며 앞서 본 결과와 비슷하게 유의적인 차이를 보여주고 있었다.

○ 불포화지방산 함량의 차이를 기준으로 지방산의 높고 낮은 그룹으로 나누었기 때문에 차이가 많이 날수록 SNP 마커로서의 활용 가능성이 높다는 전제에서 약 20%이상 차이가 나는 8개의 후보 SNPs를 대상으로 한우 513두를 적용하여 분석 하였다.

표 10. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 15개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산의 높은 그룹			지방산의 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.6850+77 A>G	Intron	AA (2)	AG (12)	GG (8)	AA (0)	AG (5)	GG (18)	0.013	N2 (45)
		0.091	0.546	0.364	0.000	0.217	0.783		1
g.8243-72 A>G		AA (2)	AG (11)	GG (9)	AA (1)	AG (11)	GG (11)	0.774	N (45)
		0.091	0.500	0.409	0.043	0.478	0.479		1
g.8646+128 A>G		AA (4)	AG (14)	GG (4)	AA (5)	AG (7)	GG (11)	0.058	N (45)
		0.182	0.636	0.182	0.217	0.304	0.479		1
g.10153 A>G	Exon5	AA (7)	AG (12)	GG (3)	AA (3)	AG (7)	GG (13)	0.010	N (45)
		0.318	0.545	0.137	0.131	0.304	0.565		1
g.10213 T>C		CC (3)	CT (15)	TT (4)	CC(10)	CT (7)	TT (6)	0.029	N (45)
		0.136	0.681	0.183	0.435	0.304	0.261		1
g.10329 C>T		CC (6)	CT (13)	TT (3)	CC (4)	CT (7)	TT (12)	0.023	N (45)
		0.273	0.545	0.182	0.174	0.304	0.522		1
g.13565 G>T	3'UTR	GG (3)	GT (11)	TT (8)	GG (5)	GT (10)	TT (8)	0.769	N (45)
		0.136	0.500	0.364	0.217	0.435	0.348		1
g.13757 C>A		AA (4)	CA (10)	CC (8)	AA (8)	CA (12)	CC (3)	0.152	N (45)
		0.182	0.454	0.364	0.348	0.522	0.130		1
g.14047 C>T		CC (6)	CT (14)	TT (2)	CC (4)	CT (9)	TT (10)	0.033	N (45)
		0.273	0.636	0.091	0.174	0.391	0.435		1
g.14578 A>G		AA (7)	AG (12)	GG (3)	AA (4)	AG (8)	GG (11)	0.046	N (45)
		0.318	0.545	0.137	0.174	0.349	0.477		1
g.15001 A>G		AA (5)	AG (10)	GG (7)	AA (5)	AG (10)	GG (8)	0.978	N (45)
		0.227	0.454	0.319	0.217	0.435	0.348		1
g.15101 C>T		CC (4)	CT (12)	TT (6)	CC (6)	CT (11)	TT (6)	0.810	N (45)
		0.182	0.545	0.273	0.261	0.478	0.261		1
g.15202 G>A		AA (5)	AG (12)	GG (5)	AA (6)	AG (11)	GG (6)	0.903	N (45)
		0.227	0.545	0.228	0.261	0.478	0.261		1
g.15491 G>A		AA (7)	AG (11)	GG (4)	AA (6)	AG (12)	GG (5)	0.901	N (45)
		0.318	0.500	0.182	0.261	0.522	0.217		1
g.16524 C>T		CC (5)	CT (12)	TT (5)	CC (3)	CT (14)	TT (6)	0.697	N (45)
		0.227	0.545	0.228	0.131	0.608	0.261		1

1χ2검정, 2전체두수.

3. SCD 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

3.1. SCD 유전자의 Intron 부분의 SNPs

○ 소의 경제형질 중에서 등급의 경우 숫자가 클수록 높은 등급을 받을 수 있고, 등지방 두께의 경우 숫자가 작을수록 높은 등급을 받을 수 있기 때문에 이러한 점에 착안하여 분석을 실시하였으며 표 11에서는 8개의 후보 SNPs들 중 intron영역의 g.6850+77 A>G와 g.8646+128 A>G에 대하여 지방산 조성과 근내지방도와 등지방 두께, 도체중에 대한 각 유전자형 별 능력과, 각 형질 별로 공 분산 분석을 실시하였다.

○ Intron 부분의 후보 SNPs인 g.6850+77 A>G, g.8646+128 A>G와 한우의 도체중과 등지방 두께 및 근내지방도에는 아무런 연관이 없었다. 도체형질과 SCD유전자 간의 연관성을 분석한 Shin 등 (2006)의 연구결과에서 살펴보면 intron 부분과 도체중, 등지방두께 및 근내지방도와 아무런 연관이 없다는 점을 볼 때 본 연구의 결과와 일치한다는 점을 볼 수 있었다.

○ 융점에 있어 g.6850+77 A>G, g.8646+128 A>G의 AA, AA 유전자형은 22.02℃, 26.05℃로써 유의적으로 가장 낮은 수치를 보여주고 있었다. 특히 일본에서는 지방산 조성의 변화에 따른 융점의 차이가 쇠고기의 맛과 상관관계가 있다고 보고되고 있다.

○ g.6850+77 A>G의 경우 포화지방산의 종류 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 팔미트산 (C16:0)에서 GG 유전자형이 25.81%로 가장 많이 나타났지만 g.8646+128 A>G경우 아무런 연관이 없었다.

표 11. SCD 유전자내 Intron 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.6850+77 A>G				g.8646+128 A>G
		AA	AG	GG		AA	AG	GG	전체
		(N=33)	(N=187)	(N=293)		(N=112)	(N=231)	(N=170)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		428.33±6.50	430.43±3.17	425.09±2.56	ns	425.46±3.88	427.17±2.85	428.53±3.42	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		12.58±0.81	13.01±0.36	13.43±0.31	ns	13.04±0.52	13.03±0.32	13.59±0.39	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.36±0.36	5.65±0.14	5.29±0.11	ns	5.42±0.18	5.51±0.12	5.32±0.15	5.43±0.08	ns
융점 (℃)		22.02±1.13a	31.03±0.63b	31.04±0.54b	***	26.05±1.01a	31.89±0.55b	30.58±0.69b	29.81±0.47	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.18±0.14a	3.55±0.04b	3.74±0.03b	***	3.37±0.06a	3.66±0.03b	3.78±0.05b	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	24.73±0.32a	25.56±0.15b	25.81±0.11b	**	25.36±0.16	25.72±0.14	25.76±0.15	25.65±0.08	ns
	스테아린산 (C18:0)	9.99±0.23a	10.43±0.10ab	10.57±0.07b	*	10.41±0.13a	10.31±0.08a	10.75±0.11b	10.48±0.06	**
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.51±0.07b	1.29±0.03a	1.18±0.02a	***	1.39±0.03c	1.28±0.02b	1.08±0.03a	1.24±0.01	***
	팔미토레익산 (C16:1)	6.66±0.16	6.55±0.07	6.63±0.05	ns	6.41±0.08	6.66±0.06	6.67±0.08	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	46.31±0.55c	44.80±0.20b	43.75±0.13a	***	45.05±0.26c	44.37±0.17b	43.71±0.19a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.89±0.11a	2.87±0.06a	3.13±0.04b	***	2.97±0.07a	2.93±0.05a	3.18±0.06b	3.02±0.03	**
	오메가3 (C18:3n3)	0.39±0.03b	0.40±0.02b	0.31±0.01a	***	0.39±0.02b	0.36±0.01b	0.31±0.02a	0.35±0.01	**
	오메가3/오메가6	1 : 7.41	1 : 7.18	1 : 10.10		1 : 7.62	1 : 8.13	1 : 10.26	1 : 8.62
포화지방산 총 함량		38.38±0.51a	40.40±0.22b	40.99±0.15b	***	39.89±0.27a	40.53±0.18b	41.18±0.21c	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		56.03±0.62c	53.97±0.22b	52.91±0.15a	***	54.16±0.29b	53.69±0.18b	52.81±0.22a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

○ 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)의 경우 g.6850+77 A>G의 GG 유전자형과 g.8646+128 A>G의 GG 유전자형에서 3.74%, 10.57% 및 3.78%, 10.75%로써 가장 높게 나타난 점을 볼 수 있었으며 포화지방산의 전체 함량과 비교해볼 때 GG, GG 유전자형에서 40.99%, 41.18%로써 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)과 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화 지방산 조성 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)함량은 g.6850+77 A>G, g.8646+128 A>G의 AA, AA 유전자형에서 46.31% 및 45.05%로써 가장 높은 함량을 나타내고 있고 유의적으로도 차이가 나타난 점 (P<0.001)을 볼 수 있었으며, 단일불포화지방산의 총 함량 또한 AA, AA 유전자형이 56.03% 및 54.16%로써 가장 높게 나타난 결과는 올레인산 (C18:1)함량과 동일한 경향치를 보여주고 있다.

○ 사람의 건강에 중요한 작용을 하는 다가불포화지방산의 경우 일반적으로 오메가3나 6의 경우 너무 많거나 너무 적은 경우 건강 상의 큰 문제가 발생한다. 특히 그 비율이 불균형을 이루게 되면 비만세포의 증가 및 알레르기, 자가면역질환 발생, 비만이나 당뇨병 질환이 발생한다. 또한 한국영양학회에서 제시한 불포화지방산의 권장영양섭취 비율은 오메가3/ 오메가6가 1:4~1:10비율이 한국인의 건강에 좋다는 보고도 있다.

○ 오메가3/오메가6의 비율에서 g.6850+77 A>G와 g.8646+128 A>G의 경우 AA, AA 유전자형을 가질 때 GG, GG 유전자형을 가질 때보다 그 비율이 1:7.41, 1:7.62로 가장 적정한 비율을 가지는 점을 볼 수 있었다. 따라서 intron 영역의 g.6850+77 A>G, g.8646+128 A>G 후보 SNPs 모두 한우의 경제형질인 근내지방도와는 연관이 없지만 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 밀접한 연관이 있다는 점에서 쇠고기 맛에 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

3.2. SCD 유전자의 3’UTR 부분의 SNPs

○ 3’UTR 영역에 있는 3개의 후보 SNPs인 g.13757 C>A, g.14047 C>T, g.14578 A>G에 대해서 분석한 자료는 표 12에 제시하였다.

○ 먼저 각각의 후보 SNPs와 도체형질간의 관계를 분석해 본 결과 한우의 도체중과 등지방 두께에는 아무런 영향을 미치지 못하였으나 g.14578 A>G 후보 SNP의 경우 근내지방도에서 AG 유전자형을 가지는 개체가 5.64으로써 유의적으로 가장 높게 나타났으며 (P<0.05), 3개의 SNPs 모두 CC, CC, AA 유전자형에서 25.85℃, 25.53℃, 26.61℃로써 유의적으로 낮게 나타났다.

○ 이러한 결과는 도체형질과 SCD 유전자의 연관분석을 한 Shin 등 (2006)이 제시한 연구결과에서 3’UTR 부분의 heterozygote인 AG 유전자형이 근내지방도에서 다른 유전자형보다 높게 나타난 점을 볼 때 본 연구의 결과와 일치하는 점을 볼 수 있었다.

○ 팔미트산 (C16:0)의 경우 g.14047 C>T SNP만 연관이 있었으며, 미리스트산 (C14:0) 및 스테아린산 (C18:0)의 경우 g.13757 C>A SNP에서 AA, g.14047 C>T 에서는 TT, g.14578 A>G 후보 SNP에서는 GG 유전자형에서 가장 높은 함량을 나타내었으며 포화지방산의 전체 함량과도 비교해볼 때 AA, TT, GG 유전자형에서 41.18%, 41.57%, 41.30%로써 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 스테아린산 (C18:0)과 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

표 12. SCD 유전자내 3’UTR 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.13757 C>A				g.14047 C>T				g.14578 A>G
		AA	CA	CC		CC	CT	TT		AA	AG	GG	전체
		(N=171)	(N=229)	(N=113)		(N=118)	(N=214)	(N=181)		(N=111)	(N=226)	(N=176)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		427.33±3.46	427.90±2.86	425.79±3.79	ns	425.36±3.75	426.75±2.89	429.06±3.42	ns	425.43±3.92	429.08±2.89	426.03±3.34	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.45±0.39	13.11±0.32	13.09±0.51	ns	12.90±0.47	13.30±0.34	13.33±0.38	ns	12.98±0.51	12.89±0.31	13.79±0.40	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.32±0.15	5.47±0.12	5.50±0.17	ns	5.58±0.18	5.48±0.13	5.27±0.15	ns	5.39±0.18ab	5.64±0.12b	5.18±0.15a	5.43±0.08	*
융점 (℃)		31.13±0.72b	31.97±0.50b	25.85±0.93a	***	25.53±0.93a	30.57±0.47b	32.38±0.67b	***	26.61±1.03a	30.93±0.65b	31.09±0.69b	29.81±0.47	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.74±0.05b	3.68±0.04b	3.40±0.06a	***	3.33±0.06a	3.62±0.03b	3.86±0.05c	***	3.40±0.06a	3.62±0.04b	3.81±0.05c	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.76±0.15	25.71±0.14	25.37±0.16	ns	25.13±0.16a	25.57±0.13b	26.09±0.15c	***	25.42±0.16	25.62±0.13	25.83±0.15	25.65±0.08	ns
	스테아린산 (C18:0)	10.77±0.11b	10.34±0.08a	10.33±0.13a	**	10.34±0.13a	10.27±0.09a	10.82±0.11b	***	10.40±0.13a	10.32±0.08ab	10.74±0.11b	10.48±0.06	**
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.08±0.03a	1.28±0.02b	1.40±0.03c	***	1.39±0.03c	1.28±0.02b	1.09±0.03a	***	1.38±0.03c	1.28±0.02b	1.10±0.03a	1.24±0.01	***
	팔미토레익산 (C16:1)	6.65±0.08	6.63±0.06	6.51±0.09	ns	6.43±0.08	6.65±0.06	6.68±0.08	ns	6.43±0.08	6.64±0.06	6.68±0.08	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	43.76±0.20a	44.35±0.16b	45.03±0.26c	**	45.30±0.23c	44.61±0.17b	43.28±0.19a	***	44.91±0.25b	44.65±0.17b	43.46±0.19a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.16±0.06b	2.93±0.05a	2.98±0.07ab	*	2.96±0.07a	2.91±0.05a	3.19±0.05b	**	2.98±0.07a	2.88±0.05a	3.23±0.05b	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.32±0.02a	0.36±0.01ab	0.38±0.01b	*	0.38±0.02b	0.38±0.02b	0.30±0.01a	**	0.39±0.02b	0.37±0.01b	0.29±0.01a	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 9.88	1 : 8.14	1 : 7.84		1 : 7.78	1 : 7.66	1 : 10.63		1 : 7.64	1 : 7.78	1 : 11.13	1 : 8.62
포화지방산 총 함량		41.18±0.22c	40.52±0.18b	39.88±0.27a	***	39.61±0.25a	40.34±0.18b	41.57±0.21c	***	39.99±0.26a	40.36±0.18a	41.30±0.21b	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		52.85±0.22b	53.61±0.18b	54.26±0.30a	***	54.46±0.27b	53.88±0.19b	52.43±0.21a	***	54.02±0.28b	53.96±0.18b	52.59±0.21a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

○ 반면 불포화 지방산인 올레인산 (C18:1)함량 및 단일불포화지방산 총 함량과 각각의 후보 SNPs들과 비교해본 결과 g.13757 C>A와 g.14047 C>T에선 CC 유전자형과 CC 유전자형이 45.03%, 54.26% 및 45.30%, 54.46%로 유의적으로 가장 높게 형성 (P<0.001)하고 있었으며, g.14578 A>G에서는 AA, AG 유전자형이 44.91%, 54.02%로써 가장 높은 함량을 가지고 있었다. 이러한 수치는 근내지방도가 가장 높게 형성된 AG 유전자형과 유사한 결과를 보여주고 있었으며, 포화지방산의 경향수치와는 정반대의 결과를 보여주고 있었다.

○ 또한 다가불포화지방산의 경우 단일불포화지방산 및 올레인산 (C18:1)의 경향수치와 동일하게 CC, CC, AA 유전자형을 가질 때 오메가3/오메가6의 비율이 가장 적정한 점을 볼 수 있었다. 이러한 결론들을 미루어 볼 때 intron 영역의 후보 SNPs와 달리 3’UTR 부분의 g.14578 A>G 후보 SNP는 맛에 영향을 미치는 불포화 지방산 뿐만 아니라 근내지방도와도 깊은 연관이 있으며 근내지방도 및 불포화지방산 모두 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

3.3. SCD 유전자의 Exon 부분의 SNPs

○ 유전자 발현에 직접적인 영향을 미치는 exon5 부위에 존재하는 3개의 후보 SNPs의 단일 유전자형에 따른 지방산 조성 및 도체형질을 각각의 형질 별로 공 분산 분석한 결과를 표 13에 제시하였다.

○ 표 13의 결과에서 보면 지방산의 높은 비중을 차지하는 팔미트산 (C16:0) 및 팔미토레익산 (C16:1)은 SCD 유전자 내 SNP와 연관된 결과를 볼 수 없었으나, 미리스트산 (C14:0) 및 스테아린산 (C18:0)의 경우 GG, CC, TT 유전자형이 가장 높게 유의적으로 차이가 나타났다.

○ 포화지방산의 총 함량의 g.10213 T>C, g.10153 A>G와 g.10329 C>T경우 GG, CC, TT 유전자형의 개체에서 41.19%, 41.18% 및 41.22%로써 가장 높게 나타난 점을 볼 수 있었으며 Barton 등 (2009)이 제시한 연구결과에서도 SCD 유전자와 스테아린산 (C18:0) 및 포화지방산 총 함량과 유의적인 연관성이 있다는 점이 본 연구결과와 일치하는 점을 볼 수 있었다.

○ 반면 불포화지방산인 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산 총 함량의 경우 g.10153 A>G의 후보SNP에선 포화지방산 총 함량과 반대로 AA, AG 유전자형의 개체가 44.79% 및 44.50%로써 GG 유전자형의 개체보다 유의적으로 높은 불포화지방산의 함량을 가지고 있으며, g.10213 T>C에서는 CT, TT 유전자형을 가지는 개체들이 44.39%와 44.90%로써 43.51%를 나타내고 있는 CC 유전자형의 개체보다 높은 결과를 볼 수 있었다. g.10329 C>T 경우에선 CC 유전자형의 개체들이 45.04%으로 43.62%를 나타내고 있는 TT 유전자형을 가지는 개체보다 높은 결과를 볼 수 있었으며, 이러한 결과는 앞서 본 포화지방산의 경향수치와 반대의 결과였다.

○ 또한 다가불포화지방산의 경우 단일불포화지방산 및 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산 총 함량의 경향수치와 동일하게 AA, TT, CC 유전자형을 가질 때 오메가3/오메가6의 비율이 1:8.08, 1:7.81, 1:7.69로써 가장 적정한 점을 볼 수 있었다.

○ 도체형질과 SCD 유전자와의 관계를 분석해 본 결과 한우의 도체중과 등지방 두께에는 영향을 미치지 못하였으나 융점과 근내지방도 성적과는 높은 연관성을 가진 결과를 볼 수 있었다. g.10153 A>G의 GG 유전자형과 g.10213 T>C, g.10329 C>T의 CC, TT 유전자형을 가지는 개체들은 다른 유전자형 그룹보다 근내지방도 및 융점의 성적이 유의적으로 낮은 결과가 나타났으며, 이러한 결과는 앞서 불포화지방산과 3개의 SNPs의 관계를 나타낸 표 13의 결과와 유사한 점을 볼 수 있었다.

표 13. SCD 유전자내 Exon5 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.10153 A>G				g.10213 T>C				g.10329 C>T
		AA	AG	GG		CC	CT	TT		CC	CT	TT	전체
		(N=132)	(N=223)	(N=158)		(N=120)	(N=281)	(N=112)		(N=91)	(N=280)	(N=142)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		425.33±3.51	427.27±2.87	428.81±3.68	ns	425.79±4.01	427.57±2.62	428.00±3.99	ns	427.55±4.26	427.65±2.64	426.26±3.64	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.11±0.45	13.00±0.33	13.61±0.43	ns	13.73±0.48	13.18±0.29	12.78±0.51	ns	12.49±0.54	13.24±0.30	13.63±0.43	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.25±0.17a	5.74±0.12b	5.13±0.15a	**	4.99±0.17a	5.54±0.11b	5.62±0.18b	*	5.54±0.21ab	5.59±0.11b	5.04±0.15a	5.43±0.08	**
융점 (℃)		27.03±1.02a	31.29±0.61b	30.91±0.63b	***	31.06±0.67b	31.24±0.59b	27.05±1.00a	***	26.85±1.01a	31.26±0.59b	31.14±0.66b	29.81±0.47	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.42±0.06a	3.68±0.04b	3.76±0.05b	***	3.77±0.06b	3.67±0.03b	3.40±0.07a	***	3.36±0.08a	3.66±0.03b	3.75±0.05b	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.44±0.16	25.72±0.13	25.73±0.16	ns	25.85±0.18	25.64±0.11	25.44±0.18	ns	25.37±0.20	25.65±0.11	25.82±0.16	25.65±0.08	ns
	스테아린산 (C18:0)	10.35±0.11a	10.36±0.08a	10.77±0.12b	**	10.76±0.14b	10.37±0.07a	10.44±0.13ab	*	10.54±0.15ab	10.30±0.07a	10.78±0.13b	10.48±0.06	**
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.41±0.03c	1.26±0.02b	1.07±0.03a	***	1.09±1.03a	1.24±0.02b	1.38±0.03c	***	1.36±0.03b	1.28±0.02b	1.08±0.03a	1.24±0.01	***
	팔미토레익산 (C16:1)	6.49±0.08	6.63±0.06	6.67±0.09	ns	6.65±0.10	6.65±0.05	6.43±0.08	ns	6.38±0.10a	6.66±0.05b	6.64±0.09b	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.79±0.24b	44.50±0.16b	43.61±0.21a	***	43.51±0.24a	44.39±0.14b	44.90±0.27b	***	45.04±0.31c	44.39±0.14b	43.62±0.22a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.99±0.06a	2.91±0.05a	3.20±0.06b	***	3.22±0.06b	2.95±0.05a	2.97±0.07a	**	3.00±0.07ab	2.93±0.04a	3.20±0.06b	3.02±0.03	**
	오메가3 (C18:3n3)	0.37±0.02b	0.37±0.01b	0.30±0.02a	**	0.34±0.01	0.34±0.01	0.38±0.02	ns	0.39±0.02b	0.35±0.01ab	0.31±0.01a	0.35±0.01	*
	오메가3/오메가6	1 : 8.08	1 : 7.86	1 : 10.66		1 : 9.47	1 : 8.67	1 : 7.81		1 : 7.69	1 : 8.37	1 : 10.32	1 : 8.62
포화지방산 총 함량		39.97±0.25a	40.56±0.18ab	41.19±0.23b	***	41.18±0.26a	40.56±0.16ab	40.08±0.29b	*	39.99±0.33a	40.48±0.16a	41.22±0.23b	40.60±0.12	**
단일불포화지방산` 총 함량		54.03±0.27b	53.76±0.18b	52.71±0.23a	***	52.61±0.27a	53.63±0.16b	54.12±0.30b	***	54.27±0.34b	53.67±0.16b	52.67±0.24a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4. SCD 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

○ 앞서 보고한 바와 같이 하나의 유전효과를 이용하여 경제형질 및 쇠고기 맛에 영향을 미치는 지방산 같은 복잡한 형질을 설명하기엔 한계가 있다.

○ 따라서 쇠고기 맛과 관련된 불포화지방산과 불포화지방산 생합성 효소인 SCD 유전자에서 관련된 분자유전학적 연구와 더불어 쇠고기 맛에 연관된 후보유전자를 찾아내기 위하여 최근에 많이 이용되고 있는 SNP에 대하여 고찰하고 맛에 연관되는 지방산 조성 및 근내지방도 성적과 같이 복합적인 유전자가 작용하는 형질을 설명하기 위해 haplotype 분석을 통하여 SNP 마커의 효율성과 불포화지방산 및 근내지방도와의 상관관계를 분석하고자 한다.

4.1. 선발된 SCD 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block

○ SCD 유전자 내의 15개 다형성 SNPs 가운데 불포화지방산 함량 (지방산이 높은 그룹 & 지방산이 낮은 그룹)의 차이가 많이 나고 χ2검정을 통한 앞서 선발된 8개의 SNPs들 중 간의 연관불평형 분석을 통하여 haplotype block을 만들어서 haplotype과 지방산 조성 및 경제형질간의 연관분석을 실시하였다.

○ 먼저 연관불평형 분석을 실시하기 위하여 한우 513두를 적용하여 Gabriel 등 (2002)이 보고한 방식과 four-gamete rule 방법으로 모든 pairwise SNP간의 D’값 및 r2을 측정하여 만든 결과가 그림 13에 제시하였다.

그림 13. 한우에서 나타난 SCD 유전자의 2개 SNPs의 haplotype block.

○ Gabriel 방법에서는 D’에 기반을 둔 pairwise SNP를 이용하여 유전자 재조합이 많이 일어나서 변이가 생긴 지역을 찾고 block을 유전자 재조합이 거의 일어나지 않았거나 일어나지 않은 연속적인 SNP의 세트로 정의하였으며 four-gamete rule 방식에선 단일 마커분석의 5% 수준의 genome-wide에 도달한 각각의 SNPs와 LD의 계수 (r²) 사이에 LD값 평가를 하여 분석하였다.

○ Block의 지정은 95% 신뢰범위에서 상한치 (upper)가 0.98이상이고 하한치 (0.7)이상일 때 SNP간에 강한 연관불평형이 되었다. 일반적으로 block 지정에는 이 방식을 많이 사용 되어지고 있다. 그 이유는 D’을 이용하는 것에 기반하였기 때문에 유전자 재조합이 일어 났는지를 보다 직관적으로 알 수 있기 때문이다. 또한 pairwise 방법이기 때문에 haplotype의 정확한 조합의 phase를 알 수 있기 때문이다.

○ 그리고 연관불평형 분석에 있어 SNP선정은 minor 대립유전자 빈도가 10% 이상인 SNP를 선정하여 분석하였다. 이는 10% 이하의 빈도를 가진 SNP를 사용하게 되면 SNP간에 조합의 분리가 잘 이루어지지 않아 서로 연관된 구조로 나타나기 때문이다.

○ 그러므로 그림 12에서와 같이 exon5 영역에 존재하는 g.10213 T>C, g.10329 C>T SNPs는 서로간의 강한 연관불평형을 되어있다는 것을 확인하였다.

○ 따라서 exon5에 위치한 2개 SNPs간에 강한 연관불평형을 이룬다는 것은 SCD 유전자에 존재하는 하나의 SNP만이 작용하는 것이 아니라 여러 개의 SNPs들이 서로 조합되어 작용 한다는 것이다.

4.2. 선발된 SCD 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block 빈도

○ Exon5에 위치한 2개 SNPs간의 haplotype block의 강한 연관불평형을 보고 fastPHASE 프로그램 (Scheet 등, 2006)으로 각 개체에 대한 haplotype을 선정하였다. 이후 Haploviewer v4.2 프로그램을 이용하여 SCD 유전자 내의 Exon5 위치에 있는 2개의 SNPs를 대표 할 수 있는 SNP들의 빈도 분석한 결과를 표 14에 제시하였다.

표 14. SCD 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.

Haplotype	g.10213 T>C	g.10329 C>T	빈도
Ht1	C	T	0.500892
Ht2	T	C	0.443387
Ht3	T	T	0.048815
	C	C	0.006905

○ 표 14에서 보면 알 수 있듯이 한우의 경우 Ht1과 Ht2의 빈도가 거의 94%를 차지하고 있는 반면 Ht3의 빈도는 6%를 차지 하고 있다는 점을 볼 수 있다.

○ 또한 exon5 영역에 존재하는 g.10213 T>C, g.10329 C>T의 경우 서로간의 강한 연관불평형이 되어 있었으며, SNPs간에 강한 연관불평형을 구성하고 있다는 것은 유전자가 하나의 변이로 작용하는 것이 아니라 여러 개의 변이가 서로 조합되어 작용한다는 점을 명시하고 있다.

4.3. SCD 유전자의 Exon5에 대한 Haplotype 분석

○ 표 15에서 제시한 도체형질과 haplotype조합과의 분석 결과 도체중 및 등지방 두께에서는 아무런 연관이 없었으나 근내지방도 성적에서 ht2*ht2 group을 가지는 개체들은 6.00의 수치를 나타내며 다른 유전자형 그룹보다 유의적으로 우수한 결과를 보여주고 있었다 (P<0.001).

○ 융점에 있어서도 26.19℃로써 가장 낮은 유의적인 결과를 보여주고 있다. 이러한 결과는 앞서 본 표 13의 후보 SNP인 g.10213 T>C의 TT 유전자형과 g.10329 C>T의 CC, CT 유전자형이 가장 높게 형성되었다는 결과와 일치하였다.

○ 또한 exon5 중 g.10213 T>C의 CC 유전자형과 haplotype조합 중 가장 낮은 수치를 형성하는 ht2*ht3 group과 비교할 때 무려 0.18만큼 차이가 나타났으며, 하나의 SNP의 경우 근내지방도에서 유의수준이 haplotype조합 분석결과에서 나타난 유의 확률보다 떨어진 점을 미루어 볼 때 단일 유전자 효과보다 haplotype조합에서 더 강한 작용를 나타낸 점을 볼 수 있었다.

표 15. SCD 유전자내 Exon5 위치에 있는 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		Exon5 Haplotype
		ht1*ht1	ht1*ht2	ht1*ht3	ht2*ht2	ht2*ht3	전체
		(N=120)	(N=259)	(N=22)	(N=91)	(N=21)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		424.22±3.95	427.46±2.74	428.82±8.74	431.13±4.19	423.43±10.77	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.86±0.47	13.18±0.31	13.14±1.00	12.52±0.53	13.14±1.45	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		4.84±0.17a	5.56±0.12ab	5.27±0.40ab	6.00±0.19b	4.81±0.43a	5.43±0.08	***
융점 (℃)		31.53±0.72b	31.19±0.60b	33.70±0.40c	26.19±0.94a	34.60±1.43c	29.81±0.47	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.80±0.06b	3.67±0.03ab	3.63±0.12ab	3.36±0.07a	3.54±0.13ab	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	26.02±0.18	25.65±0.12	25.65±0.38	25.16±0.20	25.70±0.41	25.65±0.08	ns
	스테아린산 (C18:0)	10.85±0.14b	10.33±0.08ab	10.90±0.29b	10.39±0.15ab	10.11±0.20a	10.48±0.06	***
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.11±0.03ab	1.26±0.02bc	1.03±0.09a	1.37±0.04c	1.38±0.07c	1.24±0.01	***
	팔미토레익산 (C16:1)	6.61±0.10	6.66±0.05	6.61±0.22	6.46±0.10	6.53±0.12	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	43.20±0.23a	44.40±0.15bc	44.24±0.45ab	45.44±0.29c	44.39±0.59bc	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.28±0.06b	2.94±0.05a	3.08±0.12ab	2.92±0.07a	2.86±0.21a	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.32±0.01b	0.35±0.01b	0.19±0.03a	0.40±0.02c	0.37±0.05b	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 10.25	1 : 8.40	1 : 16.21	1 : 7.30	1 : 8.00	1 : 8.62
포화지방산 총 함량		41.48±0.25b	40.49±0.17ab	41.46±0.54b	39.60±0.31a	40.43±0.64ab	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		52.28±0.26a	53.69±0.17bc	52.98±0.51ab	54.72±0.33c	53.46±0.57abc	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

○ 이후 지방산의 종류 중 포화지방산인 미리스트산 (C14:0), 스테아린산 (C18:0)의 경우 ht2*ht2 group과 ht2*ht3 group에서 가장 낮은 함량을 지니고 있었으며 ht1*ht1 group에서 가장 높게 유의적인 결과를 얻을 수 있었다 (P<0.001).

○ 포화지방산의 전체 함량 또한 ht2*ht2 group에서 39.60%로써 가장 낮게 형성 되었으며 ht1*ht1 group에서 41.48%로써 가장 높은 함량을 지니고 있는 점을 볼 때 앞서 본 포화지방산의 종류와 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화지방산의 종류인 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산 총 함량의 경우 ht2*ht2 group에서 45.44%, 54.72%로써 가장 높은 함량을 지니고 있었고, ht1*ht1 group에서 43.20%, 52.28%로써 가장 낮은 함량을 나타내고 있었다 (P<0.001).

○ 다가불포화지방산인 오메가3/오메가6의 비율을 보더라도 불포화지방산의 경향치와 동일하게 ht2*ht2 group에서 1:7.30으로 가장 낮은 비율을 보여주고 있다. 이러한 결과는 근내지방도 성적과 동일한 경향치를 보여주고 있었으며 포화지방산의 경향치와는 반대의 결과를 볼 수 있었다.

○ 표 13의 결과에서 나타난 단일 유전자인 g.10329 C>T 중 올레인산 (C18:1) 과 단일불포화지방산 총 함량이 45.04% 및 54.27%로써 가장 많이 분포하고 있는 CC 유전자형과 haplotype조합인 ht2*ht2 group을 비교해 본 결과 0.40% 및 0.45%보다 낮게 나타나고 있었으며, 가장 낮은 함량을 지니고 있는 부분과 비교해볼 때 0.31%, 0.33%만큼 높게 형성된 점에서 haplotpye의 유전자 효과가 단일 유전자 효과보단 크게 나타난다는 점을 알 수 있었다.

5. SCD 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ 일반적으로 지방산은 고기의 맛에도 영향을 줄 뿐만 아니라 쇠고기의 근내지방도와 도체의 등급에 영향을 준다는 보고 (Ibi 등, 2005; Taniguchi 등, 2003)와 불포화지방산의 함량이 높을수록 도체등급의 수치가 높게 형성되며 쇠고기 맛에 있어서 좋은 평가를 받을 수 있다는 결과 (Jeremiah, 1996; Oka 등, 2001)들과 같이 표 16과 그림 14의 SNP와 육질 등급분포에서 3’UTR영역에 있는 g.14578 A>G 와 exon5에 위치한 g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T 및 haplotype block (g.10213 T>C , g.10329 C>T)을 대상으로 등급분포로 나타내 보았다.

○ 각각의 후보 SNPs 인 g.14578 A>G와 g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T 대한 등급 별 분포를 보면 3’UTR영역에 있는 g.14578 A>G의 후보 SNPs에서 AG 유전자형을 가지는 개체가 AA, GG 유전자형을 가지는 개체 보다 1++ 등급에서 16.80%로 상대적으로 많이 출현하였다.

○ 또한 exon5에 위치한 g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T의 후보 SNPs에서 AG, TT, CC 유전자형을 가지는 개체는 1++등급에서 17.90%, 19.60%, 19.80%로 다른 유전자형을 가지는 개체보다 많이 출현하였다.

○ haplotype의 결과에서 볼 때 ht2*ht2 group을 가지는 개체들이 최 고급육이라고도 볼 수 있는 1++등급 이상에서 26.40%로써 다른 유전자형을 가지는 개체들보다 높은 출현율을 보여주고 있다. 또한 앞서 본 표 15의 결과에서 ht2*ht2 group을 가지는 개체가 등급에서 6.00로 가장 높은 수치를 보여줄 뿐만 아니라 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 총 함량에서 45.44% 및 54.72%로써 가장 높게 형성된 점과 일치하는 결과를 볼 수 있었다.

표 16. 4개의 다형성 SNPs와 Haplotype의 올렌인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.10153 A>G	Exon5	AA	44.79±0.24b	20	50	33	29	70	132
				15.20%	37.90%	25.00%	22.00%	53.10%	100%
		AG	44.50±0.16b	40	103	54	26	143	223
				17.90%	46.20%	24.20%	11.70%	64.10%	100%
		GG	43.61±0.21a	19	54	45	40	73	158
				12.00%	34.20%	28.50%	25.30%	46.20%	100%
g.10213 T>C		CC	43.51±0.24a	12	41	37	30	53	120
				10.00%	34.20%	30.80%	25.00%	44.20%	100%
		CT	44.39±0.14b	45	123	66	47	168	281
				16.00%	43.80%	23.50%	16.70%	59.80%	100%
		TT	44.90±0.27b	22	43	29	18	65	112
				19.60%	38.40%	25.90%	16.10%	58.00%	100%
g.10329 C>T		CC	45.04±0.31c	18	38	20	15	56	91
				19.80%	41.76%	21.94%	16.50%	61.56%	100%
		CT	44.39±0.14b	48	124	63	45	172	280
				17.10%	44.30%	22.50%	16.10%	61.40%	100%
		TT	43.62±0.22a	13	51	43	35	64	142
				9.20%	35.90%	30.30%	24.60%	45.10%	100%
g.14578 A>G	3'UTR	AA	44.91±0.25b	17	41	31	22	58	111
				15.30%	36.90%	27.90%	19.80%	52.20%	100%
		AG	44.65±0.17b	38	104	52	32	142	226
				16.80%	46.00%	23.00%	14.20%	62.80%	100%
		GG	43.46±0.19a	24	62	49	41	86	176
				13.60%	35.20%	27.80%	23.30%	48.80%	100%
g.10213 T>C	haplotype	ht1*ht1	43.20±0.23a	10	39	38	33	49	120
				8.30%	32.50%	31.70%	27.50%	40.80%	100%
		ht1*ht2	44.40±0.15bc	44	113	60	42	157	259
				17.00%	43.60%	23.20%	16.20%	60.60%	100%
		ht1*ht3	44.24±0.45ab	1	10	6	5	11	22
g.10329 C>T				4.50%	45.50%	27.30%	22.70%	50.00%	100%
		ht2*ht2	45.44±0.29c	24	34	25	8	58	91
				26.40%	37.40%	27.50%	8.80%	63.80%	100%
		ht2*ht3	44.39±0.59bc	0	11	3	7	11	21
				0.00%	52.40%	14.30%	33.30%	52.40%	100%
전체			44.30±0.11	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 SCD 유전자 내 intron, 3’UTR 및 exon 영역에 위치한 8개의 후보 SNPs모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 깊은 연관이 있으며 게다가 3’UTR 영역에 있는 g.14578 A>G 와 exon5에 위치한 g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T들은 불포화지방산 뿐만 아니라 한우의 경제형질인 근내지방도와도 깊은 연관성을 볼 수 있었다.

○ 또한 exon5 영역의 강한 연관성이 있는 2개의 후보 SNPs들은 단일 유전자 효과보단 haplotype을 형성했을 때 유전자 효과가 크다고 볼 수 있었으며 불포화지방산이 높은 개체가 근내지방도에서도 높은 점수를 받을 수 있다는 점에서 한우의 경제형질인 등급뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 불포화지방산에 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

그림 14. SCD 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

6. SCD 유전자 중 선발된 우수 haplotype간의 개월별 분석

○ 한우의 생산비 절감을 위해 비육기간 단축으로 인한 쇠고기 맛의 차별성 유지를 할 수 있는 유전자 체계를 확립하기 위하여 SCD 유전자내 8개의 SNPs중 가장 성적이 뛰어난 haplotype들의 결과를 표 17에 제시하였다.

표 17. SCD 유전자형 선발된 우수 Haplotype간의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	SCD (g.10213 T>C + g.10329 C>T) SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
ht2*ht2	45.05 (7)	46.35 (15)	45.80 (22)	46.99 (14)	46.14 (58)
ht1*ht2	44.80 (15)	43.89 (50)	45.53 (44)	45.51 (49)	44.94 (158)
ht2*ht3			44.05 (6)	44.87 (4)	44.38 (10)
ht1*ht3		44.25 (8)	44.04 (2)	45.76 (1)	44.35 (11)
ht1*ht1	42.92 (7)	44.83 (15)	43.11 (13)	44.02 (14)	43.87 (49)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

○ 표 17에서 보면 알 수 있듯이 haplotype인 exon5 영역의 2개의 SNPs (g.10213 T>C, g.10329 C>T)가 선발 되었다. SCD 유전자의 경우 특이적으로 27~28개월에서 조기 선발하는 것보다 1~2개월 늦춘 29~30개월에서 출하 할 때, 선발의 효과가 더 뛰어난 점을 표 17에서 확인할수 있다.

○ 고급육이라 볼 수 있는 1+등급 이상에서 haplotype (g.10213 T>C, g.10329 C>T)의 경우 ht2*ht2 group일 때 46.35%로 다른 유전자형을 가질 때보다 좋은 성적을 나타내주고 있다.

○ 특히 30개월 이전의 46.35%를 나타내는 ht2*ht2 유전자형을 선발한다면 31개월 이상의 다른 유전자형을 선발하는 것보다 우수한 개체를 조기에 출하를 하더라도 육질의 맛이 변화가 없을 것이고 쇠고기 생산비를 줄일수 있는 비육기간 단축 가능성을 제시하고 있다.

○ 이처럼 SCD 유전자내 haplotype의 ht2*ht2 group을 가지는 개체를 조기에 선발하는데 보조수단으로 활용 한다면 2~3개월 정도의 비육단축을 이룰 뿐만 아니라 맛이나 등급에 있어 차별성을 유지 할 수 있을 것이다.

제 3절 PPARγ (Peroxisome Proliferator-activated Receptor gamma) 유전자의 후보 SNPs의 규명

제 3절 PPARγ (Peroxisome Proliferator-activated Receptor gamma) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. PPARγ 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ 본 연구에서 이용한 한우 PPARγ 유전자는 지질 대사에 관련된 유전자의 전사를 조절하는 전사인자로서, 핵 내 호르몬 수용체인 PPAR은 retinoid X 수용체 (RXR)와 dimer을 형성하여 유전자의 promoter에 존재하는 peroxisome proliferator responsive element에 결합하여 전사활성을 조절한다 (Forman 등, 1995; Kliewer 등, 1992; Perlman 와 Jansson, 1995).

○ 특히 PPARγ 유전자는 nuclear receptor super-family에 속하며 N-Terminal domain, DNA binding domain 및 Ligand binding domain 을 갖고 있다고 보고되어지고 있으며 (Brun 와 Spiegelman, 1997; Forman 등, 1995; Kliewer 등, 1995; Perlman 와 Jansson, 1995), ligand-binding domain에 ligand가 binding한 PPARγ 유전자는 9-cis-retinoic acid receptor인 RXR과 이량체를 형성하여 지방분화 관련 유전자의 cis-acting element 영역의 peroxisome proliferator response elements (PPRE)에 결합하여 지방분화를 조절한다.

○ 최근에는 이러한 PPARγ 유전자의 생리적 특성을 이용하여 한우를 대상으로 Jung 등 (2004)은 육질관련 기능성 후보유전자로 선발하고, 한우 각 조직에서의 유전자 발현양상을 비교 분석한 결과 지방조직에서 가장 높은 발현양상을 보였다고 보고한 바 있다.

○ PPARγ 에 관한 SNP선정은 Genbank Number NC_007320인 genomic DNA 상에서 exon 및 intron, 3’UTR 부위에서 염기의 변이가 있는 134개 SNPs를 대상으로 선정하였으며 유전자 내 각각의 SNPs들의 위치를 그림 15 에 자세히 명시하였다. 또한 134개의 대한 SNPs의 염기서열 정보는 부록 부분의 *표 65에 제시하였다.

그림 15. 한우에서 나타난 PPARγ 유전자의 134개 다형성 SNPs.

○ PPARγ 유전자는 exon이 7개로 구성 되어 있으며 exon7 부분에 1개의 SNP를 제외한 나머지 133개의 SNPs가 intron에 존재하는 것을 볼 수 있다.

○ Exon7 부위 g.72367 C>T의 SNP경우 CAG 에서 CAT 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 글루타민에서 히스티딘으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 이다.

○ Oh 등 (2012)도 한우에서 PPARγ 유전자의 ORF (Open Reading Frame)부분의 SNP에서 글루타민에서 히스티딘으로 치환이 되는 non-synonymous SNP가 지방분화에 큰 영향을 미치는 Ligand binding domain에 위치하며, 유전자의 발현이 이루어지는 중요한 영역으로 밝힌 바와 같이 한우에서도 g.72367 C>T SNP의 기능에 관심을 가질 필요성이 있다고 본다.

2. PPARγ 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 앞서 분석했던 방식과 동일하게 한우 44두를 이용하여 134개의 후보 SNPs에 대해서 다형성 확인하였다. 그 결과 38개의 SNPs에서 다형성이 확인되었고, SNP 마커로서의 정보력과 다양성을 알아보기 위해서 H, MAF, HWE값을 구하였다.

표 18. 한우에서 나타난 PPARγ 유전자의 38개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.1159-71208 A>G	Intron	AA (16)	AG (14)	GG (14)	N4 (44)	0.499	0.420	0.016
		0.364	0.318	0.318	1
g.2869-69498 A>G		AA (25)	AG (19)	GG (0)	N (44)	0.407	0.187	0.008
		0.568	0.432	0.000	1
g.2896-69471 A>C		AA (0)	AC (5)	CC (39)	N (44)	0.107	0.183	0.689
		0.000	0.114	0.886	1
g.5248-67119 C>T		CC (23)	CT (21)	TT (0)	N (44)	0.363	0.204	0.038
		0.523	0.477	0.000	1
g.12138-60229 C>G		CC (14)	CG (25)	GG (5)	N (44)	0.496	0.455	0.029
		0.318	0.568	0.114	1
g.12729-59638 A>G		AA (18)	AG (8)	GG (18)	N (44)	0.500	0.500	0.000
		0.409	0.182	0.409	1
g.13344-59023 A>T		AA (14)	AT (1)	TT (29)	N (44)	0.442	0.330	0.000
		0.318	0.023	0.659	1
g.22327-50040 A>G		AA (25)	AG (19)	GG (0)	N (44)	0.339	0.216	0.166
		0.568	0.432	0.000	1
g.30339-42028 T>C		CC (7)	CT (19)	TT (18)	N (44)	0.469	0.375	0.776
		0.159	0.432	0.409	1
g.31768-40599 C>G		CC (14)	CG (25)	GG (5)	N (44)	0.479	0.398	0.398
		0.318	0.568	0.114	1
g.31777-40590 G>A		AA (14)	AG (18)	GG (12)	N (44)	0.499	0.477	0.330
		0.318	0.409	0.273	1

[다음 페이지]

[표 18 계속]

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.32333-40034 G>A	Intron	AA (7)	AG (23)	GG (14)	N (44)	0.487	0.420	0.925
		0.159	0.523	0.318	1
g.32487-39880 C>G		CC (16)	CG (23)	GG (5)	N (44)	0.469	0.375	0.718
		0.363	0.523	0.114	1
g.32508-39859 A>T		AA (14)	AT (25)	TT (5)	N (44)	0.479	0.398	0.398
		0.318	0.568	0.114	1
g.35937-36430 G>A		AA (0)	AG (14)	GG (30)	N (44)	0.268	0.159	0.586
		0.000	0.318	0.682	1
g.39018-33349 G>A		AA (13)	AG (21)	GG (10)	N (44)	0.498	0.466	0.963
		0.295	0.478	0.227	1
g.39148-33219 C>G		CC (12)	CG (26)	GG (6)	N (44)	0.491	0.432	0.329
		0.273	0.591	0.136	1
g.41072-31295 T>G		GG (22)	GT (22)	TT (0)	N (44)	0.375	0.250	0.058
		0.500	0.500	0.000	1
g.42346-30021 T>C		CC (15)	CT (19)	TT (10)	N (44)	0.494	0.443	0.546
		0.341	0.432	0.227	1
g.42499-29868 T>G		GG (21)	GT (21)	TT (2)	N (44)	0.407	0.284	0.487
		0.477	0.477	0.046	1
g.42523-29844 T>C		CC (13)	CT (19)	TT (12)	N (44)	0.500	0.489	0.497
		0.295	0.432	0.273	1
g.42555-29812 G>A		AA (19)	AG (17)	GG (8)	N (44)	0.469	0.375	0.354
		0.432	0.386	0.182	1
g.43637-28730 C>G		CC (15)	CG (26)	GG (3)	N (44)	0.463	0.364	0.145
		0.341	0.591	0.068	1
g.43645-28722 G>A		AA (4)	AG (12)	GG (28)	N (44)	0.351	0.227	0.254
		0.091	0.273	0.636	1
g.47009-25358 T>C		CC (3)	CT (26)	TT (15)	N (44)	0.463	0.364	0.145
		0.068	0.591	0.341	1
g.49232-23135 T>C		CC (15)	CT (26)	TT (3)	N (44)	0.463	0.364	0.145
		0.341	0.591	0.068	1
g.54191-18176 G>A		AA (16)	AG (22)	GG (6)	N (44)	0.474	0.386	0.718
		0.364	0.500	0.136	1
g.56135-16232 T>C		CC (2)	CT (26)	TT (16)	N (44)	0.449	0.341	0.083
		0.045	0.591	0.364	1

[다음 페이지]

[표 18 계속]

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.56223-16144 T>C	Intron	CC (0)	CT (17)	TT (27)	N (44)	0.312	0.193	0.293
		0.000	0.386	0.614	1
g.57085-15282 T>C		CC (17)	CT (20)	TT (7)	N (44)	0.474	0.386	0.969
		0.471	0.550	0.429	1
g.60868-11499 C>T		CC (20)	CT (24)	TT (0)	N (44)	0.397	0.273	0.025
		0.455	0.545	0.000	1
g.60917-11450 A>G		AA (19)	AG (13)	GG (12)	N (44)	0.487	0.420	0.016
		0.432	0.295	0.273	1
g.61873-10494 G>T		GG (15)	GT (25)	TT (4)	N (44)	0.469	0.375	0.309
		0.341	0.568	0.091	1
g.62724-9643 C>T		CC (27)	CT (17)	TT (0)	N (44)	0.312	0.193	0.293
		0.614	0.386	0.000	1
g.63097-9270 A>G		AA (8)	AG (21)	GG (15)	N (44)	0.487	0.420	0.891
		0.182	0.477	0.341	1
g.63137-9230 A>T		AA (0)	AT (18)	TT (26)	N (44)	0.325	0.205	0.223
		0.000	0.409	0.591	1
g.69435-2932 C>T		CC (5)	CT (22)	TT (17)	N (44)	0.463	0.364	0.902
		0.114	0.500	0.386	1
g.72367 G>T	Exon7	GG (16)	GT (22)	TT(6)	N (44)	0.474	0.397	0.718
		0.364	0.500	0.136	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ PPARγ 유전자 내에 존재하는 38개 다형성 SNPs 중 HWE값이 0으로 나타난 g.12729-59638 A>G, g.13344-59023 A>T SNPs를 제외한 나머지 36개의 후보SNPs들을 선택하였으며, 선택 되어진 36개의 SNPs의minor allele frequency의 수치는 0.100보다 높게 나타났다.

○ 지방산과 연관되는 SNP를 규명하기 위해서 일차적으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 한우 44두를 대상으로 36개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이를 나타나는 것을 선택한 것을 표 19에 제시하였다.

표 19. 한우에서 나타난 PPARγ 유전자의 36개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.1159-71208 A>G	Intron	AA (7)	AG (4)	GG (11)	AA (9)	AG (10)	GG (3)	0.025	N2 (44)
		0.438	0.286	0.786	0.562	0.714	0.214		1
g.2869-69498 A>G		AA (12)	AG (10)	GG (0)	AA (13)	AG (9)	GG (0)	0.761	N (44)
		0.480	0.526	0.000	0.520	0.474	0.000		1
g.2896-69471 A>C		AA (0)	AC (2)	CC (20)	AA (0)	AC (3)	CC (19)	0.635	N (44)
		0.000	0.400	0.513	0.000	0.600	0.487		1
g.5248-67119 C>T		CC (10)	CT (12)	TT (0)	CC (13)	CT (9)	TT (0)	0.365	N (44)
		0.435	0.571	0.000	0.565	0.429	0.000		1
g.12138-60229 C>G		CC (7)	CG (11)	GG (4)	CC (7)	CG (14)	GG (1)	0.340	N (44)
		0.500	0.440	0.800	0.500	0.560	0.200		1
g.22327-50040 A>G		AA (13)	AG (9)	GG (0)	AA (12)	AG (10)	GG (0)	0.761	N (44)
		0.520	0.474	0.000	0.480	0.526	0.000		1
g.30339-42028 T>C		CC (3)	CT (10)	TT (9)	CC (4)	CT (9)	TT (9)	0.907	N (44)
		0.429	0.526	0.500	0.571	0.474	0.500		1
g.31768-40599 C>G		CC (7)	CG (11)	GG (4)	CC (7)	CG (14)	GG (1)	0.340	N (44)
		0.500	0.440	0.800	0.500	0.560	0.200		1
g.31777-40590 G>A		AA (7)	AG (9)	GG (6)	AA (7)	AG (9)	GG (6)	1.000	N (44)
		0.500	0.500	0.500	0.500	0.500	0.500		1
g.32333-40034 G>A		AA (4)	AG (11)	GG (7)	AA (3)	AG (12)	GG (7)	0.911	N (44)
		0.571	0.478	0.500	0.429	0.522	0.500		1
g.32487-39880 C>G		CC (8)	CG (11)	GG (3)	CC (8)	CG (12)	GG (2)	0.885	N (44)
		0.500	0.478	0.600	0.500	0.522	0.400		1
g.32508-39859 A>T		AA (7)	AT (12)	TT (3)	AA (7)	AT (13)	TT (2)	0.887	N (44)
		0.500	0.480	0.600	0.500	0.520	0.400		1
g.35937-36430 G>A		AA (0)	AG (7)	GG (15)	AA (0)	AG (7)	GG (15)	1.000	N (44)
		0.000	0.500	0.500	0.000	0.500	0.500		1
g.39018-33349 G>A		AA (6)	AG (11)	GG (5)	AA (7)	AG (10)	GG (5)	0.940	N (44)
		0.462	0.524	0.500	0.538	0.476	0.500		1
g.39148-33219 C>G		CC (6)	CG (14)	GG (2)	CC (6)	CG (12)	GG (4)	0.663	N (44)
		0.500	0.538	0.333	0.500	0.462	0.667		1
g.41072-31295 T>G		GG (10)	GT (12)	TT (0)	GG (12)	GT (10)	TT (0)	0.546	N (44)
		0.455	0.545	0.000	0.545	0.455	0.000		1

[다음 페이지]

[표 19 계속]

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.42346-30021 T>C	Intron	CC (8)	CT (11)	TT (3)	CC (7)	CT (8)	TT (7)	0.343	N (44)
		0.533	0.579	0.300	0.467	0.421	0.700		1
g.42499-29868 T>G		GG (11)	GT (10)	TT (1)	GG (10)	GT (11)	TT (1)	0.953	N (44)
		0.524	0.476	0.500	0.476	0.524	0.500		1
g.42523-29844 T>C		CC (7)	CT (10)	TT (5)	CC (6)	CT (9)	TT (7)	0.793	N (44)
		0.538	0.526	0.417	0.462	0.474	0.583		1
g.42555-29812 G>A		AA (9)	AG (12)	GG (1)	AA (10)	AG (5)	GG (7)	0.024	N (44)
		0.474	0.706	0.125	0.526	0.294	0.875		1
g.43637-28730 C>G		CC (8)	CG (12)	GG (2)	CC (7)	CG (14)	GG (1)	0.758	N (44)
		0.533	0.462	0.667	0.467	0.538	0.333		1
g.43645-28722 G>A		AA (2)	AG (6)	GG (14)	AA (2)	AG (6)	GG (14)	1.000	N (44)
		0.500	0.500	0.500	0.500	0.500	0.500		1
g.47009-25358 T>C		CC (2)	CT (12)	TT (8)	CC (1)	CT (14)	TT (7)	0.758	N (44)
		0.667	0.462	0.533	0.333	0.538	0.467		1
g.49232-23135 T>C		CC (8)	CT (12)	TT (2)	CC (7)	CT (14)	TT (1)	0.758	N (44)
		0.533	0.462	0.667	0.467	0.538	0.333		1
g.54191-18176 G>A		AA (8)	AG (11)	GG (3)	AA (8)	AG (11)	GG (3)	1.000	N (44)
		0.500	0.500	0.500	0.500	0.500	0.500		1
g.56135-16232 T>C		CC (1)	CT (12)	TT (9)	CC (1)	CT (14)	TT (7)	0.817	N (44)
		0.500	0.462	0.562	0.500	0.538	0.438		1
g.56223-16144 T>C		CC (0)	CT (8)	TT (14)	CC (0)	CT (9)	TT (13)	0.757	N (44)
		0.000	0.471	0.519	0.000	0.529	0.481		1
g.57085-15282 T>C		CC (8)	CT (11)	TT (3)	CC (9)	CT (9)	TT (4)	0.818	N (44)
		0.471	0.550	0.429	0.529	0.450	0.571		1
g.60868-11499 C>T		CC (10)	CT (12)	TT (0)	CC (10)	CT (12)	TT (0)	1.000	N (44)
		0.500	0.500	0.000	0.500	0.500	0.000		1
g.60917-11450 A>G		AA (9)	AG (8)	GG (5)	AA (10)	AG (5)	GG (7)	0.583	N (44)
		0.474	0.615	0.417	0.526	0.385	0.583		1
g.61873-10494 G>T		GG (7)	GT (12)	TT (3)	GG (8)	GT (13)	TT (1)	0.575	N (44)
		0.467	0.480	0.750	0.533	0.520	0.250		1
g.62724-9643 C>T		CC (0)	CT (14)	TT (8)	CC (0)	CT (13)	TT (9)	0.757	N (44)
		0.000	0.519	0.471	0.000	0.481	0.529		1

[다음 페이지]

[표 19 계속]

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.63097-9270 A>G	Intron	AA (4)	AG (11)	GG (7)	AA (4)	AG (10)	GG (8)	0.944	N (44)
		0.500	0.524	0.467	0.500	0.476	0.533		1
g.63137-9230 A>T		AA (0)	AT (8)	TT (14)	AA (0)	AT (10)	TT (12)	0.540	N (44)
		0.000	0.444	0.538	0.000	0.556	0.462		1
g.69435-2932 C>T		CC (3)	CT (10)	TT (9)	CC (2)	CT (12)	TT (8)	0.802	N (44)
		0.600	0.455	0.529	0.400	0.545	0.471		1
g.72367 G>T	Exon7	GG (13)	GT (6)	TT (3)	GG (3)	GT (16)	TT (3)	0.005	N (44)
		0.812	0.273	0.500	0.188	0.727	0.500		1

1 χ2검정, 2전체두수.

○ 표19의 결과에서 보면 36개의 후보 SNPs 중에서 intron 영역에 위치한 g.1159-71208 A>G, g.42555-29812 G>A SNPs와 exon7 영역에 있는 g.72367 G>T 의 총 3개의 후보SNPs에서 지방산이 높은 그룹과 지방산이 낮은 그룹에서 빈도가 최소 40%이상 차이가 나타났으나 나머지 33개의 후보 SNPs는 그 차이가 미미하였다.

○ g.1159-71208 A>G의 경우 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹에서 AG, GG 유전자형 빈도가 42.8%, 57.2%이상의 차이를 나타내었으며, χ2검정결과 불포화지방산 함량의 차이와 유전자형간에 따라 통계적으로 유의한 차이가 보였고, g.42555-29812 G>A의 경우 또한 AG, GG 유전자형 빈도가 41.2%, 75.0%이상의 차이를 보여주었다. 또한 exon7 영역에 있는 g.72367 G>T의  경우 GG, GT 유전자형에서 62.4%, 45.4%이상의 높은 차이를 보여주면서 χ2검정결과에서 또한 유의적인 차이를 볼 수 있었다.

○ 앞서 분석한 맛과 연관된 후보 유전자와 마찬가지로 불포화지방산 함량 차이가 많이 날수록 SNP 마커로서의 활용 가능성이 높다는 점에 초점을 맞추어 약 40%이상 차이가 나타나는 3개의 후보 SNPs를 대상으로 한우 513두를 적용하여 분석 하였다.

3. PPARγ 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

○ 쇠고기 맛에 영향을 주는 요소 중 등급 뿐만 아니라 지방산 중 올레인산 (C18:1) 및 단가불포화지방산이 큰 영향을 미치는 점을 착안하여 분석을 실시하였으며, 표 20에서는 3개의 후보 SNPs들 중 intron영역의 g.1159-71208 A>G, g.42555-29812 G>A와 exon7 영역에 있는 g.72367 G>T에 대하여 지방산 조성과 근내지방도와 등지방 두께, 도체중에 대한 각 유전자형 별 능력과, 각 형질 별로 공 분산 분석을 하였다.

○ 한우 513두를 대상으로 intron 영역의 g.1159-71208 A>G, g.42555-29812 G>A와 exon7 영역에 있는 g.72367 G>T SNPs들을 대상으로 도체형질간의 관계를 분석해 본 결과 한우의 도체중에는 영향을 미치지 못하였지만, g.1159-71208 A>G SNP에선 등지방 두께에서 AA 유전자형이 12.70mm로 가장 낮게 유의적인 차이를 나타내주고 있었고, g.72367 G>T SNP의 경우 육질등급에서 GG 유전자형이 5.62로 가장 높게 형성된 점을 볼 수 있었다.

○ 융점에 있어 3개의 SNPs 모두 AA, GG, GG 유전자형에서 27.58℃, 27.28℃, 28.09℃로써 유의적으로 가장 낮은 수치를 보여주고 있었다. 이러한 결과는 지방산 중 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 총 함량과 같은 경향치를 보여주고 있는 점에서 융점이 낮을수록 쇠고기 맛에 큰 영향을 끼치고 있다는 점을 알 수 있었다.

○ g.1159-71208 A>G와 g.42555-29812 G>A의 경우 포화지방산의 종류 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 팔미트산 (C16:0)에서 AA와 GG 유전자형이 25.24%, 25.28%로 가장 낮게 나타났고, exon7 영역에 있는 g.72367 G>T의 경우 GG 유전자형에서 25.34%로 가장 낮은 유의적인 차이를 나타내고 있다 (P<0.01).

○ 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)의 경우 또한 앞서 본 팔미트산 (C16:0)과 마찬가지로 g.1159-71208 A>G의 AA 유전자형에서 3.51%, 10.44%, g.42555-29812 G>A의 GG 유전자형에서 3.55%, 10.35%, g.72367 G>T의 GG 유전자형에서 3.54%, 10.47%로써 가장 낮게 나타난 점을 볼 수 있었으며 포화지방산의 전체 함량과 비교해볼 때 이들 3종류의 유전자형에서 40.01%, 40.09% 및 40.23%로써 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)과 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화 지방산 조성 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)함량은 g.1159-71208 A>G와 g.42555-29812 G>A의 AA, GG 유전자형에서 45.00% 및 44.79%로써 가장 높은 함량을 나타내고  유의적으로도 차이가 나타난 점 (P<0.001)을 볼 수 있었으며, 또한 g.72367 G>T의 GG 유전자형에서 44.90%로 가장 높게 나타났다.

○ 단일불포화지방산의 총 함량 또한 포화지방산이 낮았던 유전자형에서 가장 높게 나타난 점에서 앞서 본 올레인산 (C18:1)함량과 동일한 경향치를 보여주고 있다.

○ 오메가3/오메가6의 비율에서 3개의 SNPs의 경우 g.1159-71208 A>G의 AA 유전자형과 g.42555-29812 G>A의 GG 유전자형 및 g.72367 G>T의 GG 유전자형을 가질 때 다른 유전자형을 가질 때보다 그 비율이 1:7.19, 1:8.14, 1:7.94로 가장 적정한 비율을 가지는 점을 볼 수 있었다.

○ 따라서 3개의 후보 SNPs 모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 밀접한 연관이 있다는 점에서 쇠고기 맛에 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

표 20. PPARγ 유전자내에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.1159-71208 A>G				g.42555-29812 G>A				g.72362 G>T
		AA	AG	GG		AA	AG	GG		GG	GT	TT	Total
		(N=134)	(N=303)	(N=76)		(N=83)	(N=113)	(N=317)		(N=302)	(N=160)	(N=51)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		422.49±3.52	430.25±2.52	423.66±5.09	ns	424.88±4.82	422.81±3.84	429.44±2.46	ns	428.70±2.49	423.38±3.36	430.80±6.32	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		12.70±0.46a	13.07±0.27a	14.71±0.66b	**	13.53±0.59	12.59±0.47	13.36±0.28	ns	12.99±0.28	13.25±0.42	14.49±0.72	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.38±0.16	5.48±0.11	5.29±0.23	ns	5.01±0.22	5.47±0.17	5.52±0.11	ns	5.62±0.11b	5.27±0.15ab	4.80±0.28a	5.43±0.08	**
융점 (℃)		27.58±0.65a	30.93±0.93b	32.30±0.77b	***	33.44±0.97b	29.82±0.55a	27.28±1.14a	***	28.09±0.67a	30.55±0.76b	33.07±0.97c	29.81±0.48	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.51±0.05a	3.64±0.03a	3.85±0.08b	**	3.80±0.07b	3.74±0.05a	3.55±0.03a	**	3.54±0.03a	3.70±0.05a	4.01±0.10b	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.24±0.16a	25.68±0.11a	26.25±0.22b	***	26.69±0.21c	25.91±0.19b	25.28±0.10a	***	25.34±0.10a	25.81±0.16a	26.95±0.30b	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.44±0.10	10.44±0.08	10.72±0.16	ns	10.88±0.17b	10.56±0.12ab	10.35±0.07a	**	10.47±0.07a	10.34±0.11a	11.02±0.22b	10.48±0.06	**
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.27±0.02	1.23±0.02	1.26±0.03	ns	1.22±0.04	1.21±0.03	1.26±0.02	ns	1.23±0.02ab	1.29±0.03b	1.15±0.05a	1.24±0.01	*
	팔미토레익산 (C16:1)	6.49±0.07	6.65±0.05	6.65±0.11	ns	6.50±0.11	6.49±0.08	6.67±0.05	ns	6.57±0.05	6.73±0.08	6.46±0.15	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	45.00±0.22c	44.32±0.14b	42.94±0.30a	***	43.09±0.28a	43.83±0.25b	44.79±0.14c	***	44.90±0.13c	44.02±0.21b	41.58±0.31a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.95±0.07a	3.01±0.04ab	3.18±0.08b	*	3.23±0.06b	3.13±0.07ab	2.93±0.04a	***	2.94±0.04a	3.03±0.06a	3.46±0.10b	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.41±0.02b	0.33±0.01a	0.32±0.02a	**	0.33±0.01	0.34±0.01	0.36±0.01	ns	0.37±0.01b	0.34±0.01ab	0.28±0.02a	0.35±0.01	**
	오메가3/오메가6	1 : 7.19	1 : 9.12	1 : 9.94		1 : 9.79	1 : 9.20	1 : 8.14		1 : 7.94	1 : 8.91	1 : 12.36	1 : 8.63
포화지방산 총 함량		40.01±0.23a	40.60±0.16a	41.66±0.33b	***	42.01±0.33c	40.99±0.28b	40.09±0.14a	***	40.23±0.14a	40.67±0.23a	42.58±0.46b	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		54.13±0.23b	53.58±0.17b	52.07±0.33a	***	52.23±0.34a	52.92±0.28a	54.05±0.15b	***	54.03±0.15b	53.44±0.25b	50.57±0.38a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4. PPARγ 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ 총 3개의 후보 SNPs 중 등급에서 유의적인 차이가 나타난 후보 SNP인 exon7 영역에 있는 g.72367 G>T을 대상으로 등급분포로 나타내 보았다.

표 21. 다형성 SNPs의 올레인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.72362 G>T	Exon7	GG	44.90±0.13c	56	122	77	47	178	302
				18.50%	40.40%	25.50%	15.60%	58.90%	100%
		GT	44.02±0.21b	19	67	40	34	86	160
				11.90%	41.90%	25.00%	21.30%	53.80%	100%
		TT	41.58±0.31a	4	18	15	14	22	51
				7.80%	35.30%	29.40%	27.50%	43.10%	100%
전체			44.30±0.11	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ g.72367 G>T SNP대한 등급 별 분포를 보면 GG 유전자형을 가지는 개체가 GT, TT 유전자형을 가지는 개체 보다 1++등급에서 18.50%로 상대적으로 많이 출현하였으며, 1+이상 등급에서도 58.90%로써 다른 유전자형을 가지는 개체보다 높게 나타난 점을 볼 수 있었다.

○ 표 20의 결과에서 GG 유전자형을 가지는 개체가 등급에서 5.62로 가장 높은 수치를 보여줄 뿐만 아니라 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 총 함량에서 44.90% 및  54.03%로써 가장 높게 형성된 점과 일치하는 결과를 볼 수 있었다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 PPARγ 유전자 내 exon7 영역에 위치한 g.72367 G>T SNP는 맛에 영향을 미치는 불포화지방산 뿐만 아니라 한우의 경제형질인 근내지방도와도 깊은 연관성을 볼 수 있었다. 또한 앞서 분석했던 결과를 볼 때 불포화지방산이 높은 개체가 근내지방도에서도 높은 점수를 받을 수 있다는 점에서 한우의 등급뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 불포화지방산에 관련된 보조수단의 마커로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

그림 16. PPARγ 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

5. PPARγ 유전자 중 선발된 우수 SNP의 개월별 분석

○ 한우 생산비를 절감하기 위한 조기출하를 위하여 PPARγ 유전자 중 3개의 SNPs중 가장 성적이 뛰어난 SNP를 최종적으로 선발한 것을 표 22에 제시하였다.

표 22. PPARγ 유전자형 선발된 우수 SNPs의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	PPARγ g.72362 G>T SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
GG	45.17(19)	44.77(62)	45.67(49)	45.95(45)	45.39 (175)
GT	44.02(6)	44.27(21)	44.80(30)	45.23(32)	44.58 (89)
TT	41.34(4)	42.19(5)	42.34(8)	42.86(5)	42.18 (22)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

○ 표 22에서 보면 알 수 있듯이 고품질 쇠고기라 할수 있는 1+등급 이상에서 GG 유전자형일 때 45.39%로 다른 유전자형을 가질 때보다 좋은 성적을 나타내주고 있다. 특히 27~28개월에 45.17%를 나타내는 GG 유전자형을 선발한다면 29~30개월의 모든 유전자형뿐만 아니라 31개월 이상의 GT, TT 유전자형을 가지는 개체를 선발하는 것보다 맛이 풍부한 우수개체를 조기에 선발 할 수 있다. 이처럼 g.72362 G>T SNP를 이용하여 개체를 조기에 선발한다면 비육단축 뿐만 아니라 등급이나 맛에 있어서 그 차별성이 그대로 유지 할 수 있을 것이다.

제 4절 LPL (Lipoprotein Lipase)

유전자의 후보 SNPs의 규명

제 4절 LPL (Lipoprotein Lipase) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. LPL 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ 본 연구에서 이용한 한우 LPL 유전자는 지방조직에서 많이 발견되며, 지질대사 조절에 중요한 역할을 한다. 이 효소는 체내 주요 에너지 저장 형태인 중성지방과 콜레스테롤 및 인지질의 appoprotein과 결합하여 형성된 지방단백질 복합체인 chylomicron으로부터 지방산과 글리세롤을 분해시키고 유리된 지방을 지방세포와 근육세포에 전달해 주는 역할을 하는 주요 효소이다 (Gotoda 등, 1991).

○ LPL에 관한 SNP선정은 Genbank Number NC_007306인 genomic DNA 상에서 exon 및 intron 과 3’UTR 부위에서 염기의 변이가 있는 107개 SNPs를 대상으로 선정하였으며 유전자 내 각각의 SNPs들의 위치를 그림 17에 자세히 명시하였다. 또한 LPL 유전자의 모든 SNPs 염기서열 정보는 부록 *표 66에 명시하였다.

그림 17. 한우에서 나타난 LPL 유전자의 107개 다형성 SNPs.

○ LPL 유전자는 9개의 exon으로 구성 되어 있었으며, 특히 exon2 부위 g.6960 A>T의 SNP경우 ACA 에서 TCA 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 트레오닌에서 세린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 이다.

○ 형질전환한 쥐와 토끼를 이용한 동물실험에서 LPL 유전자는 대부분 지방조직과 근육조직에서 발현되었으며, 비정상적인 발현정도에 따라 비만 또는 몸무게 감소와 같은 불균형이 일어남을 확인하였고 (Greenwood 등, 1985), in vitro 실험에서 흰쥐 지방 조직 내 LPL 활성도는 중성지방이 지방 세포내로 들어오는 것과 매우 높은 관계임을 나타내므로 LPL이 지방 조직 내 지방축척을 조절하는 인자이다 (Braun 와 Severson, 1992; Cruz 와 Willamson, 1992; Simwsolo 등, 1992).

○ 최근 형질전환한 토끼를 이용한 동물실험에서는 LPL 활성도가 높아지면 지방축적이 줄어드는 것이 확인되면서, LPL 유전자가 지방의 축척으로 인해 발생하는 비만 같은 질병 치료를 위한 유전자 치료법에 이용될 수 있음을 보고하였다 (Koike 등, 2004). 이러한 결과들은 LPL 유전자가 지방대사에서 중요한 역할을 담당하고 있으며, 지방축척과 관련된 강력한 후보 유전자라는 것을 뒷받침해주고 있다.

2. LPL 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 107개의 후보 SNP에 대해서 다형성 확인을 한 결과 49개의 SNP에서 다형성이 확인되었고, SNP 마커로서의 정보력과 다양성 및 다음세대에서 어느 정도의 동일한 유전자형의 비율을 가지는지 알아보기 위하여 H, MAF, HWE값을 구하였다.

표 23. 한우에서 나타난 LPL 유전자의 49개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.337 C>T	Intron	CC (25)	CT (17)	TT (2)	N4 (44)	0.363	0.239	0.675
		0.568	0.386	0.045	1
g.1234 G>T		GG (2)	GT (14)	TT (28)	N (44)	0.325	0.205	0.883
		0.045	0.318	0.636	1
g.3844 C>T		CC (23)	CT (17)	TT (4)	N (44)	0.407	0.284	0.739
		0.523	0.386	0.091	1
g.4335 G>A		GG (40)	GA (2)	AA (2)	N (44)	0.127	0.068	0.000
		0.909	0.045	0.045	1
g.5386 A>T		AA (2)	AT (12)	TT (30)	N (44)	0.297	0.182	0.580
		0.045	0.273	0.682	1
g.6960 A>T	Exon2	AA (9)	AT (24)	TT (11)	N (44)	0.498	0.390	0.536
		0.205	0.545	0.250	1
g.6974 G>A		GG (26)	GA (15)	AA (3)	N (44)	0.363	0.239	0.681
		0.591	0.341	0.068	1
g.7342 C>T	Intron	CC (2)	CT (16)	TT (26)	N (44)	0.351	0.227	0.814
		0.045	0.364	0.591	1
g.7372 C>A		CC (17)	CA (25)	AA (2)	N (44)	0.441	0.386	0.057
		0.386	0.568	0.045	1
g.7377 G>C		GG (2)	GC (16)	CC (26)	N (44)	0.351	0.227	0.814
		0.045	0.364	0.591	1
g.7458 G>T		GG (38)	GT (4)	TT (2)	N (44)	0.165	0.091	0.003
		0.864	0.091	0.045	1

[다음 페이지]

[표 23 계속]

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.10437 C>T	Intron	CC (23)	CT (19)	TT (2)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.523	0.432	0.045	1
g.11162 C>T		CC (14)	CT (26)	TT (4)	N (44)	0.474	0.386	0.102
		0.318	0.591	0.091	1
g.12326 G>A		GG (22)	GA (14)	AA (8)	N (44)	0.449	0.341	0.052
		0.500	0.318	0.182	1
g.12359 G>A		GG (22)	GA (18)	AA (4)	N (44)	0.416	0.295	0.908
		0.500	0.409	0.091	1
g.12482 A>G		AA (15)	AG (18)	GG (11)	N (44)	0.495	0.455	0.245
		0.341	0.409	0.250	1
g.12795 A>G		AA (23)	AG (19)	GG (2)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.523	0.432	0.045	1
g.13219 C>T		CC (5)	CT (18)	TT (21)	N (44)	0.433	0.318	0.705
		0.114	0.409	0.477	1
g.13662 C>A		CC (24)	CA (18)	AA (2)	N (44)	0.375	0.250	0.546
		0.545	0.409	0.045	1
g.13775 T>G	Exon3	TT (19)	TG (22)	GG (8)	N (44)	0.474	0.294	0.703
		0.432	0.500	0.068	1
g.13915 C>T	Intron	CC (23)	CT (19)	TT (2)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.523	0.432	0.045	1
g.13949 G>A		GG (2)	GA (19)	AA (23)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.045	0.432	0.523	1
g.14095 A>T		AA (4)	AT (7)	TT (33)	N (44)	0.282	0.170	0.003
		0.091	0.159	0.750	1
g.14220 A>C		AA (15)	AC (17)	CC (12)	N (44)	0.497	0.466	0.137
		0.341	0.386	0.273	1
g.14240 C>T		CC (23)	CT (19)	TT (2)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.523	0.432	0.045	1
g.14606 C>T		CC (2)	CT (21)	TT (21)	N (44)	0.407	0.284	0.250
		0.045	0.477	0.477	1
g.14832 G>T		GG (2)	GT (14)	TT (28)	N (44)	0.325	0.205	0.882
		0.045	0.318	0.636	1

[다음 페이지]

[표 23 계속]

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.17103 G>A	Intron	GG (18)	GA (24)	AA (2)	N (44)	0.433	0.318	0.088
		0.409	0.545	0.045	1
g.17274 G>A		GG (31)	GA (9)	AA (4)	N (44)	0.311	0.193	0.022
		0.705	0.205	0.091	1
g.19614 G>C		GG (2)	GC (25)	CC (17)	N (44)	0.442	0.330	0.058
		0.045	0.568	0.386	1
g.19706 C>T		CC (5)	CT (17)	TT (22)	N (44)	0.425	0.307	0.543
		0.114	0.386	0.500	1
g.19789 C>T		CC (31)	CT (11)	TT (2)	N (44)	0.283	0.170	0.442
		0.705	0.250	0.045	1
g.21199 G>A		GG (21)	GA (17)	AA (6)	N (44)	0.442	0.330	0.404
		0.477	0.386	0.136	1
g.21604 G>A		GG (14)	GA (14)	AA (16)	N (44)	0.498	0.477	0.016
		0.318	0.318	0.364	1
g.22076 G>A		GG (26)	GA (16)	AA (0)	N (42)	0.308	0.193	0.127
		0.591	0.364	0.000	1
g.22488 G>T		GG (18)	GT (8)	TT (18)	N (44)	0.500	0.250	0.066
		0.409	0.182	0.409	1
g.22505 C>T		CC (23)	CT (18)	TT (2)	N (43)	0.380	0.500	0.514
		0.523	0.409	0.045	1
g.22550 C>T		CC (22)	CT (19)	TT (3)	N (44)	0.406	0.284	0.682
		0.500	0.432	0.068	1
g.22649 G>A	Exon9	GG (22)	GA (16)	AA (6)	N (44)	0.434	0.318	0.283
		0.500	0.364	0.136	1
g.23624 G>A	Intron	GG (23)	GA (19)	AA (2)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.523	0.432	0.045	1
g.23735 C>T		CC (2)	CY (18)	TT (24)	N (44)	0.375	0.250	0.546
		0.045	0.409	0.545	1
g.24660 C>T		CC (2)	CT (24)	TT (18)	N (44)	0.433	0.318	0.089
		0.045	0.545	0.409	1

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[표 23 계속]

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.25478 A>T	3'UTR	AA (23)	AT (15)	TT (6)	N (44)	0.425	0.307	0.187
		0.523	0.341	0.136	1
g.25670 C>T		CC (20)	CT (10)	TT (14)	N (44)	0.491	0.500	0.758
		0.454	0.227	0.319	1
g.25736 C>T		CC (2)	CT (19)	TT (23)	N (44)	0.386	0.261	0.432
		0.045	0.432	0.523	1
g.26274 G>T		GG (18)	GT (15)	TT (11)	N (44)	0.487	0.420	0.046
		0.409	0.341	0.250	1
g.26310 C>T		CC (35)	CT (7)	TT (2)	N (44)	0.218	0.125	0.070
		0.795	0.159	0.045	1
g.26667 C>T		CC (19)	CT (15)	TT (10)	N (44)	0.479	0.398	0.055
		0.432	0.341	0.227	1
g.26710 A>G		AA (19)	AG (23)	GG (2)	N (44)	0.425	0.307	0.128
		0.432	0.523	0.045	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ LPL 유전자 내에 존재하는 49개 다형성 SNPs 중 HWE값이 0으로 나타난 경우가 없었기 때문에 다형성이 나타난 49개의 모든 후보SNPs들을 선택하였으며, 선택된 49개의 SNPs의minor allele frequency 의 수치는 0.100보다 높게 나타난 점을 볼 수 있었다.

○ 쇠고기 맛과 연관되는 SNPs를 규명하기 위해서 일차적으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 한우 44두를 대상으로 49개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이를 나타나는 것을 선택한 것을 표 24에 제시하였다.

표 24. 한우에서 나타난 LPL 유전자의 49개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.337 C>T	Intron	CC (12)	CT (9)	TT (1)	CC (13)	CT (8)	TT (1)	0.952	N2 (44)
		0.545	0.409	0.045	0.591	0.364	0.045		1
g.1234 G>T		GG (1)	GT (7)	TT (14)	GG (1)	GT (7)	TT (14)	1.000	N (44)
		0.450	0.318	0.636	0.450	0.318	0.636		1
g.3844 C>T		CC (11)	CT (9)	TT (2)	CC (12)	CT (8)	TT (2)	0.950	N (44)
		0.500	0.409	0.091	0.545	0.364	0.091		1
g.4335 G>A		GG (20)	GA (1)	AA (1)	GG (20)	GA (1)	AA (1)	1.000	N (44)
		0.909	0.045	0.045	0.909	0.045	0.045		1
g.5386 A>T		AA (1)	AT (6)	TT (15)	AA (1)	AT (6)	TT (15)	1.000	N (44)
		0.045	0.273	0.682	0.045	0.273	0.682		1
g.6960 A>T	Exon2	AA (8)	AT (12)	TT (2)	AA (1)	AT (12)	TT (9)	0.015	N (44)
		0.365	0.545	0.090	0.045	0.545	0.410		1
g.6974 G>A		GG (17)	GA (5)	AA (0)	GG (9)	GA (10)	AA (3)	0.028	N (44)
		0.773	0.227	0.000	0.409	0.455	0.136		1
g.7342 C>T	Intron	CC (1)	CT (7)	TT (14)	CC (1)	CT (9)	TT (12)	0.817	N (44)
		0.045	0.318	0.636	0.045	0.409	0.545		1
g.7372 C>A		CC (8)	CA (13)	AA (1)	CC (9)	CA (12)	AA (1)	0.952	N (44)
		0.364	0.591	0.045	0.409	0.545	0.045		1
g.7377 G>C		GG (1)	GC (8)	CC (13)	GG (1)	GC (8)	CC (13)	1.000	N (44)
		0.045	0.364	0.591	0.045	0.364	0.591		1
g.7458 G>T		GG (19)	GT (2)	TT (1)	GG (19)	GT (2)	TT (1)	1.000	N (44)
		0.864	0.091	0.045	0.864	0.091	0.045		1
g.10437 C>T		CC (11)	CT (10)	TT (1)	CC (12)	CT (9)	TT (1)	0.953	N (44)
		0.500	0.455	0.045	0.545	0.409	0.045		1
g.11162 C>T		CC (7)	CT (13)	TT (2)	CC (7)	CT (13)	TT (2)	1.000	N (44)
		0.318	0.591	0.091	0.318	0.591	0.091		1
g.12326 G>A		GG (10)	GA (8)	AA (4)	GG (12)	GA (6)	AA (4)	0.792	N (44)
		0.455	0.364	0.182	0.545	0.273	0.182		1
g.12359 G>A		GG (10)	GA (10)	AA (2)	GG (12)	GA (8)	AA (2)	0.817	N (44)
		0.455	0.455	0.091	0.545	0.364	0.091		1
g.12482 A>G		AA (7)	AG (9)	AG (6)	AA (8)	AG (9)	GG (5)	0.924	N (44)
		0.318	0.409	0.273	0.364	0.409	0.227		1

[다음 페이지]

[표 24 계속]

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.12795 A>G	Intron	AA (11)	AG (10)	GG (1)	AA (12)	AG (9)	GG (1)	0.953	N (44)
		0.500	0.455	0.045	0.545	0.409	0.045		1
g.13219 C>T		CC (3)	CT (9)	TT (10)	CC (2)	CT (9)	TT (11)	0.884	N (44)
		0.136	0.409	0.455	0.091	0.409	0.500		1
g.13662 C>A		CC (12)	CA (9)	AA (1)	CC (12)	CA (9)	AA (1)	1.000	N (44)
		0.545	0.409	0.045	0.545	0.409	0.045		1
g.13775 T>G	Exon3	TT (19)	GT (2)	GG (1)	TT (19)	GT (2)	GG (1)	1.000	N (44)
		0.864	0.091	0.045	0.864	0.091	0.045		1
g.13915 C>T	Intron	CC (11)	CT (10)	TT (1)	CC (12)	CT (9)	TT (1)	0.953	N (44)
		0.500	0.455	0.045	0.545	0.409	0.045		1
g.13949 G>A		GG (1)	GA (10)	AA (11)	GG (1)	GA (9)	AA (12)	0.953	N (44)
		0.045	0.455	0.500	0.045	0.409	0.545		1
g.14095 A>T		AA (2)	AT (4)	TT (16)	AA (2)	AT (3)	TT (17)	0.917	N (44)
		0.091	0.182	0.727	0.091	0.136	0.773		1
g.14220 A>C		AA (8)	AC (8)	CC (8)	AA (7)	AC (9)	CC (6)	0.939	N (44)
		0.364	0.364	0.273	0.318	0.409	0.273		1
g.14240 C>T		CC (11)	CT (10)	TT (1)	CC (12)	CT (9)	TT (1)	0.953	N (44)
		0.500	0.455	0.045	0.545	0.409	0.045		1
g.14606 C>T		CC (1)	CT (11)	TT (10)	CC (1)	CT(10)	TT (11)	0.953	N (44)
		0.045	0.500	0.455	0.045	0.455	0.500		1
g.14832 G>T		GG (1)	GT (8)	TT (13)	GG (1)	GT (6)	TT (15)	0.807	N (44)
		0.045	0.364	0.591	0.045	0.273	0.682		1
g.17103 G>A		GG (8)	GA (13)	AA (1)	GG (10)	GA (11)	AA (1)	0.000	N (44)
		0.364	0.591	0.045	0.455	0.500	0.045		1
g.17274 G>A		GG (15)	GA (5)	AA (2)	GG (16)	GA (4)	AA (2)	0.931	N (44)
		0.682	0.227	0.091	0.727	0.182	0.091		1
g.19614 G>C		GG (1)	GC (13)	CC (8)	GG (1)	GC (12)	CC (9)	0.952	N (44)
		0.045	0.591	0.364	0.045	0.545	0.409		1
g.19706 C>T		CC (3)	CT (8)	TT (11)	CC (2)	CT (9)	TT (11)	0.879	N (44)
		0.136	0.364	0.500	0.091	0.409	0.500		1
g.19789 C>T		CC (15)	CT (6)	TT (1)	CC (16)	CT (5)	TT (1)	0.940	N (44)
		0.682	0.273	0.045	0.727	0.227	0.045		1
g.21199 G>A		GG (10)	GA (9)	AA (3)	GG (11)	GA (8)	AA (3)	0.948	N (44)
		0.455	0.409	0.136	0.500	0.364	0.136		1

[다음 페이지]

[표 24 계속]

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.21604 G>A	Intron	GG (7)	GA (11)	AA (4)	GG (7)	GA (3)	AA (12)	0.014	N (44)
		0.318	0.500	0.182	0.318	0.136	0.545		1
g.22076 G>A		GG (12)	GA (9)	AA (0)	GG (14)	GA (7)	AA (0)	0.751	N (42)
		0.571	0.429	0.000	0.667	0.333	0.000		1
g.22488 G>T		GG (13)	GT (4)	TT (5)	GG (5)	GT (4)	TT (13)	0.029	N (44)
		0.591	0.182	0.227	0.227	0.182	0.591		1
g.22505 C>T		CC (11)	CT (9)	TT (1)	CC (12)	CT (9)	TT (1)	0.944	N (43)
		0.524	0.429	0.048	0.545	0.409	0.045		1
g.22550 C>T		CC (10)	CT (10)	TT (2)	CC (12)	CT (9)	TT (1)	0.753	N (44)
		0.455	0.455	0.091	0.545	0.409	0.045		1
g.22649 G>A	Exon9	GG (10)	GA (11)	AA (1)	GG (12)	GA (5)	AA (5)	0.078	N (44)
		0.455	0.500	0.045	0.545	0.227	0.227		1
g.23624 G>A	Intron	GG (11)	GA (10)	AA (1)	GG (12)	GA (9)	AA (1)	0.953	N (44)
		0.500	0.455	0.045	0.545	0.409	0.045		1
g.23735 C>T		CC (1)	CT (9)	TT (12)	CC (1)	CT (9)	TT (12)	1.000	N (44)
		0.045	0.409	0.545	0.045	0.409	0.545		1
g.24660 C>T		CC (1)	CT (10)	TT (11)	CC (1)	CT (14)	TT (7)	0.459	N (44)
		0.045	0.455	0.500	0.045	0.636	0.318		1
g.25478 A>T	3'UTR	AA (10)	AT (9)	TT (3)	AA (13)	AT (6)	TT (3)	0.609	N (44)
		0.455	0.409	0.136	0.591	0.273	0.136		1
g.25670 C>T		CC (12)	CT (6)	TT (4)	CC (8)	CT (4)	TT (10)	0.039	N (44)
		0.545	0.273	0.182	0.363	0.181	0.456		1
g.25736 C>T		CC (1)	CT (10)	TT (11)	CC (1)	CT (9)	TT (12)	0.953	N (44)
		0.045	0.455	0.500	0.045	0.409	0.545		1
g.26274 G>T		GG (9)	GT (8)	TT (5)	GG (9)	GT (7)	TT (6)	0.924	N (44)
		0.409	0.364	0.227	0.409	0.318	0.273		1
g.26310 C>T		CC (17)	CT (4)	TT (1)	CC (18)	CT (3)	TT (1)	0.918	N (44)
		0.773	0.182	0.045	0.818	0.136	0.045		1
g.26667 C>T		CC (9)	CT (8)	TT (5)	CC (10)	CT (7)	TT (5)	0.942	N (44)
		0.409	0.364	0.227	0.455	0.318	0.227		1
g.26710 A>G		AA (10)	AG (11)	GG (1)	AA (9)	AG (12)	GG (1)	0.953	N (44)
		0.455	0.500	0.045	0.409	0.545	0.045		1

1 χ2검정, 2전체두수.

○ 표 24의 결과에서 보면 49개의 후보 SNPs 중에서 exon2 영역에 위치한 g.6960 A>T와 g.6974 G>A SNPs, intron 영역의 g.21604 G>A와 g.22488 G>T SNPs, exon9의 g.22649 G>A SNP, 그리고 3’UTR의 g.25670 C>T SNP 총 6개의 후보SNPs에서 지방산이 높은 그룹과 지방산이 낮은 그룹에서 빈도가 최소 25%이상 차이가 나는 것을 알 수 있었다. 하지만 나머지 43개의 후보 SNPs는 그 차이가 미미하였다.

○ Exon2 영역에 있는 g.6960 A>T의 경우 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹에서 AA, TT 유전자형 빈도가 32.0%이상의 차이를 나타내었으며 (P<0.015), g.6974 G>A의 경우 또한 GG 유전자형 빈도가 36.4%이상의 차이를 보여주었고 (P<0.025), 통계적으로 유의한 차이를 보여주고 있었다.

○ Intron 영역에 있는 g.21604 G>A 와 g.22488 G>T SNPs의 AA와 GG 유전자형에서 불포화지방산의 차이가 나는 그룹간 36.3%, 36.4% 이상의 높은 차이를 보여주면서 χ2검정 결과에서 또한 유의적인 차이를 볼 수 있었다.

○ Exon9 부분에 있는 g.22649 G>A의 경우 GA 유전자형 빈도에서 27.3%의 차이를 보여주고 있었으나, 유의적인 차이는 없는 결과였다.

○ 3’UTR에 있는 g.25670 C>T의 SNPs에서 TT 유전자형 빈도가 27.4%의 차이를 나타내주며 유의적인 차이를 보여주고 있었다.

3. LPL 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및  경제형질 능력 검정

3.1. LPL 유전자의 Intron 및 3’UTR 부분의 SNPs

○ 표 25에서는 3개의 후보 SNPs들 중 intron 영역의 g.21604 G>A와 g.22488 G>T, 3’UTR영역에 있는 g.25670 C>T SNPs에 대하여 지방산 조성, 근내지방도, 등지방 두께 그리고 도체중에 대한 각 유전자형 별 능력과 각 형질 별 공 분산 분석을 하였다.

○ 먼저 한우의 도체중에 있어 intron 영역의 g.22488 G>T의 GG 유전자형과 3’UTR영역의 g.25670 C>T의 TT 유전자형에서 433.41kg, 434.33kg으로 가장 높은 유의적인 차이를 나타내었으며, 등지방 두께에선 3’UTR영역의 g.25670 C>T의 CT 유전자형이 12.55mm로 가장 낮게 유의적인 차이를 나타내고 있었다.

○ 반면 등급에선 g.21604 G>A의 GG, g.22488 G>T의 GG, g.25670 C>T의 CT 유전자형이 5.50, 5.57, 5.89로 가장 높게 형성된 점을 볼 수 있었다. 반면, 융점에 있어선 intron 영역의 g.22488 G>T의 GG 유전자형만이 28.68℃로 유의적인 차이가 나타났다.

○ Intron 영역의 g.21604 G>A와 g.22488 G>T의 경우 포화지방산의 종류 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 팔미트산 (C16:0)에서 AA와 TT 유전자형이 26.55%, 27.05%로 가장 높게 나타났고, 포화지방산의 한 종류인 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)의 경우 팔미트산 (C16:0)과 일치되는 경향치로 g.21604 G>A, g.22488 G>T, g.25670 C>T의 AA, TT, TT 유전자형에서 가장 높게 나타난 점을 볼 수 있었으며 포화지방산의 전체 함량과 비교해볼 때 역시 이들 SNPs들의 AA, TT, TT 유전자형에서 42.17%, 42.76% 및 40.79%로써 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)과 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화 지방산 조성 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)함량은 포화지방산의 경향치와는 반대로 g.22488 G>T의 GG와 g.25670 C>T의 CT 유전자형에서 44.51%, 44.95%로써 유의적으로 높은 함량을 나타내고 (P<0.001), 또한 g.21604 G>A 의 GG, GA 유전자형에서 44.35%, 44.69%로 AA 유전자형과 유의적으로 높은 차이를 보이고 있다.

○ 단일불포화지방산의 총 함량 또한 올레인산 (C18:1)함량과 마찬가지로 g.22488 G>T의 GG, g.25670 C>T의 CT 및 g.21604 G>A 의 GG, GA유전자형이 53.77%, 54.64% 및 53.60%, 53.83%로써 가장 높게 나타났다.

○ 또한 오메가3/오메가6의 비율에서도 g.22488 G>T의 GG, GT, g.25670 C>T의 CC, CT 및 g.21604 G>A 의 GG, GA 유전자형을 가질 때 다른 유전자형을 가질 때보다 그 비율이 1:8.66, 1:8.31와 1:8.08, 1:8.35 및 1:8.33, 1:8.00로 가장 적정한 비율을 가지는 점을 볼 수 있었다.

○ 따라서 3개의 후보 SNPs 모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 밀접한 연관이 있다는 점에서 쇠고기 맛에 연관된 보조수단의 마커로써 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

표 25. LPL 유전자내 Intron 및 3’UTR 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.21604 G>A				g.22488 G>T				g.25670 C>T
		GG	GA	AA		GG	GT	TT		CC	CT	TT	전체
		(N=254)	(N=216)	(N=43)		(N=227)	(N=242)	(N=44)		(N=248)	(N=97)	(N=168)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		426.27±2.67	428.95±2.94	424.42±7.38	ns	433.41±2.95b	423.45±2.69ab	416.32±6.31a	**	422.80±2.63a	426.35±4.47ab	434.33±3.45b	427.25±1.91	*
등지방 두께 (mm)		13.63±0.33	12.69±0.33	13.47±0.76	ns	13.72±0.36	12.67±0.30	13.66±0.81	ns	12.92±0.31ab	12.55±0.42a	14.04±0.45b	13.22±0.23	*
등급 (1-9)		5.50±0.12b	5.46±0.14b	4.81±0.28a	*	5.57±0.13b	5.38±0.13ab	4.95±0.28a	*	5.31±0.12a	5.89±0.19b	5.33±0.15a	5.43±0.09	*
융점 (℃)		29.57±0.65	29.95±0.78	31.33±1.22	ns	28.68±0.72a	29.52±0.71a	33.67±1.02b	***	30.35±0.71	28.69±0.90	30.20±0.91	29.81±0.48	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.66±0.04a	3.55±0.04a	3.93±0.11b	**	3.61±0.04a	3.61±0.04a	3.93±0.11b	**	3.64±0.04	3.68±0.07	3.61±0.05	3.64±0.03	ns
	팔미트산 (C16:0)	25.69±0.12a	25.42±0.14a	26.55±0.27b	**	25.47±0.13a	25.57±0.12a	27.05±0.30b	***	25.71±0.12	25.48±0.24	25.66±0.14	25.65±0.09	ns
	스테아린산 (C18:0)	10.46±0.09	10.46±0.09	10.70±0.23	ns	10.40±0.09a	10.43±0.09a	11.15±0.23b	**	10.55±0.09b	10.14±0.12a	10.58±0.11b	10.48±0.06	*
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.24±0.03	1.22±0.02	1.33±0.06	ns	1.25±0.03b	1.27±0.02b	1.07±0.06a	**	1.24±0.02	1.28±0.04	1.22±0.03	1.24±0.02	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.62±0.06	6.57±0.06	6.73±0.17	ns	6.66±0.07	6.59±0.06	6.42±0.15	ns	6.55±0.06a	6.86±0.10b	6.54±0.07a	6.61±0.04	*
	올레인산 (C18:1)	44.35±0.16b	44.69±0.18b	42.07±0.32a	***	44.51±0.17b	44.44±0.16b	42.45±0.39a	***	44.31±0.17ab	44.95±0.31b	43.91±0.18a	44.30±0.12	**
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.00±0.05a	2.96±0.05a	3.47±0.10b	***	3.03±0.05	2.99±0.05	3.19±0.09	ns	2.99±0.05a	2.84±0.08a	3.18±0.06b	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.36±0.01b	0.37±0.01b	0.23±0.02a	***	0.35±0.01	0.36±0.01	0.30±0.02	ns	0.37±0.01	0.34±0.02	0.33±0.02	0.35±0.01	ns
	오메가3/오메가6	1:8.33	1:8.00	1:15.09		1:8.66	1:8.31	1:10.63		1:8.08	1:8.35	1:9.64	1:8.63
포화지방산 총 함량		40.62±0.17a	40.28±0.20a	42.17±0.42b	***	40.31±0.19a	40.49±0.17a	42.76±0.41b	***	40.73±0.18b	39.96±0.32a	40.79±0.21b	40.60±0.13	*
단일불포화지방산 총 함량		53.60±0.18b	53.83±0.21b	51.31±0.39a	***	53.77±0.20b	53.62±0.18b	51.47±0.44a	***	53.45±0.18a	54.62±0.34b	52.94±0.21a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

3.2. LPL 유전자의 Exon 부분의 SNPs

○ 표 26에서는 3개의 후보 SNPs들 중 exon2 영역의 g.6960 A>T, g.6974 G>A 와 exon9영역에 있는 g.22649 G>A에 대하여 앞서 분석한 방식과 동일하게 분석을 실시 하였다.

○ 먼저 도체중의 경우 exon2 영역의 g.6974 G>A의 AA 유전자형과 exon9 영역에 있는 g.22649 G>A의 GG 유전자형을 가질 때 441.84kg, 431.35 kg으로 가장 높은 유의적인 차이를 나타내었으며, 등지방 두께에서는 exon2 영역의 g.6960 A>T의 AA 유전자형과 exon9 영역에 있는 g.22649 G>A의 AG, GG 유전자형을 가질 때 12.49mm와 12.51mm 및 13.52mm로 유의적으로 낮은 수치를 나타내고 있다.

○ 등급의 경우 exon2 영역의 g.6960 A>T, g.6974 G>A의 AA와 AA 유전자형이 5.64와 6.31로 가장 크게 유의적인 차이를 보여주고 있다 (P<0.05). 반면 융점에 있어선 3개의 SNPs모두 유의적인 차이가 나타나지 않았다.

○ 포화지방산의 총 함량의 경우 g.6960 A>T의 AA, g.6974 G>A의 AA, g.22649 G>A의 AG 유전자형을 가질 때 40.30%, 39.01%, 40.46%로 다른 유전자형을 가질 때보다 유의적인 낮은 함량을 지니고 있었으며, 올레인산 (C18:1)이나 단일불포화지방산의 경우 이와는 반대로 44.59%, 53.78% 및 46.32%, 55.42%와 44.53%, 53.70%로써 포화지방산의 수치와는 정 반대로 높게 형성된 점을 볼 수 있었다.

○ 오메가3/오메가6의 비율 또한 1:8.08, 1:5.59, 1:7.76으로 다른 유전자형을 가질 때 보다 안정적인 비율을 유지하는 것을 볼 수 있었다. 특히 3개의 SNPs 모두 맛에 결정적인 역할을 하는 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산 및 등급은 그 수치가 동일한 경향치를 볼 수 있었다.

표 26. LPL 유전자내 Exon2, 9 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.6960 A>T				g.6974 G>A				g.22649 G>A
		AA	AT	TT		GG	GA	AA		AA	AG	GG	전체
		(N=201)	(N=224)	(N=88)		(N=425)	(N=56)	(N=32)		(N=35)	(N=221)	(N=257)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		424.90±3.06	428.91±2.89	428.39±4.62	ns	427.84±2.08ab	414.39±5.96a	441.84±7.30b	*	415.11±6.72a	424.39±2.86ab	431.35±2.75b	427.25±1.91	*
등지방 두께 (mm)		12.49±0.35a	13.49±0.34ab	14.18±0.58b	*	13.46±0.26	11.64±0.59	12.72±0.72	ns	15.43±0.87b	12.51±0.33a	13.52±0.33a	13.22±0.23	**
등급 (1-9)		5.64±0.14b	5.42±0.13ab	4.98±0.19a	*	5.35±0.09a	5.54±0.27a	6.31±0.38b	*	5.11±0.33	5.35±0.13	5.53±0.12	5.43±0.09	ns
융점 (℃)		29.58±0.94	29.60±0.59	30.76±1.20	ns	29.86±0.53	29.47±1.64	29.68±1.52	ns	31.11±1.85	30.13±0.76	29.31±0.65	29.81±0.48	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.58±0.05	3.65±0.04	3.74±0.07	ns	3.68±0.03b	3.49±0.09ab	3.34±0.10a	**	3.78±0.12	3.60±0.04	3.65±0.04	3.64±0.03	ns
	팔미트산 (C16:0)	25.42±0.14	25.75±0.13	25.93±0.20	ns	25.80±0.09b	25.15±0.25ab	24.53±0.43a	***	26.50±0.30b	25.54±0.13a	25.63±0.12a	25.65±0.09	*
	스테아린산 (C18:0)	10.49±0.10	10.44±0.09	10.58±0.16	ns	10.48±0.07	10.57±0.20	10.29±0.23	ns	11.06±0.30b	10.49±0.09a	10.40±0.08a	10.48±0.06	*
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.26±0.03	1.23±0.02	1.25±0.05	ns	1.25±0.02	1.17±0.04	1.19±0.06	ns	1.18±0.07	1.27±0.03	1.23±0.02	1.24±0.02	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.61±0.07	6.58±0.06	6.67±0.10	ns	6.64±0.05	6.44±0.13	6.51±0.15	ns	6.43±0.20	6.56±0.06	6.67±0.06	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.59±0.20b	44.39±0.17b	43.41±0.25a	**	44.02±0.12a	45.28±0.34b	46.32±0.57c	***	43.02±0.43a	44.53±0.18b	44.27±0.16b	44.30±0.12	**
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.99±0.05a	2.98±0.05a	3.20±0.07b	*	3.08±0.04b	2.82±0.11ab	2.57±0.17a	***	3.34±0.12b	2.95±0.05a	3.04±0.05a	3.02±0.03	*
	오메가3 (C18:3n3)	0.37±0.02b	0.35±0.01ab	0.30±0.02a	*	0.34±0.01a	0.38±0.03a	0.46±0.04b	**	0.27±0.03a	0.38±0.01b	0.34±0.01b	0.35±0.01	**
	오메가3/오메가6	1:8.08	1:8.51	1:10.67		1:9.06	1:7.42	1:5.59		1:12.37	1:7.76	1:8.94	1:8.63
포화지방산 총 함량		40.30±0.22a	40.65±0.18ab	41.16±0.29b	*	40.79±0.14b	40.07±0.38b	39.01±0.59a	***	42.17±0.46b	40.46±0.19a	40.51±0.18a	40.60±0.13	**
단일불포화지방산 총 함량		53.78±0.23b	53.57±0.18b	52.71±0.31a	*	53.26±0.14a	54.28±0.39a	55.42±0.64b	***	51.98±0.51a	53.70±0.20b	53.54±0.18b	53.50±0.13	**

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4. LPL 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ 한우산업에 있어 중요한 경제형질 중의 하나인 등급의 경우 총 6개의 후보 SNPs 중 유의적인 차이가 나타난 exon2 영역에 있는 g.6960 A>T와 g.6974 G>A 및 intron 영역에 있는 g.21604 G>A, g.22488 G>T와 3’UTR에 있는 g.25670 C>T을 대상으로 등급분포를 표 27과 그림 18에 제시하였다.

표 27. 다형성 SNPs의 올레인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.6960 A>T	Exon2	AA	44.59±0.20b	45	70	52	34	115	201
				22.40%	34.80%	25.90%	16.90%	57.20%	100%
		AT	44.39±0.17b	31	91	62	40	122	224
				13.80%	40.60%	27.70%	17.90%	54.40%	100%
		TT	43.41±0.25a	3	46	18	21	49	88
				3.40%	52.30%	20.50%	23.90%	55.70%	100%
g.6974 G>A		GG	44.02±0.12a	59	171	117	78	230	425
				13.90%	40.20%	27.50%	18.40%	54.10%	100%
		GA	45.28±0.34b	10	24	9	13	34	56
				17.90%	42.90%	16.10%	23.20%	60.80%	100%
		AA	46.32±0.57c	10	12	6	4	22	32
				31.30%	37.50%	18.80%	12.50%	68.80%	100%
g.21604 G>A	Intron	GG	44.35±0.16b	37	116	54	47	153	254
				14.60%	45.70%	21.30%	18.50%	60.30%	100%
		GA	44.69±0.18b	39	74	66	37	113	216
				18.10%	34.30%	30.60%	17.10%	52.40%	100%
		AA	42.07±0.32a	3	17	12	11	20	43
				7.00%	39.50%	27.90%	25.60%	46.50%	100%
g.22488 G>T		GG	44.51±0.17b	39	96	56	36	135	227
				17.20%	42.30%	24.70%	15.90%	59.50%	100%
		GT	44.44±0.16b	37	93	63	49	130	242
				15.30%	38.40%	26.00%	20.20%	53.70%	100%
		TT	42.45±0.39a	3	18	13	10	21	44
				6.80%	40.90%	29.50%	22.70%	47.70%	100%
g.25670 C>T	3' UTR	CC	44.31±0.17a	34	100	64	50	134	248
				13.70%	40.30%	25.80%	20.20%	54.00%	100%
		CT	44.95±0.31b	16	44	24	13	60	97
				16.50%	45.40%	24.70%	13.40%	61.90%	100%
		TT	43.91±0.18ab	29	63	44	32	92	168
				17.30%	37.50%	26.20%	19.00%	54.80%	100%
전체			44.30±0.12	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ Exon2 영역에 위치하는 g.6960 A>T SNP대한 등급 별 분포를 보면 AA 유전자형을 가지는 개체가 다른 유전자형을 가지는 개체 보다 1++등급에서 22.40%로 많이 출현하였으며, g.6974 G>A SNP의 경우 또한 AA 유전자형을 가질 때 올레인산 (C18:1)이 46.32%로 가장 높으며, 1++등급 또한 31.30%로 다른 유전자형을 가지는 개체보다 특별하게 높은 출현율을 볼 수 있었다.

○ 또한 intron 영역에 위치하는 g.21604 G>A와 g.22488 G>T SNPs대한 등급 별 분포를 보면 GG 와 GG 유전자형을 가지는 개체가 다른 유전자형을 가지는 개체 보다 1+등급 이상에서 60.30% 및 59.50%로 상대적으로 많이 출현하였으며, 3’UTR 영역의 g.25670 C>T SNP의 경우 또한 CT 유전자형을 가질 때 61.90%로 다른 유전자형을 가지는 개체보다 높게 나타난 점을 볼 수 있었다. 표 25와 26의 결과에서 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 총 함량에서 가장 높았던 SNPs들의 유전자형을 가진 한우개체들이 육질분포에서도 우수한 것으로 분석 되었다.

그림 18. LPL 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 LPL 유전자 내 exon2 영역에 위치한 g.6960 A>T, g.6974 G>A SNPs와 intron 영역에 존재하는 g.21604 G>A, g.22488 G>T 및 3’UTR의 g.25670 C>T SNPs들은 맛에 영향을 미치는 불포화지방산 뿐만 아니라 한우의 경제형질인 근내지방도와도 깊은 연관성을 볼 수 있었다.

○ 이러한 결과는 앞서 분석한 근내지방도가 불포화지방산과 깊은 연관이 있다는 점과 일치하며, LPL 유전자 내의 5개 마커는 한우산업에 있어 맛과 등급의 차별성을 유지해 줄 수 있는 보조수단으로 활용 될 수 있을 것이다.

5. LPL 유전자 중 선발된 우수 SNP의 개월별 분석

○ 앞서 분석한 방식과 동일한 방법으로 LPL 유전자 중 6개의 SNPs중 가장 성적이 뛰어난 2개의 SNPs를 최종적으로 선발한 것을 표 28에 제시하였다.

표 28. LPL 유전자형 선발된 우수 SNPs의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	LPL g.6960 A>T SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
AA	45.40 (11)	44.78 (33)	45.09 (38)	45.99 (33)	45.29 (115)
AT	43.71 (14)	44.43 (38)	45.42 (38)	45.93 (32)	45.05 (122)
TT	44.14 (4)	44.14 (17)	44.02 (11)	43.63 (17)	43.94 (49)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

유전자형	LPL g.6974 G>A SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
AA	43.41(2)	45.07 (4)	47.80 (6)	48.27 (10)	46.52 (54)
GA	45.28(5)	44.96 (8)	45.73 (14)	46.54 (7)	44.65 (131)
GG	44.27(22)	44.43 (76)	44.73 (67)	44.94 (65)	44.51 (101)
전체	44.41 (29)	44.51 (88)	45.10 (87)	45.48 (82)	44.96 (286)

○ 표 28에서 보면 알 수 있듯이 g.6960 A>T의 경우1+등급 이상에서 AA 유전자형일 때 평균 45.29%로 다른 유전자형을 가질 때 보다 좋은 성적을 나타내주고 있고, g.6974 G>A의 경우 또한 AA 유전자형에서 올레인산 (C18:1)평균이 46.52%로 가장 높게 나타났다.

○ 특히 g.6960 A>T의 SNP 경우 27~28개월에 45.40%를 나타내는 AA 유전자형을 조기에 선발한다면 29~32개월의 모든 유전자형뿐만 아니라 33개월 이상 평균 수치와 별 차이가 없는 우수한 개체를 조기에 선발 할 수 있을 것이다.

○ 반면 g.6974 G>A의 SNP 경우 30개월 이상에서 올레인산 (C18:1)함량이 47.80%, 48.27%로 가장 높게 나타난 결과들을 미우러볼 때 g.6974 G>A SNP의 경우 사육개월을 따져 조기선발의 효과보단 최고급 우수 쇠고기를 선발 할 수 있는데 활용하여야 할 것이다.

○ 이처럼 107개의 후보 SNPs 중에서 선발 효과가 가장 뛰어난 g.6960 A>T SNP를 이용하여 개체를 조기에 선발한다면 한우산업의 비육단축을 하면서 맛이나 등급의 차별성을 유지할 수 있는 중요한 보조수단으로 활용 할 수 있을 것이다.

제 5절 THRSP (Thyroid Hormone Responsive) 유전자의

후보 SNPs의 규명

제 5절 THRSP (Thyroid Hormone Responsive) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. THRSP 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ 쇠고기 맛에 영향을 미치는 불포화지방산에 관련된 유전자 영역에서 THRSP는 지방세포조직에서 직접적으로 지방산 생성 과정에 관련된 주요 유전자다.

○ THRSP에 관한 SNP선정은 Genbank Accession No. AC_000186.1인 genomic DNA 상에서 exon1 부위에서 염기의 변이가 있는 8개 SNPs를 대상으로 선정하였으며 유전자 내 각각의 SNP 들의 위치와 염기서열 정보를 그림 19 및 부록 *표 67에 자세히 명시하였다.

그림 19. 한우에서 나타난 THRSP 유전자의 8개 다형성 SNPs.

○ THRSP유전자는 하나의 exon에 8개의 SNPs가 모두 존재하는 것을 볼 수 있다. 또한 지방세포 조직 내에서의 지방 생성 과정에 영향을 미치는 것과, 이 유전자의 발현되는 양과 지방산이 생성되는 양이 밀접한 연관이 있다는 점 (Jump 등, 1985; Zhu 등, 2005)을 바탕으로 하여 발굴된 8개의 SNPs가 모두 지방산 합성에 영향을 주는 중요한 유전자임을 알 수 있었다.

○ Exon1에서 발굴된 8개의 SNPs 중에서 g.78 G>A SNP경우 GTC 염기서열에서 ATC로 치환이 되어 발린으로부터 아이소루신으로, g.184 C>T SNP의 경우 GCG (아날린) 염기서열에서 GTG (발린)으로의 아미노산 배열에 변이가 일어나는 non-synonymous SNP 이다.

○ 게다가 이 두 SNPs는 Leu-zipper domain에 위치함으로써 지방산 합성에 직접적인 영향을 미친다. 이러한 염기서열의 변이를 나타내는 점과 특정 위치에 존재하는 점을 바탕으로 하여 (Christopher 등, 2010) g.78 G>A SNP와 g.184 C>T SNP가 한우의 단일불포화지방산의 양을 늘이는데 영향을 주는 SNP로써의 역할을 충분히 할 수 있다고 본다.

2. THRSP 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 불포화지방산 조성이 상대적으로 차이가 나며 혈연관계가 없는 한우 44두를 대상으로 8개의 후보 SNP에 대해서 다형성을 확인 한 결과 2개의 SNPs에서 다형성이 확인 하였다. 이후 SNP 마커로서의 정보력과 다양성을 알아보기 위해서 H, MAF, HWE값을 구한 값을 표 29에 제시하였다.

표 29. 한우에서 나타난 THRSP 유전자의 2개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수)				H1	MAF2	HWE3
		빈도
g.78 G>A	Exon1	GG (26)	GA (15)	AA (3)	N4 (44)	0.363	0.237	0.318
		0.591	0.341	0.068	1
g.184 C>T		CC (8)	CT (20)	TT (16)	N (44)	0.483	0.404	0.308
		0.182	0.455	0.364	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ THRSP유전자 내에 존재하는 2개의 다형성 SNPs의 유전자형 빈도는 각각 0.363과 0.483의 heterozygosity 값이 나타났고, 0.318과 0.308의 Hardy-Weinberg equilibrium 값을 가지는 것으로 다형성을 한번 더 확인할 수 있었으며 minor allele frequency 의 수치가 0.100보다 높게 나타났다.

○ 이후 앞서 분석한 방식과 동일한 방식으로 지방산과 연관되는 SNPs를 규명하기 위해서 일차적으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 한우 44두를 대상으로 2개의 후보 SNPs에서 유전자들의 출현빈도에서 차별화를 검정하였다.

표 30. 한우 에서 나타난 THRSP 유전자의 2개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.78 G>A	Exon1	GG (11)	GA (4)	AA (7)	GG (3)	GA (10)	AA (9)	0.025	N2 (44)
		0.785	0.285	0.437	0.215	0.715	0.563		1
g.184 C>T		CC (10)	CT (11)	TT (1)	CC (2)	CT (15)	TT (5)	0.009	N (44)
		0.833	0.423	0.166	0.167	0.577	0.834		1

1 χ2검정, 2전체두수.

○ 표 30의 결과에서 보면 exon1 영역에 위치한 g.78 G>A와 g.184 C>T SNPs 모두 지방산이 높은 그룹과 지방산이 낮은 그룹에서 빈도가 최소 40%이상 차이가 나는 것을 알 수 있었다.

○ g.78 G>A SNP의 경우 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹에서 GG 및 GA 유전자형 빈도가 57.0%, 43.0%의 차이를 나타내었으며, χ2검정결과 불포화지방산 함량과 유전자형간에 따라 통계적으로 유의한 차이 (P<0.025)가 보였다.

○ Exon1에 위치한 또 다른 SNP인 g.184 C>T의 경우 CC와 TT 유전자형 빈도에서 66.6%, 66.8%의 큰 차이가 나타났고, χ2검정결과 0.009로써 유의적인 차이가 매우 큰 것으로 나타났다.

○ 불포화지방산 중 올레인산 (C18:1)의 함량차이가 약 50% 이상 차이가 나타난 2개의 후보 SNPs를 대상으로 한우 513두에 대한 지방산 조성 및 육질능력과의 연관 검정을하였다.

3. THRSP 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

○ 표 31에서는 exon1영역의 후보 SNP인 g.78 G>A와 g.184 G>T에 대하여 지방산 조성과 근내지방도와 등지방 두께, 도체중에 대한 각 유전자형 별 능력과, 각 형질 별로 공 분산 분석을 하였다. 한우 513두를 대상으로 후보 SNPs인 g.78 G>A, g.184 C>T와 도체형질간의 관계를 분석해 본 결과 한우의 도체중과 등지방 두께, 등급 및 융점에는 아무런 영향을 미치지 못하였다.

○ 포화지방산인 미리스트산 (C14:0)과 팔미트산 (C16:0)에서 유의적인 경향치로 (P<0.01), g.78 G>A와 g.184 C>T의 각각의 GG, CC 유전자형에서 3.58%와 25.55%, 3.38%와 25.05%로 가장 낮게 나타난 점을 볼 수 있었으며, 포화지방산의 전체 함량과 비교했을 때 가장 낮은 수치로 동일한 경향치를 보여주고 있었다. 반면 불포화 지방산 조성 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)함량은 g.78 G>A, g.184 C>T의 GG, CC 유전자형에서 44.53% 및 45.56%로써 유의적으로 높은 함량을 나타내고 있었다 (P<0.001). 단일불포화지방산의 총 함량 또한 GG와 CC 유전자형이 53.74% 및 54.67%로써 가장 높게 나타난 점에서 앞서 본 올레인산 (C18:1)함량과 동일한 경향치를 보여주고 있다.

○ 특히 THRSP의 발현을 적게 이루어지면 오메가 6의 함량 또한 억제하는 역할을 한다 (Harvartine 와 Bauman, 2006)고 밝혀져 있다. 2.96%와 2.79%의 적은 양의 오메가 6를 갖는 g.78 G>A, g.184 C>T의 GG와 CC 유전자형에서 올레인산 (C18:1)의 양이 가장 많은 점을 알 수 있다. 또한 오메가 6의 양이 많은 AA와 TT 유전자형에서는 가장 적은 양의 올레인산 (C18:1)을 갖는 것을 볼 수 있다. 따라서, 오메가 6의 양이 적을수록 올레인산 (C18:1)을 포함한 단일불포화지방산의 총 함량이 증가하는 점에서 지방산과 관련된 척도로써 활용 가능성이 있을 것으로 판단된다.

표 31. THRSP 유전자내 Exon1 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.78 G>A				g.184 C>T
		GG	GA	AA		CC	CT	TT	전체
		(N=302)	(N=179)	(N=32)		(N=163)	(N=209)	(N=141)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		426.92±2.39	428.03±3.52	425.94±6.84	ns	431.78±4.41	426.07±2.87	426.44±3.15	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.19±0.28	13.37±0.41	12.63±0.92	ns	13.31±0.57	13.00±0.33	13.44±0.36	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.51±0.11	5.42±0.15	4.63±0.28	ns	5.80±0.22	5.46±0.13	5.21±0.13	5.43±0.08	ns
융점 (℃)		29.81±0.48	29.82±0.82	29.44±1.68	ns	28.36±1.13	29.82±0.73	30.74±0.73	29.81±0.48	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.58±0.04a	3.66±0.04a	4.00±0.12b	**	3.38±0.07a	3.63±0.04b	3.77±0.04b	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.55±0.12a	25.62±0.13a	26.74±0.31b	**	25.05±0.23a	25.72±0.13b	25.85±0.13b	25.65±0.08	**
	스테아린산 (C18:0)	10.49±0.08	10.49±0.09	10.37±0.22	ns	10.51±0.16	10.59±0.09	10.34±0.09	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.24±0.02	1.22±0.03	1.34±0.08	ns	1.17±0.03	1.24±0.02	1.28±0.03	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.60±0.06	6.58±0.07	6.84±0.14	ns	6.47±0.09	6.55±0.06	6.74±0.07	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.53±0.16b	44.30±0.17b	42.12±0.39a	***	45.56±0.32b	44.23±0.16a	43.77±0.18a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.96±0.04a	3.03±0.05a	3.55±0.12b	***	2.79±0.09a	3.01±0.05b	3.14±0.05b	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.36±0.01b	0.35±0.01b	0.26±0.03a	*	0.42±0.02b	0.35±0.01a	0.32±0.01a	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 8.22	1 : 8.66	1 : 13.65		1 : 6.64	1 : 8.60	1 : 9.81	1 : 8.63
포화지방산 총 함량		40.41±0.17a	40.70±0.19a	41.90±0.48b	*	39.61±0.35a	40.82±0.18b	40.83±0.19b	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		53.74±0.18b	53.43±0.20b	51.64±0.48a	***	54.67±0.35b	53.36±0.18a	53.11±0.21a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4. THRSP 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

4.1. 선발된 THRSP 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block

○ THRSP 유전자 내의 8개 다형성 SNPs 가운데 불포화지방산 함량의 차이가 많이 나고 χ2검정을 통한 앞서 선발된 2개의 SNPs들을 앞서 분석한 Gabriel 방법 및 four-gamete rule 방식을 통하여 연관불평형 분석을 하여 haplotype block을 만들어서 haplotype과 지방산 조성 및 경제형질간의 연관분석을 실시한 결과가 그림 20과 같다.

그림 20. 한우에서 나타난 THRSP 유전자의 2개 SNPs의 haplotype block.

○ 그림 20에서와 같이 exon 영역에 존재하는 g.78 G>A와 g.184 C>T SNPs는 서로간의 강한 연관불평형이 되어있다는 것을 확인하였으며, THRSP 유전자의 경우 SCD 유전자와 마찬가지로 하나의 SNP만이 작용하는 것이 아니라 여러 개의 SNPs들의 복합적으로 서로 조합되어 작용한다는 것을 알 수 있었다.

4.2. 선발된 THRSP 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block 빈도

○ Exon에 위치한 2개 SNPs간의 haplotype block의 강한 연관불평형을 보고 한우 집단 513두를 이용하여 앞서 분석한 SCD 유전자를 분석한 동일한 방식으로 각 개체에 대한 haplotype을 선정하였다. 이후 Haploviewer v4.2 프로그램을 이용하여 2개의 SNPs를 빈도 분석한 결과를 표 32에 제시하였다.

표 32. THRSP 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.

Block	g.78 G>A	g.184 C>T	빈도
ht1	G	C	0.404012
ht2	G	T	0.359007
ht3	A	T	0.236981

○ 표 32에서 보면 알수 있듯이 THRSP 유전자의 경우 Ht1과 Ht2에서 빈도가 76%를 차지하고 있었으며, Ht3에선 24%를 나타내고 있었다. 특히 빈도가 10%가 이하가 되는 부분이 나타나지 않았기 때문에 Ht1과 Ht2 및 Ht3모두를 분석 하는데 사용하였다.

4.3. THRSP 유전자에 대한 Haplotype 분석

○ 먼저 도체형질과 haplotype조합과의 분석 결과 도체중, 등지방 두께 및 융점에서는 아무런 연관이 없었으나 등급에서 ht1*ht1 group을 가지는 개체들은 5.85의 수치를 나타내며 다른 유전자형 그룹보다 유의적으로 우수한 결과를 보여주고 있다 (P<0.05).

○ 또한, 하나의 SNP의 분석결과와는 달리 haplotype조합 분석결과에서 유의성이 나타난 점을 미루어 볼 때 단일 유전자 효과보다 haplotype조합에서 더 강한 작용을 나타낸 점을 볼 수 있었다.

○ 지방산의 종류 중 포화지방산인 미리스트산 (14:0), 스테아린산 (C18:0)의 경우 ht1*ht1 group에서 가장 낮고 ht3*ht3 group에서 가장 높은 유의적 결과를 얻을 수 있었다 (P<0.001). 포화지방산의 전체 함량 또한 ht1*ht1 group에서 39.63%로써 가장 낮게 형성 되었으며 ht3*ht3 group에서 41.85%로써 가장 높은 함량을 지니고 있는 점을 볼 때 포화지방산의 각각의 종류와 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화지방산의 종류인 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산 총 함량의 경우 ht1*ht1 group에서 45.65%, 54.79%로써 가장 높은 함량을 지니고 있었고, ht3*ht3 group에서 41.84%, 51.29%로써 가장 낮은 함량을 나타내고 있었다 (P<0.001).

○ 또한, 지방산 생성 과정에 있어 밀접한 영향을 보이는 다가불포화지방산인 오메가 6의 함량을 보면 ht1*ht1 group에서 2.80%로 가장 낮은 함량을 보여주고 있었으며, 오메가3/오메가6의 비율또한 1:6.67로 가장 안정적인 비율을 보여주고 있다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 THRSP 유전자 내 exon1 영역에 위치한 2개의 후보 SNPs모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 깊은 연관이 있었고 강한 연관성이 있는 2개의 후보 SNPs들은 단일 유전자 효과보단 haplotype을 형성했을 때 유전자 효과가 크다고 볼 수 있었으며 불포화지방산이 높은 개체가 근내지방도에서도 높은 점수를 받을 수 있다는 점에서 한우의 경제형질인 등급뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 불포화지방산에 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

표 33. THRSP 유전자내 Exon1 위치에 있는 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		Exon1 haplotype
		ht1*ht1	ht1*ht2	ht1*ht3	ht2*ht2	ht2*ht3	ht3*ht3	Total
		(N=93)	(N=112)	(N=117)	(N=97)	(N=62)	(N=32)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		432.34±4.42	423.32±3.88	428.71±4.21	426.40±4.15	426.76±6.39	424.31±6.74	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.06±0.55	12.49±0.41	13.48±0.52	13.88±0.48	13.18±0.68	13.34±1.02	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.85±0.22c	5.43±0.18b	5.49±0.18b	5.34±0.18b	5.31±0.24b	4.47±0.28a	5.43±0.08	*
융점 (℃)		28.09±1.12a	29.94±0.92ab	29.48±1.11ab	32.93±0.75b	30.03±1.47ab	30.52±1.47ab	29.81±0.48	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.37±0.08a	3.64±0.06b	3.61±0.05b	3.70±0.06b	3.76±0.08b	4.03±0.11c	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.08±0.23a	25.94±0.19b	25.52±0.16ab	25.58±0.18ab	25.82±0.24b	26.65±0.34c	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.53±0.16	10.61±0.14	10.57±0.11	10.32±0.14	10.34±0.16	10.33±0.23	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.17±0.04	1.25±0.03	1.24±0.03	1.31±0.04	1.19±0.05	1.32±0.07	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.48±0.09	6.59±0.10	6.52±0.08	6.73±0.10	6.70±0.13	6.81±0.14	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	45.65±0.32c	44.20±0.24b	44.27±0.20b	43.94±0.25b	44.35±0.32b	41.84±0.33a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.80±0.09a	2.95±0.07ab	3.08±0.07b	3.13±0.07b	2.95±0.09ab	3.53±0.12c	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.42±0.02c	0.36±0.01bc	0.34±0.02b	0.31±0.02ab	0.36±0.02bc	0.25±0.03a	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 6.67	1 : 8.19	1 : 9.06	1 : 10.10	1 : 8.19	1 : 14.12	1 : 8.62	ns
포화지방산 총 함량		39.63±0.35a	40.87±0.28b	40.77±0.22b	40.63±0.26b	40.58±0.35b	41.85±0.50c	40.60±0.12	**
단일불포화지방산 총 함량		54.79±0.35c	53.42±0.27b	53.30±0.23b	53.22±0.28b	53.69±0.40b	51.29±0.40a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

5. THRSP 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ Exon1 영역에 있는 g.78 G>A, g.184 C>T 및 haplotype 모두 한우산업에서 중요한 경제형질인 등급과 유의적인 결과가 나타났기 때문에, 앞서 분석한 동일한 방식으로 등급분포와 연관된 자료를 표 34과 그림 21에 제시하였다.

표 34. 2개의 다형성 SNPs와 Haplotype의 올렌인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.78 G>A	Exon1	GG	44.53±0.16b	49	124	76	53	173	302
				16.20%	41.10%	25.20%	17.50%	57.30%	100%
		GA	44.30±0.17b	29	70	46	34	99	179
				16.20%	39.10%	25.70%	19.00%	55.30%	100%
		AA	42.12±0.39a	1	13	10	8	14	32
				3.10%	40.60%	31.30%	25.00%	43.70%	100%
g.184 C>T		CC	45.56±0.32b	24	30	24	15	54	93
				25.80%	32.30%	25.80%	16.10%	58.10%	100%
		CT	44.23±0.16a	39	92	56	42	131	229
				17.00%	40.20%	24.50%	18.30%	57.20%	100%
		TT	43.77±0.18a	16	85	52	38	101	181
				8.40%	44.50%	27.20%	19.90%	52.90%	100%
g.78 G>A	haplotype	ht1*ht1	45.65±0.32c	24	31	24	14	55	93
				25.80%	33.30%	25.80%	15.10%	59.10%	100%
		ht1*ht2	44.20±0.24b	17	46	31	18	80	112
				15.20%	41.10%	27.70%	16.10%	56.30%	100%
		ht1*ht3	44.27±0.20b	22	46	25	24	68	117
				18.80%	39.30%	21.40%	20.50%	58.10%	100%
g.184 C>T		ht2*ht2	43.94±0.25b	8	48	21	20	56	97
				8.20%	49.50%	21.60%	20.60%	57.70%	100%
		ht2*ht3	44.35±0.32b	7	24	21	10	31	62
				11.30%	38.70%	33.90%	16.10%	50.00%	100%
		ht3*ht3	41.84±0.33a	1	12	10	9	13	32
				3.10%	37.50%	31.30%	28.10%	40.60%	100%
전체			44.30±0.11	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ 각각의 후보 SNPs인 g.78 G>A와 g.184 C>T SNP에 대한 등급 별 분포를 보면 g.78 G>A SNP의 GG 및 GA 유전자형을 가지는 개체가 1++등급에서 16.20%로 AA 유전자형 개체들 3.1%보다 큰 차이로 높게 출현하였다. 또한 g.184 C>T SNP에서 CC 유전자형을 가지는 개체는 1++등급에서 25.80%로 월등히 높은 출현율이 나타났다.

○ haplotype의 결과에서 ht1*ht1 group을 가지는 개체들이 최고급육이라고도 볼 수 있는 1++등급 이상에서 25.80%로써 다른 유전자형을 가지는 개체들보다 10%이상의 높은 출현율을 보여주고 있다. 또한 앞서 본 표 33의 결과에서 ht1*ht1 group을 가지는 개체가 등급에서 5.85로 가장 높은 수치를 보여줄 뿐만 아니라 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 총 함량에서 45.65% 및 54.79%로써 가장 높게 형성된 점과 일치하는 결과를 볼 수 있었다.

그림 21. THRSP 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 THRSP 유전자 내 exon1 영역에 위치한 2개의 후보 SNPs모두 맛에 영향을 미치는 지방산 조성과 깊은 연관이 있으며, 또한 강한 연관성이 있는 2개의 후보 SNPs들은 단일 유전자 효과보다 haplotype을 형성했을 때 유전자 효과가 크다고 볼 수 있었고 불포화지방산의 함량이 높아 질수록 근내지방도의 성적이 올라가는 앞서 본 결과를 토대로 등급뿐만 아니라 맛에 관련된 불포화지방산을 가지는 개체를 조기에 선발 할 수 있는 마커로서 활용될 가능성이 클 것이다.

6. THRSP 유전자 중 선발된 우수 SNP 및 haplotype간의 개월별 분석

표 35. THRSP 유전자형 선발된 우수 SNP와 Haplotype간의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	THRSP g.184 C>T SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
CC	45.58 (6)	45.49 (17)	45.45 (9)	48.01 (22)	46.52 (54)
CT	44.19 (12)	43.76 (38)	45.29 (49)	44.91 (32)	44.65 (131)
TT	44.01 (11)	44.86 (33)	44.67 (29)	44.14 (28)	44.51 (101)
전체	44.41 (29)	44.51 (88)	45.10 (87)	45.48 (82)	44.96 (286)

유전자형	THRSP (g.78 G>A + g.184 C>T) SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
ht1*ht1	45.58 (6)	45.49 (17)	45.45 (9)	48.05 (23)	45.57 (55)
ht1*ht2	43.82 (7)	43.69 (17)	45.27 (22)	44.90 (17)	44.55 (63)
ht1*ht3	45.13 (5)	43.82 (21)	45.31 (27)	44.92 (15)	44.75 (68)
ht2*ht2	44.26 (8)	44.77 (22)	44.95 (15)	44.09 (11)	44.61 (56)
ht2*ht3	42.82 (2)	44.49 (6)	44.98 (11)	44.67 (12)	45.01 (31)
ht3*ht3	44.39 (1)	43.28 (5)	42.11 (3)	41.51 (4)	42.55 (13)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

○ 표 35에서 알 수 있듯이 g.184 C>T SNP와 haplotype이 선발 될 경우 고급육이라 볼 수 있는 1+등급 이상에서 단일 SNPs의 CC 유전자형과 ht1*ht1 group의 45.58%는 다른 유전자형을 가질 때보다 높은 지방산 성적을 나타내주고 있다. 특히 27~28개월에 CC 유전자형과 ht1*ht1 group의 한우를 선발한다면 다른 출하 개월의 개체들뿐만 아니라 33개월 이상의 출하 개체들과 육질에 변화가 없는 지방산 성적을 보이고 있어 우수한 개체를 조기에 출하 할 수 있는 가능성을 보여주고 있다.

제 6절 FABP4 (Fatty acid Binding Protein 4) 유전자의 후보 SNPs의 규명

제 6절 FABP4 (Fatty acid Binding Protein 4) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. FABP4 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ FABP4는 쇠고기 맛에 직접적인 영향을 미치는 한우 등급 및 지방산과 깊은 연관이 있는 유전자로서 지방산 운반 단백질의 기능으로 세포 내로 지방산을 운반하는 주요기능을 가진다 (Damcoot 등, 2004; Chmurzynska 등, 2006).

○ FABP4에 관한 SNP선정은 Genbank Accession No. NC_007312.4인 genomic DNA 상에서 intron 및 exon 전반에 걸쳐 모든 부위에서 염기의 변이가 있는 13개 SNPs를 대상으로 선정하였으며 유전자 내 각각의 SNPs들의 위치 및 염기서열 정보를 그림 22과 부록에 있는 *표 68에 자세히 명시하였다.

그림 22. 한우에서 나타난 FABP4 유전자의 13개 다형성 SNPs.

○ FABP4 유전자는 4개의 exon으로 구성되어 있었으며 exon2와 exon3 영역에 8개의 SNPs가 존재하며, exon4에 하나의 SNP와 나머지 intron영역에 4개의 SNPs 총 13개의 SNPs가 존재하는 것을 볼 수 있었다.

○ 특히, exon2과 exon3에서 발굴된 2개의 SNP 중에서 g.2988 A>G SNP경우 ATC 염기서열에서 GTC로 치환이 되어 아이소루신으로부터 발린으로, g.3690 G>A SNP의 경우 GTG (발린) 염기서열에서 ATG (메티오닌)으로의 아미노산 배열에 변이가 일어나는 non-synonymous SNP이다.

○ 최근에는 FABP4 유전자내의 SNPs와 지방산과의 연관성을 밝힌 연구에서 Michal 등 (2006)은 염색체 14에 존재하는 FABP4 유전자 내의 2개의 SNPs는 근내지방도에 긍정적인 영향을 미친다고 보고 하였으며, c.220 A>G (I74V) SNP는 일본의 화우와 젖소의 팔미토레익산 (C16:1)에 깊은 연관성이 있다고 보고 되었다 (Hoashi 등, 2008; Mannen 등, 2011; Narukami 등, 2011).

○ 게다가 Lee 등 (2006)은 가축의 근내지방 및 성장이 왕성하게 이루어지는 12개월과 27개월 사이에서 FABP4 유전자의 발현이 왕성하게 증가함을 보고 하였다. 이러한 결과를 종합하여 볼 때, FABP4 유전자의 조절영역의 유전변이가 형질을 조절하는 주요 유전변이 일 가능성을 알수 있다.

2. FABP4 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 앞서 다른 유전자와 같이 FABP4의 13개의 후보 SNP에 대해서 다형성 확인을 위해 한우 44두에 1차 실험을 수행하였고, 그 결과 H, MAF, HWE 값을 바탕으로 6개의 SNPs에서 다형성을 확인하였다.

표 36. 한우에서 나타난 FABP4 유전자의 6개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.2634+1018 A>T	Intron	AA (23)	AT (19)	TT (2)	N4 (44)	0.386	0.188	0.432
		0.523	0.432	0.045	1
g.2988 A>G	Exon2	AA (17)	AG (18)	GG (9)	N (44)	0.480	0.410	0.429
		0.386	0.409	0.205	1
g.3690 G>A	Exon3	GG (26)	GA (15)	AA (3)	N (44)	0.360	0.280	0.681
		0.591	0.341	0.068	1
g.3710 G>C		GG (16)	GC (21)	CC (8)	N (44)	0.470	0.440	0.808
		0.363	0.477	0.16	1
g.3977-325 T>C	Intron	CC (18)	CT (18)	TT (9)	N (44)	0.480	0.404	0.264
		0.400	0.400	0.200	1
g.4221 A>G	Exon4	AA (17)	AG (18)	GG (9)	N (44)	0.480	0.410	0.429
		0.386	0.409	0.205	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ FABP4 유전자 내에 존재하는 6개의 다형성 SNPs의 유전자형 빈도는 각각 0.500에 가까운 heterozygosity값이 나타났고, 이 SNPs들의 각각의 Hardy-Weinberg equilibrium값으로 다형성을 한번 더 확인하였다.

○ 표 36의 결과에서 얻어낸 6개의 SNPs에서 지방산과 연관되는 SNPs를 규명하기 위해서 지방산 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 출현 빈도를 확인하였다.

○ Intron 영역에 위치한 g.2634+1018 A>T에서 0.008로 유의적인 차이가 나타났으며, 지방산의 높은 그룹의 AA와 낮은 그룹의 AT 유전자형 개체들에서 빈도가 47%이상 높은 차이가 나는 것을 알 수 있었다. 또 다른 intron 영역의 g.3977-325 T>C의 경우에도 40%이상의 빈도 차이가 나타났다.

표 37. 한우 에서 나타난 FABP4 유전자의 6개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산의 높은 그룹			지방산의 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.2634+1018 A>T	Intron	AA (17)	AT (5)	TT (0)	AA (6)	AT (14)	TT (2)	0.008	N2 (44)
		0.739	0.263	0.000	0.261	0.737	1.000		1
g.2988 A>G	Exon2	AA (1)	AG (4)	GG (17)	AA (2)	AG (11)	GG (9)	0.017	N (44)
		0.333	0.267	0.654	0.667	0.733	0.346		1
g.3690 G>A	Exon3	GG (11)	AG (8)	AA (3)	GG (3)	AG (12)	AA (8)	0.046	N (44)
		0.786	0.400	0.272	0.214	0.600	0.728		1
g.3710 G>C		GG (3)	GC (10)	CC (9)	GG (7)	GC (12)	CC (3)	0.078	N (44)
		0.300	0.456	0.750	0.700	0.544	0.250		1
g.3977-325 T>C	Intron	CC (12)	CT (5)	TT (5)	CC (5)	CT (13)	TT (4)	0.039	N (44)
		0.706	0.278	0.555	0.294	0.722	0.445		1
g.4221 A>G	Exon4	AA (1)	AG (4)	GG (17)	AA (2)	AG (11)	GG (9)	0.017	N (44)
		0.333	0.267	0.654	0.667	0.733	0.346		1

1 χ2검정, 2전체두수.

○ Exon2 영역의 g.2988 A>G SNP의 경우 지방산의 높은 그룹의 AA 및 GG 유전자형 빈도가 지방산의 낮은 그룹에 비해 33.4%, 30.8%의 차이가 나타났으며, χ2검정결과 유의적인 차이가 0.017로 나타났다.

○ Exon3 영역에 위치한 g.3690 G>A의 GG 유전자형에서는 최소 55%이상의 빈도 차이가 나타났으며, AA 유전자형 또한 약 45%차이가 나타났다. 또한 g.3710 G>C SNP의 경우에도 CC 유전자형에서 약 50%의 차이가 나타났으며 이 SNP의 경우에는 다른 SNP보다 유의확률이 조금 높게 나타났다.

○ 마지막으로, exon4 영역의 g.4221 A>G의 지방산의 낮은 구룹의 GG 유전자형의 경우 최소 30%이상의 빈도가 높게 나타났으며, intron에 위치한 g.2634+1018 A>T와 g.2988 A>G와 비슷한 유의적인 차이가 나타났다. 표 37의 결과들을 바탕으로 모든 SNPs가 약 30% 이상 차이가 나타난 6개의 후보 SNPs를 대상으로 실험 하였다.

3. FABP4 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

3.1. FABP4 유전자의 Intron 부분의 SNPs

○ Intron 영역의 후보 SNPs인 g.2634+1018 A>T와 g.3977-325 T>C에 대하여 도체형질 및 지방산 조성에 대한 각각의 SNP의 유전자형 별 능력을 구하였고, 각 형질 별로 공 분산 분석을 한 결과를 표 38에 제시하였다.

○ 2개 SNPs모두 도체중과는 아무런 연관이 없었으나, 근내지방도에서 g.2634+1018 A>T의 AA 유전자형과 g.3977-325 T>C의 CC 유전자형에서 5.56, 6.43으로 가장 높은 유의적인 값을 나타내었으며, 융점에서 또한 28.97℃, 24.60℃로 가장 낮은 유의적인 차이를 보여주고 있다.

○ 미리스트산 (C14:0)과 팔미트산 (C16:0)을 포함하는 포화지방산의 경우 g.2634+1018 A>T의 AA 유전자형과 g.3977-325 T>C의 CC 유전자형에서 3.55%, 25.44%, 40.29% 및 3.16%, 24.35%, 38.33%로 다른 유전자형을 가질때보다 낮은 유의적인 차이를 보여주고 있었다.

○ 반면 포화지방산과 정 반대의 경향치를 가지는 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 경우 g.2634+1018 A>T의 AA 유전자형에서 44.80%, 53.98%로 가장 높은 함량을 가지고 있었으며, g.3977-325 T>C의 CC 유전자형서 또한 47.06%, 56.50%로 다른 유전자형을 가질 때보다 훨씬 높은 함량을 지니고 있었다. 다가불포화지방산의 오메가3/오메가6의 비율 또한 AA, CC 유전자형일 때 1:7.92, 1:5.39로 가장 안정적인 비율을 나타내고 있다. 이러한 결론들을 미루어 볼 때 intron 영역에 있는 2개의 SNPs모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 등급을 결정짖는 근내지방도와 깊은 연관이 있었다는 결론을 추론해 낼수 있었다.

표 38. FABP4 유전자 내의 Intron 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.2634+1018 A>T				g.3977-325 T>C
		AA	AT	TT		CC	CT	TT	전체
		(N=344)	(N=143)	(N=26)		(N=80)	(N=265)	(N=168)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		426.64±2.38	425.83±3.38	443.08±8.52	ns	432.59±4.33	426.42±2.62	426.01±3.46	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.14±0.27	13.42±0.45	13.12±0.81	ns	12.06±0.51a	13.06±0.31ab	14.01±0.41b	13.22±0.22	*
등급 (1-9)		5.56±0.10b	5.24±0.17ab	4.77±0.31a	*	6.43±0.17c	5.43±0.11b	4.95±0.15a	5.43±0.08	***
융점 (℃)		28.97±0.58a	30.81±0.62ab	34.31±1.31b	**	24.60±0.88a	31.92±0.51b	31.54±0.64b	29.81±0.47	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.55±0.03a	3.80±0.05b	3.80±0.12b	***	3.16±0.08a	3.70±0.03b	3.76±0.04b	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.44±0.11a	25.94±0.14a	26.76±0.43b	***	24.35±0.23a	25.87±0.11b	25.93±0.14b	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.46±0.07	10.43±0.10	10.96±0.39	ns	10.21±0.16	10.59±0.08	10.45±0.10	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.23±0.02	1.27±0.03	1.17±0.07	ns	1.29±0.04	1.23±0.02	1.24±0.03	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.58±0.05	6.67±0.07	6.56±0.26	ns	6.59±0.11	6.56±0.06	6.70±0.07	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.80±0.14b	43.14±0.19a	42.56±0.48a	***	47.06±0.29b	43.99±0.14a	43.47±0.18a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.93±0.04a	3.23±0.06b	3.06±0.14ab	***	2.59±0.09a	3.06±0.04b	3.16±0.05b	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.37±0.01b	0.29±0.01a	0.33±0.03ab	***	0.48±0.02b	0.33±0.01a	0.32±0.01a	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1:7.92	1:11.14	1:9.27		1:5.39	1:9.27	1:9.88	1:8.62
포화지방산 총 함량		40.29±0.15a	41.08±0.20ab	41.10±0.67b	***	38.33±0.33a	41.04±0.16b	41.00±0.19b	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		53.98±0.16b	52.68±0.20a	51.73±0.59a	***	56.50±0.34b	53.09±0.16a	52.74±0.19a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

3.2. FABP4 유전자의 Exon2, 4 부분의 SNPs

○ 표 39에서는 exon2 영역의 g.2988 A>G와 exon4 영역의 g.4221 A>G SNPs들을 대상으로 각각의 유전자형과 지방산 및 도체형질간의 공 분산 분석을 실시 하였다.

○ 2개의 SNPs 모두 도체중, 등급, 융점에선 아무런 연관성이 나타나지 않았으나 등지방 두께에서만 g.2988 A>G의 GG 유전자형과 g.4221 A>G의 GG 유전자형에서 11.91mm, 12.93mm로 유의적으로 낮은 수치를 보여주고 있었다 (P<0.05). 특히 g.2988 A>G는 등지방 두께와 연관이 있었다고 밝혀진 결과 (Cho 등, 2207)가 본 연구에서 나타난 결과와 일치하는 점을 볼 수 있었다.

○ 포화지방산의 경우 g.2988 A>G의 GG 유전자형과 g.4221 A>G의 GG 유전자형에서 40.02%, 40.02%로 낮은 유의적인 차이를 보여주고 있었고, 이와는 정 반대의 경향치를 보여주고 있는 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 함량은 45.08%, 54.43% 및 45.06%, 54.40%로 다른 유전자형을 지닐 때보다 유의적으로 높은 함량을 지니고 있었다 (P<0.01).

○ 기능성 지방산인 다가불포화지방산의 오메가3/오메가6의 비율에서 또한 GG 유전자형에서 1:7.32, 1:7.39로 가장 안정적인 비율을 나타내고 있었다.

표 39. FABP4 유전자 내의 Exon2, 4 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.2988 A>G				g.4221 A>G
		AA	AG	GG		AA	AG	GG	전체
		(N=155)	(N=277)	(N=81)		(N=155)	(N=277)	(N=81)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		430.81±3.44	425.48±2.61	426.48±4.87	ns	429.23±3.38	425.48±2.60	429.49±5.06	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.61±0.42b	13.38±0.31b	11.91±0.45a	*	13.08±0.42ab	13.38±0.31b	12.93±0.49a	13.22±0.22	*
등급 (1-9)		5.43±0.15	5.32±0.12	5.78±0.21	ns	5.47±0.15	5.32±0.12	5.69±0.21	5.43±0.08	ns
융점 (℃)		29.91±0.79	30.34±0.67	28.14±1.22	ns	29.81±0.84	30.33±0.67	28.51±1.12	29.81±0.47	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.67±0.05	3.66±0.04	3.52±0.06	ns	3.67±0.05	3.66±0.04	3.50±0.07	3.63±0.02	ns
	팔미트산 (C16:0)	25.75±0.15	25.66±0.11	25.42±0.23	ns	25.75±0.15	25.66±0.12	25.42±0.23	25.65±0.08	ns
	스테아린산 (C18:0)	10.40±0.10	10.59±0.08	10.26±0.15	ns	10.37±0.10	10.59±0.08	10.32±0.15	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.24±0.03	1.22±0.02	1.31±0.04	ns	1.25±0.03	1.22±0.02	1.29±0.04	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.69±0.07	6.54±0.06	6.70±0.11	ns	6.70±0.08	6.54±0.06	6.67±0.11	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.16±0.20a	44.15±0.16a	45.08±0.30b	**	44.16±0.20a	44.15±0.16a	45.06±0.30b	44.30±0.11	**
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.08±0.06b	3.06±0.04b	2.78±0.08a	***	3.07±0.06b	3.06±0.04b	2.81±0.08a	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.36±0.01	0.34±0.01	0.38±0.02	ns	0.36±0.01	0.34±0.01	0.38±0.02	0.35±0.01	ns
	오메가3/오메가6	1:8.56	1:9.00	1:7.32		1:8.53	1:9.00	1:7.39	1:8.62
포화지방산 총 함량		40.65±0.22ab	40.75±0.17b	40.02±0.32a	**	40.65±0.22ab	40.75±0.17b	40.02±0.32a	40.60±0.12	**
단일불포화지방산 총 함량		53.49±0.22a	53.24±0.18a	54.43±0.33b	**	53.51±0.23a	53.24±0.17a	54.40±0.33b	53.50±0.13	**

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

3.3. FABP4 유전자의 Exon3 부분의 SNPs

○ Exon3 영역에 존재하는 g.3690 G>A와 g.3710 G>C의 각각의 유전자형 별 능력과 도체형질 및 지방산 조성간의 공 분산 분석을 한 결과를 표 40에 제시하였다.

○ 먼저 g.3710 G>C의 경우 도체중, 등지방두께, 등급, 융점과 아무런 연관이 나타나지 않았으나 g.3690 G>A의 GG 유전자형의 경우 도체중 및 근내지방도에서 431.05kg 및 5.66으로 유의적인 효과가 나타났다. 이러한 결과는 Lee 등, (2010)이 밝힌 g.3690 G>A가 근내지방도와 연관이 있다는 결과와 일치하는 점을 볼 수 있었다.

○ 포화지방산과 g.3690 G>A는 아무런 연관이 없었으나, g.3710 G>C의 CC 유전자형에선 39.62%로 낮은 유의적인 차이를 나타냈으며 팔미트산 (C16:0)에서 또한 24.88%로 낮은 함량을 지니고 있었다.

○ 반면 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 경우 g.3690 G>A의 GG 유전자형과 g.3710 G>C의 CC 유전자형에서 44.56%, 53.84% 및 45.71%, 54.74%으로 다른 유전자형을 지닐때보다 유의적으로 높은 함량을 지니고 있었으며 오메가3/오메가6의 비율 또한 1:8.17, 1:6.97로 가장 안정적인 비율을 지니고 있었다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 exon2 영역의 g.2988 A>G와 exon3 영역에 존재하는 g.3690 G>A, g.3710 G>C 및 exon4 영역의 g.4221 A>G SNPs 모두 맛에 관련이 있는 불포화지방산과 깊은 연관이 있으며 특히 g.3690 G>A은 등급을 결정하는 근내지방도 지수와도 깊은 관련이 있다는 점을 볼 수 있었다.

표 40. FABP4 유전자 내의 Exon3 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.3690 G>A				g.3710 G>C
		GG	GA	AA		GG	GC	CC	전체
		(N=286)	(N=209)	(N=18)		(N=178)	(N=294)	(N=41)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		431.05±2.61c	423.25±2.90b	413.17±9.19a	*	428.65±3.09	425.44±2.61	434.10±6.27	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		12.97±0.28	13.67±0.38	12.06±1.14	ns	13.20±0.40	13.29±0.29	12.78±0.65	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.66±0.11b	5.17±0.13ab	4.67±0.41a	*	5.36±0.14	5.34±0.11	5.93±0.30	5.43±0.08	ns
융점 (℃)		29.83±0.59	29.38±0.90	32.27±1.78	ns	29.67±0.79	30.01±0.59	24.55±7.65	29.81±0.47	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.63±0.04	3.64±0.04	3.80±0.16	ns	3.64±0.05	3.65±0.04	3.47±0.09	3.63±0.02	ns
	팔미트산 (C16:0)	25.59±0.12	25.65±0.13	26.58±0.51	ns	25.61±0.15b	25.79±0.11b	24.88±0.27a	25.65±0.08	*
	스테아린산 (C18:0)	10.40±0.08	10.57±0.09	10.73±0.35	ns	10.43±0.10	10.55±0.08	10.21±0.18	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.24±0.02	1.25±0.03	1.15±0.09	ns	1.24±0.03	1.24±0.02	1.28±0.06	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.65±0.06	6.56±0.06	6.49±0.29	ns	6.65±0.07	6.58±0.06	6.60±0.12	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.56±0.16b	44.04±0.17ab	43.16±0.51a	**	44.31±0.19a	44.09±0.15a	45.71±0.38b	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.94±0.05	3.13±0.05	3.02±0.22	*	3.06±0.06b	3.05±0.04b	2.65±0.11a	3.02±0.03	**
	오메가3 (C18:3n3)	0.36±0.01	0.34±0.01	0.33±0.04	ns	0.36±0.01	0.34±0.01	0.38±0.03	0.35±0.01	ns
	오메가3/오메가6	1:8.17	1:9.21	1:9.15		1:8.50	1:8.97	1:6.97	1:8.62
포화지방산 총 함량		40.42±0.17	40.76±0.19	41.59±0.63	ns	40.56±0.21b	40.77±0.16b	39.62±0.41a	40.60±0.12	*
단일불포화지방산 총 함량		53.84±0.17b	53.16±0.19ab	52.21±0.65a	***	53.58±0.22a	53.28±0.17a	54.74±0.39b	53.50±0.13	**

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4. 단일 후보 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

4.1. 선발된 FABP4 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block

○ FABP4 유전자 내의 6개의 SNPs들 중 간의 연관불평형 분석을 통하여 haplotype block을 만들어서 haplotype과 지방산 조성 및 경제형질간의 연관분석을 실시하였다.

그림 23. 한우에서 나타난 FABP4 유전자의 6개 SNPs의 haplotype block.

○ haplotype 분석 결과 exon2 및 3 영역에 존재하는 g.2988 A>G, g.3690 G>A와 g.3710 G>C가 강한 연관불평형을 나타낸다는 것을 알 수 있었다.

4.2. 선발된 FABP4 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block 빈도

○ FastPHASE 프로그램을 이용하여 앞서 분석한 다른 유전자들과 동일한 방식으로 exon2, exon3 영역에 위치한 3개 SNPs간의 haplotype block의 강한 연관불평형을 바탕으로 각 개체에 대한 haplotype을 선정하였다. 이후 Haploviewer v4.2 프로그램을 이용하여 3개의 SNPs를 빈도 분석한 결과를 표 41에 제시하였다.

표 41. FABP4 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.

Haplotype	g.2988 A>G	g.3690 G>A	g.3710 G>C	빈도
Ht1	G	G	C	0.352667
Ht2	A	G	G	0.335043
Ht3	A	A	G	0.225774
	G	G	G	0.064879
제외	A	G	C	0.008620
	G	A	G	0.007832
	A	A	C	0.002687
	G	A	C	0.002498

○ 표 41의 결과에서 Ht1과 Ht2 및 Ht3을 제외한 나머지 유전자형에서는 빈도가 10%이하로 나타나기 때문에 haplotype에서 제외 시켰다.

4.3. FABP4 유전자에 대한 Haplotype 분석

○ 먼저 도체형질과 haplotype조합과의 분석 결과 도체중, 등지방 두께 및 융점에서는 아무런 연관이 없었으나 육질등급에서 ht1*ht1 group을 가지는 개체들은 5.82의 수치를 나타내며 다른 유전자형 그룹보다 유의적으로 우수한 결과를 보여주고 있다 (P<0.05). 하지만, 특이적으로 표 38에서 나타난 단일유전자형인 g.3977-325 T>C의 CC 유전자형의 등급이 6.43으로 Haplotype의 결과보다 높은 수치를 나타내는 것을 볼 수 있었다.

○ 지방산의 경우, 포화지방산의 미리스트산 (C14:0)과 스테아린산 (C18:0)에서 haplotype과 연관이 없고, 팔미트산 (C16:0)과는 유의적인 차이 (P<0.05)가 나타났다. 불포화지방산의 올레인산 (C18:1)과도 유의적인 차이 (P<0.001)을 나타냈으며 ht1*ht1과 ht2*ht2 group에서 올레인산 (C18:1)이 45.68%와 45.11%로 비슷한 함량을, ht3*ht3 group에서 43.61%로 가장 낮은 함량을 가지는 것으로 나타났다.

○ 또한, 다가불포화지방산인 오메가 3/오메가6의 비율을 보면 ht1*ht1 과 ht2*ht2 group에서 각각 1:7.03 및 1:6.83의 비율을 나타냈으며, 2개의 group이 가장 적절한 비율을 나타내는 것을 알 수 있었다.

표 42. FABP4 유전자 내에 위치한 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		Exon2, 3 Haplotype
		ht1*ht1	ht1*ht2	ht1*ht3	ht2*ht2	ht2*ht3	ht3*ht3	Total
		(N=38)	(N=136)	(N=151)	(N=56)	(N=87)	(N=31)	(N=499)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		431.63±6.55	430.62±3.74	419.54±3.63	435.95±6.13	428.64±4.03	419.19±7.31	426.89±1.92	ns
등지방 두께 (mm)		12.39±0.65	13.17±0.41	13.11±0.42	13.20±0.71	13.44±0.53	13.77±1.10	13.18±0.22	ns
등급 (1-9)		5.82±0.31b	5.51±0.17ab	5.18±0.15a	5.80±0.24b	5.49±0.21ab	4.68±0.29a	5.41±0.08	*
융점 (℃)		24.55±7.65	30.75±0.79	29.07±0.90	29.20±1.51	28.93±1.11	32.44±1.52	29.72±0.48	ns
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.46±0.09	3.77±0.06	3.56±0.05	3.47±0.07	3.72±0.07	3.78±0.10	3.64±0.03	ns
	팔미트산 (C16:0)	24.83±0.29a	25.90±0.15b	25.67±0.16ab	25.22±0.28ab	25.73±0.21ab	25.97±0.39b	25.65±0.88	*
	스테아린산 (C18:0)	10.20±0.18	10.42±0.11	10.63±0.13	10.21±0.17	10.51±0.13	10.52±0.27	10.47±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.27±0.06	1.23±0.03	1.25±0.03	1.23±0.04	1.25±0.04	1.18±0.07	1.24±0.02	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.64±0.13	6.68±0.08	6.51±0.08	6.66±0.11	6.64±0.11	6.63±0.18	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	45.68±0.41b	43.98±0.23a	44.19±0.22a	45.11±0.34ab	44.00±0.28a	43.61±0.43a	44.28±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.67±0.12a	3.07±0.06b	3.04±0.05ab	2.87±0.12ab	3.22±0.08b	3.03±0.16ab	3.03±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.38±0.03	0.32±0.02	0.36±0.02	0.42±0.03	0.34±0.02	0.32±0.03	0.35±0.01	ns
	오메가3/오메가6	1 : 7.03	1 : 9.59	1 : 8.44	1 : 6.83	1 : 9.47	1 : 9.46	1 : 8.66
포화지방산 총 함량		39.56±0.43a	40.85±0.22ab	40.67±0.25ab	39.84±0.40a	40.85±0.29ab	41.02±0.51b	40.60±0.12	*
단일불포화지방산 총 함량		54.73±0.41b	53.29±0.24ab	53.28±0.26ab	54.35±0.38ab	53.32±0.29ab	52.80±0.53a	53.49±0.13	**

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

5. FABP4 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ 한우의 등급에서 유의적인 차이가 나타난 intron 및 exon3 영역에 있는 g.2634+1018 A>T, g.3977-325 T>C와 g.3690 G>A 및 이들 간 haplotype 결과를 대상으로 등급분포를 정리한 결과는 표 43과 그림 24에 나타내었다.

표 43. 3개의 다형성 SNPs와 Haplotype의 올렌인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.2634+1018 A>T	intron	AA	44.80±0.14b	58	142	86	58	200	344
				16.90%	41.30%	25.00%	16.90%	58.20%	100%
		AT	43.14±0.19a	20	55	37	31	75	143
				14.00%	38.50%	25.90%	21.70%	52.50%	100%
		TT	42.56±0.48a	1	10	9	6	11	26
				3.80%	38.50%	34.60%	23.10%	42.30%	100%
g.3977-325 T>C		CC	47.06±0.29b	21	43	12	4	64	80
				26.30%	53.80%	15.00%	5.00%	80.10%	100%
		CT	43.99±0.14a	40	103	74	48	143	265
				15.10%	38.90%	27.90%	18.10%	54.00%	100%
		TT	43.47±0.18a	18	61	46	43	79	168
				10.70%	36.30%	27.40%	25.60%	47.00%	100%
g.3690 G>A	Exon3	GG	44.56±0.16b	47	108	59	46	155	260
				18.10%	41.50%	22.70%	17.70%	59.60%	100%
		AG	44.04±0.17ab	31	93	68	37	124	229
				13.50%	40.60%	29.70%	16.20%	54.10%	100%
		AA	43.16±0.51a	1	6	5	12	7	24
				4.20%	25.00%	20.80%	50.00%	29.20%	100%
g.2988 A>G	haplotype	ht1*ht1	45.68±0.41b	10	15	9	4	25	38
				26.30%	39.50%	23.70%	10.50%	65.80%	100%
		ht1*ht2	43.98±0.23a	23	52	33	28	75	136
				16.90%	38.20%	24.30%	20.60%	55.10%	100%
g.3690 G>A		ht1*ht3	44.19±0.22a	16	66	34	35	82	151
				10.60%	43.70%	22.50%	23.20%	54.30%	100%
		ht2*ht2	45.11±0.34ab	12	25	14	5	37	56
				21.40%	44.60%	25.00%	8.90%	66.00%	100%
g.3710 G>C		ht2*ht3	44.00±0.28a	12	37	26	12	49	87
				13.80%	42.50%	29.90%	13.80%	56.30%	100%
		ht3*ht3	43.61±0.43a	2	8	13	8	10	31
				6.50%	25.80%	41.90%	25.80%	32.30%	100%
Total			44.30±0.11	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ 각각의 후보 SNPs에 대한 등급 별 분포를 보면 g.3977-325 T>C의 CC 유전자형을 가지는 개체가 1++등급에서 26.30%로 가장 높은 출현율이 나타났다. 또한 g.2634+1018 A>T와 g.3690 G>A의 AA 및 GG 유전자형의 경우 각각 16.90% 및 18.10%로 이들 유전자들의 열등 유전자형 그룹과 13%이상의 고품질 출현빈도 차이를 보이고 있다. Haplotype의 결과에서 ht1*ht1 group을 가지는 개체들이 1++등급 이상에서 26.30%의 출현율이 나타났고 표 42에서 본 ht1*ht1 group와 비슷한 수치가 나타났던 ht2*ht2 group을 제외한 다른 haplotype group을 가지는 개체들보다 약 10% 이상의 높은 출현율을 보여주고 있다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 FABP4 유전자 내 intron 및 exon3 영역에 위치한 3개의 후보 SNPs모두 지방산 조성과 깊은 연관이 있으며, 또한 강한 연관성이 있는 3개의 후보 SNPs들은 한우의 경제형질인 근내지방도뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 강한 연관성이 있음으로 인하여 한우 쇠고기 맛을 향상시키기 위한 보조수단으로 활용 가능성이 있을 것으로 판단된다.

그림 24. FABP4 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

6. FABP4 유전자 중 선발된 우수 SNP 및 haplotype간의 개월별 분석

○ FABP4 유전자의 6개의 SNPs 중에서 가장 뛰어난 성적을 가지는 SNP를 최종적으로 선발하여 표 44에 제시하였다.

표 44. FABP4 유전자에서 선발된 우수 SNPs의 각각의 유전자형의 고급육 (1+등급이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	FABP4 g.3977-325 T>C SNP
	1+ 등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
CC	45.91(7)	46.58(16)	47.38(22)	47.72(21)	46.89 (66)
CT	44.41(17)	43.78(44)	44.68(41)	44.94(39)	44.45 (141)
TT	42.32(5)	44.46(28)	43.74(24)	44.29(22)	43.70 (79)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

○ 앞서 본 결과에서 일반적으로 haplotype의 효과는 단일 SNP유전자 마커의 효과보다 높게 나타났었다. 하지만 특이적으로 CC 유전자형을 갖는 g.3977-325 T>C SNP는 haplotype의 효과보다 더 좋은 효과를 나타내었기 때문에 6개의 후보 SNPs 중에서 최종적으로 g.3977-325 T>C가 선발되었다.

○ 그 중에서 CC 유전자형을 갖는 개체들의 27~28개월령 출하시 맛과 연관된 지방산 함량이 29~30개월, 31~32개월, 33개월 이상 비육기간을 가진 개체들 보다 높게 나타나기 때문에 이러한 g.3977-325 T>C의 CC 유전자형을 가진 개체들은 비육기간을 단축할 수 있는 유용한 유전정보 활용이 기대된다.

제 7절 FASN (Fatty Acid Synthase)

유전자의 후보 SNPs의 규명

제 7절 FASN (Fatty Acid Synthase) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. FASN 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ FASN은 쇠고기 맛에 영향을 미치는 불포화지방산에 관련된 유전자 영역으로 지방산 합성 효소의 기능을 가지고 있다.

○ FASN에 관한 SNP선정은 Genbank Number AC_000176.1인 genomic DNA 상에서 exon 및 intron 부위에서 염기의 변이가 있는 19개 SNPs를 선정하였으며 유전자 내 각각의 SNPs들의 위치와 염기서열 정보를 그림 25 및 부록 부분의 *표 69에 자세히 명시하였다.

그림 25. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 19개 다형성 SNPs.

○ FASN 유전자는 exon이 42개로 구성 되어 있으며, exon 영역에 11개의 SNPs가 intron 영역에 8개의 SNPs가 위치해 있다.

○ Exon 영역에 위치한 11개의 SNPs 중에서도 exon24 (g.13126 T>C), exon34 (g.15532 C>A)와 exon39 (g.17924 G>A)에 위치한 3개 SNPs는 아미노산의 서열이 변화하는 non-synonymous SNP이다. g.13126 T>C의 SNP의 경우 티로신에서 히스티딘으로, g.15532 C>A는 루신에서 이소루신으로, g.17942 A>G는 알라닌에서 트레오닌으로 각각 아미노산이 변화한다. 특히, g.15532 C>A와 g.17924 G>A SNPs는 미리스트산 (C14:0) 및 올레인산 (C18:1)과 깊은 연관이 있다는 점 (Morris 등, 2007; Bhuiyan 등, 2009)을 바탕으로 한우의 지방 생성과정에 있어 3개의 SNPs의 기능에 관심을 가질 필요성이 있다.

2. FASN 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 19개의 후보 SNP에 대해서 다형성 확인을 위해 불포화지방산 조성이 상대적으로 차이가 나는 한우 44두에 1차 실험을 수행하여 그 결과 11개의 SNP에서 다형성이 확인되었고, SNP 마커로서의 정보력과 다양성을 알아보기 위해서 H, MAF및 HWE값을 구하였다.

표 45. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 11개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.4199-3358 G>A	Intron	AA (16)	AG (17)	GG (11)	N4 (44)	0.494	0.443	0.223
		0.364	0.386	0.250	1
g.4798-3957 G>C		CC (25)	CG (18)	GG (1)	N (44)	0.351	0.227	0.577
		0.568	0.409	0.023	1
g.4837-3996 C>T		CC (8)	CT (19)	TT (16)	N (44)	0.482	0.398	0.673
		0.186	0.442	0.372	1
g.8948+1723 C>T		CC (14)	CT (19)	TT (11)	N (44)	0.497	0.466	0.513
		0.326	0.419	0.256	1
g.11532-213 C>T		CC (17)	CT (17)	TT (10)	N (44)	0.487	0.420	0.251
		0.386	0.386	0.227	1
g.12870 T>C	Exon23	CC (9)	CT (18)	TT (17)	N (44)	0.483	0.409	0.429
		0.205	0.409	0.386	1
g.13126 T>C	Exon24	CC (11)	CT (23)	TT (10)	N (44)	0.499	0.466	0.936
		0.250	0.523	0.227	1
g.13965 C>T	Exon27	CC (35)	CT (6)	TT (2)	N (44)	0.205	0.114	0.151
		0.814	0.140	0.047	1
g.15532 C>A	Exon34	CC (3)	CA (15)	AA (26)	N (44)	0.363	0.281	0.681
		0.068	0.341	0.591	1
g.16907 T>C	Exon37	CC (8)	CT (9)	TT (27)	N (44)	0.406	0.284	0.003
		0.182	0.205	0.614	1
g.17924 G>A	Exon39	AA (1)	AG (11)	GG (32)	N (44)	0.252	0.121	0.962
		0.023	0.250	0.727	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ 11개의 후보 SNPs모두 0.100 보다 높게 나타난 점을 볼 때 분석의 정확도가 떨어지게 되는 점을 미연에 방지할 수 있었으며, HWE값이 0보다 높게 나타났다.

○ 지방산과 연관되는 SNP를 규명하기 위해서 일차적으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 한우 44두를 대상으로 11개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이를 나타나는 것을 선별한 결과 분석은 표 46에 제시하였다.

표 46. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 11개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산이 높은 그룹			지방산이 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.4199-3358 G>A	Intron	AA (8)	AG (9)	GG (5)	AA (8)	AG (8)	GG (6)	0.928	N2 (44)
		0.500	0.529	0.455	0.500	0.471	0.545		1
g.4798-3957 G>C		CC (13)	CG (9)	GG (0)	CC (12)	CG (9)	GG (1)	0.595	N (44)
		0.520	0.500	0.000	0.480	0.500	1.000		1
g.4837-3996 C>T		CC (4)	CT (9)	TT (9)	CC (4)	CT (10)	TT (8)	0.870	N (44)
		0.500	0.474	0.529	0.500	0.526	0.471		1
g.8948+1723 C>T		CC (5)	CT (11)	TT (6)	CC (9)	CT (8)	TT (5)	0.426	N (44)
		0.357	0.579	0.545	0.643	0.421	0.455		1
g.11532-213 C>T		CC (8)	CT (10)	TT (4)	CC (9)	CT (7)	TT (6)	0.610	N (44)
		0.471	0.588	0.400	0.529	0.412	0.600		1
g.12870 T>C	Exon23	CC (7)	CT (13)	TT (2)	CC (2)	CT (12)	TT (8)	0.047	N (44)
		0.778	0.478	0.118	0.222	0.522	0.882		1
g.13126 T>C	Exon24	CC (3)	CT (11)	TT (8)	CC (8)	CT (12)	TT (2)	0.050	N (44)
		0.273	0.478	0.800	0.727	0.522	0.200		1
g.13965 C>T	Exon27	CC (18)	CT (3)	TT (1)	CC (17)	CT (4)	TT (1)	0.997	N (44)
		0.514	0.428	0.500	0.486	0.572	0.500		1
g.15532 C>A	Exon34	CC (2)	CA (3)	AA (17)	CC (1)	CA (12)	AA (9)	0.017	N (44)
		0.667	0.200	0.654	0.333	0.800	0.346		1
g.16907 T>C	Exon37	CC (2)	CT (2)	TT (18)	CC (6)	CT (7)	TT (9)	0.020	N (44)
		0.250	0.222	0.667	0.750	0.778	0.333		1
g.17924 G>A	Exon39	AA (0)	AG (2)	GG (20)	AA (1)	AG (9)	GG (12)	0.024	N (44)
		0.000	0.182	0.625	1.000	0.818	0.375		1

1 χ2검정, 2전체두수.

○ 11개의 후보 SNPs 중에서 exon 영역에 위치한 g.12870 T>C, g.13126 T>C, g.15532 C>A, g.16907 T>C, g.17924 G>A의 총 5개의 후보SNPs에서 지방산이 높은 그룹과 지방산이 낮은 그룹에서 빈도가 최소 30%이상 차이가 나는 것을 알 수 있었고 나머지 6개의 후보 SNPs의 빈도에서는 두 그룹간의 차이가 나타나지 않았다.

○ g.12870 T>C의 경우 지방산의 높은 그룹 CC 유전자형의 빈도는 낮은 그룹과 55.6%, 낮은 그룹의 TT유전자형은 높은 그룹과 76.4%이상의 높은 차이를 나타내었으며 (P<0.05), g.13126 T>C 의 경우 또한 낮은 그룹의 CC와 높은 그룹의 TT 유전자형 빈도가 45.4%, 60.0%이상의 차이를 보여주었다.

○ Exon34 영역에 있는 g.15532 C>A 의  경우 CC와 AA 유전자형에서 높은 그룹의 빈도가 모두 30% 이상의 차이를 나타내었고, 특히 낮은 그룹의 CA 유전자형 빈도는 60.0%의 높은 차이가 나타났다. 또한 χ2검정결과에서 유의적인 차이 (P<0.05)를 볼 수 있었다.

○ 불포화지방산 함량의 차이가 30%이상 나타나는 SNPs를 선발한 결과 5개의 후보 SNPs가 선정 되었으며, 이를 대상으로 한우 513두를 적용하여 지방산 조성 및 도체형질과의 연관정도를 분석 하였다.

3. 단일 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

○ 앞서 분석한 동일한 방식으로 표 47에서는 5개의 후보 SNPs들 중 exon23, 24 영역의 g.12870 T>C와 g.13126 T>C, 표 48에서는 exon 34, 37, 39 영역의 g.15532 C>A, g.16907 T>C와 g.17924 G>A에 대하여 지방산 조성과 근내지방도와 등지방 두께, 도체중에 대한 각 유전자형 별 평균을 구하였고, 지방산의 각 형질 별로 공 분산 분석을 실시하였다.

3.1. FASN 유전자의 Exon23, 24 영역의 SNPs

○ 한우 513두를 대상으로 exon23, 24 영역의 후보 SNPs인 g.12870 T>C, g.13126 T>C와 도체형질간의 관계를 분석해 본 결과 모두 한우의 도체중과 등지방 두께와는 연관된 결과를 나타내지 않았다.

○ 융점에 있어 g.12870 T>C의 CC, g.13126 T>C의 TT, g.15532 C>A의 AA, g.16907 T>C의 TT, g.17924 G>A의 GG 유전자형은 각각 26.04℃, 25.91℃, 27.25℃, 28.93℃, 28.93℃로써 유의적으로 가장 낮은 수치를 보여주고 있었다.

○ g.12870 T>C와 g.13126T>C 모두 포화지방산 중 스테아린산 (C18:0)과 불포화지방산의 미리스톨레인산 (C14:1)과 팔미토레익산 (C16:1)과 아무런 연관이 없다는 것을 알 수 있다.

○ 미리스트산 (C14:0) 및 팔미트산 (C16:0)의 경우 g.12870 T>C의 CC 유전자형에서 3.44%, 25.15% 및 g.13126 T>C의 TT 유전자형에서 3.42%, 25.05%로써 가장 낮게 나타난 점을 볼 수 있었으며 포화지방산의 전체 함량과 비교해볼 때 g.12870 T>C의 CC, g.13126 T>C의 TT 유전자형에서 39.73%, 39.55%로써 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 팔미트산 (C16:0)과 동일한 경향치로 낮은 수치를 보여주고 있었다.

표 47. FASN 유전자내 Exon23, 24 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.12870 T>C				g.13126 T>C
		CC	CT	TT		CC	CT	TT	전체
		(N=136)	(N=217)	(N=160)		(N=163)	(N=209)	(N=141)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		428.60±3.50	428.64±3.12	424.21±3.28	ns	425.13±3.28	428.61±3.18	427.67±3.42	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		12.58±0.41	13.67±0.36	13.14±0.40	ns	12.99±0.38	13.75±0.37	12.70±0.41	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.76±0.17b	5.44±0.12ab	5.13±0.15a	**	5.17±0.15a	5.40±0.13ab	5.76±0.17b	5.43±0.08	*
융점(℃)		26.04±1.02a	30.87±0.62b	31.80±0.62b	***	31.82±0.58b	31.01±0.65b	25.91±0.99a	29.81±0.48	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.44±0.05a	3.68±0.04b	3.75±0.05b	***	3.77±0.05b	3.67±0.04b	3.42±0.05a	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.15±0.15a	25.86±0.13b	25.80±0.15b	**	25.92±0.15b	25.85±0.13b	25.05±0.15a	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.37±0.13	10.48±0.08	10.58±0.11	ns	10.63±0.11	10.48±0.09	10.31±0.12	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.29±0.03	1.22±0.02	1.24±0.03	ns	1.23±0.02	1.23±0.03	1.28±0.03	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.60±0.08	6.62±0.06	6.60±0.07	ns	6.59±0.07	6.63±0.07	6.60±0.07	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	45.50±0.20b	44.04±0.16a	43.63±0.22a	***	43.54±0.20a	44.03±0.17a	45.57±0.21b	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.81±0.06a	3.05±0.04b	3.17±0.06b	***	3.18±0.06b	3.05±0.04b	2.79±0.06a	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.41±0.01b	0.34±0.01a	0.31±0.01a	***	0.30±0.01a	0.34±0.01b	0.42±0.02c	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 6.85	1 : 8.97	1 : 10.23		1 : 10.60	1 : 8.97	1 : 6.64	1: 8.63
포화지방산 총 함량		39.73±0.23a	40.83±0.18b	41.04±0.23b	***	41.22±0.22b	40.83±0.19b	39.55±0.24a	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		54.77±0.24b	53.23±0.19a	52.81±0.24a	***	52.70±0.23a	53.23±0.19a	54.80±0.24b	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

○ 반면 불포화 지방산 조성 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)함량은 g.12870 T>C, g.13126 T>C의 CC, TT 유전자형에서 45.50% 및 45.57%로써 가장 높은 함량을 나타내고 있고 유의적으로도 차이가 나타난 점 (P<0.001)을 볼 수 있었으며, 단일불포화지방산의 총 함량 또한 CC, TT 유전자형이 54.77% 및 54.80%로써 가장 높게 나타난 점에서 앞서 본 올레인산 (C18:1)함량과 동일한 경향치를 보여주고 있다.

○ 오메가3/오메가6의 비율에서 g.12870 T>C와 g.13126 T>C의 경우 CC, TT 유전자형을 가질 때 비율이 1:6.85, 1:6.64로 가장 적정한 비율을 가지는 점을 볼 수 있었다. 따라서 exon 23, 24 영역의 g.12870 T>C, g.13126 T>C 후보 SNPs 모두 한우의 경제형질인 근내지방도와 연관이 있으며 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 밀접한 연관이 있다는 점에서 쇠고기 맛에 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

3.2. FASN 유전자의 Exon34, 37, 39 영역의 SNPs

○ Exon34, 37, 39 영역에 있는 3개의 후보 SNPs인 g.15532 C>A, g.16907 T>C, g.17924 G>A에 대해서 각각의 유전자형과 지방산 조성 및 도체성적간의 공 분산 분석을 실시하여 연관성을 구하였다.

○ 먼저 각각의 후보 SNPs와 도체형질간의 관계를 분석해 본 결과 3개의 SNPs 모두 한우의 도체중에는 아무런 영향을 미치지 못하였으나 g.15532 C>A를 제외한 g.16907 T>C와 g.17924 G>A의 경우 등지방 두께와 유의적인 효과를 가지는 것으로 나타났다. 또한 3개의 SNPs 모두 근내지방도와 융점과 유의적인 효과를 가지는 것으로 나타났다.

○ 포화지방산의 경우 g.15532 C>A와 스테아린산 (C18:0) 사이에 아무런 연관이 없다는 결과가 나타났고, 또 다른 포화지방산인 미리스트산 (C14:0)과 팔미트산 (C16:0)과는 유의성이 있다고 나타났다.

○ g.16907 T>C와 g.17924 G>A의 경우 포화지방산인 미리스트산 (C14:0), 팔미트산 (C16:0), 스테아린산 (C18:0)과 아주 높은 유의성을 가지는 것으로 나타났으며, 각각의 TT와 GG 유전자형에서 3.57%, 25.44%, 10.42% 및 3.57%, 25.43%, 10.43%의 함량을 가지며, 이는 포화지방산 총 함량과 동일한 결과를 보여주고 있었다. Morris 등 (2007) 또한 앞서 밝힌 3개의 SNPs들이 미리스트산 (C14:0)과 깊은 연관이 있다는 점에서 본 연구에서 밝힌 결과와 동일한 결과를 볼 수 있었다.

○ 불포화 지방산인 올레인산 (C18:1)함량 및 단일불포화지방산 총 함량과 각각의 후보 SNPs들과 비교해본 결과 g.15532 C>A의 경우 AA 유전자형에서 45.76%의 높은 올레인산 (C18:1)의 함량을 가지고 있었고, 이는 단일불포화지방산 총 함량인 55.10%와 동일한 결과를 보여주고 있다.

○ g.16907 T>C와 g.17924 G>A의 TT, GG 유전자형에서 각각 44.69%의 함량을 나타내며, 이 또한 두 SNPs 각각의 단일불포화지방산 총 함량인 53.88%와 동일한 결과를 보여주고 있다. 이 수치들은 포화지방산 총 함량과 반대되는 결과를 보여주고 있다.

○ 특히, 미국 Angus에서 g.17924 G>A 의 GG유전자형을 가질 때 올레인산 (C18:1)의 함량이 높고, 팔미트산 (C16:0)의 함량이 낮게 떨어지며 (Zhang 등, 2008), 한우에서 또한 올레인산 (C18:1)이 g.17924 G>A와 깊은 연관이 있다는 보고를 (Bhuiyan등, 2009) 볼 때 본 연구의 결과와 일치하는 점을 볼 수 있었다.

표 48. FASN 유전자내 Exon34, 37, 39 위치에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.15532 C>A				g.16907 T>C				g.17924 G>A
		AA	AC	CC		CC	CT	TT		AA	AG	GG	전체
		(N=65)	(N=279)	(N=179)		(N=25)	(N=135)	(N=353)		(N=21)	(N=134)	(N=358)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		428.49±4.77	428.23±2.63	425.14±3.27	ns	428.36±10.36	425.10±3.30	427.99±2.36	ns	418.33±9.65	423.30±3.54	429.25±2.33	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		12.40±0.54	13.07±0.30	13.78±0.41	ns	15.52±1.14b	13.62±0.46ab	12.90±0.26a	*	16.00±1.32b	13.74±0.46a	12.86±0.26a	13.22±0.22	**
등급 (1-9)		6.05±0.22b	5.48±0.11a	5.10±0.15a	**	4.20±0.39a	5.39±0.17b	5.53±0.10b	**	3.90±0.40a	5.39±0.17b	5.53±0.10b	5.43±0.08	***
융점 (℃)		27.25±1.31a	30.22±0.53b	30.65±0.93b	*	36.09±1.01b	29.37±1.01a	28.93±0.53a	***	36.57±0.97b	29.41±0.97a	28.93±0.53a	29.81±0.48	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.43±0.08a	3.64±0.04b	3.71±0.05b	*	4.13±0.13b	3.71±0.05a	3.57±0.03a	***	4.20±0.13b	3.72±0.05a	3.57±0.03a	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.07±0.28a	25.62±0.11b	25.93±0.15b	**	27.69±0.37b	25.83±0.16a	25.44±0.10a	***	27.82±0.42b	25.89±0.16a	25.43±0.10a	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.34±0.15	10.44±0.08	10.61±0.12	ns	11.51±0.36b	10.45±0.13a	10.42±0.07a	***	11.62±0.38b	10.44±0.13a	10.43±0.07a	10.48±0.06	***
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.26±0.04	1.24±0.02	1.24±0.03	ns	1.08±0.09a	1.30±0.04b	1.23±0.02ab	**	1.05±0.09a	1.29±0.04b	1.23±0.02b	1.24±0.01	*
	팔미토레익산 (C16:1)	6.54±0.10	6.61±0.06	6.63±0.08	ns	6.36±0.20	6.67±0.08	6.60±0.05	ns	6.34±0.21	6.67±0.09	6.59±0.05	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	45.76±0.35c	44.37±0.15b	43.62±0.19a	***	41.10±0.48a	43.87±0.20b	44.69±0.14b	***	40.68±0.49a	43.84±0.19b	44.69±0.13b	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	2.65±0.10a	3.03±0.04b	3.15±0.05b	***	3.27±0.13b	3.17±0.06ab	2.95±0.04a	**	3.34±0.15b	3.17±0.05ab	2.95±0.04a	3.02±0.03	**
	오메가3 (C18:3n3)	0.42±0.03b	0.35±0.01a	0.32±0.01a	**	0.27±0.03a	0.32±0.01ab	0.37±0.01b	**	0.28±0.03a	0.31±0.01ab	0.37±0.01b	0.35±0.01	**
	오메가3/오메가6	1 : 6.31	1 : 8.66	1 : 9.84		1 : 12.11	1 : 9.91	1 : 7.97		1 : 11.93	1 : 10.23	1 : 7.97	1 : 8.63
포화지방산 총 함량		39.61±0.38a	40.54±0.16b	41.09±0.22b	***	43.84±0.56b	40.84±0.24a	40.28±0.15a	***	44.10±0.63b	40.90±0.23a	40.28±0.15a	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		55.10±0.39b	53.53±0.16a	52.84±0.22a	***	50.11±0.52a	53.16±0.24b	53.88±0.15b	***	49.68±0.54a	53.13±0.23b	53.87±0.15b	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4. 단일 후보 SNPs에 대한 haplotype 분석과 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

4.1. 선발된 FASN 유전자의 후보 SNPs 부분 Haplotype block

○ FASN 유전자 내의 19개 다형성 SNPs 가운데 불포화지방산 함량 (지방산이 높은 그룹 & 지방산이 낮은 그룹)의 차이가 많이 나고 χ2검정을 통해 선발된 5개의 SNPs들 중 간의 연관불평형 분석을 통하여 haplotype block을 만들어서 haplotype과 지방산 조성 및 경제형질간의 연관분석을 실시한 결과를 그림 26에 나타내었다.

그림 26. 한우에서 나타난 FASN 유전자의 5개 SNPs의 haplotype block.

○ 그림 26에서와 같이 FASN 유전자의 5개 SNPs를 분석한 결과exon23, 24 영역에 위치하는 g.12870 T>C와 g.13126 T>C가 하나의 block을, exon34, 37, 39 영역에 위치하는 g.15532 C>A, g.16970 T>C와 g.17924 G>A가 하나의 block을 형성하여 모두 2개의 haplotype block이 형성되었고, 근접하게 위치한 SNPs들이 서로 강한 연관불평형을 이룬다는 것을 확인하였다.

○ 따라서 각각 다른 exon 영역에 위치한 5개 SNPs 간에 강한 연관불평형을 이룬다는 것은 FASN 유전자의 5개 SNPs 간의 변이가 독립적으로 이행되지 않고 서로 조합되어 작용 한다는 것이다.

4.2. FASN 유전자의 Exon23, 24 영역의 2개 SNPs와 Exon34, 37, 39의 3개의 SNPs간의 Haplotype block 빈도

○ Exon23, 24 영역에 위치한 2개 SNPs간의 haplotype block과 exon34, 37, 39 영역에 위치한 3개 SNPs간의 2개의 haplotype block의 강한 연관불평형을 확인하고 앞서 분석했던 방식으로 각 개체에 대한 haplotype을 선정하였다.

○ 이후 Haploviewer v4.2 프로그램을 이용하여 FASN 유전자 내의 exon23, 24 위치에 있는 2개의 SNPs를 대표 할 수 있는 SNPs들과 exon34, 37, 39 위치에 있는 3개의 SNPs를 대표 할 수 있는 SNPs의 빈도 분석한 결과를 표 49과 50에 제시하였다.

표 49. FASN 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.

Haplotype	g.12870 T>C	g.13126 T>C	빈도
Ht1	T	C	0.505257
Ht2	C	T	0.460422

표 50. FASN 유전자내의 연관불평형을 이루는 SNPs의 빈도.

Haplotype	g.15532 C>A	g.16907 T>C	g.17924 G>A	빈도
Ht1	C	T	G	0.419307
Ht2	A	T	G	0.396831
Ht3	C	C	A	0.167692
	C	C	G	0.012155
	C	T	A	0.002211
	A	T	A	0.001339

○ 표 49에서 보면 알 수 있듯이 한우의 경우 Ht1과 Ht2의 빈도가 거의 96%를 차지하고 있는 점을 볼 수 있었고 표 50에서 보면 한우의 경우 Ht1과 Ht2의 빈도가 약 80%를 차지하고 있는 점을 볼 수 있었다.

4.3. FASN 유전자의 Exon 23, 24에 대한 Haplotype 분석

○ 먼저 도체형질과 haplotype조합과의 분석 결과 도체중과는 아무런 연관이 없었으나 등지방 두께, 근내지방도 및 융점에서 유의성을 가지는 결과가 나타났고, 특히 근내지방도와 융점에 있어 고도의 유의성이 있는 결과 (P<0.001)를 보여주고 있다. 근내지방도 성적에서 ht2*ht2 group을 가지는 개체들은 5.87의 수치를 나타냈으며 다른 유전자형 그룹보다 유의적으로 우수한 결과를 보여주고 있었고 (P<0.001), 융점에 있어서도 25.66℃로써 가장 낮은 유의적인 결과를 보여주고 있다.

○ 또한 2개의 SNPs 각각의 유전자형의 가장 높은 근내지방도와 가장 낮은 융점의 성적과 ht2*ht2 group과 비교할 때, 단일 유전자 효과보다 근내지방도는 0.11만큼 성적이 증가하였고, 융점의 경우 0.25℃만큼 더 적은 결과치가 나타났으며, 이는 단일 유전자 효과보다 haplotype조합에서 더 강한 작용을 나타낸다는 것을 의미한다.

○ 포화지방산인 미리스트산 (C14:0), 팔미트산 (C16:0)과 스테아린산 (C18:0)의 경우 ht2*ht2 group에서 가장 낮은 함량을 지니고 있었으며, ht1*ht1 group에서 가장 높은 수치의 결과를 얻을 수 있었다. 포화지방산의 전체 함량 또한 ht2*ht2 group에서 39.35%로써 가장 낮게 형성 되었으며 ht1*ht1 group에서 41.48%로써 가장 높은 함량을 지니고 있는 점을 볼 때 앞서 본 포화지방산 각각의 종류와 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화지방산의 종류인 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산 총 함량의 경우 ht2*ht2 group에서 45.83%, 55.12%로써 가장 높은 함량을 지니고 있었고, ht1*ht1 group에서 43.27%, 52.43%로써 유의적으로 낮은 함량을 나타내고 있었다 (P<0.001). 또한, 지방산 생성 과정에 있어 밀접한 영향을 보이는 오메가 6의 함량을 보면 ht1*ht1 group에서 2.73%로 가장 낮은 비율을 보여주고 있으며 오메가3/오메가6의 수치를 보더라도 불포화지방산의 경향치와 동일하게 ht2*ht2 group에서 1:6.35로 가장 낮은 비율을 보여주고 있다.

○ 표 46의 결과에서 나타난 단일 유전자인 g.13126 T>C의 올레인산 (C18:1) 과 단일불포화 지방산 총 함량이 45.57% 및 54.80%로써 가장 많이 분포하고 있는 CC 유전자형과 haplotype 조합인 ht2*ht2 group을 비교해 본 결과, haplotype의 경우가 올레인산 (C18:1)이 0.26%, 단일불포화 지방산 총 함량에서 0.32% 높게 형성된 점에서 haplotype의 유전자 효과가 단일 유전자 효과보단 크게 나타난다는 점을 알 수 있었다.

표 51. FASN 유전자 내 Exon23, 24 영역에 있는 2개의 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		Exon23, 24 Haplotype
		ht1*ht1	ht1*ht2	Ht2*ht2	전체
		(N=153)	(N=205)	(N=135)	(N=493)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		424.33±3.34	427.96±3.21	428.10±3.52	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.12±0.40ab	13.68±0.37b	12.30±0.40a	13.22±0.22	*
등급 (1-9)		5.05±0.14a	5.41±0.13ab	5.87±0.17b	5.43±0.08	***
융점(℃)		32.16±0.61b	31.10±0.68b	25.66±1.04a	29.91±0.51	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.81±0.05b	3.68±0.04b	3.39±0.05a	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	26.04±0.14b	25.84±0.14b	24.92±0.16a	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.68±0.11b	10.48±0.09ab	10.28±0.12a	10.48±0.06	*
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.22±0.02	1.22±0.03	1.29±0.03	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.59±0.08	6.63±0.06	6.62±0.08	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	43.27±0.19a	44.02±0.17b	45.83±0.22c	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.25±0.05c	3.05±0.04b	2.73±0.07a	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.28±0.01a	0.34±0.01b	0.43±0.02c	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 11.61	1 : 8.97	1 : 6.35	1 : 8.63
포화지방산 총 함량		41.48±0.21c	40.83±0.19b	39.35±0.24a	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		52.43±0.21a	53.22±0.19b	55.12±0.25c	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

4.4. FASN 유전자의 Exon34, 37, 39 영역에 대한 Haplotype 분석

○ 도체형질과 haplotype조합과의 분석 결과 도체중과는 아무런 연관이 없었으나 등지방 두께, 근내지방도 및 융점에서 유의성을 가지는 결과가 나타났고, 특히 융점에서 우수한 결과 (P<0.001)를 보여주고 있다.

○ 근내지방도 성적에서 ht2*ht2 group을 가지는 개체들은 6.05의 수치를 나타냈으며, 융점에 있어서도 27.25℃로써 가장 높은 유의적인 결과를 보여주고 있다 (P<0.001). 또한 haplotype 분석에서 가장 좋은 성적을 갖는 ht2*ht2 group과 비교하였을 때, exon34 영역에 위치한 g.15532 C>A의 AA 유전자형과 모두 동일한 성적을 갖는 것으로 결과가 나타났다.

○ 이러한 결과를 바탕으로 다른 유전자형보다 훨씬 g.15532 C>A의 AA 유전자형이 매우 우수하고, 이 유전자형을 갖는 한우의 근내지방도 및 지방산 조성에 있어 뛰어난 성적을 지닐 것으로 보여진다.

○ 포화지방산인 미리스트산 (C14:0)과 팔미트산 (C16:0)의 경우 ht2*ht2 group에서 3.43%와 25.06%로 가장 낮은 함량이었으며, ht3*ht3 group에서 가장 높은 수치의 결과를 얻을 수 있었다. 포화지방산의 전체 함량 또한 ht2*ht2 group에서 39.60%로써 가장 낮게 형성 되었으며 ht3*ht3 group에서 43.84%로써 가장 높은 함량을 지니고 있는 점을 볼 때 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 팔미트산 (C16:0)과 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 불포화지방산의 종류인 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산 총 함량의 경우 ht2*ht2 group에서 45.76%, 55.10%로써 가장 높은 함량을 지니고 있었고, ht3*ht3 group에서 41.10%, 50.11%로써 유의적으로 낮은 함량을 나타내고 있었다 (P<0.001).

○ 또한, 기능성 지방산의 한 종류인 오메가 6의 함량을 보면 ht2*ht2 group에서 2.65%로 다른 group보다 확연하게 낮은 함량을 나타내고 있으며 오메가3/오메가6의 비율을 보더라도 불포화지방산의 경향치와 동일하게 ht2*ht2 group에서 1:6.31로 가장 낮은 비율을 보여주고 있다.

표 52. FASN 유전자 내 Exon34, 37, 39 영역에 있는 3개의 다형성 SNPs간의 연관불평형과 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		Exon34, 37, 39 Haplotype
		ht1*ht1	ht1*ht2	ht1*ht3	ht2*ht2	ht2*ht3	ht3*ht3	전체
		(N=84)	(N=201)	(N=60)	(N=65)	(N=78)	(N=25)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		427.06±4.96	429.37±3.18	421.10±4.92	428.49±4.76	425.31±4.67	428.36±10.36	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		13.27±0.57a	12.87±0.35a	13.75±0.69bc	12.40±0.54a	13.59±0.62bc	15.52±1.14c	13.22±0.22	*
등급 (1-9)		5.21±0.22b	5.50±0.12bc	5.32±0.25bc	6.05±0.22c	5.42±0.23bc	4.20±0.39a	5.43±0.08	**
융점 (℃)		28.09±1.19ab	29.99±0.58ab	27.77±1.44ab	27.25±1.31a	31.11±1.30b	36.09±1.01c	29.81±0.48	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.59±0.06ab	3.61±0.04ab	3.69±0.08b	3.43±0.07a	3.72±0.07b	4.13±0.13c	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	25.55±0.19ab	25.50±0.13ab	25.72±0.24ab	25.06±0.27a	25.91±0.20b	27.69±0.37c	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.56±0.14a	10.39±0.09a	10.30±0.21a	10.34±0.15a	10.53±0.15a	11.51±0.36b	10.48±0.06	*
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.26±0.04	1.21±0.02	1.28±0.05	1.26±0.04	1.31±0.05	1.08±0.09	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.65±0.11	6.60±0.06	6.71±0.13	6.54±0.10	6.64±0.11	6.36±0.20	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	44.09±0.25b	44.59±0.18b	44.00±0.29b	45.76±0.32c	43.81±0.26b	41.10±0.48a	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.09±0.07b	2.98±0.05ab	3.16±0.09b	2.65±0.10a	3.16±0.08b	3.27±0.13b	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.33±0.02ab	0.37±0.01bc	0.34±0.02ab	0.42±0.02c	0.29±0.02ab	0.27±0.03a	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 9.36	1 : 8.05	1 : 9.29	1 : 6.31	1 : 10.90	1 : 12.11	1 : 8.63
포화지방산 총 함량		40.66±0.29ab	40.34±0.18ab	40.55±0.35ab	39.61±0.37a	41.04±0.31b	43.84±0.56c	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		53.27±0.30b	53.72±0.19b	53.38±0.34b	55.10±0.39c	53.03±0.32b	50.11±0.52a	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

5. FASN 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ 한우의 경제형질 중에서 등급을 결정짓는 요인 중 하나인 마블링에서 유의적인 차이가 나타난 11개의 후보 SNPs 중 5개의 다형성 SNPs 및 2개의 haplotype block (exon23, 24 haplotype와 exon34, 37, 39 haplotype) 을 대상으로 정리된 등급분포는 표 53과 그림 27에 제시되었다.

표 53. 5개의 다형성 SNPs와 2개의 Haplotype block의 올렌인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.12870 T>C	Exon23	CC	45.50±0.20b	30	52	35	19	82	136
				22.10%	38.20%	25.70%	14.00%	60.30%	100%
		CT	44.04±0.16a	31	89	56	41	120	217
				14.30%	41.00%	25.80%	18.90%	55.30%	100%
		TT	43.63±0.22a	18	66	41	35	84	160
				11.30%	41.30%	25.60%	21.90%	52.60%	100%
g.13126 T>C	Exon24	CC	43.54±0.20a	20	67	42	34	87	163
				12.30%	41.10%	25.80%	20.90%	53.40%	100%
		CT	44.03±0.17a	28	88	52	41	116	209
				13.40%	42.10%	24.90%	19.60%	55.50%	100%
		TT	45.57±0.21b	31	52	38	20	83	141
				22.00%	36.90%	27.00%	14.20%	58.90%	100%
g.15532 C>A	Exon34	AA	45.76±0.35c	15	33	9	8	48	65
				23.10%	50.80%	13.80%	12.30%	73.90%	100%
		AC	44.37±0.15b	41	115	76	47	156	279
				14.70%	41.20%	27.20%	16.80%	55.90%	100%
		CC	43.62±0.19a	23	59	47	40	82	169
				13.60%	34.90%	27.80%	23.70%	48.50%	100%
g.16907 T>C	Exon37	CC	41.10±0.48a	1	8	5	11	9	25
				4.00%	32.00%	20.00%	44.00%	36.00%	100%
		CT	43.87±0.20b	21	55	28	31	76	135
				15.60%	40.70%	20.70%	23.00%	56.30%	100%
		TT	44.69±0.14b	57	144	99	53	201	353
				16.10%	40.80%	28.00%	15.00%	56.90%	100%

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[표 53 계속]

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.17924 G>A	Exon39	AA	40.68±0.49a	0	6	5	10	6	21
				0.00%	28.60%	23.80%	47.60%	28.60%	100%
		AG	43.84±0.19b	22	53	28	31	75	134
				16.40%	39.60%	20.90%	23.10%	56.00%	100%
		GG	44.69±0.13b	57	148	99	54	205	358
				15.90%	41.30%	27.70%	15.10%	57.20%	100%
g.12870 T>C		ht1*ht1	43.27±0.19a	14	66	40	33	80	153
				9.20%	43.10%	26.10%	21.60%	52.30%	100%
	Exon23, 24	ht1*ht2	44.02±0.17b	27	87	52	39	114	205
g.13126 T>C	haplotype			13.20%	42.40%	25.40%	19.00%	55.60%	100%
		ht2*ht2	45.83±0.22c	32	51	35	17	83	135
				23.70%	37.80%	25.90%	12.60%	61.50%	100%
g.15532 C>A		ht1*ht1	44.09±0.25b	14	26	27	17	40	84
				16.70%	31.00%	32.10%	20.20%	47.70%	100%
		ht1*ht2	44.59±0.18b	27	85	62	27	112	201
				13.40%	42.30%	30.80%	13.40%	55.70%	100%
g.16907 T>C		ht1*ht3	44.00±0.29b	8	25	15	12	33	60
	Exon34, 37, 39			13.30%	41.70%	25.00%	20.00%	55.00%	100%
	haplotype	ht2*ht2	45.76±0.32c	15	33	9	8	48	65
				23.10%	50.80%	13.80%	12.30%	73.90%	100%
g.17924 G>A		ht2*ht3	43.81±0.26b	14	30	14	20	44	78
				17.90%	38.50%	17.90%	25.60%	56.40%	100%
		ht3*ht3	41.10±0.48a	1	8	5	11	9	25
				4.00%	32.00%	20.00%	44.00%	36.00%	100%
전체			44.30±0.11	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ 각각의 후보 SNPs 인 g.12870 T>C, g.13126 T>C, 15532 C>A, g.16907 T>C 및 g.17924 G>A에 대한 등급 별 분포를 보면 exon34 영역에 있는 g.15532 C>A 의 AA 유전자형을 가지는 개체가 다른 유전자형을 가지는 개체 보다 1++등급에서 23.10%로 상대적으로 많이 출현하였다. 또한 exon23과 exon24 영역에 위치한 g.12870 T>C와 g.13126 T>C의 CC 및 TT 유전자형에서도 각각 22.10%와 22.00%로 g.15532 C>A의 AA 유전자형과 1++등급의 출현율이 다른 유전자형에 비해서는 상대적으로 많이 출현하였다.

○ Exon23, 24 haplotype의 결과에서 볼 때 ht2*ht2 group 을 가지는 개체들이 최 고급육이라고도 볼 수 있는 1++등급 이상에서 23.70%로써 다른 유전자형의 유전자형 조합을 가지는 개체들보다 높은 출현율을 보여주고 있다.

○ 또한 ht2*ht2 group에서 불포화지방산인 올레인산 (C18:1)의 함량이 45.83%로써 가장 높게 형성된 점을 보아 우수한 유전자형을 가지며 올레인산 (C18:1)의 함량이 높을 때 좋은 등급의 개체도 다른 등급보다 출현율이 좋다는 것을 볼 수 있다.

○ Exon34, 37, 39 haplotype의 결과에서 ht2*ht2 group을 가지는 개체들이 1++등급 이상에서 23.10%로써 다른 유전자형의 유전자형 조합을 가지는 개체들보다 높은 출현율을 보여주고 있으며, exon23, 24 haplotype의 ht2*ht2 group의 23.70%의 출현율과 비슷한 출현율을 보여주고 있다. 또한 ht2*ht2 group에서 올레인산 (C18:1)의 함량이 45.76%로써 가장 높게 형성된 점을 보아 앞서 본 exon 23, 24 haplotype의 결과와 같이 우수한 유전자형으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높을 때 좋은 등급의 개체도 다른 등급보다 출현율이 좋다는 것을 다시 한번 확인 할 수 있었다.

○ 이러한 결론들을 바탕으로 FASN 유전자 내 5개의 exon 영역에 위치한 5개의 다형성 SNPs모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산과 깊은 연관이 있으며 특히 exon34 영역에 위치한 g.15532 C>A SNP의 경우 불포화지방산 뿐만 아니라 한우의 경제형질인 근내지방도와도 깊은 연관성을 볼 수 있었다.

○ 또한 exon23, 24 영역의 강한 연관성이 있는 2개의 SNPs들은 단일 유전자 효과보다 haplotype을 형성했을 때 유전자 효과가 크다고 볼 수 있었으며, exon34, 37, 39 영역의 3개 SNPs의 경우에는 앞서 본 표 48과 52에서 보았듯이 g.16907 T>C와 g.17924 G>A SNPs의 haplotype의 유전자형들의 능력이 단일 염기인 g.15532 C>A SNP의 AA 유전자형 개체에 비해 능력 연관성이 떨어지는 결과가 나타났다.

○ 따라서, 불포화지방산의 함량이 높은 개체가 근내지방도에서도 높은 점수를 받을 수 있다는 점에서 FASN의 5개의 후보 SNPs가 한우의 경제형질인 근내지방도뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 불포화지방산의 형성과 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

그림 27. FASN 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

6. FASN 유전자 중 선발된 우수 SNP 및 haplotype간의 개월별 분석

○ 쇠고기 생산 단가를 절감하며 맛의 차별성을 유지하기 위해 지방산 합성과정에 영향을 주는 FASN유전자의 11개의 후보 SNPs에서 도체형질을 비롯한 지방산과의 효과가 나타난 5개의 SNPs를 선별하였고, 5개의 SNPs 중에서 가장 성적이 뛰어난 SNP인 g.15532 C>A와 haplotype의 출하 월령별 지방산 함량에 대한 결과를 표 54에 제시하였다.

표 54. FASN 유전자형 선발된 우수 SNP와 Haplotype간의 고급육(1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	FASN g.15532 C>A SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
AA	46.36(4)	46.13(12)	46.01(17)	46.21(15)	46.17 (48)
AC	43.79(15)	44.48(51)	45.11(47)	45.35(43)	44.68 (156)
CC	44.56(10)	43.78(25)	44.41(23)	45.23(24)	44.24 (82)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

유전자형	FASN (g.15532 C>A + g.16907 T>C + g.17924 G>A) SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
ht2*ht2	46.97 (5)	46.13 (12)	46.01 (17)	46.21 (15)	46.20 (49)
ht1*ht1	44.32 (6)	45.20 (9)	45.24 (10)	45.38 (14)	45.14 (39)
ht1*ht2	43.16 (13)	45.21 (27)	45.38 (38)	45.32 (33)	45.06 (111)
ht1*ht3	45.59 (3)	43.24 (14)	45.31 (7)	45.50 (9)	44.51 (33)
ht2*ht3	46.32 (1)	43.66 (24)	43.95 (9)	45.47 (10)	44.19 (44)
ht3*ht3	42.94 (1)	41.16 (2)	41.98 (6)	41.27 (1)	41.84 (10)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.96 (286)

○ 표 54에서 보면 알 수 있듯이 단일 SNP 유전자형 및 haplotype에서 불포화지방산 및 등급과 출하월령에서 뛰어난 성적을 보여준 exon34 영역의 g.15532 C>A SNP와 1개의haplotype (g.15532 C>A + g.16907 T>C + g.17924 G>A)이 선발 되었다.

○ 고급육이라 볼 수 있는 1+등급 이상에서 g.15532 C>A SNP의 경우 AA 유전자형일 때 46.17%로 다른 유전자형을 가질 때보다 좋은 성적을 나타내주고 있다. 특히 27~28개월에 46.36%를 나타내는 AA 유전자형을 선발한다면 같은 개월의 CT 및 TT 유전자형은 물론 29~30개월뿐만 아니라 31개월 이상의 CC 및 TT 유전자형을 갖는 개체를 선발하는 것보다 더 우수한 개체를 조기에 선발 할 수 있다.

○ 특히, g.15532 C>A + g.16907 T>C + g.17924 haplotype의 결과표를 보면 앞서 보았던 다른 SNP 및 haplotype의 결과표보다 더욱 더 우수한 결과를 나타내는 것을 볼 수 있다. ht2*ht2 group을 가지는 27~28개월의 1+등급 이상의 경우 46.97%의 올레인산 함량을 가지고 있으며, 이는 haplotype에 포함된 g.15532 C>A의 단일 유전자형의 결과보다 등급에 있어서 더욱 많은 올레이산 함량을 지니고 있는 것으로 나타났다.

○ 이때 나타난 ht2*ht2 group의 27~28개월 개체를 조기 선발할 경우 3~4개월 정도의 비육시기 단축을 이룰 수 있을 뿐만 아니라 맛이나 등급에 있어 다른 유전자형을 가질 때와는 차별성을 유지 할 수 있을 것이다.

제 8절 SREBPs (Sterol Regulatory Element Binding Proteins) 유전자의

후보 SNPs의 규명

제 8절 SREBPs (Sterol Regulatory Element Binding Proteins) 유전자의 후보 SNPs의 규명

1. SREBPs 유전자의 후보 SNPs의 위치

○ 쇠고기 맛에 영향을 미치는 지방산의 생합성 과정은 peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) 와 sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) 같은 전사 조절인자의 의해서 제어가 되며, 이러한 전사 조절인자의 유전자 요인이 한우 및 일본의 화우의 지방산 조성과 근내지방도와 깊은 연관이 있다는 많은 연구가 보고되어 있다. (Hoashi 등, 2007; Lee 등, 2008; Oh 등, 2011; Shin 등, 2007).

○ 특히 SREBPs는 효소 내인성 콜레스테롤, 지방산 (FA), triacylglycerol와 phospholipid에 대한 합성에 필요한 범위의 표현을 통제함으로써 지질 항상성 조절 전사 인자이며, 소포체의 막에 결합된 1150개의 아미노산 비활성 선구자로 합성되는 basic-helix-loop-helix-leucine zipper 전사 인자들 이다. (Eberlé 등, 2004). 이러한 SREBPs 는3가지 형태를 지니고 있으며, 그 종류에는 SREBP-1a와 SREBP-1c 및 SREBP-2가 있고 각각 지질 합성에 서로 다른 역할을 가지고 있다. SREBP-1c는 지방산 합성 및 인슐린의 포도당 신진 대사를 유도하는 것에 반해 SREBP-2는 상대적으로 콜레스테롤 합성에 특이적으로 관여한다는 것을 암시한다. 또한 SREBP-1a는 양쪽 경로 모두에 연관이 된다는 보고가 있다. (Bernard 등, 2008; Eberle 등, 2004; Shimano, 2001)

○ 한우의 SREBPs에 관한 SNP선정은 Genbank Number NC_007317.4인 genomic DNA 상에서 모든 부위에서 염기의 변이가 있는 10개 SNPs를 대상으로 선정하였으며 유전자 내 각각의 SNPs들의 위치 및 염기서열 정보를 그림 28 및 부록에 있는 *표 70에 자세히 명시하였다.

그림 28. 한우에서 나타난 SREBPs 유전자의 10개 다형성 SNPs.

○ SREBPs 유전자는 exon이 19개로 구성 되어 있으며 exon13 부분에 g.13544 T>C SNP와 3’UTR에 위치한 g.15744 C>T SNP를 제외한 나머지 8개의 SNPs가 intron에 존재하는 것을 볼 수 있다. 특히 exon7 부위 g.13544 T>C의 SNP경우 CTT 에서 CCT 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 루신에서 프롤린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 이다.

○ SREBPs 유전자는 3개의 domain으로 구성 되어있다. 첫 번째의 domain의 경우 하나의 transactivation 영역을 포함하는 480개의 아미노산의 NH2-terminal로 이루어져 있고, 두 번 domain의 경우 480번째부터 510번째 아미노산으로 총 30개의 아미노산으로 구성된 짧은 루프에 의해 가로막힌 두 개의 소수성 막 관통 조각들로 구성 되어져 있다. 마지막으로 세 번째의 경우 511번째의 아미노산에서 1150번째의 아미노산까지 590개의 아미노산으로 구성 되어진 COOH-terminal segment regulatory domain이며 이 domain의 경우 cholesterogenesis 와 lipogenesis에서 많은 복잡한 유전자들의 발현을 활성화시키며 지방산 합성에 큰 영향을 준다고 보고되어져 있다 (Brown 등, 1997; Eberle 등, 2004; Hoashi 등, 2007; Huang 등, 2011; Osborne 등, 2009). 특히 본 연구에서 밝힌 g.13544 T>C의 SNP 경우 COOH-terminal segment regulatory domain에 위치하는 바와 같이 한우에서도 이러한 기능선 SNP에 큰 관심을 가질 필요성이 있다고 본다.

2. SREBPs 유전자의 후보 SNPs의 유전정보

○ 10 개의 후보 SNPs에 대해서 다형성 확인을 위해 앞서 분석한 다른 유전자와 동일한 방식으로 불포화지방산 조성이 상대적으로 차이가 나는 한우 44두에 1차 실험을 수행하였다. 그 결과 8개의 SNPs에서 다형성이 확인되었으며, SNP 마커로서의 정보력과 다양성을 알아보기 위해서 H 와 MAF 및 HWE값을 구하였다.

표 55. 한우에서 나타난 SREBPs 유전자의 8개 다형성 SNPs의 유전자형 및 빈도.

SNP	위치	유전자형 (두수) 빈도				H1	MAF2	HWE3
g.3270+10274 C>T	Intron	CC (12)	CT (16)	TT (16)	N (44)	0.499	0.455	0.120
		0.273	0.364	0.364	1
g.3337+10207 T>C		CC (1)	CT (11)	TT (32)	N (44)	0.252	0.148	0.999
		0.023	0.250	0.727	1
g.4045+9499 G>A		AA (1)	AG (13)	GG (30)	N (44)	0.283	0.170	0.993
		0.023	0.295	0.682	1
g.4483+9061 A>C		AA (0)	AC (31)	CC (13)	N (44)	0.456	0.352	0.004
		0.000	0.705	0.295	1
g.8166+5378 T>C		CC (6)	CT (22)	TT (16)	N (44)	0.474	0.386	0.988
		0.136	0.500	0.364	1
g.13850-306 T>C		CC (9)	CT (24)	TT (11)	N (44)	0.499	0.477	0.810
		0.205	0.545	0.250	1
g.13544 T>C	Exon13	CC (32)	CT (10)	TT (2)	N (44)	0.268	0.159	0.555
		0.727	0.227	0.045	1
g.15744 C>T	3'UTR	CC (30)	CT (10)	TT (4)	N (44)	0.325	0.205	0.113
		0.682	0.227	0.091	1

1이형접합성, 2최소 대립유전자 빈도, 3하디-웨인버그값, 4전체두수

○ HWE값이 0보다 높고 MAF 값 또한 0.1보다 높은 점을 토대로 SREBPs 유전자 내에 존재하는 8개의 다형성 SNPs 모두를 선택하였다. 이후 지방산과 연관되는 SNP를 규명하기 위해서 일차적으로 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹의 한우 44두를 대상으로 8개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이를 나타나는 것을 선택한 것을 표 56에 명시하였다.

표 56. 한우에서 나타난 SREBPs 유전자의 8개 다형성 SNPs의 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹간의 빈도.

SNP	위치	유전자형의 빈도 (두수)						유의확률1	전체
		지방산의 높은 그룹			지방산의 낮은 그룹
		빈도			빈도
g.3270+10274 C>T	Intron	CC (8)	CT (10)	TT (4)	CC (4)	CT (6)	TT (12)	0.042	N2 (44)
		0.667	0.625	0.250	0.333	0.375	0.750		1
g.3337+10207 T>C		CC (1)	CT (5)	TT (16)	CC (0)	CT (6)	TT (16)	0.580	N (44)
		1.000	0.455	0.500	0.000	0.545	0.500		1
g.4045+9499 G>A		AA (1)	AG (7)	GG (14)	AA (0)	AG (6)	GG (16)	0.546	N (44)
		1.000	0.538	0.467	0.000	0.462	0.533		1
g.4483+9061 A>C		AA (0)	AC (16)	CC (6)	AA (0)	AC (15)	CC (7)	0.987	N (44)
		0.000	0.516	0.462	0.000	0.484	0.538		1
g.8166+5378 T>C		CC (4)	CT (11)	TT (7)	CC (2)	CT (11)	TT (9)	0.632	N (44)
		0.667	0.500	0.438	0.333	0.500	0.563		1
g.13850-306 T>C		CC (4)	CT (11)	TT (7)	CC (5)	CT (13)	TT (4)	0.578	N (44)
		0.444	0.458	0.636	0.556	0.542	0.364		1
g.13544 T>C	Exon13	CC (12)	CT (8)	TT (2)	CC (20)	CT (2)	TT (0)	0.022	N (44)
		0.375	0.800	1.000	0.625	0.200	0.000		1
g.15744 C>T	3'UTR	CC (14)	CT (5)	TT (3)	CC (16)	CT (5)	TT (1)	0.567	N (44)
		0.467	0.500	0.750	0.533	0.500	0.250		1

1 χ2검정, 2전체두수.

○ 표56의 결과에서 살펴보면 8개의 후보 SNPs 중에서 intron 영역에 위치한 g.3270+10274 C>T와 exon7 영역에 있는 g.13544 T>C의 총 2개의 후보SNPs에서 지방산이 높은 그룹과 지방산이 낮은 그룹에서 빈도가 최소 25%이상 차이가 나는 것을 알 수 있었다. 하지만 나머지 6개의 후보 SNPs에서는 유의적인 차이를 나타내지 못하였다.

○ Intron 영역의 g.3270+10274 C>T의 경우 지방산의 높은 그룹과 낮은 그룹에서 TT유전자형 빈도가 50.0%이상의 차이를 나타내었으며, χ2검정결과 불포화지방산 함량과 유전자형간에 따라 통계적으로 유의한 차이가 보였다. Exon13 영역에 있는 g.13544 T>C의 경우 CC, CT 및 TT 유전자형에서 25.0%, 60.0% 및 100%이상의 높은 차이를 보여주면서 χ2검정결과 유의적인 차이를 볼 수 있었다. 앞서 분석한 다른 유전자와 마찬가지로 지방산의 함량 차이가 많이 나는 SNPs의 경우 쇠고기 맛과 깊은 연관이 있는 SNP일 것이라는 가정하에 한우 513두를 추가로 적용하였으며 이전과 동일한 방법으로 실험 하였다.

3. SREBPs 유전자내에 존재하는 SNPs에 대한 지방산 조성 및 경제형질 능력 검정

○ 앞서 분석한 유전자와 동일한 방식으로 2개의 후보 SNPs들 중 intron 영역의 g.3270+10274 C>T와 exon13 영역에 있는 g.13544 T>C에 대하여 지방산 조성과 근내지방도와 등지방 두께, 도체중에 대한 각 유전자형 별 평균을 구하였고, 각 형질 별로 공 분산 분석을 실시하였다.

○ 먼저 도체형질을 살펴 볼 때 등지방 두께에선 두 후보 SNPs모두 연관성이 없다. 도체중의 경우 intron 영역의 g.3270+10274 C>T SNP의 TT 유전자형이 431.08kg 으로 가장 높게 유의적인 차이를 볼 수 있었지만, exon13영역에 있는 g.13544 T>C SNP의 TT 유전자형의 경우 도체중이 427.76kg으로 높았으나 유의적인 차이로 인정 되지는 않았다.

○ 등급을 살펴본 결과 두 개의 SNPs 모두 TT 유전자형에서 5.66 및 6.76으로 가장 높은 유의적인 차이를 보여 주었으며, 융점 또한 TT유전자형을 가질 때 25.86℃ 및 20.27℃로 가장 낮은 유의적인 차이를 보여주고 있다 (P<0.001). 이러한 결과는 융점이 낮을수록 등급이 높을수록 쇠고기 맛에 영향을 미친다는 앞선 보고와 일치하는 점을 알 수 있었다.

○ 지방산의 경우 두 개의 SNPs 모두 포화지방산의 종류 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 팔미트산 (C16:0)에서 g.3270+10274 C>T와 g.13544 T>C의 CC 와 CC 유전자형이 26.10%, 25.93%로 가장 높게 나타났고 등급에서 나타난 결과와 정 반대의 경향치를 보여주고 있었다.

표 57. SREBPs 유전자내에 있는 다형성 SNPs와 지방산 및 도체형질간의 효과분석.

형질		g.3270+10274 C>T				g.13544 T>C
		CC	CT	TT		CC	CT	TT	Total
		(N=149)	(N=163)	(N=201)		(N=331)	(N=157)	(N=25)	(N=513)
		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE		LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE	LSmean±SE
도체중 (kg)		420.46±3.46a	428.72±3.38ab	431.08±3.07b	*	424.76±2.37	432.41±3.45	427.76±8.47	427.25±1.91	ns
등지방 두께 (mm)		12.83±0.42	13.15±0.41	13.57±0.34	ns	13.37±0.29	13.09±0.37	12.00±0.99	13.22±0.22	ns
등급 (1-9)		5.07±0.15a	5.47±0.15ab	5.66±0.13b	*	5.33±0.10a	5.42±0.14a	6.76±0.32b	5.43±0.08	**
융점 (℃)		37.77±0.57C	30.65±0.74b	25.86±0.76a	***	31.02±0.49b	29.36±0.89b	20.27±0.93a	29.81±0.47	***
지방산 조성 (%)
포화지방산	미리스트산 (C14:0)	3.78±0.05b	3.69±0.04b	3.48±0.04a	***	3.71±0.03b	3.56±0.05b	3.15±0.14a	3.63±0.02	***
	팔미트산 (C16:0)	26.10±0.15b	25.81±0.16b	25.19±0.13a	***	25.93±0.10b	25.29±0.15b	24.23±0.32a	25.65±0.08	***
	스테아린산 (C18:0)	10.75±0.12b	10.45±0.11ab	10.31±0.08a	**	10.49±0.07	10.42±0.11	10.65±0.29	10.48±0.06	ns
불포화지방산	미리스틀레인산 (C14:1)	1.20±0.03	1.25±0.02	1.26±0.02	ns	1.24±0.02	1.23±0.02	1.37±0.09	1.24±0.01	ns
	팔미토레익산 (C16:1)	6.54±0.08	6.62±0.07	6.65±0.06	ns	6.64±0.05	6.58±0.07	6.35±0.20	6.61±0.04	ns
	올레인산 (C18:1)	43.26±0.18a	44.24±0.19b	45.12±0.19c	***	43.74±0.13a	44.96±0.21b	47.47±0.38c	44.30±0.11	***
다가불포화지방산	오메가6 (C18:2n6)	3.19±0.05b	2.99±0.06a	2.92±0.05a	**	3.11±0.04b	2.90±0.05ab	2.63±0.16a	3.02±0.03	***
	오메가3 (C18:3n3)	0.32±0.01	0.35±0.02	0.37±0.01	ns	0.33±0.01a	0.38±0.01a	0.49±0.04b	0.35±0.01	***
	오메가3/오메가6	1 : 9.96	1 : 8.54	1 : 7.89		1 : 9.42	1 : 7.63	1 : 5.37	1 : 8.62
포화지방산 총 함량		41.51±0.21c	40.72±0.22b	39.84±0.19a	***	40.97±0.15b	40.13±0.22b	38.63±0.56a	40.60±0.12	***
단일불포화지방산 총 함량		52.36±0.20a	53.50±0.22b	54.35±0.21c	***	52.97±0.15a	54.12±0.23b	56.74±0.50c	53.50±0.13	***

a, b, c 사후분석-다중비교를 통한 유의확률 검정(P<0.05), * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, ns = 효과없음.

○ 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)의 경우 또한 앞서 본 팔미트산 (C16:0) 과 마찬가지로 CC 와 CC 유전자형에서 3.78%, 10.75% 및 3.71%, 10.49% 로써 가장 높게 나타난 점을 볼 수 있었으며 포화지방산의 전체 함량과 비교해볼 때 CC 와 CC 유전자형에서 41.51% 및 40.97%로써 앞서 본 미리스트산 (C14:0) 및 스테아르산 (C18:0)과 동일한 경향치를 보여주고 있었다.

○ 반면 불포화 지방산 조성 중 가장 많은 비중을 차지하고 있는 올레인산 (C18:1)함량과 단일불포화지방산 총 함량은 g.3270+10274 C>T의 TT 유전자형과 g.13544 T>C의 TT 유전자형에서 45.12%, 54.35% 및 47.47%, 56.74%로써 가장 높은 함량을 나타내고 유의적으로도 차이가 나타난 점 (P<0.001)을 볼 수 있었다.

○ 또한 오메가3/오메가6의 비율에서 두 개의 SNPs 의 경우도 두 SNPs의 TT 와 TT 유전자형을 가질 때 그 비율이 1:7.89 및 1:5.37로 가장 적정한 비율을 가지는 점을 볼 수 있었다. 따라서 두 개의 후보 SNPs 모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산 및 등급과 밀접한 연관이 있다는 점에서 쇠고기 맛에 관련된 척도로서 활용가능성이 있을 것으로 판단된다.

4. SREBPs 유전자의 SNPs와 올레인산 및 육질등급

○ 등급에서 유의적인 차이가 나타난 후보 SNPs 중 intron 영역에 있는 g.3270+10274 C>T와 exon7 영역에 있는 g.13544 T>C SNPs를 대상으로 등급분포로 나타내 보았다.

표 58. 다형성 SNPs의 올레인산 및 등급분포표.

SNP	위치	유전자형	올레인산	등급					전체
				1++	1+	1	2	1+ 이상
g.3270+10274 C>T	intron	CC	43.26±0.18a	15	59	39	36	74	149
				10.10%	39.60%	26.20%	24.20%	49.70%	100%
		CT	44.24±0.19b	27	63	41	32	90	163
				16.60%	38.70%	25.20%	19.60%	55.30%	100%
		TT	45.12±0.19c	37	85	52	27	122	201
				18.40%	42.30%	25.90%	13.40%	60.70%	100%
g.13544 T>C	Exon13	CC	43.74±0.13a	48	127	86	70	175	331
				14.50%	38.40%	26.00%	21.10%	52.90%	100%
		CT	44.96±0.21b	22	68	43	24	90	157
				14.00%	43.30%	27.40%	15.30%	57.30%	100%
		TT	47.47±0.38c	9	12	3	1	21	25
				36.00%	48.00%	12.00%	4.00%	84.00%	100%
전체			44.30±0.11	79	207	132	95	286	513
				15.40%	40.40%	25.70%	18.50%	55.80%	100%

○ 먼저 등급 분포표에 있어 두 개의 SNPs 모두 TT 유전자형을 가지는 개체가 CC, CT 유전자형을 가지는 개체 보다 1++등급에서 18.40% 및 36.00%로써 상대적으로 많이 출현하였으며, 1+이상 등급에서도 60.70% 및 84.00%로써 다른 유전자형을 가지는 개체보다 상당히 높게 나타난 점을 볼 수 있었다.

○ 특히 표 57의 결과에서 두 SNPs의 TT 유전자형을 가지는 개체가 등급에서 5.62 및 6.76으로 가장 높은 수치를 보여줄 뿐만 아니라 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산의 총 함량에서 45.12%, 54.35% 및 47.47%, 56.74%로써 가장 높게 형성된 점과 일치하는 결과를 볼 수 있었다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 두 개의 SNPs 모두 맛에 영향을 미치는 불포화지방산뿐만 아니라 한우의 경제형질인 근내지방도와도 깊은 연관성을 볼 수 있었다.

그림 29. SREBPs 유전자의 우수 SNPs의 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

5. SREBPs 유전자 중 선발된 우수 SNP의 개월별 분석

○ 현제까지 밝혀진 두 개의 후보 SNPs 중 한우 생산비를 절감하기 위한 조기출하를 위하여 앞서 방식과 동일한 분석방법으로 가장 성적이 뛰어난 SNP를 최종적으로 선발한 출하월령과 지방산의 관계를 표 59에 제시하였다.

표 59. SREBPs 유전자형 선발된 우수 SNPs의 고급육 (1+등급 이상) 출하월령별 올레인산 변화 비교.

유전자형	SREBPs g.13544 T>C SNP
	1+등급 이상
	27~28 개월	29~30 개월	31~32 개월	33개월 이상	합계
CC	43.88(17)	44.12(54)	44.33(51)	44.48(52)	44.20 (174)
CT	44.67(10)	44.79(29)	46.09(29)	46.94(22)	45.62 (90)
TT	47.60(2)	47.00(5)	46.58(7)	47.91(8)	47.27 (22)
전체	44.41(29)	44.51(88)	45.10(87)	45.48(82)	44.88 (286)

○ 특히 27~28개월에 47.60%를 나타내는 TT 유전자형을 선발한다면 29~32개월의 모든 유전자형뿐만 아니라 33개월 이상의 CC, CT를 선발하는 것보다 우수한 육질과 고기맛을 가진 개체를 조기에 선발 할 수 있다.

○ 또한 27~28개월 일 때 TT 유전자형은 29개월 이상 모든 유전자형의 평균보다도 높은 수치를 나타나는 점을 미루어 볼 때 g.13544 T>C SNP를 사용하여 개체를 조기에 선발한다면 3~4개월 정도의 비육단축을 이룰 뿐만 아니라 맛이나 등급에 있어 차별성을 유지 할 수 있을 것이다.

제 6장 현장농가 실증 유전자 검정

제 1절 현장농가 실증 유전자 검정

제 1절 현장농가 실증 유전자 검정

1. 선발된 SNPs 중 최적의 우수 SNPs 선정

○ 쇠고기 맛에 영향을 미치는 요인이 근내지방도 (등급) 및 올레인산 (C18:1)이라는 사실을 토대로, 이러한 요인들에 영향을 미치는 7개의 유전자를 대상으로 최적의 SNPs를 찾아 농가 집단에 적용하여 그 실효성을 검정하는 과정이 필요하다.

○ 따라서 일반적이고 평범한 한우농가에서 임의로 도축예정 개체의 유전자 분석을 한 후 농가의 상황에 따라 출하를 하고 도축시에 이들 개체의 등심에서 지방산 분석과 도축자료를 이용하여 유전자의 농가 실효성 검정을 수행하였다.

1.1. 선정된 우수 SNPs의 상호작용을 통한 최적의 SNPs 선정

○ 표 60의 7개 우수 SNPs들을 대상으로 각각 SNP들간 상대적인 상호연관성을 추정한 결과는 표 60과 같다. 상호 연관성은 특정 형질 (육질, 지방산)의 능력 발현에 얼마나 상호 연관하여 나타나는지를 예측한 수치이다. 특히 각각의 SNPs들간의 연관성을 수치를 나타낸 값은 대각선 윗쪽은 올레인산과의 연관성을 표시한 것이고 대각선 아랫쪽 측정치는 쇠고기 등급과의 서로 간 연관성을 나타낸 값으로, 그 수치가 높을수록 연관성이 높다고 볼 수 있다.

○ 이러한 점을 모두 고려해 볼 때 등급 및 올레인산 (C18:1)에서 FASN (g.15532 C>A) 및 SREBPs (g.13544 T>C)와 FABP4 (g.3977-325 T>C), LPL2 (g.6974 G>A)들이 서로간의 강한 상호 연관성을 볼 수 있었다.

표 60. 각 유전자별 우수 SNPs의 올레인산 (C18:1) 및 등급별 상호작용.

등급＼올레인산	PPARγ	FASN	SREBPs	FABP4	THRSP	LPL1	LPL2
	(g.72362 G>T)	(g.15532 C>A)	(g.13544 T>C)	(g.3977-325 T>C)	(g.184 C>T)	(g.6960 A>T)	(g.6974 G>A)
PPARγ		39.912	13.395	26.243	13.608	32.368	22.000
FASN	3.426		109.784	87.454	11.091	16.494	66.338
SREBPs	11.686	16.672		97.457	48.894	41.694	35.046
FABP4	X	23.654	X		51.831	61.718	112.835
THRSP	12.658	5.433	10.225	19.981		33.595	12.73
LPL1	13.564	5.260	10.589	18.883	8.916		3.553
LPL2	5.076	15.013	2.927	33.548	2.768	3.945

1.2. 최상의 우수 SNPs의 선정

○ 본 연구의 대상이었던 7개의 유전자내 SNPs들의 지방산 함량, 육질, 출하월령의 연관성도 높을 뿐만 아니라 각 마커의 분산값도 높은 것들을 요약한 결과는 표 61에 제시하였다.

표 61. 지방산 및 육질, 출하 월령에 따른 우수 SNPs 선정.

유전자	SNP	위치	유전자형	지방산 함량차이	육질, 출하월령 연관정도	각 마커의 VA% 올레인산/등급
PPARγ	g.72362 G>T	Exon7	GG	0.60%	**	29.52 / 8.86
FASN	g.15532 C>A	Exon34	AA	1.50%	***	23.17 / 16.07
SREBPs	g.13544 T>C	Exon13	TT	3.20%	***	29.52 / 6.29
FABP4	g.3977-325 T>C	Intron	CC	2.80%	***	56.54 / 36.99
THRSP	g.184 C>T	Exon1	CC	1.30%	**	15.25 / 6.73
LPL	g.6960 A>T	Exon2	AA	0.29%	*	5.68 / 7.16
	g.6974 G>A		AA	2.02%	***	14.76 / 2.16

○ 표 61에서 살펴 보면 총 7개의 SNPs를 선정하였으며, 이 중 FASN 유전자의 g.15532 C>A와 FABP4의 g.3977-325 T>C가 다른 SNPs보다 좀 더 우수한 성적을 보여주고 있었고, 특히 FABP4 유전자의 g.3977-325 T>C경우 지방산 및 육질, 출하월령에서 다른 SNPs들 보다 깊은 연관이 있었다.

○ 반면 SREBPs (g.13544 T>C)와 LPL (g.6974 G>A)의 경우 마커의 분산값 중 등급에 있어 6.29 및 2.16으로 다른 SNPs보다 작은 수치를 나타내고 있었으나 지방산 함량차이가 3.20% 및 2.02%로 많이 나타나며, 출하월령과도 연관이 깊다는 점을 확인 할 수 있었다.

○ 앞서 FASN (g.15532 C>A) 및 SREBPs (g.13544 T>C)와 FABP4 (g.3977-325 T>C), LPL2 (g.6974 G>A)들이 서로간의 강한 상호 연관성을 볼 수 있었다는 표 60의 결과와 이러한 4개의 SNPs들의 지방산 및 등급, 출하월령에서 강한 연관이 있다는 표 61의 결과를 토대로 7개 SNPs 중 4개의 SNPs (FASN, SREBPs, FABP4, LPL2)를 대상으로 현장 농가집단에 적용하는 것이 가장 실효성이 높을 것으로 판단된다.

1.3. 최종 선정된 4개의 SNPs에 대한 등급선정

○ 최종적으로 선발된 4개의 상호 연관성이 높았던 SNPs (FASN; g.15532 C>A, SREBPs; g.13544 T>C, FABP4; g.3977-325 T>C, LPL2; g.6974 G>A) 각각의 유전자형별로 근내지방도 및 올레인산 (C18:1)성적과 농가집단에서 나타날 예상능력 범위를 표 62에 제시하였다.

○ 예상능력 A등급일 경우 1+등급 이상이 나올 확률이 최소 81%를 넘어간 점을 볼 수 있었으며, 그 범위는 근내지방도가 6.2이상 지방산 중 올레인산 (C18:1)이 45%이상을 기준으로 산출하였다.

○ B등급 또한 앞서 본 방식과 동일하게 산출하였으며, 1+등급 이상이 나올 확률이 최소 58.6%로 앞서 본 A등급과 차이를 나타내고 있었으며, 범위는 근내지방도 지수가 5.3~6.2미만 사이이고, 올레인산 (C18:1)이 44~45%의 예상 능력이 추정된다. C등급의 경우 근내지방도 지수가 4.5~5.3미만이며, 올레인산 (C18:1)이 43.0~44.0%고, D등급의 경우 근내지방도 지수가 4.5미만, 올레인산 (C18:1)이 43.0%미만으로 예상 할 수 있다. 특히 D등급의 경우 1+등급 이상이 나올 확률이 37%로 앞서 본 A등급과 확연한 차이를 보여주고 있다.

표 62. 상호연관성 4개의 우수 SNPs 집단의 능력과 예상 능력 범위.

SNP 그룹	선발 SNP구성				두수	등급별 두수	올레인산	등급	1+이상 등급 출현율	예상 능력 범위		1+이상 등급 출현율
	FABP4 (g.3977-325 T>C)	FASN (g.15532 C>A)	SREBPs (g.13544 T>C)	LPL2 (g.6974 G>A)
										올레인산	등급
A	CC	AA	(CC)	(AA)	23	85 (16.6%)	47.49±2.88	6.69±1.74	82.60	45.0%이상	6.2이상	81.18
			(CT)	(AG)
			(TT)	(GG)
	CC	CA	(CC)	(AA)	39		47.09±2.72	6.35±1.69	76.92
			(CT)	(AG)
			(TT)	(GG)
	CC	CC	(CC)	(AA)	18		46.44±2.22	6.22±1.21	83.33
			(CT)	(AG)
			(TT)	(GG)
	TT	AA	CT	GG	5		45.00±1.89	6.66±0.89	100
B	CT	AA	(CC)	(AA)	25	203 (39.6%)	45.34±2.13	5.60±1.91	68.00	44.0~45.0%	5.3~6.2미만	58.62
			(CT)	(AG)
			(TT)	(GG)
	TT	CA	CT	(AA)	23		44.91±1.85	6.00±1.65	69.56
				(AG)
				(GG)
	TT	AA	CC	GA	12		43.62±2.50	5.50±1.59	58.30
				GG
	CT	CA	(CC)	(AA)	143		43.99±2.26	5.52±1.89	55.24
			(CT)	(AG)
			(TT)	(GG)
C	CT	CC	(CC)	(AA)	97	171 (33.3%)	43.64±2.30	5.24±1.95	48.45	43.0~44.0%	4.5~5.3미만	45.01
			(CT)	(AG)
			(TT)	(GG)
	TT	CA	CC	(AA)	74		43.49±2.13	5.07±1.84	41.89
			TT	(AG)
				(GG)
D	TT	CC	CC	(AA)	54	54 (10.5%)	42.65±2.45	4.46±2.12	37.03	43.0%미만	4.5미만	37.03
			CT	(AG)
				(GG)
전체					513 (100%)		44.30±2.66	5.43±1.93	55.80

2. 현장농가 집단에 대한 선발된 우수 SNP 마커 실증 검정

○ 앞서 선정한 4개의 SNPs 마커를 토대로 경산 및 구미, 김천, 봉화, 영덕, 영주, 청송, 칠곡, 포항지역의 36농가에서 99두의 출하개체를 대상으로 유전자 검정을 한 결과를 표 63에 제시하였다.

표 63. 우수 SNP분석 등급에 따른 농가현장 성적과 정확도.

SNP그룹		도축 개월				전체	정확도
		28 미만	29~30	31~32	33 이상
A	두수	-	3	6	6 (2)	15	13두 (87%)
	등급	-	7.33	6.33	6.83	6.73
	올레인산	-	46.64	45.62	46.20	46.05
B	두수	2	4 (2)	13 (2)	20 (3)	39	32두 (82%)
	등급	6.00	4.75	5.92	5.90	5.79
	올레인산	44.07	44.55	45.30	44.73	44.87
C	두수	2	5 (1)	13 (2)	12 (2)	32	27두 (84%)
	등급	3.00	3.20	4.62	5.25	4.53
	올레인산	42.04	41.31	41.59	42.96	42.09
D	두수	2	2	5 (1)	4 (1)	13	11두 (85%)
	등급	2.5	2.50	3.60	4.25	3.46
	올레인산	38.27	40.01	42.23	42.16	41.25

○ 표 63과 그림 30에서 보면 알 수 있듯이 A등급의 경우 근내지방도 평균 지수가 6.73이고 1+등급이상 출현율이 80.0%이며, 올레인산 (C18:1)의 함량이 46.05%를 나타내고 있었다. 이와 정 반대의 D등급에선 근내지방도 지수가 3.46 및 1+등급이상 출현율이 7.7%이며 올레인산 (C18:1)의 함량이 41.25%로 앞서 본 표 62의 결과와 일치한 점을 볼 수 있었다.

○ 또한 실증 유전자검정에서 가장 중요한 정확도를 볼 때에 A등급에서 15두를 검정하였고 여기에서 2두가 등급수치의 정확도에서 벗어나 13두가 정확한 수치를 나타내어 87%로 나타난 점을 볼 수 있었으며, 나머지 B, C, D 등급에서도 82%, 84%, 85%로써 최소 80%가 넘은 높은 정확도를 보여주고 있었다.

○ 이러한 결론들을 미루어 볼 때 본 연구에서 제시한 최종 선발된 4개의 SNPs를 현장농가 집단에 적용할 경우 그 정확도도 높고 조기선발을 통하여 생산비를 절감 할 뿐 아니라 맛에 있어서 차별성을 유지할 수 있는 중요한 보조수단으로 이용될 수 있을 것이다.

그림 30. 유전자 (SNPs)그룹별 올레인산 함량 및 1+등급 이상 출현율.

제 7장 종합 고찰 및 정책제안

제 1절 종합 고찰

제 1절 종합 고찰

1. 한우 쇠고기의 우수성

○ 본 연구에서 거세 한우 쇠고기와 암소 및 비거세우, 육우와 수입종 (미국산, 호주산)과의 지방산 함량을 살펴 본 결과 한우 거세우 및 암소에서 다른 품종들보다 비교적 높은 수치를 보여주고 있다.

그림 31. 품종간 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량.

○ 특히 단일불포화지방산의 함량에선 한우 거세우에서 53.50%로써 호주산의 42.37%보다 무려 10%이상의 차이를 나타내준 결과 이러한 결론은 한우 품종의 우수성을 알려주는 결과이다.

2. 등급 및 출하월령이 한우 쇠고기에 미치는 영향

2.1. 등급과 불포화지방산과의 관계

○ 한우산업 및 일본의 화우 산업에서 중요한 근내지방도와 맛을 결정하는 불포화지방산과의 관계를 본 결과 쇠고기 등급이 높을수록 불포화지방산의 함량이 높게 나타나는 것을 그림 32에서 볼 수 있었다.

그림 32. 쇠고기 등급에 따른 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량.

○ 올레인산 (C18:1)의 경우 1++등급에서 45.90%로 가장 높게 나타났으며 2등급에서 42.89%로 약3% 차이를 보여주고 있다. 단일불포화지방산의 경우도 마찬가지로 1++등급과 2등급에서의 차이가 3.35%차이를 나타내고 있다. 등급이 1등급 상향될 때마다 불포화지방산의 함량이 1%정도 차이가 나타 났으며, 이러한 등급의 고급화와 지방산이 밀접하며 관계되고 있다는 사실을 보여주고 있다.

2.2. 출하월령과 불포화지방산과의 관계

○ 출하 월령별 불포화지방산의 변화를 보면 출하 개월 수가 늦어 질수록 지방산의 함량이 늘어가는 점을 볼 수 있다.

그림 33. 쇠고기 출하월령에 따른 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량.

○ 일반적으로 한우는 성장 속도가 느리며 비육 생리상 외국의 육우와는 달리 육질을 결정하는 근내지방의 침착이 늦게 이루어지는 취약성을 갖고 있다. 이러한 점을 보완하기 위해 현장농가에서는 등급을 인위적으로 높이기 위해 늦게 출하하는 이유로 인하여 지방산의 함량이 33개월 이상 출하 할 경우 가장 높게 나왔을 것이라 유추해 볼 수 있다.

○ 하지만 한우 산업의 경쟁력 강화를 이루기 위한 생산비 절감방안은 사육 개월을 줄이고 등급이 좋으면서, 맛을 유지 할 수 있는, 지방산이 높고 육질등급이 높은 개체를 조기에 선발하여야 한우산업의 경쟁력을 강화할 수 있을 것이다.

3. 지방산 및 등급에 영향을 미치는 주요 SNPs

○ 25~30개월에 특이적으로 유전자 발현이 일어나, 쇠고기 맛에 영향을 미치는 불포화지방산 및 육질등급에 직접적인 연관이 있는 7개의 유전자 (SCD, PPARγ, LPL, THRSP, FABP4, FASN, SREBPs)의 정보를 확보 하였다.

○ 유전자의 모든 영역을 조사하여 총 307개의 SNPs를 발굴하였으며 한우 집단에 적용시켜본 결과 130개의 SNPs에서 다형성이 나타났다. 이후 쇠고기 맛과 연관된 불포화지방산이 많은 집단과 낮은 집단으로 나누어 SNPs를 빈도 분석한 결과 32개의 우수 SNPs를 발견 할 수 있었다.

○ 가계 정보가 정확하고 도체 기록이 되어있는 한우 개체 513두에 대하여 포화지방산 및 불포화지방산과 다가불포화지방산에 대한 분석을 실시 하였으며, 이러한 집단에 32개의 우수 SNPs를 적용하여 지방산 및 도체형질과의 연관성을 분석하였다.

○ 쇠고기의 맛에 영향을 주는 불포화지방산 및 근내지방도 성적과 같이 복합적인 유전자가 작용하는 형질을 설명하기 위해 haplotype 분석을 통하여 SNP 마커의 효율성과 불포화지방산 및 근내지방도와의 상관관계를 분석한 결과 haplotype block이 형성되는 유전자 (SCD, THRSP, FABP4, FASN)의 경우 단일 유전효과보다 halpotype의 효과가 더 큰 것을 확인하였다.

그림 34. Haplotype 분석 결과 그림.

3.1. SCD (Stearyl-CoA desaturease) 유전자

○ SCD 유전자의 총 16개의 SNPs 중 16개 모두 다형성이 나타났으며, 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹 45두를 대상으로 차이를 나타나는 마커를 선별한 결과 intron 영역 (g.6850+77 A>G, g.8646+128 A>G) 과 exon5 영역 (g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T) 및 3’UTR 영역 (g.13757 C>A, g.14047 C>T, g.14578 A>G)의 8개의 SNPs가 선정되었다.

○ 8개의 SNPs모두 지방산 중 올레인산 (C18:1)과 단일불포화지방산과의 깊은 연관이 있었으며, 이중 exon5 영역 (g.10153 A>G, g.10213 T>C, g.10329 C>T) 과 3’UTR 영역의 g.14578 A>G의 경우 등급과도 깊은 연관이 있었다.

○ 특히 g.10329 C>T SNP의 경우 GCG 에서 GTG 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 발린에서 아날린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 이다.

○ 8개의 우수 SNPs 중 출하월령과도 깊은 관계가 있으면서 등급 및 불포화지방산 모두를 고려한 최적의 SNP를 찾은 결과 Haplotype block 이 형성되는 exon5 영역에 g.10213 T>C와 g.10329 C>T가 선정되었다.

○ 이후 haplotype 을 분석한 결과 exon5 영역에 g.10213 T>C와 g.10329 C>T가 강한 연관불평형을 이루며, 단일 유전자 마커와 비교해보더라도 haplotpe의 결과가 더 우수한 것으로 나타났다.

○ Haplotype (g.10213 T>C + g.10329 C>T) SNPs의 경우 27~28개월에 올레인산 (C18:1)함량이 45.05%를 나타내는 ht*ht2유전자형을 선발한다면 29~30개월 또 그 이상인 33개월 이상 비육기간을 가진 개체들과 차이가 없는 맛을 나타낼수 있는 우수한 개체를 선발 할 수 있을 것이다.

3.2. PPARγ (Peroxisome Proliferator-activated Receptor gamma) 유전자

○ PPARγ 유전자는 지질 대사에 관련된 유전 자의 전사를 조절하는 전사인자로서, 총 134개의 SNPs 중 38개의 다형성이 나타났으며, 올레인산 (C18:1)의 함량이 높은 그룹과 낮은 그룹에서 36개의 후보 SNPs 마커를 선별한 결과 intron 영역 (g.1159-71208 A>G, g.42555-29812 G>A) 과 exon7 영역의 g.72367 G>T의 3개의 SNPs가 선정되었다

○ 3개의 SNPs 모두 지방산의 함량과 밀접한 관계가 있었으며, 특히 exon7 영역의 g.72367 G>T의 경우 등급과도 밀접한 관계를 가진다. 이러한 SNP는 글루타민에서 히스티딘으로 치환이 되는 non-synonymous SNP이고 지방분화에 큰 영향을 미치는 Ligand binding domain에 위치하여, 유전자의 발현이 이루어지는 중요한 영역으로 밝혀지고 있기 때문에 한우에서도 g.72367 C>T SNP의 기능에 관심을 가질 필요성이 있다고 본다.

○ PPARγ 유전자의 경우 Haplotype block이 형성 되지 않았다. 이후 출하월령별 등급 및 불포화지방산 모두를 고려한 최적의 SNP를 찾은 결과 exon7 영역 의 g.72367 G>T SNP를 가진 개체들의 27개월령 지방산 함량은 그 이후에도 변함이 없어 이러한 SNP는 비육단축을 이룰수 있는 요소로 인정될수 있을 것이다.

3.3. LPL (Lipoprotein Lipase) 유전자

○ 지방조직에서 많이 발견되며, 지질대사 조절에 중요한 역할을 하는 LPL 유전자는 총 107개의 SNPs 중 49개의 다형성이 나타났으며, 올레인산 (C18:1)함량이 차이가 나는 한우 개체들을 대상으로 49개의 후보 SNPs에서 특이한 마커를 선별한 결과 exon2 영역 (g.6960 A>T, g.6974 G>A) 과 intron 영역 (g.21604 G>A, g.22488 G>T) 및 exon9 영역의 g.22649 G>A 와 3’UTR의 g.25670 C>T 의 6개의 SNPs가 선정되었다

○ LPL 유전자에서도 Haplotype block이 형성 되지 않았으나 6개의 SNPs 모두 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량과 밀접한 관계가 있었으며, exon9 영역의 g.22649 G>A SNP를 제외한 5개의 SNPs 모두 등급과도 깊은 연관이 있는 것을 확인하였다.

○ 특히 exon2 부위 g.6960 A>T 의 SNP 경우 ACA 에서 TCA 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 트레오닌에서 세린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 였으며, 등급 및 지방산 조성과 출하월령과도 깊은 우수 SNP로 선정 하였다.

3.4. THRSP (Thyroid Hormone Responsive) 유전자

○ THRSP 유전자는 지방세포 조직 내에서의 지방 생성 과정에 영향을 미치는 것으로 하나의 exon에 총 8개의 SNPs가 존재하고 있었으며 이 중 2개의 SNPs가 다형성이 나타났고, 2개의 후보 SNPs에서 올레인산 (C18:1)의 함량이 특이하게 차이를 나타나는 마커를 선별한 결과 exon1 영역의 g.78 G>A 와 g.184 C>T 2개의 SNPs가 선정되었다

○ 불포화지방산의 함량과 밀접한 관계가 있는 THRSP 유전자에의 2개의 SNPs, g.78 G>A SNP 경우 GTC 염기서열에서 ATC로 치환이 되어 발린에서 아이소루신으로, g.184 C>T SNP의 경우 GCG (아날린) 염기서열에서 GTG (발린)으로의 아미노산 배열에 변이가 일어나는 non-synonymous SNP 이다. 게다가 이 두 SNP는 Leu-zipper domain에 위치함으로써 지방산 합성에 직접적인 영향을 미친다.

○ Haplotype 분석 결과 2개의 SNPs간의 강한 연관불평형을 볼 수 있었으며, 단일 유전자 효과에서 나타나지 않은 등급과의 밀접한 관계가 haplotype의 결과에선 유의적인 차이를 나타내고 있었고, 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산에서 또한 하나의 유전효과보다 더 좋은 효과를 나타내고 있었다.

○ THRSP유전자 내에서 등급 및 지방산과 출하월령등 모든 방면에서 고려하여 최적의 SNP를 선발한 결과 g.184 C>T 와 Haplotype이 선정되었고, g.184 C>T SNP의 경우 CC 유전자형일 때 45.58%로 다른 유전자형을 가질 때보다 좋은 성적을 나타내주고 있다. 특히 27~28개월에 45.58%를 나타내는 CC 유전자형 개체들의 경우 다른 출하 개월의 개체들뿐만 아니라 33개월 이상의 출하 개체들과 거의 비슷한 쇠고기 맛을 가질수 있어 조기 출하의 요소로 활용 할 수 있다. 또한 Haplotype의 경우에도 단일 유전자형을 지니는 g.184 C>T  SNP와 비슷한 성적을 나타내고 있는 점에서 앞서 본 결과들과 일치하는 점을 볼 수 있었다.

3.5. FABP4 (Fatty acid Binding Protein 4) 유전자

○ 지방산 운반 단백질로서 세포 내로 지방산을 운반하는 FABP4 유전자는 총 13개의 SNPs가 존재하고 있었으며 이 중 6개의 SNPs가 다형성이 나타났다. 지방산과 연관되는 SNPs를 규명을 위한 지방산 함량의 높은 그룹과 낮은 그룹들의 빈도를 확인 한 결과 6개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이를 발견 하였다.

○ 선정된 intron 영역의 g.2634+1018 A>T 와 g.3977-325 T>C 및 exon2 영역의 g.2988 A>G 와 exon3영역 (g.3690 G>A, g.3710 G>C)과 exon4 영역의 g.4221 A>G SNPs 모두 올레인산 (C18:1) 및 단일불포화지방산의 함량과 밀접한 관계가 있었다. 특히 g.2634+1018 A>T와 g.3690 G>A 및 g.3977-325 T>C SNPs경우 등급과도 유의적인 관계가 있는 것으로 밝혀졌다.

○ FABP4 유전자에선 Haplotype 분석결과 3개의 SNPs (g.2988 A>G, g.3690 G>A, g.3710 G>C)간의 강한 연관불평형을 볼 수 있었으나, Intron 영역의 g.3977-325 T>C SNP의 마커의 경우 Haplotype의 결과보다 등급과 지방산 연관성이 높은 결과를 보여주고 있다. 특히 27~28개월의 CC 유전자형을 조기에 선발한다면 29개월 이후의 도축개월의 올레인산 (C18:1)의 평균보다 높게 나타남으로 3~4개월 정도 비육기간을 단축 시킬 수 있는 가능성을 볼 수 있었다.

3.6. FASN (Fatty Acid Synthase) 유전자

○ 지방산 합성에 관여 하는 FASN유전자는 exon이 42개로 구성 되어 있으며, exon 영역에 11개의 SNPs, intron 영역에 8개의 SNPs, 총 19개의 SNPs 대상으로 다형성을 알아 본 결과 11개의 SNPs가 다형성이 나타났다. 이후 11개의 SNPs에서 지방산과 연관되는 SNPs를 규명하기 위해 올레인산 (C18:1)의 함량의 차이가 많이 나는 그룹을 대상으로 빈도를 확인 한 결과 exon 영역에 위치한 g.12870 T>C, g.13126 T>C, g.15532 C>A, g.16907 T>C, g.17924 G>A의 총 5개의 후보 SNPs에서 특이하게 차이가 나타났다.

○ 선정된 5개의 후보 SNPs 모두 등급과 지방산과 밀접한 관계를 나타내고 있었으며, exon24 (g.13126 T>C) 의 SNP의 경우 티로신에서 히스티딘으로, exon34 (g.15532 C>A) 는 루신에서 이소루신으로, exon39 (g.17924 G>A) 는 알라닌에서 트레오닌으로 각각 아미노산이 변화하는 non-synonymous SNP이다.

○ Haplotype 분석결과 특이하게 2개의 block이 형성하였으며, 첫 번째의 block는exon23, 24영역의 SNPs (g.12870 T>C, g.13126 T>C)간의 강한 연관불평형을 볼 수 있었고, 두 번째 block의 경우 exon34, 37, 39 영역의 SNPs (g.15532 C>A, g.16907 T>C, g.17924 G>A)에서 강한 연관불평형을 볼 수 있었다.

○ 두개의 block에서 나타난 등급 및 올레인산 (C18:1)결과는 단일 유전자 효과보다 높게 나타난 결과를 얻을수 있었고 실효성이 높은 최적의 SNP를 분석한 결과 exon34 영역의 g.15532 C>A SNP 및 2개의 haplotype이 산업적 가치가 있을 것으로 예측 되었다.

3.7. SREBPs (Sterol Regulatory Element Binding Proteins) 유전자

○ SREBPs는 효소 내인성 콜레스테롤, 지방산 (FA), triacylglycerol와 phospholipid 합성에 필요한 지질 항상성 조절 전사 인자이며, 소포체의 막에 결합된 1150개의 아미노산 비활성 선구자로 합성되는 basic-helix-loop-helix-leucine zipper 전사 인자들 이다.

○ 이러한 SREBPs 유전자내의 10개의 후보 SNPs 중 8개의 SNPs에서 다형성이 나타났으며 intron 영역의 g.3270+10274 C>T와 exon13 영역의 g.13544 T>C의 총 2개의 SNPs에서 지방산의 특이적인 차이가 나타났다. 특히 exon7 부위 g.13544 T>C 의 SNP 경우 CTT 에서 CCT 부분으로 염기가 바뀌게 됨으로 인하여 아미노산 배열이 루신에서 프롤린으로 치환이 되는 non-synonymous SNP 이다.

○ 2개의 SNPs 모두 등급 및 지방산에서 밀접한 관계를 보여주고 있었으며, exon7 부위 g.13544 T>C 의 SNP 경우 등급 및 지방산과 밀접한 연관성을 가진 점을 미루어 최종적으로 산업적 가치를 증대시킬수 있는 우수 SNP로 선정하였다.

4. 최종 선발된 4개 우수 SNPs의 조합을 통한 현장농가 집단의 실증 유전자 적용

○ 지방산 및 등급에 연관이 있는 32개의 SNPs들 중 7개의 우수 SNPs (PPARγ; g.72362 G>T, FASN; g.15532 C>A, SREBPs; g.13544 T>C, FABP4; g.3977-325 T>C, THRSP; g.184 C>T, LPL; g.6960 A>T, g.6974 G>A)를 선정하였으며, 이들 중 4개의 최적의 SNPs (FASN; g.15532 C>A, SREBPs; g.13544 T>C, FABP4; g.3977-325 T>C, LPL; g.6974 G>A )조합을 발굴하였다.

그림 35. 최고의 SNPs 마커를 농가단위 비육우들에게 활용.

○ 이후 최종적으로 선정된 4개의 우수 SNPs의 조합을 이용하여 유전자 그룹 A (근내지방도 6.2이상, 올레인산 (C18:1) 45%이상) 근내지방도 성적이 5.3~6.2미만, 올레인산 (C18:1) 함량이 44~45%를 유전자 그룹 B, C급 (근내지방도 4.5~5.3미만, 올레인산 (C18:1) 43.0%~44.0%의 범위) 와 D급 (근내지방도 4.5미만, 올레인산 함량 (C18:1) 43.0%미만)으로 분류 할 수 있는 유전자 선발체계를 구축하였으며 산출된 범위와 등급을 통하여 현장농가 집단 99두의 각각의 개체에 실증 유전자검정을 실시한 결과 그 정확도가 최고 85%가 넘어가는 것을 확인하였다.

○ 그림 35에서 볼 수 있듯이 농가의뢰가 들어옴으로 인하여 구축되어 있는 유전자 선발체계를 활용하여 비육기간 단축을 하여 생산비를 절감하고, 맛의 차별화를 하고자 한다.

그림 36. 4개의 우수 SNPs조합을 활용한 육질 및 맛 우수 한우 조기 선발.

○ 따라서 최종 선발된 최적의 SNPs조합을 조기출하를 위한 보조수단으로 활용하여, 장기비육과 같은 쇠고기 맛을 가진 27~28개월 이내의 조기비육 출하로 비육기간 단축을 이루어 생산비 절감에 의한 생산농가의 소득증대를 이루며, 소비자들에게 값싼 한우쇠고기 공급하고 수입쇠고기와 가격경쟁력을 높이고자 한다.

제 2절 고품질 연관 유전자의

산업화 정책제안

제 2절 정책제안

1. 국가에서 추진하는 한우산업 정책

○ WTO, 한미 FTA 협정과 앞으로 이어질 유럽연합, 일본, 호주, 중국과 FTA에 따른 쇠고기의 수입뿐만 아니라 국세사회의 곡류값 상승으로 인하여 한우 사육농가의 위기의식과 더불어 큰 피해가 예상되고 있다. 또한 우리나라 소비자들이 국민 식생활 수준의 변화와 웰빙 열풍으로 육류 소비 경향이 양에서 질 위주로 전환되면서 우수한 육질의 고급육을 선호하는 추세로 전환되기 시작하였다.

○ 이러한 시대적 요구에 따라 국가에서는 한우산업의 경쟁력 향상을 위하여 고품질 차별화와 생산비 절감으로 소비자가 신뢰하는 맛있고 저렴한 고품질 쇠고기를 제공하는 것이 필요하다.

그림 37. 한우산업 경쟁력 향상 방안.

2. 한우산업을 위한 정책제안

○ 앞에서 언급된 바와 같이 본 연구에서 출하월령을 단축할 때 쇠고기 맛에 영향을 미치는 불포화지방산의 양이 줄어든다는 점과 등급이 높을수록 불포화지방산의 양이 많아진다는 점을 밝혔으며, 또한 외국산 품종 (미국산, 호주산)보다 우수한 점을 지방산 분석을 통하여 알게 되었다. 특히 이러한 불포화지방산과 연관이 있는 총 7개의 유전자 (SCD, PPARγ, LPL, THRSP, FABP4, FASN, SREBPs)의 32개의 SNPs가 조기 출하를 하더라도 그 맛에 있어 차별성을 유지 할 수 있는 우수 마커이며 그 중 FASN (g.15532 C>A) 및 SREBPs (g.13544 T>C)와 FABP4 (g.3977-325 T>C), LPL2 (g.6974 G>A)들이 서로간의 강한 상호연관성을 가지며 올레인산 (C18:1)뿐만 아니라 등급에서도 좋은 성적을 나타내는 것이 증명되었다. 이러한 본 연구의 결과에서 얻어진 쇠고기 맛과 연관된 유전자를 활용하여 쇠고기 맛의 차별화와 고품질 (1+ 이상) 한우 개량으로 비육 기간을 단축 (27-28개월) 할 수 있는 한우의 고품질 연관 유전자의 산업화를 위한 정책제안을 하고자 한다.

그림 38. 사육기간 단축으로 인한 생산비 절감.

○ 먼저, 국가단위 KPN 종모우 선발의 척도에 활용할 수 있을 것이다. 특히 현재의 종모우 선발에는 외모심사와 육종가 (EPD) 척도로 검정한다. 본 연구에서 밝힌 유전자 마커를 활용하여 제 2차적인 선발 보완수단으로 사용할 수 있을 것이다.

○ 그리고 농가단위의 암소 선발 기준으로 사용할 수 있을 것이다. 특히 암소를 도태하거나 선발할 때에는 한우 산업에 있어 우량 밑소를 생산하고 개량에 직접적인 영향을 미친다.

○ 그림 39에서 볼 수 있듯이 일반적인 외모심사나 도체등급판정결과뿐만 아니라 본 연구에서 밝힌 쇠고기 맛에 연관된 유전자 마커를 보조지표로 활용 한다면 조기 출하시에 맛이 떨어진다는 단점을 보완할 뿐만 아니라 한우암소 선발 및 도태에 유용한 기술이 될 수 있을 것이다

그림 39. 현재의 육종가와 더불어 쇠고기 맛에 영향을 미치는 유전자 실증검정.

○ 본 연구에서 밝힌 한우 쇠고기 맛과 연관된 유전자 마커를 현장농가에 보급하여 활용하기 위해선 하나의 기관이 힘을 쓴다고 해결될 문제가 아니다. 그림 40에서 제시 하였듯이 대학연구기관 및 한우자조금관리위원회와 시.도 지자체 및 지역농가 축협에서 같이 협동하여야 할 것이다.

그림 40. 추진체계.

○ 가장 우선시 되어야 할 부분이 현행 중앙 정부기관에서 한우 산업의 위기성을 인식하고 미래 한우산업의 목표를 ‘한우의 우수성을 세계로’로 설정하여 우리 고유의 유전자를 살린 우리 문화.생활 속의 한우산업으로 발전시킬 필요성을 인식함으로 인하여 각 지방에서 한우산업을 잘 이끌어 갈 수 있도록 시.도 지차제에 대한 지원이 유전자를 활용한 한우개량 사업에 초점을 맞추어 먼저 이루어져야 할 것이다.

○ 이러한 보조지원이 이루어진다면, 한우농가에서 분석에 필요한 개체별 모근, 조직 또는 혈액 채취를 개체이력정보와 능력검정자료와 함께 분석의뢰를 한다. 여기서 분석기관은 한우자조금관리위원회에서 지역별로 추천을 하여 연구기관인 영남대학교에서 유전자 primer를 제작하여 공급할 수 있다.

○ DNA 시료 채취 후 10일내로 농가들에게 A, B, C, D로 개체별 유전자 등급 결과 통보를 활용하여 시.도 지자체에서 개량지도와 더불어 교배체계를 구축하고 우량 밑소를 생산할 수가 있다.

* 여기에서 분석비용은 농가 자체부담, 지원기관 (지방자치단체, 한우자조금관리위원회, 정부)에서 일정부담을 한다.

○ 이러한 고품질 연관 유전자의 산업화 활용이 잘 이루어지려면 앞서 제안한 현 중앙 정부 및 시도 지자체의 지원뿐만 아니라 과학적인 자료를 바탕으로 한우의 맛의 우수성과 건강 기능성의 우수성을 소비자들에게 널리 알려 생산자는 국민 건강에 기여한다는 자부심을 가지고 산업에 종사하고, 소비자에게는 수입 쇠고기에 비해 한우 쇠고기의 우수성이 높다는 것을 인식시키는 것이 무엇보다 중요할 것이다.

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부 록

*표 64. 한우에서 SCD 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.6850+77 A>G	AY241932	26	F1	ACTCTGGCCTGAGGAAAACA	60	348
			R2	CCGGAACTTAACCACAAGGA
			E3	GTGGCGGAATGGAGGCGATC
g.8243-72 A>G	AY241932	26	F	AGGCATCAGAATGGAACTGC	60	401
			R	AGACACCCTCTCAGGGGAAT
			E	AGCTGTGGGCTCTGGAAGAC
g.8646+128 A>G	AY241932	26	F	AGCTGGTGATGTTCCAGAGG	60	390
			R	TTTGTGCCTCTCCTCGCTAT
			E	AAATTACAATTTAAAACCCT
g.10153 A>G	AY241932	26	F	CAGAAAATTTCCTTGCCCATT	60	552
			R	TGTTGCTTAACTTTCAAGGGTTT
			E	ATCCTGCCCACACTCGTGCC
g.10213 T>C	AY241932	26	F	CAGAAAATTTCCTTGCCCATT	60	552
			R	TGTTGCTTAACTTTCAAGGGTTT
			E	TTTGCCACCTTATTCCGTTA
g.10329 C>T	AY241932	26	F	CAGAAAATTTCCTTGCCCATT	60	552
			R	TGTTGCTTAACTTTCAAGGGTTT
			E	TCTGGTTTCCCTGGGAGCTG
g.13565 G>T	AY241932	26	F	TTTTGTCCCTGTCACCTTCC	60	425
			R	AGGGAGCATACTGGGTGATG
			E	TCCAAAGCCTAGACAACCCT
g.13638 G>C	AY241932	26	F	TTTTGTCCCTGTCACCTTCC	60	425
			R	AGGGAGCATACTGGGTGATG
			E	TCTGAGCTTTAAGGTGGATG
g.13757 C>A	AY241932	26	F	TTTTGTCCCTGTCACCTTCC	60	425
			R	AGGGAGCATACTGGGTGATG
			E	ACCAAACTGAAAAAACAGGT
g.14047 C>T	AY241932	26	F	GTCTGCCCATCACCCAGTAT	60	397
			R	TCACCACCATACCACCAATG
			E	GAATTGTTTTCTTTCTTTCA
g.14578 A>G	AY241932	26	F	AGAGGGGGCTTGAAGAAGAG	60	469
			R	GCTTGCCTGTCCAGAAAAAG
			E	GTTGTTGGGTGTCCTGATAT

[다음 페이지]

[*표 64 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.15001 A>G	AY241932	26	F	TGACAGAATGGTCAGGGTCA	60	328
			R	TGACTCAGGGTAGGCAGCTT
			E	ACTTGGCCTCCAGAGTCTCC
g.15101 C>T	AY241932	26	F	TGACAGAATGGTCAGGGTCA	60	328
			R	TGACTCAGGGTAGGCAGCTT
			E	GCATTCGCACTCATGAGGCA
g.15202 G>A	AY241932	26	F	TGACAGAATGGTCAGGGTCA	60	328
			R	TGACTCAGGGTAGGCAGCTT
			E	CAGAACCAGAGAGCATGCTG
g.15491 G>A	AY241932	26	F	GGGAAGCACAAGAAGCAAAG	60	320
			R	CAGTGGCAGAGCATTTGGTA
			E	CAACACAGTCTAGGGCAGAC
g.16524 C>T	AY241932	26	F	GGTAGTTTTAATTCCACAGGTCAT	58	332
			R	TCCAAAATTATTCTTAGGTCACAA
			E	ATGAAAAGTTCAAGAAAGCT

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence

*표 65. 한우에서 PPARγ 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.1159-71208 A>G	NC_007320	22	F1	GGCCTTTGCGAAGTGTAAGT	60	222
			R2	CAGCCATCCATTTCAACACT
			E3	TCTCTTCTTGTAGATGCTAC
g.1492-70875 C>A	NC_007320	22	F	ATCAGGGCAGAATGTCCAAC	60	103
			R	TTTGTTGCACTGCATTCTGG
			E	TTTTTCTACAAGCCATAAAA
g.2267-70100 C>T	NC_007320	22	F	AAGATCTGGGTGCTGCTGTT	60	143
			R	ACATGCAGAAGTCCCCTTTG
			E	TCCCCTTCATGAGACTTTTT
g.2869-69498 A>G	NC_007320	22	F	CAGGCAGCTGTGTACTTGGA	60	275
			R	ACAAGCCCAGGACAATGAAC
			E	CTGGCCGTATGCTTTCTGTG
g.2896-69471 A>C	NC_007320	22	F	CAGGCAGCTGTGTACTTGGA	60	275
			R	ACAAGCCCAGGACAATGAAC
			E	AAGCGTGTCATCCATCCCCT
g.4298-68069 A>G	NC_007320	22	F	TACTGGAGTGGGTTGCCATT	60	135
			R	GATAGTTGCTGGCAGGCTTC
			E	GGGTCGTTAAATGAAAAACA
g.5248-67119 C>T	NC_007320	22	F	CCTCATGCCAGGATTTCTGT	60	183
			R	GCTCTCAAAGCCAGTGTTCC
			E	CTCATGCCAGGATTTCTGTA
g.5831-66536 C>T	NC_007320	22	F	TGTTTCTTCTCTCCCCTCCA	60	222
			R	CAGGGTAAGAGGGGTGTTGA
			E	TCTGTCCTTGTGCTCAACAC
g.7504-64863 A>G	NC_007320	22	F	GGCCCCCTTACTTCTTTCAG	60	262
			R	CTATGGGGTCGCACAGAGTC
			E	ACTATGTTGCTGCTGCTGCT
g.7514-64853 T>A	NC_007320	22	F	GGCCCCCTTACTTCTTTCAG	60	262
			R	CTATGGGGTCGCACAGAGTC
			E	TGCTGCTGCTACTGCTAAGT
g.7523-64844 T>G	NC_007320	22	F	GGCCCCCTTACTTCTTTCAG	60	262
			R	CTATGGGGTCGCACAGAGTC
			E	TACTGCTAAGTTGCTTCAGT

[다음 페이지]

[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.7530-64837 A>T	NC_007320	22	F	GGCCCCCTTACTTCTTTCAG	60	263
			R	TCTATGGGGTCGCACAGAGT
			E	AAGTTGCTTCAGTCGTGTCT
g.7539-64828 C>T	NC_007320	22	F	GCTGCTGCTGCTACTGCTAA	60	206
			R	GCAATCCATGGGGTCACTAA
			E	CAGTCGTGTCTGACTCTGTG
g.7569-64798 C>T	NC_007320	22	F	GCTGCTGCTGCTACTGCTAA	60	206
			R	GCAATCCATGGGGTCACTAA
			E	GACGGCAGCCCACCAGGCTC
g.7573-64794 A>G	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	GCAGCCCACCAGGCTCCCCC
g.7642-64725 A>C	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	TCTCCAATGCATGAAAGTGA
g.7658-64709 T>G	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	GTGAGAAGTGAAAGTGAAGT
g.7682-64685 T>C	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	CAGTCGTGTCTGACTCTTAG
g.7694-64673 T>C	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	ACTCTTAGTGACCCCATGGA
g.7700-64667 A>C	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	AGTGACCCCATGGATTGCAG
g.7705-64662 T>G	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	CCCCATGGATTGCAGCCCAC
g.7728-64639 T>G	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	GCTCCTCCGTCCATGGGATT

[다음 페이지]

[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.7729-64638 A>T	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	CTCCTCCGTCCATGGGATTC
g.7753-64614 G>A	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	GGCAAGAGTACTGGAGTGGG
g.7762-64605 A>T	NC_007320	22	F	GTTGCCATTTCCTTCTCCAA	60	220
			R	CATGTTGCTGCAAACTGCAT
			E	ACTGGAGTGGGGTGCCATTG
g.8432-63935 G>T	NC_007320	22	F	CCAGCGTCAGAGTCTTTTCC	60	111
			R	AGGAGATAAGCCCTGGGTGT
			E	TTCAAAAGCATCAATTCTTC
g.8488-63879 A>G	NC_007320	22	F	CTTCCAAAGAACACCCAGGA	60	364
			R	ATGGGGAAACAGTGGAAACA
			E	CATACATGACCACTGGAAAA
g.8527-63840 C>T	NC_007320	22	F	CATCACTTCATGGCAAATCG	60	269
			R	TTCGGAGCTCAGCTTTCTTC
			E	AGACAGACCTTTGTTGGCAA
g.8612-63755 C>A	NC_007320	22	F	ACCACTGGAAAAACCACAGC	60	220
			R	TCCCATCACTTCATGGAACA
			E	GTCTTTTAATATCATGGCTG
g.8631-63736 T>G	NC_007320	22	F	ACCACTGGAAAAACCACAGC	60	385
			R	CAAGATTGCCGGGAGAAATA
			E	GCAATCACCATCTGCAGTGA
g.8632-63735 T>A	NC_007320	22	F	ACCACTGGAAAAACCACAGC	60	385
			R	CAAGATTGCCGGGAGAAATA
			E	CAATCACCATCTGCAGTGAT
g.8664-63703 T>C	NC_007320	22	F	GGAAGAAGCACAAGCTGGAA	60	198
			R	GAAGTGATGGGACCAGATGC
			E	AAAAAATAAAGTCTCACACT
g.8723-63644 C>G	NC_007320	22	F	TCCCCATCTATTTCCCATGA	60	221
			R	GGACTGGAAGAAGCACAAGC
			E	GGACCAGATGCCATGATCTT

[다음 페이지]

[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.8758-63609 C>A	NC_007320	22	F	CATGGCTGCAGTCACAATCT	60	231
			R	TGCAGATGACACCACCCTTA
			E	GAGCTTTAAGCCAACTTTTT
g.8766-63601 A>T	NC_007320	22	F	CATGGCTGCAGTCACAATCT	60	231
			R	TGCAGATGACACCACCCTTA
			E	AGCCAACTTTTTTACTCTCC
g.8768-63599 T>C	NC_007320	22	F	CATGGCTGCAGTCACAATCT	60	231
			R	TGCAGATGACACCACCCTTA
			E	CCAACTTTTTTACTCTCCTC
g.8792-63575 A>C	NC_007320	22	F	TGCAGATGACACCACCCTTA	60	225
			R	CTGCAATCACCATTTGCAGT
			E	ACTTTCATCAAGAGGCTTTT
g.8828-63539 A>C	NC_007320	22	F	TTCTGCCATAAGGGTGGTGT	60	223
			R	CGGTCAGCAAGCAACAATTA
			E	TCTGCCATAAGGGTGGTGTC
g.10645-61722 T>G	NC_007320	22	F	TCAGGGATTGAACCCTCATC	60	160
			R	GGCTCTGGGTGGTAACAGAA
			E	TTGAACCCTCATCTCCTGCA
g.12138-60229 C>G	NC_007320	22	F	AAGGAACGCTCGGTAGGACT	60	277
			R	CACCCAGCCTGTCTTCAAAT
			E	AGGATCCTGTCCTGGGTATC
g.12729-59638 A>G	NC_007320	22	F	ACAGAGGATGAGACGGTTGG	60	299
			R	GCGGACACACCCAATAAGAT
			E	GAAAGAAAAGACGAGAAACC
g.12777-59590 A>G	NC_007320	22	F	ATGGGGTCACAAAGAGTTGG	60	255
			R	CAAGGCCTGGTGTCTCATCT
			E	TTGAAATGGCAGTTTTAGGA
g.13344-59023 A>T	NC_007320	22	F	TGGGGCTTCCTGAGAGTCTA	60	268
			R	CCGTTCAGACCCTCACTGTT
			E	ACCTACAGCACCTGATCTCT
g.13346-59021 C>T	NC_007320	22	F	TGGGGCTTCCTGAGAGTCTA	60	268
			R	CCGTTCAGACCCTCACTGTT
			E	CTACAGCACCTGATCTCTTC

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.13851-58516 T>G	NC_007320	22	F	GGGCACTGATGTTTCCTACC	60	209
			R	TCCCCCAACATTTTAGTTTGA
			E	TGTATGCATAGAAGGATGGA
g.13862-58505 C>T	NC_007320	22	F	GGGCACTGATGTTTCCTACC	60	209
			R	TCCCCCAACATTTTAGTTTGA
			E	AAGGATGGATAGGAATGGGA
g.13872-58495 G>A	NC_007320	22	F	ACGATTTGTGAAGGGCACTG	60	101
			R	TGTCCCATTCCTATCCATCC
			E	TAGGAATGGGACAAAGTAAGC
g.14302-58065 G>A	NC_007320	22	F	CTTGCAGCATATGGGACCTT	60	131
			R	TGTCCTCAGCCCCTTAAAAA
			E	GGTAATGAGTTTAAGGACAG
g.14444-57923 T>A	NC_007320	22	F	CTTGCAGCATATGGGACCTT	60	304
			R	GGAGAGTGCTCTGTGCAGGT
			E	AGTCCCAGGAACAGAATTTT
g.16320-56047 C>T	NC_007320	22	F	CAGGACTCCTTCTCTGGGATT	60	208
			R	CTTTGGCAGGTCCTCAACAC
			E	ATACTCTTGATGGGTCTTGA
g.20851-51516 A>G	NC_007320	22	F	ACTTTCCTGGCTGCAGAAGA	60	162
			R	AGGGGACAGGAAGAGGAAGA
			E	TTTCCTAAGTTTATTTGCCC
g.22327-50040 A>G	NC_007320	22	F	AGGAGCCTTGTTGGAAGTGA	60	217
			R	GAGGAGGGAGGAAGGTTCAG
			E	ACTGAAAAAAATGAGATTGG
g.25187-47180 C>T	NC_007320	22	F	GGATCTTAGCTCTCGGACCA	60	169
			R	GGGGAAGGGGTATAGGAGAA
			E	TGGCAGTCCAGGGGTGAAGA
g.25474-46893 C>T	NC_007320	22	F	CAACGTCAGGCTTCTCAACA	60	344
			R	CCGAGAGCTAAGATCCCACA
			E	TTTCATTCTATTTATTTACA
g.25565-46802 C>T	NC_007320	22	F	AGGCGGTCACTGAGGTCATA	60	195
			R	TGCTGACTGCAAAGTGCTTC
			E	GATTCCTGTGTTGAGAAGCC

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.25582-46785 A>G	NC_007320	22	F	TGCTGACTGCAAAGTGCTTC	60	221
			R	TGTTGAGAAGCCTGACGTTG
			E	GCCCGACGTTGGTTGGCAGG
g.26224-46143 T>A	NC_007320	22	F	TGTCACAGGCTGACTCTTGC	60	235
			R	GTCAGCAGCGTAGGGTTTGT
			E	TTGTGTTTTCCAGGCACTTT
g.26931-45436 C>T	NC_007320	22	F	AGTCCTGGGAGCATTTACCC	60	230
			R	ACTCCCATGCCTTTGACATC
			E	GAATTGGACTAAGCTCTCGT
g.27009-45358 A>G	NC_007320	22	F	GCCAGGCTCCTCTGTCTATG	60	234
			R	CCAGGACTAATGGCTGTGGT
			E	TTTATTCATCCACTTGTCCA
g.28071-44296 C>A	NC_007320	22	F	GTATGCCCAGCTTGAGGGTA	60	279
			R	TTGGCAGCCATTACTTGACA
			E	TATGGAAATTTAATAGGCTT
g.28234-44133 G>T	NC_007320	22	F	ACAACCTCTGGGCCTAACCT	60	275
			R	CTCAAGCTGGGCATACCATT
			E	TTTCCTTCTCAGTTCCTTTT
g.28877-43490 G>A	NC_007320	22	F	GAGGCACAGTAGCCTTGCTT	60	248
			R	GATAAAGCGTCAGGGTTCCA
			E	AGGTACCTAGGTTTTCATTT
g.28986-43381 C>T	NC_007320	22	F	GAGGCACAGTAGCCTTGCTT	60	248
			R	GATAAAGCGTCAGGGTTCCA
			E	CTTGAAAACCTAAGAAAATC
g.29025-43342 C>T	NC_007320	22	F	TTCAGGAGATCTGCGTTCTG	60	362
			R	GCTTGTGAAGGATGCAAGGT
			E	GTGCCTCACTTCGTTTTTTC
g.29043-43324 A>G	NC_007320	22	F	TTCAGGAGATCTGCGTTCTG	60	362
			R	GCTTGTGAAGGATGCAAGGT
			E	TCCGAATTGGTCCTGTGCAG
g.29170-43197 T>A	NC_007320	22	F	ATGGCTCACACTGATGCTGA	60	294
			R	CATGACAGTGATGGGCTGAC
			E	TCTCCTGAATCTCCTAATGC

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.29317-43050 C>A	NC_007320	22	F	ATGGCTCACACTGATGCTGA	60	294
			R	CATGACAGTGATGGGCTGAC
			E	TGTCACTGAGATTTCCCCCA
g.29439-42928 A>C	NC_007320	22	F	ATGGCTCACACTGATGCTGA	60	142
			R	TTTATGGCCACTTTGCAGGT
			E	GGCAAAGAGATACAGCTGTT
g.30339-42028 T>C	NC_007320	22	F	TGCTTTACCAGCCCATAAAAA	60	294
			R	CTCCTGGCAAGAGATGCTTT
			E	AGAAGTAGTTGAAGAAATCA
g.31133-41234 G>A	NC_007320	22	F	CTTTGCAGCTCCACTGACTG	60	220
			R	AAGCTGAAGCTCCCTCCACT
			E	TGAAGGACAGGGGAGCCTGC
g.31670-40697 T>A	NC_007320	22	F	CAGGGACTGAACCCATGTCT	60	256
			R	CTCAACGTTTTGGGGTGAGT
			E	GACCAAAATGTTTGAGAACT
g.31768-40599 C>G	NC_007320	22	F	CAGGGACTGAACCCATGTCT	60	256
			R	CTCAACGTTTTGGGGTGAGT
			E	CCATCGTTAGACCAGTTAGA
g.31777-40590 G>A	NC_007320	22	F	CAGGGACTGAACCCATGTCT	60	256
			R	CTCAACGTTTTGGGGTGAGT
			E	GACCAGTTAGACCAGTGCCC
g.32333-40034 G>A	NC_007320	22	F	TGGCAAGGGTCAAATAAACC	60	264
			R	CAGCCTTAGCTCACCAACAA
			E	ACATATCTACATGCCAGGGG
g.32487-39880 C>G	NC_007320	22	F	CCCACAGAGGCTGAATCAAT	60	387
			R	GACCCTTGCCAAAGTTCAGA
			E	TACACTTTAGAACTTGCAAA
g.32508-39859 A>T	NC_007320	22	F	CCCACAGAGGCTGAATCAAT	60	387
			R	GACCCTTGCCAAAGTTCAGA
			E	CTGACATTGATTGCTTATAA
g.32698-39669 A>G	NC_007320	22	F	TCCAACTTCTCCTTCATTGCT	60	150
			R	CATTGATTCAGCCTCTGTGG
			E	GTTTTTAGTATATTCCCGTG

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.33234-39133 G>A	NC_007320	22	F	GGCATGGTTGGAGATGAAGA	60	228
			R	CCAAGCTTGTACTGGGGTTT
			E	CATGAACTTAGTCTTAAAAA
g.33701-38666 T>G	NC_007320	22	F	TTTCCCCCTGACTGATTCAC	60	183
			R	GATAGCCGAGCAGCATTTTC
			E	ATCAGTCAGGGGGAAAATGC
g.34365-38002 A>T	NC_007320	22	F	TGCTGTGATTCTGCCCTCTA	60	105
			R	ACAGGCTTCTCCACCCCTAC
			E	AATAAAAATTCTATGCAAGG
g.34437-37930 G>A	NC_007320	22	F	TGCAGTGGCAAAAGTAAGGA	60	396
			R	GGCAGAATCACAGCAATGAA
			E	ATGTGCAAAGAAGTTATTAA
g.34821-37546 G>A	NC_007320	22	F	GGATTCCATTGGCTCTATGC	60	347
			R	TTTCCTTACTTTTGCCACTGC
			E	AAACCATGATGCAGAAAACG
g.35937-36430 G>A	NC_007320	22	F	ATTGCCTGTTTCCCTCACTG	60	354
			R	GGCCCAGGAAGGAAGTTAAA
			E	GTCATAACTGCTAATGGAGC
g.37405-34962 C>A	NC_007320	22	F	GGCAAATGCCCAACTACAAG	60	343
			R	TTCTTCCGGAGGACAATCAG
			E	CGAGGGCCGTGGCTGAAAAC
g.37550-34817 T>G	NC_007320	22	F	GGCAAATGCCCAACTACAAG	60	230
			R	TGCTGTGGGGATGTCTCATA
			E	ACGATGGGAGAAAAGACTGG
g.37695-34672 A>T	NC_007320	22	F	AGCACAGGGAACTTTGCTCA	60	293
			R	CTGGGAAGTCTGGGTGGTAA
			E	CTTTTTTTTATTTTATAGGC
g.39018-33349 G>A	NC_007320	22	F	TGGTCACAAGAAGGCAAAAG	60	342
			R	GGTGATGTGATCATGTTGCAG
			E	TTTAAAAATTGTCACTTTTC
g.39148-33219 C>G	NC_007320	22	F	ACAAGGCTGCTCCTCTCTCT	60	175
			R	TCCCCTGTTGCTTGTTGTTT
			E	GATGGTATAATTTTCTCTTT

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.39790-32577 A>T	NC_007320	22	F	CTGCTGTCTATGGGGTCACA	60	267
			R	AGTCCCTGAGTCGGGAAGAT
			E	CTGCTAAGTCACTTCAGTCG
g.41072-31295 T>G	NC_007320	22	F	CACAGCCTCTGCCTTAGGAC	60	223
			R	TTTCTGTGGCTCTTCCCATC
			E	TAAGGTAGTTCTCTTCTTTC
g.40613-31754 G>A	NC_007320	22	F	TCCTGATGGATTTCCCTGAC	60	295
			R	TGGCTGTTGCTGCAAATTAC
			E	CACATTCTCAGAAAGCAAGG
g.41072-31295 A>C	NC_007320	22	F	ACAGCCCCTCTTCCTTCATT	60	299
			R	GAAGATTCCCCTGGAGAAGG
			E	CCCTGTGGACAGAGGAGCCT
g.42346-30021 T>C	NC_007320	22	F	CTAAGGGGTGAATTCGCAGT	60	419
			R	CAGAGTCAGAAGATGAGGCTGT
			E	TCCAAATGCGCATATTTTTT
g.42499-29868 T>G	NC_007320	22	F	CCTTTCATCCGTCAGTGGAT	60	440
			R	GGTGATAAGACTGCCCCTTG
			E	ACTGACCATGAGACGAAGCC
g.42523-29844 T>C	NC_007320	22	F	CCTTTCATCCGTCAGTGGAT	60	202
			R	CGAAGCCGTACTCATTGTCA
			E	TCATTGTCAAAAGCCTGATA
g.42555-29812 C>T	NC_007320	22	F	AAGGGCAGGATGAATGAGTG	60	303
			R	CCATGAGACGAAGCCGTACT
			E	CACCCCTTAGATGTTAAAGG
g.43637-28730 C>G	NC_007320	22	F	GCCCCACAGAGAACTTCTGA	60	210
			R	TGAACTCAGGCTTCCCTCAT
			E	AGTCACTGGCCACATTTGTA
g.43645-28722 G>A	NC_007320	22	F	GCCCCACAGAGAACTTCTGA	60	210
			R	TGAACTCAGGCTTCCCTCAT
			E	GCCACATTTGTAGGCCTTCA
g.46012-26355 T>A	NC_007320	22	F	GGGGAAGCCGATAATTAAGC	60	201
			R	CCAGGCTCCTCTGTCCATAC
			E	GTCTGACTCTTTATGACCCC

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.46116-26251 A>G	NC_007320	22	F	GGGGAAGCCGATAATTAAGC	60	227
			R	TTTATGACCCCGTGGACTGT
			E	GGATTTCATGGCGGCGGGGG
g.47009-25358 T>C	NC_007320	22	F	GGAAGGGAGAAGCTCTGGTT	60	248
			R	ACCCCACTGGAACTGTTGTC
			E	GTTCTGTCTCATTGGTGAAG
g.49232-23135 T>C	NC_007320	22	F	GGAGGAACTGGGGCTTCTAA	60	201
			R	TCCCTGTCCTTCACCATCTC
			E	CCAGAGTTTGCTTAGACTCA
g.52522-19845 C>T	NC_007320	22	F	TTCAACAACATTCGCTGGAG	60	145
			R	GAGTCACCAGGCGAGCTTAC
			E	TCGTTCTTGGCTTACTTGAA
g.53828-18539 G>T	NC_007320	22	F	TATGATACCACGACCGGTGA	60	395
			R	CCTTATGCAGCTGCTCCTTC
			E	AGAGGATTTTATCTAAAACA
g.54191-18176 G>A	NC_007320	22	F	ACTGACACCCCTGGAAGATG	60	296
			R	CCAGAAGACAACCTGGAGGA
			E	GGTGTTGACCGTGAATGAGA
g.55233-17134 G>T	NC_007320	22	F	CTGGTTCGGACTGCATTCTT	60	158
			R	CAGCGAGGTGTGACTTTGAA
			E	CCCGTGTGGAGTCCTCTGAC
g.55383-16984 G>T	NC_007320	22	F	CCACACATCAGTTTCCATGC	60	289
			R	AACCAGAGAACACCCAGCAG
			E	TGATCTAATTAACCAACTCC
g.55672-16695 C>A	NC_007320	22	F	ACCTTTCAGGGCTTTGGTTT	60	209
			R	GAGCAAGGCCCACTCTGTAG
			E	TCTTTTGTGGTCCAGTTAGT
g.55896-16471 C>A	NC_007320	22	F	TCAAAACACGTCGGATAGCA	60	235
			R	AAACCAAAGCCCTGAAAGGT
			E	ATGGAGTCAGGATGATGAAC
g.55975-16392 T>G	NC_007320	22	F	TCAAAACACGTCGGATAGCA	60	235
			R	AAACCAAAGCCCTGAAAGGT
			E	GCAAACAGATAACAGCACAG

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.56135-16232 T>C	NC_007320	22	F	CACTGAGCTACTGGGGAAGC	60	326
			R	GCCCTTTGTCGTGTTATGCT
			E	CCAGTTTATGTTAGGTCCAT
g.56223-16144 T>C	NC_007320	22	F	CACTGAGCTACTGGGGAAGC	60	326
			R	GCCCTTTGTCGTGTTATGCT
			E	TAAGGCCCATTTTATCTTTA
g.57085-15282 T>C	NC_007320	22	F	CAGATGGGCGGATAGAGAAG	60	251
			R	TATCTTGGCAACCCCAAGTC
			E	CACGTGTAAGTGACATCATA
g.57182-15185 G>T	NC_007320	22	F	CAGATGGGCGGATAGAGAAG	60	251
			R	TATCTTGGCAACCCCAAGTC
			E	TCCCTCTTTTTTGTGACTAA
g.58062-14305 G>T	NC_007320	22	F	GTTTGTGTGTCATGCGGAGT	60	102
			R	TTCAGGGCTTTTTGAACCTG
			E	TCCTACCACAGATATTAAGG
g.58480-13887 A>C	NC_007320	22	F	AATCAAGTTCCTGGGTGCTG	60	313
			R	TTCCCCAGATTGTCTTCACA
			E	TGGATCCTCACAATAATGAA
g.59145-13222 C>G	NC_007320	22	F	TAGGGTTGAAGCCGAGTGAC	60	285
			R	GAGTGTTATGGGCAGGGAAC
			E	TCACAGAAGAGCTTCGTCCC
g.60868-11499 C>T	NC_007320	22	F	CCCCCTACATTGAAAGAGCA	60	209
			R	TGGCTCACAGTGAACTGGTC
			E	CCAGAGACATCCCGTAGATA
g.60869-11498 C>A	NC_007320	22	F	CCCCCTACATTGAAAGAGCA	60	209
			R	TGGCTCACAGTGAACTGGTC
			E	CAGAGACATCCCGTAGATAC
g.60917-11450 A>G	NC_007320	22	F	CCCCCTACATTGAAAGAGCA	60	209
			R	TGGCTCACAGTGAACTGGTC
			E	AGAATCAGAGCACAGAACCC
g.61873-10494 G>T	NC_007320	22	F	TGTATAGCGAGCACCCCTCT	60	231
			R	CACCTGCCCTCTGGTCTTAG
			E	CATTTTAACAGCAGAACTGT

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[*표 65 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.62494-9873 C>T	NC_007320	22	F	TGACACTGCTCCCTTCTCCT	60	211
			R	CCGAGGTCTCTGGTTTTCAG
			E	CAGGTGGCCGAGATGGCTTT
g.62724-9643 C>T	NC_007320	22	F	TTCTCAACTGGCACCCAAAT	60	288
			R	ACGAATGATCCCAGCCTATG
			E	CTCACACACTCTCACACACA
g.63097-9270 A>G	NC_007320	22	F	CCACTTTGGGGAGCACTTTA	60	283
			R	TGGTAGAGTGAGGGGGTTTG
			E	ACAGATCCTCTTCGAGTGAG
g.63137-9230 A>T	NC_007320	22	F	CCACTTTGGGGAGCACTTTA	60	283
			R	TGGTAGAGTGAGGGGGTTTG
			E	GCTCCAGAGGCCAGCACAGG
g.67415-4952 C>T	NC_007320	22	F	AGGGAGTGCTGAAGACCAAA	60	289
			R	CACTAACCGGCTCTGTGACC
			E	GTGTGAGCCTGTTAATGTGC
g.68297-4070 A>C	NC_007320	22	F	CCCTGACACTTCCACACAGA	60	224
			R	TCCTGGCCTAGAGACTCACG
			E	TTGCATAGCAACTGTGAGAA
g.68712-3655 C>A	NC_007320	22	F	CTGAAAATCCCACCCGAGAC	60	402
			R	AGGACCTGGTGGGCTGTAGT
			E	AAGAATTGTAGTTTTCAATC
g.69435-2932 C>T	NC_007320	22	F	ACACAGGCAGGGTTTTGAAG	60	288
			R	AAGGCCACCACCTTCTTTTT
			E	AAGAGTAAGCTTAAGTCAGT
g.72367 G>T	NC_007320	22	F	GTGAAGCCCATTGAGGACAT	60	356
			R	CCTGTAGGAGTGGGTGGAGA
			E	CTGCAAGCCTTGGAGCTGCA

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence

*표 66. 한우에서 LPL 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.337 C>T	NC_007306	8	F1	GCCCTGCATCTCCTACAGAG	60	227
			R2	ATCGCAACCCCTTCCTACTT
			E3	CCTTCCTACTTTCTTTCCTT
g.423 C>T	NC_007306	8	F	CCCTACTTCTGCTGGCTCTG	58	282
			R	CCAGAGAGATCGGAGGAAAA
			E	TTCCGTGCTCCTTCTAGATC
g.1234 G>T	NC_007306	8	F	AGCAATCTGACCGCTGACTT	60	271
			R	ACACAGGCTGCCTCTATCGT
			E	CTTCCCTGCAATAAACTCAC
g.3844 C>T	NC_007306	8	F	GACAGGATGTGGCCAAGTTT	60	330
			R	GTGGCCCAGATGGTAAAGAA
			E	AAGAGTCAGACACGACTGAG
g.4335 G>A	NC_007306	8	F	CTTCTCTGAGGCTGGTGGTC	60	269
			R	TCAACCCTCCTCTCTTGCTT
			E	ACTTGCTTATCTAACAAGCA
g.5386 A>T	NC_007306	8	F	CTCCAATTTCCCACAACCAT	58	438
			R	CACAGTCAGGGTCCATCCTT
			E	TATAGATGCTGCTGGTGTTT
g.5735 C>T	NC_007306	8	F	CAGACAGATCTCACCCACCA	60	282
			R	ATGGTTGTGGGAAATTGGAG
			E	TTGAAATGACTAAGAATATT
g.6783 C>A	NC_007306	8	F	CCGGAAGATGAGAGAGAAGC	60	367
			R	GGAGTGGGATGGCATTGTAG
			E	GAGTAAAAAAAAAAAAAAAA
g.6960 A>T	NC_007306	8	F	TTGGAGCACTGTCCACTTTG	60	154
			R	AAAGGCATCACTGGGTTCC
			E	CAGCTGAGGACACTTGCCAC
g.6974 G>A	NC_007306	8	F	AGGAATGAGGTGGCAAGTGT	60	289
			R	TGGAGCACTGTCCACTTTGA
			E	GTGTCCTCAGCTGTGTCTTC
g.7092 G>C	NC_007306	8	F	AGATTCCTCAATCCCCACCT	60	232
			R	CATTCCTGGAGTGACCGAAT
			E	TACTCCTTCCTAAAGAGCCT

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.7156 C>A	NC_007306	8	F	CCCACCCTCTTCTTCCTCTC	60	367
			R	CTTCAACCACAGCAGCAAAA
			E	CATCACTGGGTTCCCATCAC
g.7342 C>T	NC_007306	8	F	CCTAGCGTGAGTTCCCTGAG	58	288
			R	AGGTGGGGATTGAGGAATCT
			E	TCTCTATGTCTGTATCTCCA
g.7372 C>A	NC_007306	8	F	CCTAGCGTGAGTTCCCTGAG	58	288
			R	AGGTGGGGATTGAGGAATCT
			E	TTCCTCTCTCACCCAGGTGC
g.7377 G>C	NC_007306	8	F	CCTAGCGTGAGTTCCCTGAG	58	288
			R	AGGTGGGGATTGAGGAATCT
			E	TCTTCTTCCTCTCTCACCCA
g.7441 G>A	NC_007306	8	F	CCTAGCGTGAGTTCCCTGAG	58	128
			R	CACCTGGGTGAGAGAGGAAG
			E	TTGTCTATCTATTTTACATA
g.7458 G>T	NC_007306	8	F	CCTAGCGTGAGTTCCCTGAG	58	128
			R	CACCTGGGTGAGAGAGGAAG
			E	CATACAGCAAATTCCCATTG
g.8834 G>A	NC_007306	8	F	CTCCCTATCCCACCCCTCTA	60	321
			R	AGGTGGGGATTGAGGAATCT
			E	TCTCACCCAGGTGCATAAGT
g.10437 C>T	NC_007306	8	F	GACAGGATGTGGCCAAGTTT	60	330
			R	GTGGCCCAGATGGTAAAGAA
			E	TGCCTGGAGAATCCCATGGA
g.11162 C>T	NC_007306	8	F	CATTGCATCTGCTTCTTCCA	60	259
			R	GAACAAGCTCTGGGAGTTGG
			E	AACACATCTCTGTGTGGCTG
g.11713 T>A	NC_007306	8	F	CCTTCAGCATCAGTCCTTCC	60	344
			R	TTCTTGGGCTCCAAAATCAC
			E	TTGATGACAAAGGTCGGTCT
g.11714 A>T	NC_007306	8	F	CCTTCAGCATCAGTCCTTCC	60	344
			R	TTCTTGGGCTCCAAAATCAC
			E	TTTGATGACAAAGGTCGGTC

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.11718 C>A	NC_007306	8	F	CCTTCAGCATCAGTCCTTCC	60	344
			R	TTCTTGGGCTCCAAAATCAC
			E	TTACTTTGATGACAAAGGTC
g.11898 C>T	NC_007306	8	F	CGGTCATAGCTTTTCCTCCA	60	242
			R	CCTTACCAGGGCACCTATGA
			E	CAATCTACTTGCAGTGATAC
g.11965 A>C	NC_007306	8	F	CGGTCATAGCTTTTCCTCCA	60	242
			R	CCTTACCAGGGCACCTATGA
			E	AAAGGGATCAGATGATCTGG
g.12326 G>A	NC_007306	8	F	TTAGTGTCAGGCGTGAATCG	58	340
			R	GGCTGCTTTAAGGGGAAATC
			E	TCAGATCTGCTTCCTTTATT
g.12359 G>A	NC_007306	8	F	TTAGTGTCAGGCGTGAATCG	58	340
			R	GGCTGCTTTAAGGGGAAATC
			E	GTTTGAAACTTTGATCTTAG
g.12413 A>T	NC_007306	8	F	CTGAAAGGACCCACCACCTA	58	291
			R	GACAAAATTCCATGCCATCC
			E	GTAAACGCCAATAGAAAAAA
g.12482 A>G	NC_007306	8	F	CTGAAAGGACCCACCACCTA	58	291
			R	GACAAAATTCCATGCCATCC
			E	GAAGATTCTGAAATAAATGT
g.12795 A>G	NC_007306	8	F	CAGGTTGTATTAGGGGTGGGTA	58	337
			R	GACTTGTTCACCGTCCTTTCA
			E	AAAATTATGAGATTGGTCTT
g.12862 C>G	NC_007306	8	F	ATTTGGGGGCCTTTATCAAC	58	346
			R	GCCCTGCAAGTAGGATTGTC
			E	GTTCACCGTCCTTTCAAATT
g.12875 G>A	NC_007306	8	F	ATTTGGGGGCCTTTATCAAC	58	394
			R	CCCCACTGTGTCCAAAAGTT
			E	TCAGCTCAGACTTGTTCACC
g.12891 A>T	NC_007306	8	F	ATTTGGGGGCCTTTATCAAC	58	394
			R	CCCCACTGTGTCCAAAAGTT
			E	TAGAAAATTATTAGTTTCAG

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.13219 C>T	NC_007306	8	F	GGCAACACAGACAGCAAGAA	60	225
			R	TATAGGTCCCCCTGCTTTGA
			E	AGCACTGGCTTTGGGTTCCT
g.13339 C>T	NC_007306	8	F	GGGTGGGATGATTTGAGAGA	58	305
			R	TTGGGGAATGTGAGTACCTTTT
			E	TTACAATATTATGTTGGCTT
g.13662 C>A	NC_007306	8	F	ATGAGCCATGGGCTTCCTAT	58	289
			R	AAACTTGGCCACATCCTGTC
			E	ATCCTTAAAATGCCCACCTA
g.13775 T>G	NC_007306	8	F	ATGAGAGTTGGGTGCCAAAA	60	154
			R	AAACTTGGCCACATCCTGTC
			E	TCATCGTGGTGGACTGGCTG
g.13915 C>T	NC_007306	8	F	GACAGGATGTGGCCAAGTTT	58	300
			R	ATGTGGGATACCCAGATTCG
			E	CTCTAGCCAACTGGTCTGTT
g.13949 G>A	NC_007306	8	F	GGTAAGACTGGGGGAAGGAG	60	296
			R	GTGGCCCAGATGGTAAAGAA
			E	ACCACAAAGGAACAAAAACC
g.14095 A>T	NC_007306	8	F	GACAGGATGTGGCCAAGTTT	60	330
			R	GTGGCCCAGATGGTAAAGAA
			E	CGGGAAGATCCCCTGGAGGA
g.14220 A>C	NC_007306	8	F	CAGGCATCGAATCTGGGTAT	58	317
			R	ACATCTTTCCTCTGCCCTGA
			E	CTGAAGATACGAGTTGACCC
g.14231 C>G	NC_007306	8	F	CAGGCATCGAATCTGGGTAT	58	317
			R	ACATCTTTCCTCTGCCCTGA
			E	CTATGCTTATTCTGAAGATA
g.14240 C>T	NC_007306	8	F	CAGGCATCGAATCTGGGTAT	58	317
			R	ACATCTTTCCTCTGCCCTGA
			E	AAATAATGACTATGCTTATT
g.14606 C>T	NC_007306	8	F	CAGGGCAGAGGAAAGATGTC	58	354
			R	TGGCTTAAATAATGGCCTGTG
			E	TTTCCTGCCATTTTTTTCCC

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.14832 G>T	NC_007306	8	F	TGGCAGGAAAAGTGTGTAGG	58	310
			R	ATATGGGCCAGCCTTCTCAT
			E	CACTCTCCTGGTTAGCAAAA
g.15061 A>T	NC_007306	8	F	CCCATATGTGTCCCATCCTT	60	279
			R	AATGGCAACCCACTCCAGTA
			E	ATATTTATATATAGGTATTT
g.15103 G>A	NC_007306	8	F	CACATTGCAGGCAGACACTT	60	202
			R	TGGAGTAGGAAATGGCAACC
			E	TGGGGTTACAAAGAGTTGGA
g.17103 G>A	NC_007306	8	F	GCACTTTCCAACCAGGATGT	58	350
			R	GGCAGTTTTCTTGCCATCTC
			E	CAGTAAGAGTTAAGACAACA
g.17274 G>A	NC_007306	8	F	CTGACCAAGTGCCCTACCAT	58	234
			R	GGCAGTTTTCTTGCCATCTC
			E	AGTACTCAGTGCAGCTTACA
g.17473 T>G	NC_007306	8	F	CATGGATTGAACCCAGGTCT	60	248
			R	GCTAACCCACAAGCCAAGAG
			E	AAAAAAAAATATTTGGCTAT
g.17513 T>G	NC_007306	8	F	AAAACTGCCTTGCCTTTGAA	58	344
			R	ACATAGGCCCAAAACACCAG
			E	GGAATGGTGATTTGTACATC
g.17703 C>T	NC_007306	8	F	TGTGGACAATGGGACCTACC	58	279
			R	GGAGTGTGTCACTGTTCATGATT
			E	TATAAATTCTATAACATAGG
g.17735 T>A	NC_007306	8	F	AAATCACCATTCCCGAACAA	58	417
			R	TGAGGAGTGTGTCACTGTTCAT
			E	GCTTTTTTACAGATTAAAAT
g.17754 G>T	NC_007306	8	F	TGTGGACAATGGGACCTACC	58	351
			R	CCCCTAGAAACCACATCATAGG
			E	GTACAGCTTTTTATCATAAG
g.17944 C>T	NC_007306	8	F	TGAACAGTGACACACTCCTCAAT	60	284
			R	TTCCCTACCCCAAGAGTGTT
			E	ACAGCATTTTATCATAGATA

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.18025 C>T	NC_007306	8	F	TGAACAGTGACACACTCCTCAAT	58	334
			R	TCTCCTTGATCGTAGGTCCTG
			E	ATATTGAAAGTATATAATAC
g.18055 G>A	NC_007306	8	F	TGAACAGTGACACACTCCTCAAT	58	334
			R	TCTCCTTGATCGTAGGTCCTG
			E	ATTTCCCCCAGTTCATCACA
g.18908 C>G	NC_007306	8	F	AATCCGTGTTGCTGGAGTTC	58	381
			R	GGCATCCTTTTTCTGCAAAG
			E	AATGGTTTCAAATGAACTCA
g.19100 G>A	NC_007306	8	F	CTCTGTGCTTGTGCCCATTA	60	417
			R	TGGAGTGGGTTGCTATTTCC
			E	AGTAAAGAGTTTAGGTTTTG
g.19614 G>C	NC_007306	8	F	GAAGGCAGGAACCACCTGTA	58	393
			R	CAAACAAGCAGGCACTCTCA
			E	CCTTGCAGAAGAGTGTGGTT
g.19651 G>C	NC_007306	8	F	GCTTAGGAAGCCCAGTACCC	60	257
			R	CAAACAAGCAGGCACTCTCA
			E	GCTTACTACTAGAATATTCA
g.19706 C>T	NC_007306	8	F	GCTTAGGAAGCCCAGTACCC	58	390
			R	AGAGATCTCGAAGGCCTGGT
			E	CATTCATACATGACTATAAA
g.19789 C>T	NC_007306	8	F	CCACACTCTTCTGCAAGGAA	58	322
			R	CTCTCAGCCACAGTGCCATA
			E	ATCAGTCTTTATGGAAACAC
g.20339 G>T	NC_007306	8	F	ACAATTTTTCCACGGACTGG	58	282
			R	AACCATTGCCTCAGTTTTGG
			E	TTACTTTGCTTCTAATTTAT
g.20347 C>T	NC_007306	8	F	ACAATTTTTCCACGGACTGG	60	135
			R	CCAGGGGTCTGGGATCTAAT
			E	TTACTTTGCTTCTAATTTAT
g.20555 T>A	NC_007306	8	F	CCAAAACTGAGGCAATGGTT	60	368
			R	AATGTCCATGGCACTTAGCA
			E	CTTCCCTTTTGTATTGATAA

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.21071 C>G	NC_007306	8	F	CGGAGGTGGATATTGGAGAA	60	332
			R	CTTCCTTGGTGGCTCAGAAG
			E	TGAGTGAATCGGAAGTGAAT
g.21185 C>A	NC_007306	8	F	GAGCCTCCAACATTCAGGTG	60	127
			R	CTTCCTTGGTGGCTCAGAAG
			E	AGGAGAACTGGATTCAATCC
g.21199 G>A	NC_007306	8	F	GAGCCTCCAACATTCAGGTG	60	127
			R	CTTCCTTGGTGGCTCAGAAG
			E	TCTGCCTACAATGCAGGAGA
g.21264 C>T	NC_007306	8	F	CATGGATTGAACCCAGGTCT	60	248
			R	GCTAACCCACAAGCCAAGAG
			E	GTTTTAAATCCTCTGAGGCT
g.21604 G>A	NC_007306	8	F	GGGGGAGAGAGGATGAGATT	60	262
			R	TTCCTGCAAGCACAAAACAG
			E	CAGGGACTAAACCCACACCC
g.21647 C>T	NC_007306	8	F	GGGGGAGAGAGGATGAGATT	60	262
			R	TTCCTGCAAGCACAAAACAG
			E	ATTTGGCTATTTCTCTTGGC
g.21779 C>T	NC_007306	8	F	CATGGATTGAACCCAGGTCT	60	248
			R	GCTAACCCACAAGCCAAGAG
			E	TTAAATCCTCTGAGGCTGTC
g.21852 G>A	NC_007306	8	F	CGGCTTTGATATTGGGAAGA	60	244
			R	CTTCCTTGGTGGCTCAGAAG
			E	CTACAATGCAGGAGAACTGG
g.21887 A>T	NC_007306	8	F	CATGGATTGAACCCAGGTCT	60	248
			R	GCTAACCCACAAGCCAAGAG
			E	TTTCTCCAGGGGATTTCCCA
g.21996 T>G	NC_007306	8	F	CCCTCCCCAACTTTGGTTAT	60	338
			R	CCTTGGTGGCTCAGAAGGTA
			E	GTAGTTTCTTAGTCGTGGCC
g.22010 A>G	NC_007306	8	F	CCCTCCCCAACTTTGGTTAT	60	338
			R	CCTTGGTGGCTCAGAAGGTA
			E	AAGACAGTGAAAGTGTAGTT

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.22076 G>A	NC_007306	8	F	CCCTCCCCAACTTTGGTTAT	58	271
			R	GGAAATCCCCTGGAGAAAGA
			E	AAGAGTCATTTTTATTTACA
g.22488 G>T	NC_007306	8	F	ATGCTCACCAGCCAGACTTT	60	271
			R	CTGACTGGAATGGCCTGAGT
			E	CAAATGCTTCTGTCAGGGTT
g.22505 C>T	NC_007306	8	F	ATGCTCACCAGCCAGACTTT	60	271
			R	CTGACTGGAATGGCCTGAGT
			E	AATAAAAATGACTTCAAAAA
g.22547 C>G	NC_007306	8	F	ATGCTCACCAGCCAGACTTT	60	271
			R	CTGACTGGAATGGCCTGAGT
			E	CTGTGGAAGAAATTGTATGT
g.22550 C>T	NC_007306	8	F	ATGCTCACCAGCCAGACTTT	60	271
			R	CTGACTGGAATGGCCTGAGT
			E	ACCCTGTGGAAGAAATTGTA
g.22649 G>A	NC_007306	8	F	CCCTTGGAGAGCAAGTTCAA	60	316
			R	CTGACTGGAATGGCCTGAGT
			E	CAGCCAGACTTTCTATTCAG
g.23063 C>A	NC_007306	8	F	CTGTAAAGGGAGCAGGGTTG	60	359
			R	CAATGGAGGAGATGCGAGTT
			E	AATGGATAGGTCTAATGTGC
g.23077 A>T	NC_007306	8	F	CTGTAAAGGGAGCAGGGTTG	60	242
			R	TACAGCCCATGGAGTCACAA
			E	TACTGCTAAAAGCAAATGGA
g.23624 G>A	NC_007306	8	F	CTGGGGAAGACAAACCAAAA	60	222
			R	CTCTCTCTCCACCACGTTCC
			E	TGAGTGGAGGAATGGAAGTG
g.23735 C>T	NC_007306	8	F	CTGGGGAAGACAAACCAAAA	60	222
			R	CTCTCTCTCCACCACGTTCC
			E	GTTGTGACCAACTTTTCCCA
g.23895 C>G	NC_007306	8	F	TCTCCCTGGCTCAATACCAG	60	397
			R	CCAGCCAGTGACACAAGAAA
			E	ATAAACTGTATTATAAAATA

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.24380 C>A	NC_007306	8	F	CTACAATGCCATCCCACTCC	60	243
			R	GTCGTGTCCGACTCTGTGTG
			E	ATTGGAGGAGGAAATGGCAA
g.24660 C>T	NC_007306	8	F	CCGGAAGATGAGAGAGAAGC	60	367
			R	GGAGTGGGATGGCATTGTAG
			E	AGTCTTATAACTTACACAAA
g.24688 C>T	NC_007306	8	F	CCGGAAGATGAGAGAGAAGC	60	367
			R	GGAGTGGGATGGCATTGTAG
			E	GAACATATCACTAGACTATC
g.24750 C>T	NC_007306	8	F	CCGGAAGATGAGAGAGAAGC	60	367
			R	GGAGTGGGATGGCATTGTAG
			E	AAAAAAAAAAAAAAACAACT
g.24999 G>A	NC_007306	8	F	GTCCCTCACCACCTTCAAGA	60	335
			R	GCTTCTGCTGTTTCTCACCTC
			E	TGATAAGGAGTTTCCTTTTC
g.25229 T>A	NC_007306	8	F	AAAGCACTGGGCATCTTTTG	60	241
			R	TATGAGCCTGCCACTTCCTC
			E	TCATATGCTGTTCTTTCTTC
g.25284 A>G	NC_007306	8	F	GACAGAATGCAGTGCTTTTCA	60	413
			R	TATGAGCCTGCCACTTCCTC
			E	CACCATCTAAAGCACTGGGC
g.25320 G>T	NC_007306	8	F	GACAGAATGCAGTGCTTTTCA	60	324
			R	GAGGGACGGAAGAGGGTTAT
			E	TAGAGCTGGGGTTAATACTC
g.25469 G>A	NC_007306	8	F	TCCTACTCACGCTGCAAAAA	60	379
			R	ATGCCCAGTGCTTTAGATGG
			E	TAACTCATTTTTTTCTCAAA
g.25478 A>T	NC_007306	8	F	TCCTACTCACGCTGCAAAAA	60	379
			R	ATGCCCAGTGCTTTAGATGG
			E	TATCATTTTAAATAACTCAT
g.25617 A>T	NC_007306	8	F	TCCAATGGCAAGAGGAGAGT	60	317
			R	GGCCAAATAGCACATCTTCC
			E	TACTTCCTGTATTTAGACTC

[다음 페이지]

[*표 66 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.25670 C>T	NC_007306	8	F	TGATGCAACCAACCGTAGAG	60	375
			R	GCACTGCATTCTGTCCTTTG
			E	AAAGTAGGGATTTTGATTGA
g.25671 A>G	NC_007306	8	F	TGATGCAACCAACCGTAGAG	60	375
			R	GCACTGCATTCTGTCCTTTG
			E	AGTAGGGATTTTGATTGACA
g.25736 C>T	NC_007306	8	F	CAGGAAAAGGAAGGGGAAAT	60	279
			R	GCGTGAGTAGGACCCGTTTA
			E	AGTCACTAGTTCCTGGTTCA
g.26269 C>A	NC_007306	8	F	CCACACACATTCACAGTTTGG	60	395
			R	TTCAGCCATGCTTCAGTCAG
			E	ACTATATGACTGACTTTAAC
g.26274 G>T	NC_007306	8	F	GACACCCACACACATTCACAG	60	400
			R	TTCAGCCATGCTTCAGTCAG
			E	CAGTGACTATATGACTGACT
g.26310 C>T	NC_007306	8	F	GACACCCACACACATTCACAG	60	400
			R	TTCAGCCATGCTTCAGTCAG
			E	ATCCTTTTCATTGTCCACAA
g.26667 C>T	NC_007306	8	F	CAGGGCCATACACTGACTGA	60	326
			R	GAAGCCCCACATACACGATT
			E	CTACTTTGTACAGGCACAAC
g.26710 A>G	NC_007306	8	F	CAGGGCCATACACTGACTGA	60	326
			R	GAAGCCCCACATACACGATT
			E	TTCCAAACTGGCTGATGTCA

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence

*표 67. 한우에서 THRSP 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.78 G>A	NM_001040533.1	29	F1	ATCATCACCACCTGCTCCAT	60	252
			R2	AGCCCTAGGATTGGCCTAAA
			E3	CCAAGAACTGCCTGCTGACC
g.173 C>T	NM_001040533.1	29	F	GCCTTGAGCATGGTGAAGTAG	60	118
			R	ATGGAGCAGGTGGTGATGAT
			E	GAGGCGCCCACCTGGGCATG
g.184 C>T	NM_001040533.1	29	F	GCTCTCCTCCTCAGCCTCTT	60	242
			R	ATGGAGCAGGTGGTGATGAT
			E	ACACGGGTACCATGCCCAGG
g.190 C>A	NM_001040533.1	29	F	GCCTTGAGCATGGTGAAGTAG	60	118
			R	ATGGAGCAGGTGGTGATGAT
			E	GCAGGAGTGGCAGGCCAAGG
g.194 C>T	NM_001040533.1	29	F	GCCTTGAGCATGGTGAAGTAG	60	118
			R	ATGGAGCAGGTGGTGATGAT
			E	GTGAAGTAGTTGTAGAGATC
g.277 C>G	NM_001040533.1	29	F	GCTCTCCTCCTCAGCCTCTT	60	165
			R	CGCCTCCGATCTCTACAACT
			E	GCCCCGGCAGGAGTGGCAGG
g.283 T>G	NM_001040533.1	29	F	GCTCTCCTCCTCAGCCTCTT	60	165
			R	CGCCTCCGATCTCTACAACT
			E	GTACCATGCCCAGGTGGGCG
g.290 T>G	NM_001040533.1	29	F	GCTCTCCTCCTCAGCCTCTT	60	126
			R	CATCCGCATGGATATGGAG
			E	TCAGCTCCCTCGGCTTTGCC

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence

*표 68. 한우에서 FABP4 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.2213+1439 G>A	NC_007312.4	14	F1	AGGAGGAAAGCCATTCCATT	60	285
			R2	TGGAATAGCATCATAGGGGTTT
			E3	TAGAGAACTTTTAAAAGAGT
g.2634+1018 A>T	NC_007312.4	14	F	TTGTGCCTTGGGTGTTCTTT	60	556
			R	ATGGGAGAAAATTCACCAGC
			E	ATTTTACTTATTTTCAGGAG
g.2889 T>G	NC_007312.4	14	F	TTGACATTTTTCTTTTCCCAAC	60	200
			R	TGACTTTCCTGTCATCTGGAG
			E	CTGGCATGGCCAAACCCACT
g.2901 T>G	NC_007312.4	14	F	TTGACATTTTTCTTTTCCCAAC	60	200
			R	TGACTTTCCTGTCATCTGGAG
			E	AACCCACTTTGATCATCAGT
g.2920 C>A	NC_007312.4	14	F	TATAGGCGTGGGCTTTGCTA	60	202
			R	GCTCCAGTTCTTTATTTCTCACC
			E	TTTGAATGGGGGTGTGGTCA
g.2988 A>G	NC_007312.4	14	F	GGGGTGTGGTCACCATTAAA	60	178
			R	TGGTTTGCTATAGGCAGCAG
			E	TGGGCCAGGAATTTGATGAA
g.3318+334 G>C	NC_007312.4	14	F	TTGATGCCTAAGCCCTCTTT	60	352
			R	GAGAGCAGCCAGCTTCATTT
			E	ATTATGAAAAGCCAAGAAAA
g.3654 T>G	NC_007312.4	14	F	CAAGGGCGATTGTCTATTTCTC	60	208
			R	ATTATCCCCACAGAGCATCG
			E	CTCTGGTACAAGTACAAAAC
g.3666 T>C	NC_007312.4	14	F	TTATGGGATGACCTAGCACTAAAA	60	201
			R	TTTTTCCCTCCATCATTGTAATC
			E	TACAAAACTGGGATGGAAAA
g.3690 G>A	NC_007312.4	14	F	ATTATCCCCACAGAGCATCG	60	219
			R	TTTTCATTCTACAAGGGCGATT
			E	CCACCATAAAGAGAAAACTC
g.3710 G>C	NC_007312.4	14	F	CATCGTAAACTTAGATGAAGGTGCT	60	200
			R	CATTCTACAAGGGCGATTGTCT
			E	GTGGATGATAAGATGGTGCT
g.3977-325 T>C	NC_007312.4	14	F	TTTCCCTCCATCATTGTAATCACTT	60	567
			R	CACATTCCTAGGCACAAAAGCA
			E	CTTGAGGCCAAGTCTTGTAT
g.4221 A>G	NC_007312.4	14	F	TTCCTGCTCAACATTGAAGG	60	190
			R	GTCATGGAGTTCGATGCAAA
			E	AACAGAGTTTATGAGAGAGC

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence

*표 69. 한우에서 FASN 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.841 C>G	AF285607	19	F1	GGCTCGAACATCCAGACC	60	505
			R2	CCAAGCTGTCAGCCCATGT
			E3	CCTCAGCCGTTCGCACAGCC
g.3469-2628 C>G	AF285607	19	F	CGAAGAAGGAAGCGTCAAAC	60	505
			R	CCCTCACGCCCAGTAGATT
			E	CAGTGCTCTGCTCTGCTCTG
g.4199-3358 G>A	AF285607	19	F	GTCCAGGACCCTGTCACACT	60	394
			R	TCACCCCAGTTTCCTCACTC
			E	CAAGGGCACAGACTTGTCCC
g.4798-3957 G>C	AF285607	19	F	GTAGCCTCCCAGGCTCTTCT	60	295
			R	CTCTGCCTGACCCAGAGACT
			E	TTATCTGTTGTCAACCCTAC
g.4837-3996 C>T	AF285607	19	F	GTAGCCTCCCAGGCTCTTCT	60	295
			R	CTCTGCCTGACCCAGAGACT
			E	TCTGGCTCCACTGTCTCTTC
g.4982-4141 A>T	AF285607	19	F	GAAGCCTCAGAGCCACTCAC	60	505
			R	CTGGCTCCACTGTCTCTTCC
			E	GAGAATCCCATGGACAGAAG
g.8948+1723 C>T	AF285607	19	F	GCTGCACGAACTCCAACAT	60	255
			R	CCTGGGAGGAGTGTAAGCAG
			E	CTGGCCCGGACCCGGACTGC
g.9484+1187 A>C	AF285607	19	F	CTTGAGGCCTCTCTTCAGGA	60	244
			R	GCCGAGTACAACGTGAACAA
			E	CGCGGGGGGCTGAGCGGGGG
g.10671 G>C	AF285607	19	F	GAAGTAGGGGCCGTAGTTGA	60	308
			R	TGTCTGAGAATGGCAACCTG
			E	TTGACAACCGGTATGGCCCG
g.11319 G>A	AF285607	19	F	GGTAGACCCCACACGTAGGA	60	505
			R	GTACACGCTGCAGGACAAGA
			E	GCCCCCCGGCATCAGCAGGA
g.11532-213 C>T	AF285607	19	F	GTATGGGTTCCCCAGAGGAT	60	505
			R	GTGCCCATCCTGGAGAAGT
			E	GGGTCTACCTCTGCCTTCCC

[다음 페이지]

[*표 69 계속]

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.12870 T>C	AF285607	19	F	GGTGACAGTCTCTCCCAAGG	60	334
			R	GTGACGGCCAACTGTATTCC
			E	GACCCGGCCACGGCTGTCGG
g.13126 T>C	AF285607	19	F	GATGAAGGAAGGGTTGACGA	60	505
			R	GACACCCCTTGGGAGAGACT
			E	TGTTTGCTGGTGCGTCCCTG
g.13965 C>T	AF285607	19	F	CCAGGTTCCTGAGCACTGTT	60	505
			R	GAGGAGAGGGCAAGAGGACT
			E	TCCATCCGCTGGGTCTGCTC
g.14284 C>T	AF285607	19	F	ACGTCCCACAGGAAGCTCT	60	217
			R	ACCCAACAGTGCTCAGGAAC
			E	TGCCTGCTAGGCATGGAGTT
g.15532 C>A	AF285607	19	F	GAGGACGCCTTCCGATACAT	60	230
			R	CCTGCTCTTCCTCACGTACC
			E	AACACATCGGCAAAGTGGTC
g.16907 T>C	AF285607	19	F	ACTACCCCGACTCACCACAG	60	277
			R	GTGAGTCACAGCCTTCACGA
			E	CCGTCCTGAGCAGCTTTGTG
g.17924 G>A	AF285607	19	F	CCCCTCTTCACAGAGCTGAC	60	505
			R	GTAGGAGTAGCCAGCGATGC
			E	CCGTGTTCCACAGCCTGGCC
g.18662 C>T	AF285607	19	F	GGAGGCGGAGCATAGTAGAG	60	505
			R	GCCAGGGAGCTGTGAATAAT
			E	TTTGCTGCGCGTTCCTTCTA

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence

*표 70. 한우에서 SREBFPs 유전자 내의 프라이머 염기서열 정보.

SNP	유전자	염색체	염기서열		합성온도	프라이머 크기
g.159+13385 A>G	NC_007317.4	19	F1	ACCTCCGAGAGGAGGTGACT	60	365
			R2	CTCGCGACTGAGGACTCG
			E3	AGGTGCGTCAGGGCCACTGG
g.3270+10274 C>T	NC_007317.4	19	F	GCACTGGGTTTTGTCGTTTT	60	150
			R	GGGTTTCTGGCCATAGTTGA
			E	CTCAGAGATGCAAATTAAAG
g.3337+10207 T>C	NC_007317.4	19	F	GTGCAGAGTGCTACGCAGAG	60	294
			R	GCAGCCTCAGAGATGCAAAT
			E	CCCAAAGTAGGTAAAAACGA
g.4045+9499 G>A	NC_007317.4	19	F	TGGTGTGACTGCAGAAGAGG	60	186
			R	AGTGGTGCTGTTGCTTTGTG
			E	TGGTGCTGTTGCTTTGTGCT
g.4483+9061 A>C	NC_007317.4	19	F	TTGCACCCCAAACTCTTCTT	60	293
			R	CCCTTCCTCCACGGATTAGT
			E	GTCTTCACGCTCTGTTCCTG
g.8166+5378 T>C	NC_007317.4	19	F	ATACGGCCAGTGGTTGACTC	60	284
			R	AGTGGAGCAGGTGTTGTGTG
			E	GTGGGCTCCTGGGGGTGGCT
g.8886+4658 G>A	NC_007317.4	19	F	CACAGGTAAGGAGGGCATGT	60	247
			R	TCCTATCTGGATGGCTCTGC
			E	CAGCTGCCCTTCCGCAGAGC
g.13544 T>C	NC_007317.4	19	F	TAGGTGCATTTCGGTTCCTC	60	342
			R	CAGAAACTCAGCCACACTGC
			E	TTCGGACGTGGCCGGAGCTC
g.13850-306 T>C	NC_007317.4	19	F	GCAGTGTGGCTGAGTTTCTG	60	274
			R	GTTCTGGCTTCATGGGAAGA
			E	GCTGCATGCTCGTGCCCCAC
g.15744 C>T	NC_007317.4	19	F	GAGACGTCTGCTCTTGACCTG	60	300
			R	CTGGTGCACTCCGATCTACA
			E	GTGGCCAGGATAGTGCTGGC

1Forward sequence, 2Reverse sequence, 3Extension sequence